<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL954309.11	1	GAATTCCAAACAACAATTTTACACCCTTGAAGGGCATACCATAGTTGCAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	94337	GAATTCCAAACAACAATTTTACACCCTTGAAGGGCATACCATAGTTGCAT	94386

AL954309.11	51	TCCAAACACAAGCAAACACCCGAATACCTTCAAGAAGGATTTGTTAGTAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	94387	TCCAAACACAAGCAAACACCCGAATACCTTCAAGAAGGATTTGTTAGTAA	94436

AL954309.11	101	AGGGTTATGACATTGTCACTTCAAGGAAATTATTTTATGCTGCATTTAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	94437	AGGGTTATGACATTGTCACTTCAAGGAAATTATTTTATGCTGCATTTAGT	94486

AL954309.11	151	GCATGTCACAGTTAATGTAATTTCAGGATGAAAACACATAAGGTTCTTCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	94487	GCATGTCACAGTTAATGTAATTTCAGGATGAAAACACATAAGGTTCTTCC	94536

AL954309.11	201	TAGAACTGTACAAATCAGTGGACTTGGAATTTGCTATGCAGCCCTGTAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	94537	TAGAACTGTACAAATCAGTGGACTTGGAATTTGCTATGCAGCCCTGTAAT	94586

AL954309.11	251	GCTTTTTCTAGGTACACAGCAAAATTGATTGGTTCAAATCCTGGTGTTAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	94587	GCTTTTTCTAGGTACACAGCAAAATTGATTGGTTCAAATCCTGGTGTTAC	94636

AL954309.11	301	TGTGTTTTAGAGTGAAGTGTTGTTTTATGGTGCAGAATTAACGTTGACGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	94637	TGTGTTTTAGAGTGAAGTGTTGTTTTATGGTGCAGAATTAACGTTGACGG	94686

AL954309.11	351	TGTAAAGAGCATCCTGTGACTGGTGTAATTATTAAAAGCCTGACCTCATT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	94687	TGTAAAGAGCATCCTGTGACTGGTGTAATTATTAAAAGCCTGACCTCATT	94736

AL954309.11	401	AACACTGGTAGTGTGACATGTATACATCCTGGACATTTTATGTGGTGCAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	94737	AACACTGGTAGTGTGACATGTATACATCCTGGACATTTTATGTGGTGCAC	94786

AL954309.11	451	GCTTCAGTCAGCTAAAACTTTTTTCGCAGACGCCATCTTAACCAATGATG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	94787	GCTTCAGTCAGCTAAAACTTTTTTCGCAGACGCCATCTTAACCAATGATG	94836

AL954309.11	501	GCAGACGCCATCTTAGCCGAACCATGTTTTAACCAGGATTTTGGGAAATA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	94837	GCAGACGCCATCTTAGCCGAACCATGTTTTAACCAGGATTTTGGGAAATA	94886

AL954309.11	551	ATTATTAACTGGAGAAGTTCAAAAGGTAAGTGAAAAATATTTCACTCCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	94887	ATTATTAACTGGAGAAGTTCAAAAGGTAAGTGAAAAATATTTCACTCCTG	94936

AL954309.11	601	AGCCAGTGTTCAATTGTTAACACTTTTGAAAATGTTATTTTAACTCAGCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	94937	AGCCAGTGTTCAATTGTTAACACTTTTGAAAATGTTATTTTAACTCAGCC	94986

AL954309.11	651	AGTGTGGATTTTATATACATGGTAAAGTGTTAAAATGAACTCGCTCTCAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	94987	AGTGTGGATTTTATATACATGGTAAAGTGTTAAAATGAACTCGCTCTCAG	95036

AL954309.11	701	AGTTGAATTAACCCTGGCGATTTTGCTGTTCAACACCCAAAACATAATGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95037	AGTTGAATTAACCCTGGCGATTTTGCTGTTCAACACCCAAAACATAATGG	95086

AL954309.11	751	CAACATTTTTTTCAGAAGGTAAAACAGTCACATTGTAGCCTACTACATGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95087	CAACATTTTTTTCAGAAGGTAAAACAGTCACATTGTAGCCTACTACATGT	95136

AL954309.11	801	AGCTCTCAGAAATACAAATTTCATTAATTTTATGCACCATATTATACAAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95137	AGCTCTCAGAAATACAAATTTCATTAATTTTATGCACCATATTATACAAC	95186

AL954309.11	851	ATTAAAAGAAATGTTTAGTTAATTAATAGTGCTATCTGCCCAGCCTCTAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95187	ATTAAAAGAAATGTTTAGTTAATTAATAGTGCTATCTGCCCAGCCTCTAT	95236

AL954309.11	901	ACTCTAAGAAAACATGGTACAATGTCACTGGGGAAGTATCTTTTTATGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95237	ACTCTAAGAAAACATGGTACAATGTCACTGGGGAAGTATCTTTTTATGAG	95286

AL954309.11	951	ACAGCATTGTACCTTAAGACAAAGAAACAAATTTGTACCATTGCAGTTTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95287	ACAGCATTGTACCTTAAGACAAAGAAACAAATTTGTACCATTGCAGTTTG	95336

AL954309.11	1001	TACCTTTTTAAGCAAATGATTTGTACCATGCGAAACCAAAATGTACCTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95337	TACCTTTTTAAGCAAATGATTTGTACCATGCGAAACCAAAATGTACCTTT	95386

AL954309.11	1051	GGTTTTTGAAATATGCAGACTGCAAATACAATATTGTACCTTCATCAATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95387	GGTTTTTGAAATATGCAGACTGCAAATACAATATTGTACCTTCATCAATG	95436

