<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR536601.8	1	AAGCTTTGCTCCTCTGGTGCCGCTAACCTCCTCAATGTGCCTCCATCTCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	133397	AAGCTTTGCTCCTCTGGTGCCGCTAACCTCCTCAATGTGCCTCCATCTCA	133446

CR536601.8	51	CCACTGACCCCTGGCCCACATCCTACCTCTGGCCTGAAACGCCCTCCCTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	133447	CCACTGACCCCTGGCCCACATCCTACCTCTGGCCTGAAACGCCCTCCCTC	133496

CR536601.8	101	CTCAAATCCACCAGACAATTACTCTCCCTGCCTTCAAAGTTTTACTGGAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	133497	CTCAAATCCACCAGACAATTACTCTCCCTGCCTTCAAAGTTTTACTGGAT	133546

CR536601.8	151	GCAAGTGTCCTCTAAGAGGCCTTCCCAGACTAAGGGCCACTTTTTCTCAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	133547	GCAAGTGTCCTCTAAGAGGCCTTCCCAGACTAAGGGCCACTTTTTCTCAT	133596

CR536601.8	201	CTCCCACTCCCTTCTGCATTGCCCTGACTTGCTCCCTTTGCTCTTCTCCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	133597	CTCCCACTCCCTTCTGCATTGCCCTGACTTGCTCCCTTTGCTCTTCTCCC	133646

CR536601.8	251	CTCTCCCCGCCCCATAGCACTTAAGTATATATCTGTAATTTTATTTATTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	133647	CTCTCCCCGCCCCATAGCACTTAAGTATATATCTGTAATTTTATTTATTT	133696

CR536601.8	301	ATATATCTGTCTATTTGTATTGATGTCTGTCTCCCCCCTTCTAGACTGTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	133697	ATATATCTGTCTATTTGTATTGATGTCTGTCTCCCCCCTTCTAGACTGTG	133746

CR536601.8	351	AGCTTATTGTTAGCAGGGATTGTCACTCTTTATTGCTGTACTGTACTTTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	133747	AGCTTATTGTTAGCAGGGATTGTCACTCTTTATTGCTGTACTGTACTTTC	133796

CR536601.8	401	CCAAGTGCTTAGTACAGTGCTCTGCACCCAGTAAGTGCTCAATAAATACG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	133797	CCAAGTGCTTAGTACAGTGCTCTGCACCCAGTAAGTGCTCAATAAATACG	133846

CR536601.8	451	ACTGAATGAATGAATGAATGAAAGAGAGTAAAAATATAGCAATATAACAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	133847	ACTGAATGAATGAATGAATGAAAGAGAGTAAAAATATAGCAATATAACAG	133896

CR536601.8	501	AGTTTGCAGACACATTCGCTGCCCACAATGATGATAATCATGGTTTCTGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	133897	AGTTTGCAGACACATTCGCTGCCCACAATGATGATAATCATGGTTTCTGT	133946

CR536601.8	551	TAAGCACTTACGTGCAAAACACTGTTCTAAACACTGGGGCAGATACAATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	133947	TAAGCACTTACGTGCAAAACACTGTTCTAAACACTGGGGCAGATACAATA	133996

CR536601.8	601	TCAGCTGGTAGGGACATAGTCTCTGTTCCACATGGAGCTTAGTCTAAGAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	133997	TCAGCTGGTAGGGACATAGTCTCTGTTCCACATGGAGCTTAGTCTAAGAG	134046

CR536601.8	651	GGAGGGAGAACAAGATTTTATCTCTTTTTTACAGATGAGGATAATGAGGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134047	GGAGGGAGAACAAGATTTTATCTCTTTTTTACAGATGAGGATAATGAGGT	134096

CR536601.8	701	GCAGAGAAGTGAAGTGGTTTGCCCAAGGTCACCCAATAAGAAAATGGCAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134097	GCAGAGAAGTGAAGTGGTTTGCCCAAGGTCACCCAATAAGAAAATGGCAG	134146

