<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT008508.1	1	TCTGCCTCCAGACACCCTTCTCTGGGCTGACCATCCTGCTCCTAGCCTTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	172699	TCTGCCTCCAGACACCCTTCTCTGGGCTGACCATCCTGCTCCTAGCCTTC	172748

CT008508.1	51	CTGCCTGGAGGTACTATGGGGACGTGTGCTTGCATCTGGTCTGGGCTTTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	172749	CTGCCTGGAGGTACTATGGGGACGTGTGCTTGCATCTGGTCTGGGCTTTG	172798

CT008508.1	101	TGTCTGCCCACCTGAGGATGAATGGGGCATTTGCCTCACATGATCTGAAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	172799	TGTCTGCCCACCTGAGGATGAATGGGGCATTTGCCTCACATGATCTGAAG	172848

CT008508.1	151	GATCCCACACAGTCTCCCCAAGGCCCAGAAAACTGCATGCCACTGTACCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	172849	GATCCCACACAGTCTCCCCAAGGCCCAGAAAACTGCATGCCACTGTACCT	172898

CT008508.1	201	GAAATTCCCCCCATCAGAGCTTCTATTTTGAGAGTCTAGAAGGTTTTTAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	172899	GAAATTCCCCCCATCAGAGCTTCTATTTTGAGAGTCTAGAAGGTTTTTAG	172948

CT008508.1	251	CTCTGTCTACTCAAACCTGTCAGTTTTACAAAGTTCTGGCCTCACAGCCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	172949	CTCTGTCTACTCAAACCTGTCAGTTTTACAAAGTTCTGGCCTCACAGCCT	172998

CT008508.1	301	ACCAAGGCAGAGACGAACAGCGCTGTGACCCTCATTTTACAGATGAGGAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	172999	ACCAAGGCAGAGACGAACAGCGCTGTGACCCTCATTTTACAGATGAGGAA	173048

CT008508.1	351	ACCTAGGCTTGGAGAGTAAGTGACTTGCCCAGGGTTACAACATGTTGGAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173049	ACCTAGGCTTGGAGAGTAAGTGACTTGCCCAGGGTTACAACATGTTGGAG	173098

CT008508.1	401	GCAGGATTAGAACTGAGGACATTCCAAATCCAAACCACATCATTGCGTTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173099	GCAGGATTAGAACTGAGGACATTCCAAATCCAAACCACATCATTGCGTTC	173148

CT008508.1	451	TGGCACTATGTTCAAACATGCCCTGTCCTTGCAGTCCCAGGCCAGGCCTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173149	TGGCACTATGTTCAAACATGCCCTGTCCTTGCAGTCCCAGGCCAGGCCTT	173198

CT008508.1	501	GGAGCACGCTCACGGAATTCATTCATTCATTCCCTCTGTTGACCAGGGGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173199	GGAGCACGCTCACGGAATTCATTCATTCATTCCCTCTGTTGACCAGGGGC	173248

CT008508.1	551	CTTCCAAATGCAACCGAGAAGGGGGACACATGTGTGATTCTGGCCTCAGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173249	CTTCCAAATGCAACCGAGAAGGGGGACACATGTGTGATTCTGGCCTCAGC	173298

CT008508.1	601	AGGGGCGTAAGGCAGAAATGATTCCAATCAAAGCTTTCTCTAGGAATATC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173299	AGGGGCGTAAGGCAGAAATGATTCCAATCAAAGCTTTCTCTAGGAATATC	173348

CT008508.1	651	CGTGCCCAGGGGAGTGCCAGGGATGACAGATAAGGCAGGCCAGGAGCAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173349	CGTGCCCAGGGGAGTGCCAGGGATGACAGATAAGGCAGGCCAGGAGCAGG	173398

CT008508.1	701	GCTCACCCTGGGTCAGGCTACAGTCGCTGTGCTCCAAGAAAATGGAGGTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173399	GCTCACCCTGGGTCAGGCTACAGTCGCTGTGCTCCAAGAAAATGGAGGTG	173448

CT008508.1	751	AGCAGTGACATTCAGAAGGCCAGGCTCTCCTCATGGGCTGACTTAGGAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173449	AGCAGTGACATTCAGAAGGCCAGGCTCTCCTCATGGGCTGACTTAGGAAA	173498

CT008508.1	801	TGCATTGATGGGATACCGTGTTCCCCAAGCAGGAACATAGAGGCAGCAGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173499	TGCATTGATGGGATACCGTGTTCCCCAAGCAGGAACATAGAGGCAGCAGG	173548

CT008508.1	851	TGTTTGAGCACCCCAGAGCTTGTGTGATCCTGCCAAGAGAAGATCCAGGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173549	TGTTTGAGCACCCCAGAGCTTGTGTGATCCTGCCAAGAGAAGATCCAGGC	173598

CT008508.1	901	ACTCAGCAACAGGGTCTCCCCTGTACCCCCAGGTCAAAGTCGCTCCTGTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173599	ACTCAGCAACAGGGTCTCCCCTGTACCCCCAGGTCAAAGTCGCTCCTGTT	173648

CT008508.1	951	GACTAGCACAGCTAGGTCCCTCCCAGAGATGGTATTTGGATCCTCTCTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173649	GACTAGCACAGCTAGGTCCCTCCCAGAGATGGTATTTGGATCCTCTCTGT	173698

