<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
AL954309.11 1 GAATTCCAAACAACAATTTTACACCCTTGAAGGGCATACCATAGTTGCAT 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 94337 GAATTCCAAACAACAATTTTACACCCTTGAAGGGCATACCATAGTTGCAT 94386 AL954309.11 51 TCCAAACACAAGCAAACACCCGAATACCTTCAAGAAGGATTTGTTAGTAA 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 94387 TCCAAACACAAGCAAACACCCGAATACCTTCAAGAAGGATTTGTTAGTAA 94436 AL954309.11 101 AGGGTTATGACATTGTCACTTCAAGGAAATTATTTTATGCTGCATTTAGT 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 94437 AGGGTTATGACATTGTCACTTCAAGGAAATTATTTTATGCTGCATTTAGT 94486 AL954309.11 151 GCATGTCACAGTTAATGTAATTTCAGGATGAAAACACATAAGGTTCTTCC 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 94487 GCATGTCACAGTTAATGTAATTTCAGGATGAAAACACATAAGGTTCTTCC 94536 AL954309.11 201 TAGAACTGTACAAATCAGTGGACTTGGAATTTGCTATGCAGCCCTGTAAT 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 94537 TAGAACTGTACAAATCAGTGGACTTGGAATTTGCTATGCAGCCCTGTAAT 94586 AL954309.11 251 GCTTTTTCTAGGTACACAGCAAAATTGATTGGTTCAAATCCTGGTGTTAC 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 94587 GCTTTTTCTAGGTACACAGCAAAATTGATTGGTTCAAATCCTGGTGTTAC 94636 AL954309.11 301 TGTGTTTTAGAGTGAAGTGTTGTTTTATGGTGCAGAATTAACGTTGACGG 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 94637 TGTGTTTTAGAGTGAAGTGTTGTTTTATGGTGCAGAATTAACGTTGACGG 94686 AL954309.11 351 TGTAAAGAGCATCCTGTGACTGGTGTAATTATTAAAAGCCTGACCTCATT 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 94687 TGTAAAGAGCATCCTGTGACTGGTGTAATTATTAAAAGCCTGACCTCATT 94736 AL954309.11 401 AACACTGGTAGTGTGACATGTATACATCCTGGACATTTTATGTGGTGCAC 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 94737 AACACTGGTAGTGTGACATGTATACATCCTGGACATTTTATGTGGTGCAC 94786 AL954309.11 451 GCTTCAGTCAGCTAAAACTTTTTTCGCAGACGCCATCTTAACCAATGATG 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 94787 GCTTCAGTCAGCTAAAACTTTTTTCGCAGACGCCATCTTAACCAATGATG 94836 AL954309.11 501 GCAGACGCCATCTTAGCCGAACCATGTTTTAACCAGGATTTTGGGAAATA 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 94837 GCAGACGCCATCTTAGCCGAACCATGTTTTAACCAGGATTTTGGGAAATA 94886 AL954309.11 551 ATTATTAACTGGAGAAGTTCAAAAGGTAAGTGAAAAATATTTCACTCCTG 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 94887 ATTATTAACTGGAGAAGTTCAAAAGGTAAGTGAAAAATATTTCACTCCTG 94936 AL954309.11 601 AGCCAGTGTTCAATTGTTAACACTTTTGAAAATGTTATTTTAACTCAGCC 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 94937 AGCCAGTGTTCAATTGTTAACACTTTTGAAAATGTTATTTTAACTCAGCC 94986 AL954309.11 651 AGTGTGGATTTTATATACATGGTAAAGTGTTAAAATGAACTCGCTCTCAG 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 94987 AGTGTGGATTTTATATACATGGTAAAGTGTTAAAATGAACTCGCTCTCAG 95036 AL954309.11 701 AGTTGAATTAACCCTGGCGATTTTGCTGTTCAACACCCAAAACATAATGG 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95037 AGTTGAATTAACCCTGGCGATTTTGCTGTTCAACACCCAAAACATAATGG 95086 AL954309.11 751 CAACATTTTTTTCAGAAGGTAAAACAGTCACATTGTAGCCTACTACATGT 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95087 CAACATTTTTTTCAGAAGGTAAAACAGTCACATTGTAGCCTACTACATGT 