<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX255879.6	173754	GAATTCACTTTAATTATTTTAATCATGTATAAATTACAATTTTTTTATTT	173705
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27073	GAATTCACTTTAATTATTTTAATCATGTATAAATTACAATTTTTTTATTT	27122

C  BX255879.6	173704	ATTTGGGTAAATAAATTTATTAGTGAAGATTTGAGTTTTCATCCACTGCA	173655
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27123	ATTTGGGTAAATAAATTTATTAGTGAAGATTTGAGTTTTCATCCACTGCA	27172

C  BX255879.6	173654	GTTCATTGCAGACTATTTAAAACAAGTGGCATTTCTAAAAAAAAAAAAAT	173605
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27173	GTTCATTGCAGACTATTTAAAACAAGTGGCATTTCTAAAAAAAAAAAAAT	27222

C  BX255879.6	173604	ACTGTTAACACTTTTAATTTAACTCATAATTGCCATCATGGTGTGCAGTT	173555
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27223	ACTGTTAACACTTTTAATTTAACTCATAATTGCCATCATGGTGTGCAGTT	27272

C  BX255879.6	173554	TTTATGTCATCATCAACAAAAAAAAAGTCAACTATTTTGCATGCAAACAA	173505
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27273	TTTATGTCATCATCAACAAAAAAAAAGTCAACTATTTTGCATGCAAACAA	27322

C  BX255879.6	173504	TTTGATCCTTTGCTCTCTCCACAGCTTTGCTGGAAGCCCGAGGCCTTCCT	173455
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27323	TTTGATCCTTTGCTCTCTCCACAGCTTTGCTGGAAGCCCGAGGCCTTCCT	27372

C  BX255879.6	173454	CCTCACCTGTTCGGCCCCTTTGGGCCCCGTATGTCTCAGCTGTTTCATAG	173405
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27373	CCTCACCTGTTCGGCCCCTTTGGGCCCCGTATGTCTCAGCTGTTTCATAG	27422

C  BX255879.6	173404	GACCATTGGGAGTGGAGCAAGTGAGTGTCCTTGACTGATGTTTATGACAT	173355
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27423	GACCATTGGGAGTGGAGCAAGTGAGTGTCCTTGACTGATGTTTATGACAT	27472

C  BX255879.6	173354	TTTTGTGGCATGATTGCGTATTTTCTTGGCTCAACATTTCTGTCTTCTGT	173305
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27473	TTTTGTGGCATGATTGCGTATTTTCTTGGCTCAACATTTCTGTCTTCTGT	27522

C  BX255879.6	173304	TTCCCTGTGCACTTGCAGGCTCAAAGGCACAGCAGCTGCTCCAGGGTCTG	173255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27523	TTCCCTGTGCACTTGCAGGCTCAAAGGCACAGCAGCTGCTCCAGGGTCTG	27572

C  BX255879.6	173254	CAGGCTACGGGGGATGAATCCCAGCAGCTCCAGGCTGCTATAGAGATGTG	173205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27573	CAGGCTACGGGGGATGAATCCCAGCAGCTCCAGGCTGCTATAGAGATGTG	27622

C  BX255879.6	173204	CCAGCTGCTTGTGATGGGTAACGAGGAGACGCTGGGAGGATTCCCTGTCA	173155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27623	CCAGCTGCTTGTGATGGGTAACGAGGAGACGCTGGGAGGATTCCCTGTCA	27672

C  BX255879.6	173154	AAAGCGTTGTACCTGCCCTGGTGAGTACATTCTCTGCATCAGAATAAAGG	173105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27673	AAAGCGTTGTACCTGCCCTGGTGAGTACATTCTCTGCATCAGAATAAAGG	27722

C  BX255879.6	173104	GTGCCTATGATGCCAAATCAACTTTTGTAAGATGTTTGGACAGAACTGTG	173055
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27723	GTGCCTATGATGCCAAATCAACTTTTGTAAGATGTTTGGACAGAACTGTG	27772