CT008508.1	1001	CCTCTGTCACCTGTGGGTTTGGAGAAGGTGCCAAATCAGAGACCGGTAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173699	CCTCTGTCACCTGTGGGTTTGGAGAAGGTGCCAAATCAGAGACCGGTAGA	173748

CT008508.1	1051	GACCATCCTTAGCCAAACCCCACAGATGGGAAAACTGAGACCTAGAAAGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173749	GACCATCCTTAGCCAAACCCCACAGATGGGAAAACTGAGACCTAGAAAGG	173798

CT008508.1	1101	GTCCGAGTTTTCACAGGATGTTTAAGCTGGCAGGAGATGGGAACCTAGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173799	GTCCGAGTTTTCACAGGATGTTTAAGCTGGCAGGAGATGGGAACCTAGAT	173848

CT008508.1	1151	TGGTGGAGTGAGACATCACAGAGAAGCAAGCAACAGAACTGAACCGGCAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173849	TGGTGGAGTGAGACATCACAGAGAAGCAAGCAACAGAACTGAACCGGCAC	173898

CT008508.1	1201	TCAAACCCAGGCCTTTGCGCTCCAGGGTCATTGCTTTTCCACCAACACTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173899	TCAAACCCAGGCCTTTGCGCTCCAGGGTCATTGCTTTTCCACCAACACTA	173948

CT008508.1	1251	GGCTTACTCAGGGTTCCCGAGTCCCTCCAAGCCCGGCCCTGTGGCCCTTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173949	GGCTTACTCAGGGTTCCCGAGTCCCTCCAAGCCCGGCCCTGTGGCCCTTG	173998

CT008508.1	1301	GGCTGACCTGGTACTGGCCACGTGCAGGATCCTGGCAGACATTTCTTGGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	173999	GGCTGACCTGGTACTGGCCACGTGCAGGATCCTGGCAGACATTTCTTGGC	174048

CT008508.1	1351	TGCCCCCATGGTCCTGTGGCTTCCAGGCAGAGGGTGAGGTCCTCATTCCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	174049	TGCCCCCATGGTCCTGTGGCTTCCAGGCAGAGGGTGAGGTCCTCATTCCC	174098

CT008508.1	1401	AGACTAGGGAGCCCTCTGGGAGCCCCTCCCCCTCTTTCCTGGCATCCACC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	174099	AGACTAGGGAGCCCTCTGGGAGCCCCTCCCCCTCTTTCCTGGCATCCACC	174148

CT008508.1	1451	AGATAGAAGGCATGATTGCCCAAACAGAGATAACGGGATAAAGCAGCTGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	174149	AGATAGAAGGCATGATTGCCCAAACAGAGATAACGGGATAAAGCAGCTGC	174198

CT008508.1	1501	CGCCAAACCCCACCTTCTCTCCAGGTATGGGCTTTGGACTGGGCCTTTTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	174199	CGCCAAACCCCACCTTCTCTCCAGGTATGGGCTTTGGACTGGGCCTTTTC	174248

CT008508.1	1551	CTAGAAACATCCAGGCTCAGGTGGGCTTGGAGCCAGGCTGGAAACAAGCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	174249	CTAGAAACATCCAGGCTCAGGTGGGCTTGGAGCCAGGCTGGAAACAAGCC	174298

CT008508.1	1601	TCAAGCACCCACAGTGCTGTGACTAGCATCACGTGGCTCATCTATCTGAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	174299	TCAAGCACCCACAGTGCTGTGACTAGCATCACGTGGCTCATCTATCTGAG	174348

CT008508.1	1651	CCTCAGTTGGATCATCCATCACATGGGCAGAAAGACACTTGGGAGCTGCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	174349	CCTCAGTTGGATCATCCATCACATGGGCAGAAAGACACTTGGGAGCTGCC	174398

CT008508.1	1701	ATAGGAAGTGCTGTGGAGGCCACTCCTGGTTCTGGAACATGGGGCCAGCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	174399	ATAGGAAGTGCTGTGGAGGCCACTCCTGGTTCTGGAACATGGGGCCAGCC	174448

CT008508.1	1751	TCCGCCAGGTCGTGCCCGGGCCCAAGGAGCAGCCTCATCACCAGGCTGGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	174449	TCCGCCAGGTCGTGCCCGGGCCCAAGGAGCAGCCTCATCACCAGGCTGGC	174498

CT008508.1	1801	CTGTGTACTCACTAGGCACCCGTCCGACCTGGTCCTGCGTGAGGACACCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	174499	CTGTGTACTCACTAGGCACCCGTCCGACCTGGTCCTGCGTGAGGACACCT	174548

CT008508.1	1851	GTGATGTGTGGAAGCATGTGGGGAGAGAGGCCTCTACACTCTGGGAAAGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	174549	GTGATGTGTGGAAGCATGTGGGGAGAGAGGCCTCTACACTCTGGGAAAGG	174598

CT008508.1	1901	TTTCCACAGGATGAAGGCTGAATCGGTCTGGCTTCTGGTTCTGACCCTGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	174599	TTTCCACAGGATGAAGGCTGAATCGGTCTGGCTTCTGGTTCTGACCCTGG	174648

CT008508.1	1951	GGACCACGCAGACCATTTGTTCATTCTCTGGACCAACCCTTTAGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855994.1	174649	GGACCACGCAGACCATTTGTTCATTCTCTGGACCAACCCTTTAGAAGCTT	174698

Overview

Query
CT008508.1 - 3994 bps
Hit
CR855994.1 - 174698 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199320001200011726991746981
Short-link