CR536601.8	751	TTAGGATTAAAACCCATGTCCTCCGTCTCCCAGATCTTTCCACTAGGCAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134147	TTAGGATTAAAACCCATGTCCTCCGTCTCCCAGATCTTTCCACTAGGCAA	134196

CR536601.8	801	CCCTGCTTCTCCACCCCCATGGACTGCTGACCTTCTCTGTTCCTCTGGAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134197	CCCTGCTTCTCCACCCCCATGGACTGCTGACCTTCTCTGTTCCTCTGGAA	134246

CR536601.8	851	CCAATCTGTTCCCCTCCTAGATCCCTATAAACATGAACCATATTTCCAAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134247	CCAATCTGTTCCCCTCCTAGATCCCTATAAACATGAACCATATTTCCAAG	134296

CR536601.8	901	CAATGGTACTTGTTGACAGGAGCTTAAGATCGAAGCCGTAAGGAAATATG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134297	CAATGGTACTTGTTGACAGGAGCTTAAGATCGAAGCCGTAAGGAAATATG	134346

CR536601.8	951	TCAACCAACTTTGTTGTTATATTGTACTCACCCAAGTGCTTATTATATTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134347	TCAACCAACTTTGTTGTTATATTGTACTCACCCAAGTGCTTATTATATTT	134396

CR536601.8	1001	CTCTGCAGACAGTAAATGCTCAAGAAATATGATTTTTTGATTGATTGAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134397	CTCTGCAGACAGTAAATGCTCAAGAAATATGATTTTTTGATTGATTGAGG	134446

CR536601.8	1051	CCGGGCCTGGACATTTAAAAATAAAAATATCAGACATAAAGGCATCCAGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134447	CCGGGCCTGGACATTTAAAAATAAAAATATCAGACATAAAGGCATCCAGT	134496

CR536601.8	1101	GCCTTATCAGGACTAGACAGGTAACAGACCTGCTGAAAACCAGACTGTCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134497	GCCTTATCAGGACTAGACAGGTAACAGACCTGCTGAAAACCAGACTGTCC	134546

CR536601.8	1151	AATATAATGACAATAAAGGAGTTTCCCATCGGGAGCAATAGATGAGAAGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134547	AATATAATGACAATAAAGGAGTTTCCCATCGGGAGCAATAGATGAGAAGG	134596

CR536601.8	1201	GAAGCAGCATGGCCTAGTGGCAAGAGCCATGGCTTGGGGGTTAGAGGATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134597	GAAGCAGCATGGCCTAGTGGCAAGAGCCATGGCTTGGGGGTTAGAGGATG	134646

CR536601.8	1251	TGGGTCCTAATCCCAGCTCCTCCAGCTGTCTGCTGTGTGACATTGGGCAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134647	TGGGTCCTAATCCCAGCTCCTCCAGCTGTCTGCTGTGTGACATTGGGCAA	134696

CR536601.8	1301	GTCGCTTAACTTCTCTGTGCCTCAGTTACTTCATCTGTAAAATGGGGATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134697	GTCGCTTAACTTCTCTGTGCCTCAGTTACTTCATCTGTAAAATGGGGATT	134746

CR536601.8	1351	AAGACTGGGAGCCCCATGTGGGATAGGGACCGTGTCCAGCCTGATTACCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134747	AAGACTGGGAGCCCCATGTGGGATAGGGACCGTGTCCAGCCTGATTACCT	134796

CR536601.8	1401	AGTACCTACACCAGTGCTTAGAACAGTGCTTGATATATAGTAAGCGCTTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134797	AGTACCTACACCAGTGCTTAGAACAGTGCTTGATATATAGTAAGCGCTTA	134846

