<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX640401.2	1	AAGCTTGCACTTCCAAAAAAATAGGAAGATGGGCCATGGAACACAGTTAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	1995	AAGCTTGCACTTCCAAAAAAATAGGAAGATGGGCCATGGAACACAGTTAG	2044

BX640401.2	51	GAGATTGGCAAAATAGGCAAGAGTGAAAAATTAGCTGAATTATGTCATAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2045	GAGATTGGCAAAATAGGCAAGAGTGAAAAATTAGCTGAATTATGTCATAG	2094

BX640401.2	101	CACAGCCAAAAATAATGGTGATAGCGCAGCCCAAAACAGTGGTGCTGTGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2095	CACAGCCAAAAATAATGGTGATAGCGCAGCCCAAAACAGTGGTGCTGTGT	2144

BX640401.2	151	TATTTGGAGGAGGAGGCTAATAATTCTGCAGGAAGAGCAACAGAAGGCAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2145	TATTTGGAGGAGGAGGCTAATAATTCTGCAGGAAGAGCAACAGAAGGCAG	2194

BX640401.2	201	AAATGCAAGGCAAGCAATATCCTGAAGGAGGGTGGTCTTGTTAGAATGCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2195	AAATGCAAGGCAAGCAATATCCTGAAGGAGGGTGGTCTTGTTAGAATGCC	2244

BX640401.2	251	TTCCTTTCCTGCGTAGTGCCGCAGAGTTCCTGTGTGATTCAGAGGATCTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2245	TTCCTTTCCTGCGTAGTGCCGCAGAGTTCCTGTGTGATTCAGAGGATCTC	2294

BX640401.2	301	CCCATCTTGAAATAGTAATTTAAGTCCCTTGTGATCTGGATCTGGCGTTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2295	CCCATCTTGAAATAGTAATTTAAGTCCCTTGTGATCTGGATCTGGCGTTG	2344

BX640401.2	351	TGTCGGTTTCATACCTTCTCTGTGCTGCTCTGGGAGTGGGATATTTGGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2345	TGTCGGTTTCATACCTTCTCTGTGCTGCTCTGGGAGTGGGATATTTGGTG	2394

BX640401.2	401	GTCTGTGCCTCAGTCCCACGTGCTTCACACTTGCTGTCATTTGCATCGGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2395	GTCTGTGCCTCAGTCCCACGTGCTTCACACTTGCTGTCATTTGCATCGGG	2444

BX640401.2	451	AAGGAAACCAGCTTTGCTGCCGCAAGTAGGGTGATCAGCAGCTGCTTCCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2445	AAGGAAACCAGCTTTGCTGCCGCAAGTAGGGTGATCAGCAGCTGCTTCCC	2494

BX640401.2	501	GTAGCACACATCTGGCCCAAGTATGAGGGTCTCATGGAGGCCTGCTCTAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2495	GTAGCACACATCTGGCCCAAGTATGAGGGTCTCATGGAGGCCTGCTCTAC	2544

BX640401.2	551	ATTAGTCTTTGTGTGCCACCTCCTAGACCAGGATCTCTAGGATGCATTCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2545	ATTAGTCTTTGTGTGCCACCTCCTAGACCAGGATCTCTAGGATGCATTCA	2594

BX640401.2	601	GGCCTTAGAGTCGCCCTCTGAAGTCCTCTTCCTCCTCTGTATGTAGAGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2595	GGCCTTAGAGTCGCCCTCTGAAGTCCTCTTCCTCCTCTGTATGTAGAGCA	2644

BX640401.2	651	CTAAGAACTCTTTATGTAGATGTGTCAGTTGAATCTGATGGTTGGACTGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2645	CTAAGAACTCTTTATGTAGATGTGTCAGTTGAATCTGATGGTTGGACTGG	2694

BX640401.2	701	GTGGTCTTAAAGGTCTTTTCCAACCTTAGTGATTCTCTGATCCCTACAGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2695	GTGGTCTTAAAGGTCTTTTCCAACCTTAGTGATTCTCTGATCCCTACAGT	2744

BX640401.2	751	ATACTTCTGCATGGAAATCACCTTGGGGATTTCAGCTTGGTTATGTTGTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2745	ATACTTCTGCATGGAAATCACCTTGGGGATTTCAGCTTGGTTATGTTGTT	2794

BX640401.2	801	GTTGTTTCAAGCTCGGTATCATGGGTGATTATAGCAACAAAGGTGAAATG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2795	GTTGTTTCAAGCTCGGTATCATGGGTGATTATAGCAACAAAGGTGAAATG	2844

BX640401.2	851	ATCCTTGTGCAACCTAGAAGGGACTGCTTTGTGTTGATCGATAGAGCCAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2845	ATCCTTGTGCAACCTAGAAGGGACTGCTTTGTGTTGATCGATAGAGCCAG	2894

BX640401.2	901	AATGGTGCCGCTGGGTCTGGGATGTCTGTCTGTCTTCATGCTGTTGTTTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2895	AATGGTGCCGCTGGGTCTGGGATGTCTGTCTGTCTTCATGCTGTTGTTTC	2944

BX640401.2	951	CTAGCTTTGTTTGGTTGAAACTGCTGTAGATAAGGTTACCTGGAGTGCCG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2945	CTAGCTTTGTTTGGTTGAAACTGCTGTAGATAAGGTTACCTGGAGTGCCG	2994

