<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX005193.17	169110	GAATTCTTGCTGATATACAATTGTATTATGCTACTTCTGGACTCCAAATG	169061
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	47311	GAATTCTTGCTGATATACAATTGTATTATGCTACTTCTGGACTCCAAATG	47360

C  BX005193.17	169060	AAGCGAGAAAGAAAGAAAAGAATGCCTCCAGGTAAAATCAGACTTATCCC	169011
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	47361	AAGCGAGAAAGAAAGAAAAGAATGCCTCCAGGTAAAATCAGACTTATCCC	47410

C  BX005193.17	169010	TTCTCAGTCGAACGTCTCTAGCATATCCTCCCCATATGCCCTGCTATACA	168961
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	47411	TTCTCAGTCGAACGTCTCTAGCATATCCTCCCCATATGCCCTGCTATACA	47460

C  BX005193.17	168960	CTTCAGATTGTTAACACTAGTGTGTCTAATTTGTAACCCTGTTGGCATCC	168911
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	47461	CTTCAGATTGTTAACACTAGTGTGTCTAATTTGTAACCCTGTTGGCATCC	47510

C  BX005193.17	168910	CTCAAAGTTCCTTAATGAAGCCAGCTAAACTGTCAGACTTGTTAGGCTTG	168861
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	47511	CTCAAAGTTCCTTAATGAAGCCAGCTAAACTGTCAGACTTGTTAGGCTTG	47560

C  BX005193.17	168860	GCTCTGAAGAGAAACAGACTTGTGATTTACAAATTCCCAAGAGAAATAGG	168811
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	47561	GCTCTGAAGAGAAACAGACTTGTGATTTACAAATTCCCAAGAGAAATAGG	47610

C  BX005193.17	168810	GTTTACATCGCTTACCACTAGTACTCAATTACTTTAATATCATAGTACAT	168761
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	47611	GTTTACATCGCTTACCACTAGTACTCAATTACTTTAATATCATAGTACAT	47660

C  BX005193.17	168760	GCGGTGTACTGAGCTTATTCTGCATCTAGAAACATCTCTACCCTTAGTTG	168711
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	47661	GCGGTGTACTGAGCTTATTCTGCATCTAGAAACATCTCTACCCTTAGTTG	47710

C  BX005193.17	168710	GATGTTTGTTGCTGCAGTAGATGGCTGTTTAATTCTTCCTTTTAAATGGT	168661
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	47711	GATGTTTGTTGCTGCAGTAGATGGCTGTTTAATTCTTCCTTTTAAATGGT	47760

C  BX005193.17	168660	TCACAGTACTAAATCCTGCCAAGACTGTGGGAAAGTGCACTGCTTTCTAA	168611
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	47761	TCACAGTACTAAATCCTGCCAAGACTGTGGGAAAGTGCACTGCTTTCTAA	47810

C  BX005193.17	168610	TGAAAAATCAAAGTGATTGACTTGGATAAAGGGATTTGGGGGAAAAAATG	168561
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	47811	TGAAAAATCAAAGTGATTGACTTGGATAAAGGGATTTGGGGGAAAAAATG	47860

C  BX005193.17	168560	GTGAAACACACAATTATCCCAGCAAAAAGGCAATGCAAAAGGTGTTAATT	168511
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	47861	GTGAAACACACAATTATCCCAGCAAAAAGGCAATGCAAAAGGTGTTAATT	47910

C  BX005193.17	168510	CATTGCGAAATAAATAAATGAGAACACCCACTTAATCAACCTACATCTAA	168461
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	47911	CATTGCGAAATAAATAAATGAGAACACCCACTTAATCAACCTACATCTAA	47960

C  BX005193.17	168460	TAAATCTTTTTTTCAGACAGCAGTACATTTCCATGGGCACTTTCTTGTTG	168411
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	47961	TAAATCTTTTTTTCAGACAGCAGTACATTTCCATGGGCACTTTCTTGTTG	48010

