<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CT573315.5	1	CAGATAAACAGCACAGTAACAGACATGAAGGAAGCAGATCTCATGTAACG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	138477	CAGATAAACAGCACAGTAACAGACATGAAGGAAGCAGATCTCATGTAACG	138526

CT573315.5	51	TTTGTGAGAAATACTACAGTAAGAACTTTACCAATGATTATTTGATGTAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	138527	TTTGTGAGAAATACTACAGTAAGAACTTTACCAATGATTATTTGATGTAT	138576

CT573315.5	101	TTGTTGTCAAGTTAATTTGTCTTTCTGAGTCACACACAAAGTTGATACAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	138577	TTGTTGTCAAGTTAATTTGTCTTTCTGAGTCACACACAAAGTTGATACAA	138626

CT573315.5	151	AGTTCACACACACACACAGACACACACACAGCACACACGTTTATCTTTTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	138627	AGTTCACACACACACACAGACACACACACAGCACACACGTTTATCTTTTC	138676

CT573315.5	201	ACTGATTTTGTGCAACAAATGTGACAGGATACATGTTAATTTTCACTACT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	138677	ACTGATTTTGTGCAACAAATGTGACAGGATACATGTTAATTTTCACTACT	138726

CT573315.5	251	GTTTGAATATCTGTTATGTTAATGTACAAAATAAACCTGATTTAATATCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	138727	GTTTGAATATCTGTTATGTTAATGTACAAAATAAACCTGATTTAATATCC	138776

CT573315.5	301	ACAAATTGAGATTGAAGCATCGTCTTTTATAATTGCATTGACACGTACTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	138777	ACAAATTGAGATTGAAGCATCGTCTTTTATAATTGCATTGACACGTACTG	138826

CT573315.5	351	TTGCTGTGGTAATTCCTTACAAGCACGCATTGTTTAAAAAAAACATTTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	138827	TTGCTGTGGTAATTCCTTACAAGCACGCATTGTTTAAAAAAAACATTTTA	138876

CT573315.5	401	AACTTGTAAAACTCATTCTTGATCACATTTGATGATGATTGATGATCACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	138877	AACTTGTAAAACTCATTCTTGATCACATTTGATGATGATTGATGATCACA	138926

CT573315.5	451	GCAAGCTGAACAGATCTTTTAATACCAGTTGCTTTGCGCACGTCCTATCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	138927	GCAAGCTGAACAGATCTTTTAATACCAGTTGCTTTGCGCACGTCCTATCT	138976

CT573315.5	501	TGTGGATATAATTATATACATTACTATGGAGACATGTTAATACATGGCTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	138977	TGTGGATATAATTATATACATTACTATGGAGACATGTTAATACATGGCTT	139026

CT573315.5	551	TCAATCAATTCAGTGGACGGGGAAACCGCACTCTGCAACTCCACGTTGCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139027	TCAATCAATTCAGTGGACGGGGAAACCGCACTCTGCAACTCCACGTTGCA	139076

CT573315.5	601	GTGGGCTTCAATTTAAAAGACGCCAGGAAATTTTAAAAAGAGACATATTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139077	GTGGGCTTCAATTTAAAAGACGCCAGGAAATTTTAAAAAGAGACATATTG	139126

CT573315.5	651	TGTTTATATCCCCCCGATATGACTATGTACACACTATACCTGCACAAACA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139127	TGTTTATATCCCCCCGATATGACTATGTACACACTATACCTGCACAAACA	139176

CT573315.5	701	GGTTCCAAAAGATGTTTTTCATCATAGGTGCCCTTTAACATTAGTTTCAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139177	GGTTCCAAAAGATGTTTTTCATCATAGGTGCCCTTTAACATTAGTTTCAT	139226

CT573315.5	751	TTATATTTAATCATCATGCCTTATTATTGTCCAAAGTGATTTCCATCTGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139227	TTATATTTAATCATCATGCCTTATTATTGTCCAAAGTGATTTCCATCTGA	139276

CT573315.5	801	AATAATCAAAACAACAAGAGTTCAACATAGATATAAAGGGATTGTTAGTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139277	AATAATCAAAACAACAAGAGTTCAACATAGATATAAAGGGATTGTTAGTG	139326

CT573315.5	851	TTAGAAATTCAAGTAAAGTGTAAAATGGAATTATAGAACTAGTTAGTTAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139327	TTAGAAATTCAAGTAAAGTGTAAAATGGAATTATAGAACTAGTTAGTTAG	139376

CT573315.5	901	TTAACTTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTATTTAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139377	TTAACTTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTATTTAG	139426

CT573315.5	951	ATAGTTAAATTTATTTATCCCCAAAGGGAAATTTCATTTGCAGTGTACAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139427	ATAGTTAAATTTATTTATCCCCAAAGGGAAATTTCATTTGCAGTGTACAC	139476

CT573315.5	1001	CCACAGAGACATCTGACAATTTCACACTTGGTATTTACATAAATAAATCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139477	CCACAGAGACATCTGACAATTTCACACTTGGTATTTACATAAATAAATCA	139526

