<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT027988.7	2000	AAGCTTGACTAAGATGTTCCTGACTACATAAATAGCCTAACTTACTAACG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1	AAGCTTGACTAAGATGTTCCTGACTACATAAATAGCCTAACTTACTAACG	50

C  CT027988.7	1950	TCAGACATCCCGAGTTGGGGAAAGTAATTTTCGGGGGATACAGAGTTAAT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	51	TCAGACATCCCGAGTTGGGGAAAGTAATTTTCGGGGGATACAGAGTTAAT	100

C  CT027988.7	1900	TTGCGGGAGGTAGCGGGAGAGATGAGAACCTGAAGAGCAATGGGATGAGT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	101	TTGCGGGAGGTAGCGGGAGAGATGAGAACCTGAAGAGCAATGGGATGAGT	150

C  CT027988.7	1850	TGCGCGCGACGTACCTGAAGAGCGGTGGGGGTGACTTGCGCGCGACGTAC	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	151	TGCGCGCGACGTACCTGAAGAGCGGTGGGGGTGACTTGCGCGCGACGTAC	200

C  CT027988.7	1800	CTGAAGAGCTGGGAGGGATGCGGTGGAGAGGGGTGTGCAAAGTGTTTAAT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	201	CTGAAGAGCTGGGAGGGATGCGGTGGAGAGGGGTGTGCAAAGTGTTTAAT	250

C  CT027988.7	1750	GACCGGGCGGGAGACGCGCGATTTCCGGGAGATTATCATTCATTTGCGGG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	251	GACCGGGCGGGAGACGCGCGATTTCCGGGAGATTATCATTCATTTGCGGG	300

C  CT027988.7	1700	CATCTACTTGGGCATCTGGGAGTCTCTGTGCATTTGCGGGATAACGTTAA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	301	CATCTACTTGGGCATCTGGGAGTCTCTGTGCATTTGCGGGATAACGTTAA	350

C  CT027988.7	1650	CGTTAGTCCCGCAACTTCCGGGAGACTTCTGTAACCTTAAATGCCTGAGA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	351	CGTTAGTCCCGCAACTTCCGGGAGACTTCTGTAACCTTAAATGCCTGAGA	400

C  CT027988.7	1600	AAGTGCAAACGCGGTCATTTAAAGACATTAATGTTAACATTCCGACTTTA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	401	AAGTGCAAACGCGGTCATTTAAAGACATTAATGTTAACATTCCGACTTTA	450

C  CT027988.7	1550	ATGGTTGTCAACGCTTAATATAATTCAAGCGTACGTTATCACGCGAGTCT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	451	ATGGTTGTCAACGCTTAATATAATTCAAGCGTACGTTATCACGCGAGTCT	500

C  CT027988.7	1500	ATGAACTAACGGTATATGGACGGCCACGAATGAACCAGTTTAAAAGGGCC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	501	ATGAACTAACGGTATATGGACGGCCACGAATGAACCAGTTTAAAAGGGCC	550

C  CT027988.7	1450	GCGGTGTTTAAAATAACCAAATTAACGTACACGAATAACAAACAATCATA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	551	GCGGTGTTTAAAATAACCAAATTAACGTACACGAATAACAAACAATCATA	600

C  CT027988.7	1400	TGTTTTAGTCAGGAAGCCTTTTACAAGTAAGCATATGTTAATTTATTCAC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	601	TGTTTTAGTCAGGAAGCCTTTTACAAGTAAGCATATGTTAATTTATTCAC	650

C  CT027988.7	1350	CAGATATGTTTTAGAAACTCTCCAGAGCTTATGGAAACCGTCCTCTGTTG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	651	CAGATATGTTTTAGAAACTCTCCAGAGCTTATGGAAACCGTCCTCTGTTG	700

C  CT027988.7	1300	CCATTAGCATCCGGGCAGAGTAGGCTAGGGGATTCCCTCGCTAGTTTGCT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	701	CCATTAGCATCCGGGCAGAGTAGGCTAGGGGATTCCCTCGCTAGTTTGCT	750

C  CT027988.7	1250	TCAAATTAAAGGAGAAGTGTCGATTTTATTTTACAGATGGGTAACAACGC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	751	TCAAATTAAAGGAGAAGTGTCGATTTTATTTTACAGATGGGTAACAACGC	800

C  CT027988.7	1200	ACAAAATAGCATTAAGCGTAACAGAAATGTGTTGAACATGTACATTTGAT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	801	ACAAAATAGCATTAAGCGTAACAGAAATGTGTTGAACATGTACATTTGAT	850

C  CT027988.7	1150	GTTTTTATGCACTATGTATGCATGAGCATATATAAAAACATTCTTGAAAA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	851	GTTTTTATGCACTATGTATGCATGAGCATATATAAAAACATTCTTGAAAA	900

C  CT027988.7	1100	GAAGTCAATAGTAATGCAGTTAAGCTAGATACACAAACGACCATGAATGA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	901	GAAGTCAATAGTAATGCAGTTAAGCTAGATACACAAACGACCATGAATGA	950

C  CT027988.7	1050	ACCGCAGAAGATTAAAATTGTCACTCCATTCTAAAGTTATTAACTTAACA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	951	ACCGCAGAAGATTAAAATTGTCACTCCATTCTAAAGTTATTAACTTAACA	1000

