<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1946 bps / non-identical: 250 bps

Full alignment

BX942820.8	1	GAATTCATTGTCATGTTCAAGAAACCAGTCTGAGATGATTTGTGCTTTGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49126	GAATTCATTGTCATGTTCAAGAAACCAGTCTGAGATGATTTGTGCTTTGA	49175

BX942820.8	51	CATGGCGCTTTATCCTGCTGGATGCAGCCAACAGAAGATGGGTACACTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49176	CATGGCGCTTTATCCTGCTGGATGCAGCCAACAGAAGATGGGTACACTGT	49225

BX942820.8	101	GGTCATGTTGGCACAATGCTTAATTGGTACTAATGGGCCCAAAGTGTGCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49226	GGTCATGTTGGCACAATGCTTAATTGGTACTAATGGGCCCAAAGTGTGCC	49275

BX942820.8	151	AGGAATATATCCCTCACACCATTACACCACCACCAGCCTTAACCGTTGAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49276	AGGAATATATCCCTCACACCATTACACCACCACCAGCCTTAACCGTTGAT	49325

BX942820.8	201	AAGGCAGGATAGATCCATGCTTTCATAGTGTTGATGCTAAATTCTGACAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49326	AAGGCAGGATAGATCCATGCTTTCATAGTGTTGATGCTAAATTCTGACAC	49375

BX942820.8	251	TACTATCCGAATGTCATAGGAGAAATGGAGACTTAGACCAGGCAACATTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49376	TACTATCCGAATGTCATAGGAGAAATGGAGACTTAGACCAGGCAACATTT	49425

BX942820.8	301	TTCTAATCTTCTATTGTCCAATTTTGGTGAGCCTGTGTGAATTGTAGTCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49426	TTCTAATCTTCTATTGTCCAATTTTGGTGAGCCTGTGTGAATTGTAGTCT	49475

BX942820.8	351	CAGTTTCCTGTTCTTAGCTGACAGGAGTAGTACCCAGTGTGGTCTTCTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49476	CAGTTTCCTGTTCTTAGCTGACAGGAGTAGTACCCAGTGTGGTCTTCTGT	49525

BX942820.8	401	TGCTGTAGCCCATCTGCTTCAAGGTTTGCCGAGTTGTTCTTTCAGAGATG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49526	TGCTGTAGCCCATCTGCTTCAAGGTTTGCCGAGTTGTTCTTTCAGAGATG	49575

BX942820.8	451	CTCTTCTGCACACTGTACCTCAGTTGTAACGAGTGGTTATTTAAGTTACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49576	CTCTTCTGCACACTGTACCTCAGTTGTAACGAGTGGTTATTTAAGTTACT	49625

BX942820.8	501	GTTGCCTTACTATCAGCTCAAACCAGTCTGGCCATTTTCCTCTGACCTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49626	GTTGCCTTACTATCAGCTCAAACCAGTCTGGCCATTTTCCTCTGACCTCT	49675

BX942820.8	551	TGCATCAAAAAGGCATGTGCCCACATAACTGCCGCTCACTGGATATTTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49676	TGCATCAAAAAGGCATGTGCCCACATAACTGCCGCTCACTGGATATTTTC	49725

BX942820.8	601	TCTTTTTCTGAAATACTGTCTGGCACCATCAACCATGCCACATTCAAAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49726	TCTTTTTCTGAAATACTGTCTGGCACCATCAACCATGCCACATTCAAAGT	49775

BX942820.8	651	CACTTATATCACCTTTCTTCCCCATTCTGATGTTTAGCTTAAACTTGAGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49776	CACTTATATCACCTTTCTTCCCCATTCTGATGTTTAGCTTAAACTTGAGC	49825

BX942820.8	701	AGATTGTCTTGACATGTCTACATGTCTAAATGTATTTAGTTGTTGCCATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49826	AGATTGTCTTGACATGTCTACATGTCTAAATGTATTTAGTTGTTGCCATG	49875

BX942820.8	751	TGATTGGCTGAAAACAAGAAGTTGGACAGGTGTACCTTACAAAGTGACCG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	49876	TGATTGGCTGAAAACAAGAAGTTGGACAGGTGTACCTTACAAAGTGACCG	49925

BX942820.8	801	GTGAGTGAGTGAGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTG----TGTGTGTGTGTGT	846
			|||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||
CR855335.5	49926	GTGAGTGAGTGAGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	49975

BX942820.8	847	GTGTAT----------------------AT--------------------	854
			 |||||                      ||                    
CR855335.5	49976	ATGTATATATATATATATATATAAATATATATATATATATATATAAATAT	50025

BX942820.8	855	--ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGT	902
			  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
CR855335.5	50026	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	50075

BX942820.8	903	GTGTGTGTGTGTGT----ATATACTTTACAGACCTGAAACTTGCTTATAG	948
			 |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50076	ATGTGTGTGTGTGTGTGTATATACTTTACAGACCTGAAACTTGCTTATAG	50125

BX942820.8	949	CACTTATTCATTGTTGCTCTTGGTTGTGTAAATTGCTTCCTTGTCCTCAT	998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50126	CACTTATTCATTGTTGCTCTTGGTTGTGTAAATTGCTTCCTTGTCCTCAT	50175

BX942820.8	999	TTGTAAGTCGCTTTGGATAAAAGCGTCTGCTAAATGACTAAATGTAAATG	1048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50176	TTGTAAGTCGCTTTGGATAAAAGCGTCTGCTAAATGACTAAATGTAAATG	50225

BX942820.8	1049	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	1098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50226	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	50275

