<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
BX640401.2 1 AAGCTTGCACTTCCAAAAAAATAGGAAGATGGGCCATGGAACACAGTTAG 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 1995 AAGCTTGCACTTCCAAAAAAATAGGAAGATGGGCCATGGAACACAGTTAG 2044 BX640401.2 51 GAGATTGGCAAAATAGGCAAGAGTGAAAAATTAGCTGAATTATGTCATAG 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2045 GAGATTGGCAAAATAGGCAAGAGTGAAAAATTAGCTGAATTATGTCATAG 2094 BX640401.2 101 CACAGCCAAAAATAATGGTGATAGCGCAGCCCAAAACAGTGGTGCTGTGT 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2095 CACAGCCAAAAATAATGGTGATAGCGCAGCCCAAAACAGTGGTGCTGTGT 2144 BX640401.2 151 TATTTGGAGGAGGAGGCTAATAATTCTGCAGGAAGAGCAACAGAAGGCAG 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2145 TATTTGGAGGAGGAGGCTAATAATTCTGCAGGAAGAGCAACAGAAGGCAG 2194 BX640401.2 201 AAATGCAAGGCAAGCAATATCCTGAAGGAGGGTGGTCTTGTTAGAATGCC 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2195 AAATGCAAGGCAAGCAATATCCTGAAGGAGGGTGGTCTTGTTAGAATGCC 2244 BX640401.2 251 TTCCTTTCCTGCGTAGTGCCGCAGAGTTCCTGTGTGATTCAGAGGATCTC 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2245 TTCCTTTCCTGCGTAGTGCCGCAGAGTTCCTGTGTGATTCAGAGGATCTC 2294 BX640401.2 301 CCCATCTTGAAATAGTAATTTAAGTCCCTTGTGATCTGGATCTGGCGTTG 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2295 CCCATCTTGAAATAGTAATTTAAGTCCCTTGTGATCTGGATCTGGCGTTG 2344 BX640401.2 351 TGTCGGTTTCATACCTTCTCTGTGCTGCTCTGGGAGTGGGATATTTGGTG 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2345 TGTCGGTTTCATACCTTCTCTGTGCTGCTCTGGGAGTGGGATATTTGGTG 2394 BX640401.2 401 GTCTGTGCCTCAGTCCCACGTGCTTCACACTTGCTGTCATTTGCATCGGG 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2395 GTCTGTGCCTCAGTCCCACGTGCTTCACACTTGCTGTCATTTGCATCGGG 2444 BX640401.2 451 AAGGAAACCAGCTTTGCTGCCGCAAGTAGGGTGATCAGCAGCTGCTTCCC 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2445 AAGGAAACCAGCTTTGCTGCCGCAAGTAGGGTGATCAGCAGCTGCTTCCC 2494 BX640401.2 501 GTAGCACACATCTGGCCCAAGTATGAGGGTCTCATGGAGGCCTGCTCTAC 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2495 GTAGCACACATCTGGCCCAAGTATGAGGGTCTCATGGAGGCCTGCTCTAC 2544 BX640401.2 551 ATTAGTCTTTGTGTGCCACCTCCTAGACCAGGATCTCTAGGATGCATTCA 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2545 ATTAGTCTTTGTGTGCCACCTCCTAGACCAGGATCTCTAGGATGCATTCA 2594 BX640401.2 601 GGCCTTAGAGTCGCCCTCTGAAGTCCTCTTCCTCCTCTGTATGTAGAGCA 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2595 GGCCTTAGAGTCGCCCTCTGAAGTCCTCTTCCTCCTCTGTATGTAGAGCA 2644 BX640401.2 651 CTAAGAACTCTTTATGTAGATGTGTCAGTTGAATCTGATGGTTGGACTGG 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2645 CTAAGAACTCTTTATGTAGATGTGTCAGTTGAATCTGATGGTTGGACTGG 2694 BX640401.2 701 GTGGTCTTAAAGGTCTTTTCCAACCTTAGTGATTCTCTGATCCCTACAGT 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2695 GTGGTCTTAAAGGTCTTTTCCAACCTTAGTGATTCTCTGATCCCTACAGT 2744 BX640401.2 751 ATACTTCTGCATGGAAATCACCTTGGGGATTTCAGCTTGGTTATGTTGTT 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2745 ATACTTCTGCATGGAAATCACCTTGGGGATTTCAGCTTGGTTATGTTGTT 2794 BX640401.2 801 GTTGTTTCAAGCTCGGTATCATGGGTGATTATAGCAACAAAGGTGAAATG 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2795 GTTGTTTCAAGCTCGGTATCATGGGTGATTATAGCAACAAAGGTGAAATG 2844 BX640401.2 851 ATCCTTGTGCAACCTAGAAGGGACTGCTTTGTGTTGATCGATAGAGCCAG 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2845 ATCCTTGTGCAACCTAGAAGGGACTGCTTTGTGTTGATCGATAGAGCCAG 2894 BX640401.2 901 AATGGTGCCGCTGGGTCTGGGATGTCTGTCTGTCTTCATGCTGTTGTTTC 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2895 AATGGTGCCGCTGGGTCTGGGATGTCTGTCTGTCTTCATGCTGTTGTTTC 2944 BX640401.2 951 CTAGCTTTGTTTGGTTGAAACTGCTGTAGATAAGGTTACCTGGAGTGCCG 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2945 CTAGCTTTGTTTGGTTGAAACTGCTGTAGATAAGGTTACCTGGAGTGCCG 