<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
C CT027988.7 2000 AAGCTTGACTAAGATGTTCCTGACTACATAAATAGCCTAACTTACTAACG 1951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1 AAGCTTGACTAAGATGTTCCTGACTACATAAATAGCCTAACTTACTAACG 50 C CT027988.7 1950 TCAGACATCCCGAGTTGGGGAAAGTAATTTTCGGGGGATACAGAGTTAAT 1901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 51 TCAGACATCCCGAGTTGGGGAAAGTAATTTTCGGGGGATACAGAGTTAAT 100 C CT027988.7 1900 TTGCGGGAGGTAGCGGGAGAGATGAGAACCTGAAGAGCAATGGGATGAGT 1851 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 101 TTGCGGGAGGTAGCGGGAGAGATGAGAACCTGAAGAGCAATGGGATGAGT 150 C CT027988.7 1850 TGCGCGCGACGTACCTGAAGAGCGGTGGGGGTGACTTGCGCGCGACGTAC 1801 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 151 TGCGCGCGACGTACCTGAAGAGCGGTGGGGGTGACTTGCGCGCGACGTAC 200 C CT027988.7 1800 CTGAAGAGCTGGGAGGGATGCGGTGGAGAGGGGTGTGCAAAGTGTTTAAT 1751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 201 CTGAAGAGCTGGGAGGGATGCGGTGGAGAGGGGTGTGCAAAGTGTTTAAT 250 C CT027988.7 1750 GACCGGGCGGGAGACGCGCGATTTCCGGGAGATTATCATTCATTTGCGGG 1701 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 251 GACCGGGCGGGAGACGCGCGATTTCCGGGAGATTATCATTCATTTGCGGG 300 C CT027988.7 1700 CATCTACTTGGGCATCTGGGAGTCTCTGTGCATTTGCGGGATAACGTTAA 1651 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 301 CATCTACTTGGGCATCTGGGAGTCTCTGTGCATTTGCGGGATAACGTTAA 350 C CT027988.7 1650 CGTTAGTCCCGCAACTTCCGGGAGACTTCTGTAACCTTAAATGCCTGAGA 1601 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 351 CGTTAGTCCCGCAACTTCCGGGAGACTTCTGTAACCTTAAATGCCTGAGA 400 C CT027988.7 1600 AAGTGCAAACGCGGTCATTTAAAGACATTAATGTTAACATTCCGACTTTA 1551 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 401 AAGTGCAAACGCGGTCATTTAAAGACATTAATGTTAACATTCCGACTTTA 450 C CT027988.7 1550 ATGGTTGTCAACGCTTAATATAATTCAAGCGTACGTTATCACGCGAGTCT 1501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 451 ATGGTTGTCAACGCTTAATATAATTCAAGCGTACGTTATCACGCGAGTCT 500 C CT027988.7 1500 ATGAACTAACGGTATATGGACGGCCACGAATGAACCAGTTTAAAAGGGCC 1451 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 501 ATGAACTAACGGTATATGGACGGCCACGAATGAACCAGTTTAAAAGGGCC 550 C CT027988.7 1450 GCGGTGTTTAAAATAACCAAATTAACGTACACGAATAACAAACAATCATA 1401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 551 GCGGTGTTTAAAATAACCAAATTAACGTACACGAATAACAAACAATCATA 600 C CT027988.7 1400 TGTTTTAGTCAGGAAGCCTTTTACAAGTAAGCATATGTTAATTTATTCAC 1351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 601 TGTTTTAGTCAGGAAGCCTTTTACAAGTAAGCATATGTTAATTTATTCAC 650 C CT027988.7 1350 CAGATATGTTTTAGAAACTCTCCAGAGCTTATGGAAACCGTCCTCTGTTG 1301 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 651 CAGATATGTTTTAGAAACTCTCCAGAGCTTATGGAAACCGTCCTCTGTTG 700 C CT027988.7 1300 CCATTAGCATCCGGGCAGAGTAGGCTAGGGGATTCCCTCGCTAGTTTGCT 1251 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 701 CCATTAGCATCCGGGCAGAGTAGGCTAGGGGATTCCCTCGCTAGTTTGCT 750 C CT027988.7 1250 TCAAATTAAAGGAGAAGTGTCGATTTTATTTTACAGATGGGTAACAACGC 1201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 751 TCAAATTAAAGGAGAAGTGTCGATTTTATTTTACAGATGGGTAACAACGC 800 C CT027988.7 1200 ACAAAATAGCATTAAGCGTAACAGAAATGTGTTGAACATGTACATTTGAT 1151 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 801 ACAAAATAGCATTAAGCGTAACAGAAATGTGTTGAACATGTACATTTGAT 850 C CT027988.7 1150 GTTTTTATGCACTATGTATGCATGAGCATATATAAAAACATTCTTGAAAA 1101 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 851 GTTTTTATGCACTATGTATGCATGAGCATATATAAAAACATTCTTGAAAA 900 C CT027988.7 1100 GAAGTCAATAGTAATGCAGTTAAGCTAGATACACAAACGACCATGAATGA 1051 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 901 GAAGTCAATAGTAATGCAGTTAAGCTAGATACACAAACGACCATGAATGA 950 C CT027988.7 1050 ACCGCAGAAGATTAAAATTGTCACTCCATTCTAAAGTTATTAACTTAACA 1001 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 951 