C  BX255879.6	173054	TAGGTATAGTGTGTCCACAGTTAAACACAAGAAGTCTCTTTTTTTATATT	173005
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27773	TAGGTATAGTGTGTCCACAGTTAAACACAAGAAGTCTCTTTTTTTATATT	27822

C  BX255879.6	173004	CTGATGGTAAAAAGGATCCAATTCCTAGTGATTTTGTGGCCGACCTCAAC	172955
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27823	CTGATGGTAAAAAGGATCCAATTCCTAGTGATTTTGTGGCCGACCTCAAC	27872

C  BX255879.6	172954	GTGACACTGTGGTGTAGTTTTCCTCATCCAATAAATTGATTGACAGGCAC	172905
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27873	GTGACACTGTGGTGTAGTTTTCCTCATCCAATAAATTGATTGACAGGCAC	27922

C  BX255879.6	172904	ACATTAACACGTCTCTGTATTATTATGTATAAACATGTCCACAGAATAGG	172855
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27923	ACATTAACACGTCTCTGTATTATTATGTATAAACATGTCCACAGAATAGG	27972

C  BX255879.6	172854	GTTTGCGAAGAAACTGGGAGTTAAAGATCTGTTCCAACTCTCTGTGATCA	172805
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	27973	GTTTGCGAAGAAACTGGGAGTTAAAGATCTGTTCCAACTCTCTGTGATCA	28022

C  BX255879.6	172804	TCTGCACCTCAAGAACGAGTTTCACAAGTTTAAAATGTTTTTAACACAGT	172755
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28023	TCTGCACCTCAAGAACGAGTTTCACAAGTTTAAAATGTTTTTAACACAGT	28072

C  BX255879.6	172754	GAATGTTCGTAGTAAAGACAGTAAAATCGCTACGTAATTCATAGCTGCTA	172705
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28073	GAATGTTCGTAGTAAAGACAGTAAAATCGCTACGTAATTCATAGCTGCTA	28122

C  BX255879.6	172704	GAATCACCACATCCGCATAGTATCAGTAAACAAAACATCAAACAAATTTT	172655
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28123	GAATCACCACATCCGCATAGTATCAGTAAACAAAACATCAAACAAATTTT	28172

C  BX255879.6	172654	AAAATAAATATAAATTACAACGACCACACAAAAGTCAAATTGCGATCAAC	172605
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28173	AAAATAAATATAAATTACAACGACCACACAAAAGTCAAATTGCGATCAAC	28222

C  BX255879.6	172604	TCATTTAGTAATGCTCTCTGAAGTCAATTTATAATCCTAAATTTTAACAT	172555
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28223	TCATTTAGTAATGCTCTCTGAAGTCAATTTATAATCCTAAATTTTAACAT	28272

C  BX255879.6	172554	TTAACATGTATGTTTTATCCTATTTTTGGCTTTTTCTTAAGCAAACTATT	172505
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28273	TTAACATGTATGTTTTATCCTATTTTTGGCTTTTTCTTAAGCAAACTATT	28322

C  BX255879.6	172504	GATAGTAGGAGTGTGACAAGGTGCTTACTCCATGAGACGAGACATGAGGT	172455
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28323	GATAGTAGGAGTGTGACAAGGTGCTTACTCCATGAGACGAGACATGAGGT	28372

C  BX255879.6	172454	TACAACCGAGGGTGCTTCAAAATTTACTAGGAATTGGGACAGCACTAGAG	172405
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28373	TACAACCGAGGGTGCTTCAAAATTTACTAGGAATTGGGACAGCACTAGAG	28422

C  BX255879.6	172404	CAGCTGCACACTTCATCATATGTCCTCGCGATCTCCTGCTTCATGTGTTA	172355
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28423	CAGCTGCACACTTCATCATATGTCCTCGCGATCTCCTGCTTCATGTGTTA	28472