2994 BX640401.2 1001 TGCCAATGTGCCCTACAAATAGAGACAGTCCTGGAAGGCCGCCTTCACTC 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 2995 TGCCAATGTGCCCTACAAATAGAGACAGTCCTGGAAGGCCGCCTTCACTC 3044 BX640401.2 1051 TTCTCCCTAATCAGATGTCAGTGCAAGCCAGGGACTTGACCCTTCCCACA 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3045 TTCTCCCTAATCAGATGTCAGTGCAAGCCAGGGACTTGACCCTTCCCACA 3094 BX640401.2 1101 GTTCCAGGAACTGGGTTTCATCCCATAGGGCCAACCATGCCCATAGCCAT 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3095 GTTCCAGGAACTGGGTTTCATCCCATAGGGCCAACCATGCCCATAGCCAT 3144 BX640401.2 1151 GCTGGGATCCAGCAGTGCCTCCAGACTCAGGTGCAGTATCTGCTTTGCTG 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3145 GCTGGGATCCAGCAGTGCCTCCAGACTCAGGTGCAGTATCTGCTTTGCTG 3194 BX640401.2 1201 GGGAGGCCTTGCCCCAGGTGTTTGGCACAGAAATTGGCTGCTGTCAGCCA 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3195 GGGAGGCCTTGCCCCAGGTGTTTGGCACAGAAATTGGCTGCTGTCAGCCA 3244 BX640401.2 1251 GGCAGCTCACTTTCATCTCGCCATGCAGTTTCTGTCCATTCTGTTCAACA 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3245 GGCAGCTCACTTTCATCTCGCCATGCAGTTTCTGTCCATTCTGTTCAACA 3294 BX640401.2 1301 GTGCTTGGGTCTGGACTTCAGAAATGCAGGAGTGAAAATGAGTTGTAAGA 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3295 GTGCTTGGGTCTGGACTTCAGAAATGCAGGAGTGAAAATGAGTTGTAAGA 3344 BX640401.2 1351 TACAAAGAAAATTCACTTTTTCCATGGTGCTGCTTCTGGGGTTTGTAGTC 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3345 TACAAAGAAAATTCACTTTTTCCATGGTGCTGCTTCTGGGGTTTGTAGTC 3394 BX640401.2 1401 CAGGCATCAAAAGCATAGATTTGTGTCCTGACTTTCTGATCAGGACTCTG 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3395 CAGGCATCAAAAGCATAGATTTGTGTCCTGACTTTCTGATCAGGACTCTG 3444 BX640401.2 1451 GTTGCAACAGCCTGTCTGATAGACAGTGGCTGAGCTGATGTTTTAGGGGT 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3445 GTTGCAACAGCCTGTCTGATAGACAGTGGCTGAGCTGATGTTTTAGGGGT 3494 BX640401.2 1501 GCTTTCTGCTACAACCCCACTGGTGGGAAGTGCGTGCAGATGTACTGCAG 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3495 GCTTTCTGCTACAACCCCACTGGTGGGAAGTGCGTGCAGATGTACTGCAG 3544 BX640401.2 1551 TGGCCCTGTTCCACCCCAGGGCTGCAGCCTTCTTCGCTCCTCAGCTGGCC 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3545 TGGCCCTGTTCCACCCCAGGGCTGCAGCCTTCTTCGCTCCTCAGCTGGCC 3594 BX640401.2 1601 CTTCAGGTGTGTTTGTCTCTGTTCTGCAGCACATTGATACTGCAGGAGAT 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3595 CTTCAGGTGTGTTTGTCTCTGTTCTGCAGCACATTGATACTGCAGGAGAT 3644 BX640401.2 1651 AAAAATGCAGATTAGGGTGCAAGCAAATTCCACCCAGCGAGGTGGGTGAA 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3645 AAAAATGCAGATTAGGGTGCAAGCAAATTCCACCCAGCGAGGTGGGTGAA 3694 BX640401.2 1701 TGTGATTAGTATCTGCTGACTGGCTTCCCCACTTCACTTGCTAAATTATA 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3695 TGTGATTAGTATCTGCTGACTGGCTTCCCCACTTCACTTGCTAAATTATA 3744 BX640401.2 1751 GCTTTATTCATAACAAATATAATGTTCTTTTCAATGCATTTCATCAAGCA 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3745 GCTTTATTCATAACAAATATAATGTTCTTTTCAATGCATTTCATCAAGCA 3794 BX640401.2 1801 GATCCTCAGCTTTGATTTCTCATTCCTTAGTTTGCCTTTCTATAGAATAC 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3795 GATCCTCAGCTTTGATTTCTCATTCCTTAGTTTGCCTTTCTATAGAATAC 3844 BX640401.2 1851 TGCAGGGTTTTTTTCTCCAGATTGCTCTGAGCCCCCTTCTCATTTGCACC 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3845 TGCAGGGTTTTTTTCTCCAGATTGCTCTGAGCCCCCTTCTCATTTGCACC 3894 BX640401.2 1901 CCCTCCTGCAGCTGGAAATGGGCCTCATCTGAGGGCCTTTAAAGATAGGT 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3895 CCCTCCTGCAGCTGGAAATGGGCCTCATCTGAGGGCCTTTAAAGATAGGT 3944 BX640401.2 1951 GTGGCTGTTGGAGAAGTGAAAGGGGAAATAAAGAGTGAGCTGCATCCTGT 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855866.2 3945 GTGGCTGTTGGAGAAGTGAAAGGGGAAATAAAGAGTGAGCTGCATCCTGT 3994