AL954309.11	1101	GTACAAATCTGATCCATAAAGGTACCACCACAGCAACAAGACACTTTGTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95437	GTACAAATCTGATCCATAAAGGTACCACCACAGCAACAAGACACTTTGTA	95486

AL954309.11	1151	CCTTAAGTGTCAAAAATGCTTACCAAACATATAAAATGCCTTAAATGTTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95487	CCTTAAGTGTCAAAAATGCTTACCAAACATATAAAATGCCTTAAATGTTC	95536

AL954309.11	1201	AGTTTTCAATACCCATAGTTGTATGTTTTACCAATTGTGTTGTTTTATAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95537	AGTTTTCAATACCCATAGTTGTATGTTTTACCAATTGTGTTGTTTTATAG	95586

AL954309.11	1251	AACTTAATATTGTTTATATGTTTCTTTAAACAAATGATGATTCATAATTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95587	AACTTAATATTGTTTATATGTTTCTTTAAACAAATGATGATTCATAATTT	95636

AL954309.11	1301	AATATGGAAATTATTCATAAAATCACTTTGCCTTTCCAGTCATGTTTATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95637	AATATGGAAATTATTCATAAAATCACTTTGCCTTTCCAGTCATGTTTATT	95686

AL954309.11	1351	TTTATAGATGTTGTTATAAAGGAGTTGTTCAACACTTTTTGTATCTTTTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95687	TTTATAGATGTTGTTATAAAGGAGTTGTTCAACACTTTTTGTATCTTTTA	95736

AL954309.11	1401	TATGACAATTGTGTAACTTTATTTCAGTTGTATTATAAAAGGCACCACAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95737	TATGACAATTGTGTAACTTTATTTCAGTTGTATTATAAAAGGCACCACAA	95786

AL954309.11	1451	TCATAAGAGGACTTTTCTGGACCATATATAGTTTTGTACCTTTGGAAAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95787	TCATAAGAGGACTTTTCTGGACCATATATAGTTTTGTACCTTTGGAAAAA	95836

AL954309.11	1501	AAATCTGTTTCTCAAGGAGTGTAGGGCTATTCATTTGTTTTAATATTTGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95837	AAATCTGTTTCTCAAGGAGTGTAGGGCTATTCATTTGTTTTAATATTTGC	95886

AL954309.11	1551	TTAAAATATTCATGTCTGAATTATGGTTCAGCCTTTATTCTAGTCATGTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95887	TTAAAATATTCATGTCTGAATTATGGTTCAGCCTTTATTCTAGTCATGTC	95936

AL954309.11	1601	AATATCTAACAAAGACACGTTATCAATGCTACTCTGTTATTAACGTGTAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95937	AATATCTAACAAAGACACGTTATCAATGCTACTCTGTTATTAACGTGTAT	95986

AL954309.11	1651	GATAAAATAGTAACAGCATACATTGCTAAAATAAATAATAGGCTAAATAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	95987	GATAAAATAGTAACAGCATACATTGCTAAAATAAATAATAGGCTAAATAC	96036

AL954309.11	1701	AAATAAATAATATTTAAAGCCAGGTTTATTATGTAAGCTAAGCGAAGAAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	96037	AAATAAATAATATTTAAAGCCAGGTTTATTATGTAAGCTAAGCGAAGAAC	96086

AL954309.11	1751	CTCATATTTTCTTAGACCTGTCTGTCAGCTTCAGAGAATGACGCAAGGCG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	96087	CTCATATTTTCTTAGACCTGTCTGTCAGCTTCAGAGAATGACGCAAGGCG	96136

AL954309.11	1801	TTATGAGCAAGTGTGAGCGCTGTTGTGTTGCAGGTCGCGGAGACGTTACT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	96137	TTATGAGCAAGTGTGAGCGCTGTTGTGTTGCAGGTCGCGGAGACGTTACT	96186

AL954309.11	1851	ACGACATGAAAGTGTAATCAAAACAACCTAAAGTCAACAGGAAGACACTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	96187	ACGACATGAAAGTGTAATCAAAACAACCTAAAGTCAACAGGAAGACACTG	96236

AL954309.11	1901	TGACTTTCTCATGATGTCTAGAATTCAGCAAAACGTGTTTTAACAGCAAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	96237	TGACTTTCTCATGATGTCTAGAATTCAGCAAAACGTGTTTTAACAGCAAG	96286

AL954309.11	1951	GTATAGTATCTCATCGTTGTGTAGGGAAACAAGCTAGGATAAACGTTAGC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855862.7	96287	GTATAGTATCTCATCGTTGTGTAGGGAAACAAGCTAGGATAAACGTTAGC	96336

Overview

Query
AL954309.11 - 209195 bps
Hit
CR855862.7 - 96336 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001923200012000194337963361
287.11113211159484159694-1552057441
390.68731186990470021-1849786141
490.687311878863789801849786141
587.47184348115547115894120696210461
684.7107247188666188912120696209501
786.5115330378958197-120749210521
892.3166119204999205117-132536326521
989.837811872167333-149342494591
1092.8687112129274129385-165310654211
1180.87112295117968118262-167284675811
1282.22591378306183197170185703191
1388.885134200525200658-172027721601
1486.061152061537415579-173139733461
1581.3264163117968118130176860770251
1685.469134168015168148176887770231
1782.221012531147511727186453867051
1881.0414636642144579-186460868231
1985.24179353159339159691186462868201
2089.0160916615966249-187893879831
2192.787597144726144822189921900171
Short-link