C  BX005193.17	168410	CCACTTTCTAAATTGCCACTCTGGCTTCATTCCTGATTCATATCTTTTGC	168361
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48011	CCACTTTCTAAATTGCCACTCTGGCTTCATTCCTGATTCATATCTTTTGC	48060

C  BX005193.17	168360	ATTTTGCTGAAGAGTAATTTTAACAATACAATATATGCACATTCTAATAA	168311
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48061	ATTTTGCTGAAGAGTAATTTTAACAATACAATATATGCACATTCTAATAA	48110

C  BX005193.17	168310	GTCACTTGGCAGTGTAAGACAAAGCGGATATCAAAAAGTATAAAAGAAAA	168261
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48111	GTCACTTGGCAGTGTAAGACAAAGCGGATATCAAAAAGTATAAAAGAAAA	48160

C  BX005193.17	168260	ATGTATTTATGTTAATTTAAATGCATTTCTGCATGCCTCGGAAAGCATTT	168211
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48161	ATGTATTTATGTTAATTTAAATGCATTTCTGCATGCCTCGGAAAGCATTT	48210

C  BX005193.17	168210	TTAACAGTAGCAGAATGCACATCTTCAGTGTTTACATTTACATTTAAAGC	168161
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48211	TTAACAGTAGCAGAATGCACATCTTCAGTGTTTACATTTACATTTAAAGC	48260

C  BX005193.17	168160	ATGTTGCTTTAATTCAATGGGCAATCATGTAAAACACCATTCAGATTTTG	168111
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48261	ATGTTGCTTTAATTCAATGGGCAATCATGTAAAACACCATTCAGATTTTG	48310

C  BX005193.17	168110	CAGCACTTGTGAAGTTCTGTGAAAACAGTCTGAAGGCTTTCCTGAAATAT	168061
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48311	CAGCACTTGTGAAGTTCTGTGAAAACAGTCTGAAGGCTTTCCTGAAATAT	48360

C  BX005193.17	168060	GGCAGGACTAATCTGAGTAAACCTTTTTGCTTCATTTTATGGTCCAGTTG	168011
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48361	GGCAGGACTAATCTGAGTAAACCTTTTTGCTTCATTTTATGGTCCAGTTG	48410

C  BX005193.17	168010	GTACAAGGTGTCAGCGAAATGAATGCAGTGCGCACATAATACCAAACACG	167961
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48411	GTACAAGGTGTCAGCGAAATGAATGCAGTGCGCACATAATACCAAACACG	48460

C  BX005193.17	167960	GACCTGTTGGTGCGGCTTACGAAGAGAATAAAGCAGAGATTAAACCTATT	167911
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48461	GACCTGTTGGTGCGGCTTACGAAGAGAATAAAGCAGAGATTAAACCTATT	48510

C  BX005193.17	167910	AAACACTGTGAAATTGGTGTTACGTTCCTTACATAATAATTACATGATAA	167861
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48511	AAACACTGTGAAATTGGTGTTACGTTCCTTACATAATAATTACATGATAA	48560

C  BX005193.17	167860	TTATCATGTAATACACTACAATAAAGCACATTTCCCTTGAGCCTAATTAA	167811
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48561	TTATCATGTAATACACTACAATAAAGCACATTTCCCTTGAGCCTAATTAA	48610

C  BX005193.17	167810	GAGGTAAAATGTAAAGAGGAGGAATAAATTCTCTGTTTTTTTGAATGAAC	167761
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48611	GAGGTAAAATGTAAAGAGGAGGAATAAATTCTCTGTTTTTTTGAATGAAC	48660

C  BX005193.17	167760	GTAAAGAATGGCCGTTTCTCTTGAGGGTGACGATTACACACGATCCTGTG	167711
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48661	GTAAAGAATGGCCGTTTCTCTTGAGGGTGACGATTACACACGATCCTGTG	48710