ACCGCAGAAGATTAAAATTGTCACTCCATTCTAAAGTTATTAACTTAACA 1000 C CT027988.7 1000 ATATGTTTACAACTGTATTTCCTCAAAGAAAGTCAGTAAAATACCAACAT 951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1001 ATATGTTTACAACTGTATTTCCTCAAAGAAAGTCAGTAAAATACCAACAT 1050 C CT027988.7 950 TTAGGTAGTTTGACTCACCAGTTGCTGTTCTAAACCTCAGATGGAAAATG 901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1051 TTAGGTAGTTTGACTCACCAGTTGCTGTTCTAAACCTCAGATGGAAAATG 1100 C CT027988.7 900 GCATCTGGAAAATTCTTCAGTGACTGGGGCTGCATGAATTCCCGGATGTT 851 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1101 GCATCTGGAAAATTCTTCAGTGACTGGGGCTGCATGAATTCCCGGATGTT 1150 C CT027988.7 850 GGAAATAACACCACCAAGTGTAGAAAAGATAACTCCTTGATTTCGCACTG 801 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1151 GGAAATAACACCACCAAGTGTAGAAAAGATAACTCCTTGATTTCGCACTG 1200 C CT027988.7 800 AATAAAATCAATTCTAACTCTTATTATATTCATTTATCAAAATCTAACTC 751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1201 AATAAAATCAATTCTAACTCTTATTATATTCATTTATCAAAATCTAACTC 1250 C CT027988.7 750 TTTAACGTCAACACTTTACTCTGAAATGCTTCAACACCGAGAATTTAACT 701 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1251 TTTAACGTCAACACTTTACTCTGAAATGCTTCAACACCGAGAATTTAACT 1300 C CT027988.7 700 CAGATGAATTTGCTGTGTACTAATAGGAAATAATCCAATTCTTTTCTGTG 651 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1301 CAGATGAATTTGCTGTGTACTAATAGGAAATAATCCAATTCTTTTCTGTG 1350 C CT027988.7 650 GCTCCATGACATTCATCTGTTTATTATTATAGATTTATGTGTTTGGTGAG 601 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1351 GCTCCATGACATTCATCTGTTTATTATTATAGATTTATGTGTTTGGTGAG 1400 C CT027988.7 600 TCATTCTACTGAGTTTGTTTGTCTTAAGGGTCAACAATTTGAACGCCACA 551 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1401 TCATTCTACTGAGTTTGTTTGTCTTAAGGGTCAACAATTTGAACGCCACA 1450 C CT027988.7 550 TTTTGACTGCAAATCTATTTTCTCCCTCTTTCTTGTTTATTTAGATTTCT 501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1451 TTTTGACTGCAAATCTATTTTCTCCCTCTTTCTTGTTTATTTAGATTTCT 1500 C CT027988.7 500 ATATGCTTCTACTGCTCTTGATTAGATCTCCAATGATTCTCATCTGGATG 451 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1501 ATATGCTTCTACTGCTCTTGATTAGATCTCCAATGATTCTCATCTGGATG 1550 C CT027988.7 450 ATTTTCTTAGAATTCTGTTCTTATTAAGTGCTTTAACATTTCTAAGAAAG 401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1551 ATTTTCTTAGAATTCTGTTCTTATTAAGTGCTTTAACATTTCTAAGAAAG 1600 C CT027988.7 400 AAAAACATGTAGTCATGGATTGCCAAGAGATATTAATAACTGGATACATT 351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1601 AAAAACATGTAGTCATGGATTGCCAAGAGATATTAATAACTGGATACATT 1650 C CT027988.7 350 AAAAGTGCTGTATGTAAGTTCTTCTACTCTTCTAATGCACAAAAACAAAA 301 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1651 AAAAGTGCTGTATGTAAGTTCTTCTACTCTTCTAATGCACAAAAACAAAA 1700 C CT027988.7 300 TAAAACATAATATGTTTGCAGATATGTATACGATGTGAACATTCTTGTTT 251 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1701 TAAAACATAATATGTTTGCAGATATGTATACGATGTGAACATTCTTGTTT 1750 C CT027988.7 250 ATCTGAAAAACTGAAGTCAAATATTCTGCTTTGAAAATTTTCATGCCAGA 201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1751 ATCTGAAAAACTGAAGTCAAATATTCTGCTTTGAAAATTTTCATGCCAGA 1800 C CT027988.7 200 ATGCTGTCTTTGTTTTACGTACAGTAGTTCTTTTAACCCACCCAATGCCA 151 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1801 ATGCTGTCTTTGTTTTACGTACAGTAGTTCTTTTAACCCACCCAATGCCA 1850 C CT027988.7 150 GTTTAGCCAATTATATTTCTGCTCCCTGGGTTGCCTTGTTGGAGACCACA 101 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1851 GTTTAGCCAATTATATTTCTGCTCCCTGGGTTGCCTTGTTGGAGACCACA 1900 C CT027988.7 100 TAGTTCATTCATTCATTTAGAAAGGCTCTCAAAGCATGCATTTATGACCA 51 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1901 TAGTTCATTCATTCATTTAGAAAGGCTCTCAAAGCATGCATTTATGACCA 1950 C CT027988.7 50 AAATGTGGCCTTTAGTGGACACTAACAAACACTGAAATGAGACGCAGATT 1 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR925824.7 1951 AAATGTGGCCTTTAGTGGACACTAACAAACACTGAAATGAGACGCAGATT 2000