C  CT027988.7	1000	ATATGTTTACAACTGTATTTCCTCAAAGAAAGTCAGTAAAATACCAACAT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1001	ATATGTTTACAACTGTATTTCCTCAAAGAAAGTCAGTAAAATACCAACAT	1050

C  CT027988.7	950	TTAGGTAGTTTGACTCACCAGTTGCTGTTCTAAACCTCAGATGGAAAATG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1051	TTAGGTAGTTTGACTCACCAGTTGCTGTTCTAAACCTCAGATGGAAAATG	1100

C  CT027988.7	900	GCATCTGGAAAATTCTTCAGTGACTGGGGCTGCATGAATTCCCGGATGTT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1101	GCATCTGGAAAATTCTTCAGTGACTGGGGCTGCATGAATTCCCGGATGTT	1150

C  CT027988.7	850	GGAAATAACACCACCAAGTGTAGAAAAGATAACTCCTTGATTTCGCACTG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1151	GGAAATAACACCACCAAGTGTAGAAAAGATAACTCCTTGATTTCGCACTG	1200

C  CT027988.7	800	AATAAAATCAATTCTAACTCTTATTATATTCATTTATCAAAATCTAACTC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1201	AATAAAATCAATTCTAACTCTTATTATATTCATTTATCAAAATCTAACTC	1250

C  CT027988.7	750	TTTAACGTCAACACTTTACTCTGAAATGCTTCAACACCGAGAATTTAACT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1251	TTTAACGTCAACACTTTACTCTGAAATGCTTCAACACCGAGAATTTAACT	1300

C  CT027988.7	700	CAGATGAATTTGCTGTGTACTAATAGGAAATAATCCAATTCTTTTCTGTG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1301	CAGATGAATTTGCTGTGTACTAATAGGAAATAATCCAATTCTTTTCTGTG	1350

C  CT027988.7	650	GCTCCATGACATTCATCTGTTTATTATTATAGATTTATGTGTTTGGTGAG	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1351	GCTCCATGACATTCATCTGTTTATTATTATAGATTTATGTGTTTGGTGAG	1400

C  CT027988.7	600	TCATTCTACTGAGTTTGTTTGTCTTAAGGGTCAACAATTTGAACGCCACA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1401	TCATTCTACTGAGTTTGTTTGTCTTAAGGGTCAACAATTTGAACGCCACA	1450

C  CT027988.7	550	TTTTGACTGCAAATCTATTTTCTCCCTCTTTCTTGTTTATTTAGATTTCT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1451	TTTTGACTGCAAATCTATTTTCTCCCTCTTTCTTGTTTATTTAGATTTCT	1500

C  CT027988.7	500	ATATGCTTCTACTGCTCTTGATTAGATCTCCAATGATTCTCATCTGGATG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1501	ATATGCTTCTACTGCTCTTGATTAGATCTCCAATGATTCTCATCTGGATG	1550

C  CT027988.7	450	ATTTTCTTAGAATTCTGTTCTTATTAAGTGCTTTAACATTTCTAAGAAAG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1551	ATTTTCTTAGAATTCTGTTCTTATTAAGTGCTTTAACATTTCTAAGAAAG	1600

C  CT027988.7	400	AAAAACATGTAGTCATGGATTGCCAAGAGATATTAATAACTGGATACATT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1601	AAAAACATGTAGTCATGGATTGCCAAGAGATATTAATAACTGGATACATT	1650

C  CT027988.7	350	AAAAGTGCTGTATGTAAGTTCTTCTACTCTTCTAATGCACAAAAACAAAA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1651	AAAAGTGCTGTATGTAAGTTCTTCTACTCTTCTAATGCACAAAAACAAAA	1700

C  CT027988.7	300	TAAAACATAATATGTTTGCAGATATGTATACGATGTGAACATTCTTGTTT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1701	TAAAACATAATATGTTTGCAGATATGTATACGATGTGAACATTCTTGTTT	1750

C  CT027988.7	250	ATCTGAAAAACTGAAGTCAAATATTCTGCTTTGAAAATTTTCATGCCAGA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1751	ATCTGAAAAACTGAAGTCAAATATTCTGCTTTGAAAATTTTCATGCCAGA	1800

C  CT027988.7	200	ATGCTGTCTTTGTTTTACGTACAGTAGTTCTTTTAACCCACCCAATGCCA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1801	ATGCTGTCTTTGTTTTACGTACAGTAGTTCTTTTAACCCACCCAATGCCA	1850

C  CT027988.7	150	GTTTAGCCAATTATATTTCTGCTCCCTGGGTTGCCTTGTTGGAGACCACA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1851	GTTTAGCCAATTATATTTCTGCTCCCTGGGTTGCCTTGTTGGAGACCACA	1900

C  CT027988.7	100	TAGTTCATTCATTCATTTAGAAAGGCTCTCAAAGCATGCATTTATGACCA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1901	TAGTTCATTCATTCATTTAGAAAGGCTCTCAAAGCATGCATTTATGACCA	1950

C  CT027988.7	50	AAATGTGGCCTTTAGTGGACACTAACAAACACTGAAATGAGACGCAGATT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925824.7	1951	AAATGTGGCCTTTAGTGGACACTAACAAACACTGAAATGAGACGCAGATT	2000

Overview

Query
CT027988.7 - 2859 bps
Hit
CR925824.7 - 178116 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link