BX640401.2	1001	TGCCAATGTGCCCTACAAATAGAGACAGTCCTGGAAGGCCGCCTTCACTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	2995	TGCCAATGTGCCCTACAAATAGAGACAGTCCTGGAAGGCCGCCTTCACTC	3044

BX640401.2	1051	TTCTCCCTAATCAGATGTCAGTGCAAGCCAGGGACTTGACCCTTCCCACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3045	TTCTCCCTAATCAGATGTCAGTGCAAGCCAGGGACTTGACCCTTCCCACA	3094

BX640401.2	1101	GTTCCAGGAACTGGGTTTCATCCCATAGGGCCAACCATGCCCATAGCCAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3095	GTTCCAGGAACTGGGTTTCATCCCATAGGGCCAACCATGCCCATAGCCAT	3144

BX640401.2	1151	GCTGGGATCCAGCAGTGCCTCCAGACTCAGGTGCAGTATCTGCTTTGCTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3145	GCTGGGATCCAGCAGTGCCTCCAGACTCAGGTGCAGTATCTGCTTTGCTG	3194

BX640401.2	1201	GGGAGGCCTTGCCCCAGGTGTTTGGCACAGAAATTGGCTGCTGTCAGCCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3195	GGGAGGCCTTGCCCCAGGTGTTTGGCACAGAAATTGGCTGCTGTCAGCCA	3244

BX640401.2	1251	GGCAGCTCACTTTCATCTCGCCATGCAGTTTCTGTCCATTCTGTTCAACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3245	GGCAGCTCACTTTCATCTCGCCATGCAGTTTCTGTCCATTCTGTTCAACA	3294

BX640401.2	1301	GTGCTTGGGTCTGGACTTCAGAAATGCAGGAGTGAAAATGAGTTGTAAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3295	GTGCTTGGGTCTGGACTTCAGAAATGCAGGAGTGAAAATGAGTTGTAAGA	3344

BX640401.2	1351	TACAAAGAAAATTCACTTTTTCCATGGTGCTGCTTCTGGGGTTTGTAGTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3345	TACAAAGAAAATTCACTTTTTCCATGGTGCTGCTTCTGGGGTTTGTAGTC	3394

BX640401.2	1401	CAGGCATCAAAAGCATAGATTTGTGTCCTGACTTTCTGATCAGGACTCTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3395	CAGGCATCAAAAGCATAGATTTGTGTCCTGACTTTCTGATCAGGACTCTG	3444

BX640401.2	1451	GTTGCAACAGCCTGTCTGATAGACAGTGGCTGAGCTGATGTTTTAGGGGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3445	GTTGCAACAGCCTGTCTGATAGACAGTGGCTGAGCTGATGTTTTAGGGGT	3494

BX640401.2	1501	GCTTTCTGCTACAACCCCACTGGTGGGAAGTGCGTGCAGATGTACTGCAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3495	GCTTTCTGCTACAACCCCACTGGTGGGAAGTGCGTGCAGATGTACTGCAG	3544

BX640401.2	1551	TGGCCCTGTTCCACCCCAGGGCTGCAGCCTTCTTCGCTCCTCAGCTGGCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3545	TGGCCCTGTTCCACCCCAGGGCTGCAGCCTTCTTCGCTCCTCAGCTGGCC	3594

BX640401.2	1601	CTTCAGGTGTGTTTGTCTCTGTTCTGCAGCACATTGATACTGCAGGAGAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3595	CTTCAGGTGTGTTTGTCTCTGTTCTGCAGCACATTGATACTGCAGGAGAT	3644

BX640401.2	1651	AAAAATGCAGATTAGGGTGCAAGCAAATTCCACCCAGCGAGGTGGGTGAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3645	AAAAATGCAGATTAGGGTGCAAGCAAATTCCACCCAGCGAGGTGGGTGAA	3694

BX640401.2	1701	TGTGATTAGTATCTGCTGACTGGCTTCCCCACTTCACTTGCTAAATTATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3695	TGTGATTAGTATCTGCTGACTGGCTTCCCCACTTCACTTGCTAAATTATA	3744

BX640401.2	1751	GCTTTATTCATAACAAATATAATGTTCTTTTCAATGCATTTCATCAAGCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3745	GCTTTATTCATAACAAATATAATGTTCTTTTCAATGCATTTCATCAAGCA	3794

BX640401.2	1801	GATCCTCAGCTTTGATTTCTCATTCCTTAGTTTGCCTTTCTATAGAATAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3795	GATCCTCAGCTTTGATTTCTCATTCCTTAGTTTGCCTTTCTATAGAATAC	3844

BX640401.2	1851	TGCAGGGTTTTTTTCTCCAGATTGCTCTGAGCCCCCTTCTCATTTGCACC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3845	TGCAGGGTTTTTTTCTCCAGATTGCTCTGAGCCCCCTTCTCATTTGCACC	3894

BX640401.2	1901	CCCTCCTGCAGCTGGAAATGGGCCTCATCTGAGGGCCTTTAAAGATAGGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3895	CCCTCCTGCAGCTGGAAATGGGCCTCATCTGAGGGCCTTTAAAGATAGGT	3944

BX640401.2	1951	GTGGCTGTTGGAGAAGTGAAAGGGGAAATAAAGAGTGAGCTGCATCCTGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855866.2	3945	GTGGCTGTTGGAGAAGTGAAAGGGGAAATAAAGAGTGAGCTGCATCCTGT	3994

Overview

Query
BX640401.2 - 104753 bps
Hit
CR855866.2 - 3994 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link