C  BX005193.17	167710	ATTTAATTAGGTCGGACATTAAGGATCATTAATCAGAAGGTGTTAGGGTG	167661
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48711	ATTTAATTAGGTCGGACATTAAGGATCATTAATCAGAAGGTGTTAGGGTG	48760

C  BX005193.17	167660	TAGACAGCAATGCTTCAGAATGATCTTAGGGCTTGTTAAACGTAATCATA	167611
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48761	TAGACAGCAATGCTTCAGAATGATCTTAGGGCTTGTTAAACGTAATCATA	48810

C  BX005193.17	167610	AAATCTATAAAGAACACTCTTTCGTGTTACAAACTTCTCCGTAGAATACA	167561
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48811	AAATCTATAAAGAACACTCTTTCGTGTTACAAACTTCTCCGTAGAATACA	48860

C  BX005193.17	167560	TCCATTCACAATCTGAAAACCAGCATGTACTCAAACACTCATCTCATTCA	167511
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48861	TCCATTCACAATCTGAAAACCAGCATGTACTCAAACACTCATCTCATTCA	48910

C  BX005193.17	167510	CTAATTCACAGCTATAGTTCTAAAAGTTACAGTCCCTGAAAATGAAATGT	167461
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48911	CTAATTCACAGCTATAGTTCTAAAAGTTACAGTCCCTGAAAATGAAATGT	48960

C  BX005193.17	167460	TCCCTAGATCTCGCCGACAATTCAACAGAAGCTGCACACCTAAATAGCCT	167411
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	48961	TCCCTAGATCTCGCCGACAATTCAACAGAAGCTGCACACCTAAATAGCCT	49010

C  BX005193.17	167410	CGTATCAACTTGCCAGGTCCATTTCCTCAATCTCCGTTTCCCCCCTTTTC	167361
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	49011	CGTATCAACTTGCCAGGTCCATTTCCTCAATCTCCGTTTCCCCCCTTTTC	49060

C  BX005193.17	167360	CTTCAGCCCCTAATGGATGCGAAAATAGAATTGCCTATCCTGGAGATCTG	167311
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	49061	CTTCAGCCCCTAATGGATGCGAAAATAGAATTGCCTATCCTGGAGATCTG	49110

C  BX005193.17	167310	CTGAGCTTATAGTTTATCCAAAGCAAATAATCATGCACATCCACATATGA	167261
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	49111	CTGAGCTTATAGTTTATCCAAAGCAAATAATCATGCACATCCACATATGA	49160

C  BX005193.17	167260	CGACACCCGTTGATAAGATGAAAATGCAAATGGTTGATTCCCACCCTCGC	167211
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	49161	CGACACCCGTTGATAAGATGAAAATGCAAATGGTTGATTCCCACCCTCGC	49210

C  BX005193.17	167210	ACACTAATTCATCCAGTAAGTTACTTACTTATTCAGTCAGTCAGTCAAAG	167161
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	49211	ACACTAATTCATCCAGTAAGTTACTTACTTATTCAGTCAGTCAGTCAAAG	49260

C  BX005193.17	167160	CTCTGCGTGTCTTTCCCCAAGGCAGGTCTCCTTTATTATGTCTGACAGCC	167111
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925838.4	49261	CTCTGCGTGTCTTTCCCCAAGGCAGGTCTCCTTTATTATGTCTGACAGCC	49310

Overview

Query
BX005193.17 - 169110 bps
Hit
CR925838.4 - 49310 bps
Total alignments
16
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019542000167111169110-147311493101
210032599420694264-1553255901
397.3333753455934633-112652127261
498.633273119433119505112654127261
510032669421694281-112661127261
61003265155254155318112662127261
710031643384633909-112663127261
810031645668156744-112663127261
91003164119444119507-112663127261
101003164155255155318-112663127261
1110031643384633909112663127261
1210031643454134604112663127261
1310031645668156744112663127261
1485.9164300115819116118125889261861
1595.595368116217116284126293263601
1688.512119853825579136457366561
Short-link