<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR847859.13	1	AAGCTTGTAAATTGTACAAAAACTTGTTACGTGACTACGAAACAAGTAGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63246	AAGCTTGTAAATTGTACAAAAACTTGTTACGTGACTACGAAACAAGTAGT	63295

CR847859.13	51	TGCGCGTGCAAACCCCGGAGATTTGAAACCTGTAGCCCCGCCCACTAACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63296	TGCGCGTGCAAACCCCGGAGATTTGAAACCTGTAGCCCCGCCCACTAACA	63345

CR847859.13	101	CAGAAAAAAGCCACACACACACACACGCACGCACGAACGCACACACAAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63346	CAGAAAAAAGCCACACACACACACACGCACGCACGAACGCACACACAAAC	63395

CR847859.13	151	ACACACACACGCCGGCCGAATAAAGTCACGATGTGAAGATGGATATTATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63396	ACACACACACGCCGGCCGAATAAAGTCACGATGTGAAGATGGATATTATT	63445

CR847859.13	201	GTCTGTCTCTTCCCAAAAATGAAACCTCAGCAGAGCAGTTCGAGTGCTTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63446	GTCTGTCTCTTCCCAAAAATGAAACCTCAGCAGAGCAGTTCGAGTGCTTC	63495

CR847859.13	251	TGAAAATGACATGCTTACAAAGAAGACTTCATAGGCCGTTTGTTAAAGGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63496	TGAAAATGACATGCTTACAAAGAAGACTTCATAGGCCGTTTGTTAAAGGA	63545

CR847859.13	301	AGGATCAGTAAAGACTGTCAGTACATGGATCAGTGCATCATGGATAAGTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63546	AGGATCAGTAAAGACTGTCAGTACATGGATCAGTGCATCATGGATAAGTT	63595

CR847859.13	351	TCTTCCTCCATTTCACAAGTGTAAGTATGTGTGATTAAAAAAATGTCGCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63596	TCTTCCTCCATTTCACAAGTGTAAGTATGTGTGATTAAAAAAATGTCGCC	63645

CR847859.13	401	TTGTTTACTGTAGTTTGCAAATTATGTATTTAGTTGTGTTTTGTTACTTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63646	TTGTTTACTGTAGTTTGCAAATTATGTATTTAGTTGTGTTTTGTTACTTG	63695

CR847859.13	451	TAACCGCGTGTACTGTATCAGGTTAACTCTTTATTCTGTTCCTTCGATCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63696	TAACCGCGTGTACTGTATCAGGTTAACTCTTTATTCTGTTCCTTCGATCA	63745

CR847859.13	501	CACCGCTCTCAACCCGAAAGTGCATTCTCTGTTTTTAAATGTTTTGGTGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63746	CACCGCTCTCAACCCGAAAGTGCATTCTCTGTTTTTAAATGTTTTGGTGT	63795

CR847859.13	551	TGTGTCCTCTGAGAAGAAGGGTTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63796	TGTGTCCTCTGAGAAGAAGGGTTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	63845

CR847859.13	601	TGTGTGTTGTGTCCTCTGAGAGGAGGGTAATGTGAGTGTGTGTCTGTGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63846	TGTGTGTTGTGTCCTCTGAGAGGAGGGTAATGTGAGTGTGTGTCTGTGTG	63895

CR847859.13	651	AAAAGAGCACGTAGAGTGCAGAGATGTATAAAGTACTAGAGACCCATACT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63896	AAAAGAGCACGTAGAGTGCAGAGATGTATAAAGTACTAGAGACCCATACT	63945

CR847859.13	701	TAAGTAAAAGTACAAGTGCTTTATCAAAAATTGACTTGAGTAGAAGTAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63946	TAAGTAAAAGTACAAGTGCTTTATCAAAAATTGACTTGAGTAGAAGTAGA	63995

CR847859.13	751	AGTGCTCTTTAAGCACCATACTTAAGTGGAAGTACAAAAGTATTCAACAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	63996	AGTGCTCTTTAAGCACCATACTTAAGTGGAAGTACAAAAGTATTCAACAT	64045

CR847859.13	801	TTTTTGTACTTAAGTATTGCAAGTAGTTTATTTCAAAATTTACTACTCAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64046	TTTTTGTACTTAAGTATTGCAAGTAGTTTATTTCAAAATTTACTACTCAA	64095

CR847859.13	851	GTACTGAAAGTAAAAGTACAAGTATTGTGTAATGTAGTTATTAAAGAAAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64096	GTACTGAAAGTAAAAGTACAAGTATTGTGTAATGTAGTTATTAAAGAAAG	64145

CR847859.13	901	CAGTCAAAATACACTAATTGTTTTGTTTATTTTAAATATCTTTTTTGGGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64146	CAGTCAAAATACACTAATTGTTTTGTTTATTTTAAATATCTTTTTTGGGG	64195

CR847859.13	951	TACTTAAGCAGAACGAAAAGAAACATGGCTTATGATACTGTTTTTCTCTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64196	TACTTAAGCAGAACGAAAAGAAACATGGCTTATGATACTGTTTTTCTCTG	64245

CR847859.13	1001	TAAATAGTTTCTATGGTACAAGAGCTCACATCGTCAGGCCCTTTTACCAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64246	TAAATAGTTTCTATGGTACAAGAGCTCACATCGTCAGGCCCTTTTACCAG	64295

CR847859.13	1051	AAAATGCCTTCACTGATGAGATAATTCAGCATGTTCACTTACATACATAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64296	AAAATGCCTTCACTGATGAGATAATTCAGCATGTTCACTTACATACATAC	64345