C  BX255879.6	172354	TCAGACGATGGCGAGTGCTGTAGTTTTTCTAGTTGTGTTATTTTTTGGTA	172305
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28473	TCAGACGATGGCGAGTGCTGTAGTTTTTCTAGTTGTGTTATTTTTTGGTA	28522

C  BX255879.6	172304	TTTATCTTCAAGAAATCACTAGAGGTATATATTATGTTTTCATAACGATC	172255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28523	TTTATCTTCAAGAAATCACTAGAGGTATATATTATGTTTTCATAACGATC	28572

C  BX255879.6	172254	TAAGATCGTAACTTTACTGTGTATTCTGTACACAGTGGCCATATTCATCA	172205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28573	TAAGATCGTAACTTTACTGTGTATTCTGTACACAGTGGCCATATTCATCA	28622

C  BX255879.6	172204	ATGTAAACACACCAAAAACAACATTAACATTATAGCAGACACTGTAAAAA	172155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28623	ATGTAAACACACCAAAAACAACATTAACATTATAGCAGACACTGTAAAAA	28672

C  BX255879.6	172154	GCCCATTGACAGCCACTAGACATTACTGACAGGGAATTCATGTGTCAGAA	172105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28673	GCCCATTGACAGCCACTAGACATTACTGACAGGGAATTCATGTGTCAGAA	28722

C  BX255879.6	172104	TGTTGTGGGACTGCTGTACAGGAGTTATTAATAGGGATTATAGATTGTGA	172055
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28723	TGTTGTGGGACTGCTGTACAGGAGTTATTAATAGGGATTATAGATTGTGA	28772

C  BX255879.6	172054	AATTTAGCGTTTTTTATTATTATTTATTAATTAATTAATTTTTTTTTAGG	172005
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28773	AATTTAGCGTTTTTTATTATTATTTATTAATTAATTAATTTTTTTTTAGG	28822

C  BX255879.6	172004	GCTAAGGGGTAGAATTGGGATTAGGCCTAAGTTTACGAGAACTTGAAAAA	171955
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28823	GCTAAGGGGTAGAATTGGGATTAGGCCTAAGTTTACGAGAACTTGAAAAA	28872

C  BX255879.6	171954	ATCAACTGAAAAAATCACAAAGTTCAAAACAATTTTGCTGCTTTTTTAAA	171905
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28873	ATCAACTGAAAAAATCACAAAGTTCAAAACAATTTTGCTGCTTTTTTAAA	28922

C  BX255879.6	171904	ATCAGCTTGCAATGAATGTTATTTTACTTATTTTAATATATTCTATGTAA	171855
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28923	ATCAGCTTGCAATGAATGTTATTTTACTTATTTTAATATATTCTATGTAA	28972

C  BX255879.6	171854	ATAAACTCAAAATATTTGACTAATATATGAAAGGAAAATAGTTTTCATGT	171805
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	28973	ATAAACTCAAAATATTTGACTAATATATGAAAGGAAAATAGTTTTCATGT	29022

C  BX255879.6	171804	AATTTTAGTTATTACCTACATATTTGCTAATATATGAATGGCTTTTGATA	171755
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR925766.2	29023	AATTTTAGTTATTACCTACATATTTGCTAATATATGAATGGCTTTTGATA	29072

Overview

Query
BX255879.6 - 173755 bps
Hit
CR925766.2 - 29072 bps
Total alignments
12
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019392000171755173754-127073290721
290.88194291159078159368-1193722321
31003535120872120906-1273827721
486.4377138120319120456-1319333321
594.74160190132600132789-1410342921
694.87670811140211141021110990117891
786.85571121580215913-114574146871
889.86186286159083159368119883201681
983.85270577165052165628-121366219411
1089.031422296046660694121584218201
1188.6657993113531233-121836219321
1280.41293613751737877122415227661
Short-link