95136 AL954309.11 801 AGCTCTCAGAAATACAAATTTCATTAATTTTATGCACCATATTATACAAC 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95137 AGCTCTCAGAAATACAAATTTCATTAATTTTATGCACCATATTATACAAC 95186 AL954309.11 851 ATTAAAAGAAATGTTTAGTTAATTAATAGTGCTATCTGCCCAGCCTCTAT 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95187 ATTAAAAGAAATGTTTAGTTAATTAATAGTGCTATCTGCCCAGCCTCTAT 95236 AL954309.11 901 ACTCTAAGAAAACATGGTACAATGTCACTGGGGAAGTATCTTTTTATGAG 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95237 ACTCTAAGAAAACATGGTACAATGTCACTGGGGAAGTATCTTTTTATGAG 95286 AL954309.11 951 ACAGCATTGTACCTTAAGACAAAGAAACAAATTTGTACCATTGCAGTTTG 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95287 ACAGCATTGTACCTTAAGACAAAGAAACAAATTTGTACCATTGCAGTTTG 95336 AL954309.11 1001 TACCTTTTTAAGCAAATGATTTGTACCATGCGAAACCAAAATGTACCTTT 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95337 TACCTTTTTAAGCAAATGATTTGTACCATGCGAAACCAAAATGTACCTTT 95386 AL954309.11 1051 GGTTTTTGAAATATGCAGACTGCAAATACAATATTGTACCTTCATCAATG 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95387 GGTTTTTGAAATATGCAGACTGCAAATACAATATTGTACCTTCATCAATG 95436 AL954309.11 1101 GTACAAATCTGATCCATAAAGGTACCACCACAGCAACAAGACACTTTGTA 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95437 GTACAAATCTGATCCATAAAGGTACCACCACAGCAACAAGACACTTTGTA 95486 AL954309.11 1151 CCTTAAGTGTCAAAAATGCTTACCAAACATATAAAATGCCTTAAATGTTC 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95487 CCTTAAGTGTCAAAAATGCTTACCAAACATATAAAATGCCTTAAATGTTC 95536 AL954309.11 1201 AGTTTTCAATACCCATAGTTGTATGTTTTACCAATTGTGTTGTTTTATAG 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95537 AGTTTTCAATACCCATAGTTGTATGTTTTACCAATTGTGTTGTTTTATAG 95586 AL954309.11 1251 AACTTAATATTGTTTATATGTTTCTTTAAACAAATGATGATTCATAATTT 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95587 AACTTAATATTGTTTATATGTTTCTTTAAACAAATGATGATTCATAATTT 95636 AL954309.11 1301 AATATGGAAATTATTCATAAAATCACTTTGCCTTTCCAGTCATGTTTATT 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95637 AATATGGAAATTATTCATAAAATCACTTTGCCTTTCCAGTCATGTTTATT 95686 AL954309.11 1351 TTTATAGATGTTGTTATAAAGGAGTTGTTCAACACTTTTTGTATCTTTTA 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95687 TTTATAGATGTTGTTATAAAGGAGTTGTTCAACACTTTTTGTATCTTTTA 95736 AL954309.11 1401 TATGACAATTGTGTAACTTTATTTCAGTTGTATTATAAAAGGCACCACAA 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95737 TATGACAATTGTGTAACTTTATTTCAGTTGTATTATAAAAGGCACCACAA 95786 AL954309.11 1451 TCATAAGAGGACTTTTCTGGACCATATATAGTTTTGTACCTTTGGAAAAA 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95787 TCATAAGAGGACTTTTCTGGACCATATATAGTTTTGTACCTTTGGAAAAA 95836 AL954309.11 1501 AAATCTGTTTCTCAAGGAGTGTAGGGCTATTCATTTGTTTTAATATTTGC 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95837 AAATCTGTTTCTCAAGGAGTGTAGGGCTATTCATTTGTTTTAATATTTGC 95886 AL954309.11 1551 TTAAAATATTCATGTCTGAATTATGGTTCAGCCTTTATTCTAGTCATGTC 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95887 TTAAAATATTCATGTCTGAATTATGGTTCAGCCTTTATTCTAGTCATGTC 95936 AL954309.11 1601 