CR847859.13	1101	TCTCTCTCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACTCACACACACAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64346	TCTCTCTCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACTCACACACACAC	64395

CR847859.13	1151	ACACACACACACACACACACACACTGCCCTGCACACACCTAAATGTACAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64396	ACACACACACACACACACACACACTGCCCTGCACACACCTAAATGTACAC	64445

CR847859.13	1201	TCTCTCCCCACTCTCACACATTCATACACTCTCACACACACAGTTCTCTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64446	TCTCTCCCCACTCTCACACATTCATACACTCTCACACACACAGTTCTCTC	64495

CR847859.13	1251	TCTATCTCTCTCTCCCTCACACACACATTTTTGTGTATTGTGGGGACATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64496	TCTATCTCTCTCTCCCTCACACACACATTTTTGTGTATTGTGGGGACATT	64545

CR847859.13	1301	ACATAGGTTGCAATTGTTTTTACACTCTCTCTTACACACACACACACACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64546	ACATAGGTTGCAATTGTTTTTACACTCTCTCTTACACACACACACACACA	64595

CR847859.13	1351	CACACACTGTTGTTTTCTCTTACTCACACATTATTCACTCTCACTCACAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64596	CACACACTGTTGTTTTCTCTTACTCACACATTATTCACTCTCACTCACAC	64645

CR847859.13	1401	ACACACACAAAGACACACTCACACTTTGGGAGTCTTGAAGTTTGATTGGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64646	ACACACACAAAGACACACTCACACTTTGGGAGTCTTGAAGTTTGATTGGT	64695

CR847859.13	1451	TAATACCACAATAAACAGGAGTTCTGTCTTCTGGAAGCACTCGTGAAACT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64696	TAATACCACAATAAACAGGAGTTCTGTCTTCTGGAAGCACTCGTGAAACT	64745

CR847859.13	1501	AAACTAAACAAGCAAACTAAATCCTGCTTCACAAATTCACTTGATTTTGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64746	AAACTAAACAAGCAAACTAAATCCTGCTTCACAAATTCACTTGATTTTGA	64795

CR847859.13	1551	TTTTATTGTAAAAAAACAGGAAAATGTGTATATTACTGTGTTAAATGAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64796	TTTTATTGTAAAAAAACAGGAAAATGTGTATATTACTGTGTTAAATGAAA	64845

CR847859.13	1601	ATCTGAAATATTTTATGGCTTATGGCTATGATTTAGTAATAATTGTTATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64846	ATCTGAAATATTTTATGGCTTATGGCTATGATTTAGTAATAATTGTTATT	64895

CR847859.13	1651	TATTTTTATCATGTTTTTAATGAAATTGGTCTTACAGTTCATATTTCTGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64896	TATTTTTATCATGTTTTTAATGAAATTGGTCTTACAGTTCATATTTCTGT	64945

CR847859.13	1701	AGTATATTTATTAATTCTGGTACTTTTACCATAAACCAACATCTCAACCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64946	AGTATATTTATTAATTCTGGTACTTTTACCATAAACCAACATCTCAACCA	64995

CR847859.13	1751	TTTGGTAGAGGCTGATATTTTAGAAATAATGTGATGTGTTGAATAAAAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	64996	TTTGGTAGAGGCTGATATTTTAGAAATAATGTGATGTGTTGAATAAAAAT	65045

CR847859.13	1801	GCACTGATTGTGTTAACTAGCGACATTAGGAGTTAAGAAATGCAATCAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	65046	GCACTGATTGTGTTAACTAGCGACATTAGGAGTTAAGAAATGCAATCAAA	65095

CR847859.13	1851	AAAATTCTATTGCTTTTGTCTTGGTGTGACAGTTAAAGGGTTTTTTGTAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	65096	AAAATTCTATTGCTTTTGTCTTGGTGTGACAGTTAAAGGGTTTTTTGTAA	65145

CR847859.13	1901	TAAAATTTTGTCCTTTAATACAGCAGTCAGATATACGAACTGTGCCCTTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	65146	TAAAATTTTGTCCTTTAATACAGCAGTCAGATATACGAACTGTGCCCTTA	65195

CR847859.13	1951	ATTTGACCTGCTCAAAGAAAACACTCTTTCTGGATGTATCAAACTAAACT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855396.12	65196	ATTTGACCTGCTCAAAGAAAACACTCTTTCTGGATGTATCAAACTAAACT	65245

Overview

Query
CR847859.13 - 124837 bps
Hit
CR855396.12 - 65245 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001945200012000163246652451
297.3781152113308113459110292104431
310041843992040003-110293103761
410045863992040005110293103781
598.3258119112210112328110293104111
698.3361120112209112328-110298104171
797.433769991899993-110311103871
810030611491214972-110315103751
910034621491214973110316103771
1010031564506945124-110322103771
1193.75271336111503111838-114538148731
1295.421301533976639918-114545146971
1390.861181733957839750-114679148531
1486.9654922448424575132914330051
1596.974198112233112330-147176472741
1694.8733789991699993147176472531
1796.0439100113280113379-147178472781
1896.974198112233112330147178472761
1995.5856112113352113463147178472901
2097.7544893991640004-147187472751
2198.8141843992040003147188472711
2210034621491114972147194472551
2310030611491214972-147214472741
2478.55106455113481113935-147312477541
2588.88118199111834112032147429476261
2692.461722469598796232-149663499141
271004491101322101412151322514121
Short-link