BX942820.8	1099	TATATATATATA--TTTTTTTTTTTTTTTTATTTATTTATTTTTTTTTGG	1146
			||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50276	TATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTATTTATTTTTTTTTGG	50325

BX942820.8	1147	TGTGTTTCTTGTGCCTGAAGTACTATCTGAGATGAAATAGTAAGAGATTC	1196
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50326	TGTGTTTCTTGTGCCTGAAGTACTATCTGAGATGAAATAGTAAGAGATTC	50375

BX942820.8	1197	ACATGACAATCAGCACACTGTAAGGCTGATGAAGTAATCGTAGTCACGCA	1246
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50376	ACATGACAATCAGCACACTGTAAGGCTGATGAAGTAATCGTAGTCACGCA	50425

BX942820.8	1247	CTCACAAACTCACATGTACACCTTGTGGATGGACACAAGGTCACAATATA	1296
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50426	CTCACAAACTCACATGTACACCTTGTGGATGGACACAAGGTCACAATATA	50475

BX942820.8	1297	CACACAATATTTGGACACAATATATATATATATATATATATATATATATA	1346
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50476	CACACAATATTTGGACACAATATATATATATATATATATATATATATATA	50525

BX942820.8	1347	TATATATATATATATACACAAACAGCATAATACGATGTATAAAAAATACA	1396
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50526	TATATATATATATATACACAAACAGCATAATACGATGTATAAAAAATACA	50575

BX942820.8	1397	ATAAGCATTTCCTGACTGAAGCCTGTCTATTCTGCATTTGGAATGGCTAT	1446
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50576	ATAAGCATTTCCTGACTGAAGCCTGTCTATTCTGCATTTGGAATGGCTAT	50625

BX942820.8	1447	AGATTTATGGCTATGTCCTGATTTTTGATTGGTCATCACAGGCATTTCCG	1496
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50626	AGATTTATGGCTATGTCCTGATTTTTGATTGGTCATCACAGGCATTTCCG	50675

BX942820.8	1497	GTAAACTGTTAGCTGTTATGATATGCTTCTATATTCACTGTCATCAATGA	1546
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50676	GTAAACTGTTAGCTGTTATGATATGCTTCTATATTCACTGTCATCAATGA	50725

BX942820.8	1547	CGTACATCACTTAATCCAGATGGCCAGCTGCGGAATGAATCTGGTTTTGA	1596
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50726	CGTACATCACTTAATCCAGATGGCCAGCTGCGGAATGAATCTGGTTTTGA	50775

BX942820.8	1597	ATGAAACATCTGATAAAATAAAAAAAAGATTTGAATAATAGCTGTGTGAA	1646
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50776	ATGAAACATCTGATAAAATAAAAAAAAGATTTGAATAATAGCTGTGTGAA	50825

BX942820.8	1647	AGAACATCCTTCATTTGACATTTCATGTGATCTAACCGCTTTGTAGGATT	1696
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50826	AGAACATCCTTCATTTGACATTTCATGTGATCTAACCGCTTTGTAGGATT	50875

BX942820.8	1697	TTTCAGTTATCTTAGCCCTTTGGGAAAGCCCTCAAGGATGTTCAATAGGT	1746
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50876	TTTCAGTTATCTTAGCCCTTTGGGAAAGCCCTCAAGGATGTTCAATAGGT	50925

BX942820.8	1747	TTTAAAAGAGTATTATGTATTTATCTGAATAAGGTGCGAGTGAGGAATGA	1796
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50926	TTTAAAAGAGTATTATGTATTTATCTGAATAAGGTGCGAGTGAGGAATGA	50975

BX942820.8	1797	CAAGGGTGTATTAGTACAGAAGTGAGTGTAAAGCCCATGAGAATGCTCTG	1846
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50976	CAAGGGTGTATTAGTACAGAAGTGAGTGTAAAGCCCATGAGAATGCTCTG	51025

BX942820.8	1847	GTTTGTCGAAAGAAAAGACAGTGCGGGGGAACGGTGTGCTGTGATGGGTG	1896
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	51026	GTTTGTCGAAAGAAAAGACAGTGCGGGGGAACGGTGTGCTGTGATGGGTG	51075

BX942820.8	1897	TATGGGTGCAAAGGGTCGAACGGTGCTTATATTCCTGATGTTAGAGAACA	1946
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	51076	TATGGGTGCAAAGGGTCGAACGGTGCTTATATTCCTGATGTTAGAGAACA	51125

Compact alignment

skip 800 bps 100% identity alignment

BX942820.8	801	GTGAGTGAGTGAGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTG----TGTGTGTGTGTGT	846
			|||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||
CR855335.5	49926	GTGAGTGAGTGAGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	49975

BX942820.8	847	GTGTAT----------------------AT--------------------	854
			 |||||                      ||                    
CR855335.5	49976	ATGTATATATATATATATATATAAATATATATATATATATATATAAATAT	50025

BX942820.8	855	--ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGT	902
			  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
CR855335.5	50026	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	50075

BX942820.8	903	GTGTGTGTGTGTGT----ATATACTTTACAGACCTGAAACTTGCTTATAG	948
			 |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50076	ATGTGTGTGTGTGTGTGTATATACTTTACAGACCTGAAACTTGCTTATAG	50125

skip 150 bps 100% identity alignment

BX942820.8	1099	TATATATATATA--TTTTTTTTTTTTTTTTATTTATTTATTTTTTTTTGG	1146
			||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855335.5	50276	TATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTATTTATTTTTTTTTGG	50325

skip 800 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX942820.8 - 114294 bps
Hit
CR855335.5 - 51125 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1946 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link