<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005089.14	1	GAATTCTGCATGACCATTATCATTAAGGCCCAATCCCTATTCTATTTTTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	21762	GAATTCTGCATGACCATTATCATTAAGGCCCAATCCCTATTCTATTTTTG	21811

BX005089.14	51	TACCCCTTCCCCTTGGCTCTTGAAACAGAGTGTGAAGGGGAAGGGCTTCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	21812	TACCCCTTCCCCTTGGCTCTTGAAACAGAGTGTGAAGGGGAAGGGCTTCA	21861

BX005089.14	101	AAGTTTACCCCTAAGAAATGGGACACCACTACACCTGCAGTGGACAAGTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	21862	AAGTTTACCCCTAAGAAATGGGACACCACTACACCTGCAGTGGACAAGTC	21911

BX005089.14	151	ATCATATGTCATAGCGACCTCGTACTACATATGACATTGATGATGGCGAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	21912	ATCATATGTCATAGCGACCTCGTACTACATATGACATTGATGATGGCGAC	21961

BX005089.14	201	TGCTATAGTTATTACAGTTGTGTTATGTTTTTGGTGTTTATTTTTTTATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	21962	TGCTATAGTTATTACAGTTGTGTTATGTTTTTGGTGTTTATTTTTTTATT	22011

BX005089.14	251	AAATCACCGAAGGCAACGATACCATGTTATTATATCGATATAATGTGGCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22012	AAATCACCGAAGGCAACGATACCATGTTATTATATCGATATAATGTGGCT	22061

BX005089.14	301	AAAAGATGGTAACTGTACTGTGCGTTTACACAGTGATTATATTCATTAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22062	AAAAGATGGTAACTGTACTGTGCGTTTACACAGTGATTATATTCATTAAT	22111

BX005089.14	351	GTAAATACACGAAAACAACATTAAGATTATAGCAGACACTGTAAAAAGCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22112	GTAAATACACGAAAACAACATTAAGATTATAGCAGACACTGTAAAAAGCT	22161

BX005089.14	401	CATTCCCAGCCAATAGACTTTTCTGAGTATTTGAGTGTCATCGAGTGACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22162	CATTCCCAGCCAATAGACTTTTCTGAGTATTTGAGTGTCATCGAGTGACA	22211

BX005089.14	451	ATGTTGCTGGACTACTATACAGGAGTTATTATTAGGGATTATAGATGTAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22212	ATGTTGCTGGACTACTATACAGGAGTTATTATTAGGGATTATAGATGTAG	22261

BX005089.14	501	ATGTTTTTTATTTTAGCAGTTTTTTTCAAAGCATGACAGTAAAACATGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22262	ATGTTTTTTATTTTAGCAGTTTTTTTCAAAGCATGACAGTAAAACATGAA	22311

BX005089.14	551	CGTGGTTATGAATGTATTAACACATATGCCTGTTTGTTTAATATTGACAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22312	CGTGGTTATGAATGTATTAACACATATGCCTGTTTGTTTAATATTGACAA	22361

BX005089.14	601	AAATATTAATTTGTGCATCTCCTGACGTCCGTGTGCAGCCATGCTGTCGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22362	AAATATTAATTTGTGCATCTCCTGACGTCCGTGTGCAGCCATGCTGTCGT	22411

BX005089.14	651	TATAGATATTCTGGGAAATGTTCGTACTCCTTGGTTTATAGTGTGGTCCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22412	TATAGATATTCTGGGAAATGTTCGTACTCCTTGGTTTATAGTGTGGTCCT	22461

BX005089.14	701	GAAAAATCTCTGTTTTAAGGGATTTCTAACCCTTCCCCTTTGCCCTACGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22462	GAAAAATCTCTGTTTTAAGGGATTTCTAACCCTTCCCCTTTGCCCTACGC	22511

BX005089.14	751	CTTTAAGATAAAGAGAATTGGGACACCCCGACCCCTTCACGTAAATGCAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22512	CTTTAAGATAAAGAGAATTGGGACACCCCGACCCCTTCACGTAAATGCAC	22561

BX005089.14	801	AAAACTTGCGTGATTAGTTGAAATGCAATCTGAAATTTTGCGATTAGCAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22562	AAAACTTGCGTGATTAGTTGAAATGCAATCTGAAATTTTGCGATTAGCAA	22611

BX005089.14	851	ATCACAAGATGCTGCGATATGAAATATATATGTATTTAATTTCTCCTACC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22612	ATCACAAGATGCTGCGATATGAAATATATATGTATTTAATTTCTCCTACC	22661

BX005089.14	901	CATAGCAAAAGCGTGACTGCCATCTGTGTGTGACAGTCTTACTAGCCAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22662	CATAGCAAAAGCGTGACTGCCATCTGTGTGTGACAGTCTTACTAGCCAAT	22711

BX005089.14	951	TGAGTCAGGACACATTTGTTCTGCCTAATCAAAATTGGAAAAAAAAATTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22712	TGAGTCAGGACACATTTGTTCTGCCTAATCAAAATTGGAAAAAAAAATTG	22761

BX005089.14	1001	GAAAAAAAACGAGTGGGAGGATGGTGTTTGCCGCTTCAGAAGCATTAACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22762	GAAAAAAAACGAGTGGGAGGATGGTGTTTGCCGCTTCAGAAGCATTAACA	22811

BX005089.14	1051	GACAAATTCATATCAAAGAAAAAACGCACGTCAGTAATATGGAATATTGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22812	GACAAATTCATATCAAAGAAAAAACGCACGTCAGTAATATGGAATATTGT	22861