AATATCTAACAAAGACACGTTATCAATGCTACTCTGTTATTAACGTGTAT 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95937 AATATCTAACAAAGACACGTTATCAATGCTACTCTGTTATTAACGTGTAT 95986 AL954309.11 1651 GATAAAATAGTAACAGCATACATTGCTAAAATAAATAATAGGCTAAATAC 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 95987 GATAAAATAGTAACAGCATACATTGCTAAAATAAATAATAGGCTAAATAC 96036 AL954309.11 1701 AAATAAATAATATTTAAAGCCAGGTTTATTATGTAAGCTAAGCGAAGAAC 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 96037 AAATAAATAATATTTAAAGCCAGGTTTATTATGTAAGCTAAGCGAAGAAC 96086 AL954309.11 1751 CTCATATTTTCTTAGACCTGTCTGTCAGCTTCAGAGAATGACGCAAGGCG 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 96087 CTCATATTTTCTTAGACCTGTCTGTCAGCTTCAGAGAATGACGCAAGGCG 96136 AL954309.11 1801 TTATGAGCAAGTGTGAGCGCTGTTGTGTTGCAGGTCGCGGAGACGTTACT 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 96137 TTATGAGCAAGTGTGAGCGCTGTTGTGTTGCAGGTCGCGGAGACGTTACT 96186 AL954309.11 1851 ACGACATGAAAGTGTAATCAAAACAACCTAAAGTCAACAGGAAGACACTG 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 96187 ACGACATGAAAGTGTAATCAAAACAACCTAAAGTCAACAGGAAGACACTG 96236 AL954309.11 1901 TGACTTTCTCATGATGTCTAGAATTCAGCAAAACGTGTTTTAACAGCAAG 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 96237 TGACTTTCTCATGATGTCTAGAATTCAGCAAAACGTGTTTTAACAGCAAG 96286 AL954309.11 1951 GTATAGTATCTCATCGTTGTGTAGGGAAACAAGCTAGGATAAACGTTAGC 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR855862.7 96287 GTATAGTATCTCATCGTTGTGTAGGGAAACAAGCTAGGATAAACGTTAGC 96336
Overview
- Query
- AL954309.11 - 209195 bps
- Hit
- CR855862.7 - 96336 bps
- Total alignments
- 21
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1923 | 2000 | 1 | 2000 | 1 | 94337 | 96336 | 1 |
| 2 | 87.11 | 113 | 211 | 159484 | 159694 | -1 | 5520 | 5744 | 1 |
| 3 | 90.68 | 73 | 118 | 69904 | 70021 | -1 | 8497 | 8614 | 1 |
| 4 | 90.68 | 73 | 118 | 78863 | 78980 | 1 | 8497 | 8614 | 1 |
| 5 | 87.47 | 184 | 348 | 115547 | 115894 | 1 | 20696 | 21046 | 1 |
| 6 | 84.7 | 107 | 247 | 188666 | 188912 | 1 | 20696 | 20950 | 1 |
| 7 | 86.51 | 153 | 303 | 7895 | 8197 | -1 | 20749 | 21052 | 1 |
| 8 | 92.31 | 66 | 119 | 204999 | 205117 | -1 | 32536 | 32652 | 1 |
| 9 | 89.83 | 78 | 118 | 7216 | 7333 | -1 | 49342 | 49459 | 1 |
| 10 | 92.86 | 87 | 112 | 129274 | 129385 | -1 | 65310 | 65421 | 1 |
| 11 | 80.87 | 112 | 295 | 117968 | 118262 | -1 | 67284 | 67581 | 1 |
| 12 | 82.22 | 59 | 137 | 83061 | 83197 | 1 | 70185 | 70319 | 1 |
| 13 | 88.8 | 85 | 134 | 200525 | 200658 | -1 | 72027 | 72160 | 1 |
| 14 | 86.06 | 115 | 206 | 15374 | 15579 | -1 | 73139 | 73346 | 1 |
| 15 | 81.32 | 64 | 163 | 117968 | 118130 | 1 | 76860 | 77025 | 1 |
| 16 | 85.4 | 69 | 134 | 168015 | 168148 | 1 | 76887 | 77023 | 1 |
| 17 | 82.22 | 101 | 253 | 11475 | 11727 | 1 | 86453 | 86705 | 1 |
| 18 | 81.04 | 146 | 366 | 4214 | 4579 | -1 | 86460 | 86823 | 1 |
| 19 | 85.24 | 179 | 353 | 159339 | 159691 | 1 | 86462 | 86820 | 1 |
| 20 | 89.01 | 60 | 91 | 66159 | 66249 | -1 | 87893 | 87983 | 1 |
| 21 | 92.78 | 75 | 97 | 144726 | 144822 | 1 | 89921 | 90017 | 1 |