CR536601.8	1451	ACAAATACCATAATCATCAATCATCCTCACCATGAGATGTCAGCACTGAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134847	ACAAATACCATAATCATCAATCATCCTCACCATGAGATGTCAGCACTGAA	134896

CR536601.8	1501	AACCTGCACAGAGGAATGGATTATAGTGCTGGTGGCTTGCTCAGCATGAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134897	AACCTGCACAGAGGAATGGATTATAGTGCTGGTGGCTTGCTCAGCATGAC	134946

CR536601.8	1551	TTGCACCGTCTCATCCCTGCCAATCACGCTCCCAGTAGGGAATGGAGGTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134947	TTGCACCGTCTCATCCCTGCCAATCACGCTCCCAGTAGGGAATGGAGGTA	134996

CR536601.8	1601	TGCAACACTTTGCAGAGTACATGTTTGGTCTTTGCCCACACTAATATGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	134997	TGCAACACTTTGCAGAGTACATGTTTGGTCTTTGCCCACACTAATATGAA	135046

CR536601.8	1651	AACAGGTAGAACCATGACTTCTAGACTGTGAGCCCTTTGTTGGGTAGGGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	135047	AACAGGTAGAACCATGACTTCTAGACTGTGAGCCCTTTGTTGGGTAGGGA	135096

CR536601.8	1701	TTGTCTCTATCTGTTGCCTAATTGTACTTTCCAAACGCTTAGAACAGTGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	135097	TTGTCTCTATCTGTTGCCTAATTGTACTTTCCAAACGCTTAGAACAGTGC	135146

CR536601.8	1751	TCTACACACAGTAAGCACTCAATAAATACGATTGAATGAATGAATAGAAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	135147	TCTACACACAGTAAGCACTCAATAAATACGATTGAATGAATGAATAGAAC	135196

CR536601.8	1801	CCAAGGGAAGCAGTGTAGCCTAGTGCATAGGGCAGAAGAATCTGAGTTCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	135197	CCAAGGGAAGCAGTGTAGCCTAGTGCATAGGGCAGAAGAATCTGAGTTCT	135246

CR536601.8	1851	AATCCTGGCTCGGCCATTTGTCTGCTGTGTGACTTTAGGCAAGTCACTTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	135247	AATCCTGGCTCGGCCATTTGTCTGCTGTGTGACTTTAGGCAAGTCACTTT	135296

CR536601.8	1901	AACTTCTCTGTGCCTCAGTTACCTCATCTGTAAATGGAGATTTAAGACTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	135297	AACTTCTCTGTGCCTCAGTTACCTCATCTGTAAATGGAGATTTAAGACTG	135346

CR536601.8	1951	TGAGCCCCATGGGGCACATGGACTGTGCCCAACCTGATTAGCTGGTATCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855264.9	135347	TGAGCCCCATGGGGCACATGGACTGTGCCCAACCTGATTAGCTGGTATCT	135396

Overview

Query
CR536601.8 - 191674 bps
Hit
CR855264.9 - 135396 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199020001200011333971353961
280.261735504143641985118342188731
394.662202629676797028-124183244441
488.9317526289329193124183244441
592.722042611692617186124183244431
691.63197263190576190838124184244461
795.292192559676797021-132184324381
888.9317526289399200132184324451
993.061942451693317177132184324281
1090.911732409497995218132184324251
1196.14229259190582190840132184324421
1289.9217324889339180-187030872771
1393.552002481692717174-187030872771
1489.56171249190575190823-187030872781
1591.131822489678097027187030872771
1691.771712299497895206-187042872721
1792.38225344178118178461187281876211
1895.292192559676797021-190590908441
1988.817225989399197190590908481
2092.521972541693317186190590908431
2193.08206260190582190841190590908491
2289.4318126589339197-11283941286581
2395.85232265190576190840-11283941286581
2495.79228261967679702711283981286581
2592.692032601692717186-11283991286581
2690.441762499497895226-11284031286531
Short-link