BX005089.14	1101	GGTTTCAAATTCACAGACACCAAATAAAAACAGGTAATTTGTAAAAGCTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22862	GGTTTCAAATTCACAGACACCAAATAAAAACAGGTAATTTGTAAAAGCTG	22911

BX005089.14	1151	TCGCAGACCTGTTGCCACACCATGAGGAAATATAACAACCAGCACCTAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22912	TCGCAGACCTGTTGCCACACCATGAGGAAATATAACAACCAGCACCTAAA	22961

BX005089.14	1201	AAAGCACCACAGATGCTTATAGGTATATGAGGAGTGTCTTTCTGAAAAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	22962	AAAGCACCACAGATGCTTATAGGTATATGAGGAGTGTCTTTCTGAAAAAT	23011

BX005089.14	1251	CAACTGATAGTATTGCTAGTCACACTCGATCTAGTAAAGTTTATTTATAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	23012	CAACTGATAGTATTGCTAGTCACACTCGATCTAGTAAAGTTTATTTATAA	23061

BX005089.14	1301	ACTAATTTTGAGAGGATCATATGTTTATGATTGCTTACAGCTGGTTCTGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	23062	ACTAATTTTGAGAGGATCATATGTTTATGATTGCTTACAGCTGGTTCTGC	23111

BX005089.14	1351	ATTATTCAATTCATGATTTACCAATTAGACGATTGAAATACCCTAATGTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	23112	ATTATTCAATTCATGATTTACCAATTAGACGATTGAAATACCCTAATGTC	23161

BX005089.14	1401	CATATAACAGCCATCTTCGTTATGAAGAATCCCCCTTCCACCCCTACTCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	23162	CATATAACAGCCATCTTCGTTATGAAGAATCCCCCTTCCACCCCTACTCC	23211

BX005089.14	1451	TCCTCCTTCCCTAGATGGGTGGCATGGTGGCCCAGCGGTTAGCACTGTTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	23212	TCCTCCTTCCCTAGATGGGTGGCATGGTGGCCCAGCGGTTAGCACTGTTG	23261

BX005089.14	1501	CCTCACAGCAAGAACGTCACTGGTTCTAGTTCTTACCAAGCCAGCCGTCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	23262	CCTCACAGCAAGAACGTCACTGGTTCTAGTTCTTACCAAGCCAGCCGTCA	23311

BX005089.14	1551	TTTCTGTGCGGGGTTTACAAGTCTCCCCACACGCTTACGTGGGTTGCCCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	23312	TTTCTGTGCGGGGTTTACAAGTCTCCCCACACGCTTACGTGGGTTGCCCC	23361

BX005089.14	1601	GGGGTTCCCGGTTTCCTCCCACCATCCAAAAACATGCAACTTAAGTTAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	23362	GGGGTTCCCGGTTTCCTCCCACCATCCAAAAACATGCAACTTAAGTTAAT	23411

BX005089.14	1651	TGACTTATCCAAATGCTCCTAGTAAGTAGTTATCTCTTAAGAGCAATCAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	23412	TGACTTATCCAAATGCTCCTAGTAAGTAGTTATCTCTTAAGAGCAATCAC	23461

BX005089.14	1701	TATCTGTTCATTAGCTACTACAGCAGGGGAGTTCTGGAGATCTACCTGAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	23462	TATCTGTTCATTAGCTACTACAGCAGGGGAGTTCTGGAGATCTACCTGAG	23511

BX005089.14	1751	CTCAAACTCCCCTCTCGCCCTGCAAACAGGATGGGAGCCCCGGGTTCGAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	23512	CTCAAACTCCCCTCTCGCCCTGCAAACAGGATGGGAGCCCCGGGTTCGAG	23561

BX005089.14	1801	GATCTCATGAGCTCAGGGGTCTCTCCCAGGACAGCATGACAAACAAGCTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	23562	GATCTCATGAGCTCAGGGGTCTCTCCCAGGACAGCATGACAAACAAGCTT	23611

BX005089.14	1851	TATAATCAATCATCAGCTAAGTGTGAACTCTTGAAGTAAATGTTGGCGTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	23612	TATAATCAATCATCAGCTAAGTGTGAACTCTTGAAGTAAATGTTGGCGTA	23661

BX005089.14	1901	AGATTATATGTTTTCATTTTCTGTTTTTAACTACCACTCACTGCAGTAAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	23662	AGATTATATGTTTTCATTTTCTGTTTTTAACTACCACTCACTGCAGTAAG	23711

BX005089.14	1951	GAGCAACGATAGATATTATTGAGCCGAATCTTGATTATAAAATTAAATCG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855263.6	23712	GAGCAACGATAGATATTATTGAGCCGAATCTTGATTATAAAATTAAATCG	23761

Overview

Query
BX005089.14 - 115003 bps
Hit
CR855263.6 - 23761 bps
Total alignments
15
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001967200012000121762237611
282.0112029213062133531221624931
381.939024080921811601449447421
41004810099990100089-112508126071
51004810099990100089112508126071
698.8138843258332666-112524126071
795.7938953258332677112526126201
883.261754736570366175113330137771
997.5633413861238652115941159811
1085.321733328028480615-115945162711
1186.441132053874038944116082162951
1297.9241484845348500-117959180061
1387.69811306493365062119058191871
1491.2342576470164757119968200241
1579.681133216493765257-119991203051
Short-link