CT573315.5	1051	TTCAGAAGCCCGAAGTACCATGCCACCACTACTCTAAATAAATGTCCAGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139527	TTCAGAAGCCCGAAGTACCATGCCACCACTACTCTAAATAAATGTCCAGT	139576

CT573315.5	1101	CTAGTGGCCTTTAACTGTCACTGAGAGAGGAGGAATTAAAAAACTTAATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139577	CTAGTGGCCTTTAACTGTCACTGAGAGAGGAGGAATTAAAAAACTTAATT	139626

CT573315.5	1151	GCTTAAAGGTAGAATGATAATTTTGACCTATTTCCTATGCATCTGGGAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139627	GCTTAAAGGTAGAATGATAATTTTGACCTATTTCCTATGCATCTGGGAAC	139676

CT573315.5	1201	GCAACATCCTGATGGTAACAATTTGAAGGTACATGATAAAGGATGCCTCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139677	GCAACATCCTGATGGTAACAATTTGAAGGTACATGATAAAGGATGCCTCT	139726

CT573315.5	1251	CATCGGCAATCATGTTAGCCTACTACATAAAAACGGCTGTTGTAGACACC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139727	CATCGGCAATCATGTTAGCCTACTACATAAAAACGGCTGTTGTAGACACC	139776

CT573315.5	1301	ATAAATCCCAAAATATGATTTCACTTCAGTATTAACATGGGGTGTGGCTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139777	ATAAATCCCAAAATATGATTTCACTTCAGTATTAACATGGGGTGTGGCTA	139826

CT573315.5	1351	TATAGAACTAAAATATATTCCAATTATTTTACTGAGATTACAGGTGCACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139827	TATAGAACTAAAATATATTCCAATTATTTTACTGAGATTACAGGTGCACA	139876

CT573315.5	1401	GTAATATTAGCTGATCTATTATAGAATGGTTCTGTCTGAAGTCTGTACTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139877	GTAATATTAGCTGATCTATTATAGAATGGTTCTGTCTGAAGTCTGTACTT	139926

CT573315.5	1451	CATGTCCAGTTTTGATGCATGAGTATTGCTATTGCATATAACAGAATTCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139927	CATGTCCAGTTTTGATGCATGAGTATTGCTATTGCATATAACAGAATTCA	139976

CT573315.5	1501	GCCTTGCAAAGCTGTCTGAGAAAGTACTAAAGAAGTGACAGGTGTGGCAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	139977	GCCTTGCAAAGCTGTCTGAGAAAGTACTAAAGAAGTGACAGGTGTGGCAT	140026

CT573315.5	1551	TATTGGTGGGTCAAACCACTATAACTTTGCCATATCTGAATAGGTTTCTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	140027	TATTGGTGGGTCAAACCACTATAACTTTGCCATATCTGAATAGGTTTCTA	140076

CT573315.5	1601	TTCTTGTGCGCTTAGTACATTTCCTTTCTCTGGAAAGGACTCAAGAACTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	140077	TTCTTGTGCGCTTAGTACATTTCCTTTCTCTGGAAAGGACTCAAGAACTT	140126

CT573315.5	1651	CCCGTTTAATGACAGAGAGAGCTACTTCACAAGGAGCAAAAGCAACTATT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	140127	CCCGTTTAATGACAGAGAGAGCTACTTCACAAGGAGCAAAAGCAACTATT	140176

CT573315.5	1701	TATGGGTGAAAGTCTGGAAGAGCTTTTTACTGTACTCTTTCATACACATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	140177	TATGGGTGAAAGTCTGGAAGAGCTTTTTACTGTACTCTTTCATACACATA	140226

CT573315.5	1751	CTGTTCCATTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	140227	CTGTTCCATTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT	140276

CT573315.5	1801	TTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	140277	TTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT	140326

CT573315.5	1851	CTTTCTTTCTGTCTGTCTGTCTGTGTGTCTGTCTGTCTATCATCTATTCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	140327	CTTTCTTTCTGTCTGTCTGTCTGTGTGTCTGTCTGTCTATCATCTATTCA	140376

CT573315.5	1901	CATATTTATCTGTACGTCCGTCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	140377	CATATTTATCTGTACGTCCGTCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATC	140426

CT573315.5	1951	CA----GCTGTTGTTAGTTACTGGTCGGAACTGGGTGAATCATGAACTGA	1996
			||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	140427	CATCCAGCTGTTGTTAGTTACTGGTCGGAACTGGGTGAATCATGAACTGA	140476

CT573315.5	1997	ATTC	2000
			||||
CR855222.6	140477	ATTC	140480

Compact alignment

skip 1950 bps 100% identity alignment

CT573315.5	1951	CA----GCTGTTGTTAGTTACTGGTCGGAACTGGGTGAATCATGAACTGA	1996
			||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR855222.6	140427	CATCCAGCTGTTGTTAGTTACTGGTCGGAACTGGGTGAATCATGAACTGA	140476

skip 4 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT573315.5 - 71957 bps
Hit
CR855222.6 - 140480 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.8191520001200011384771404801
276.156630230201305021250928141
380.28501425237452515-1252726681
410068912270822798-117032171221
510072924472444815117032171231
687.83671135239552507-139051391651
791.845613524335303-149792498521
883.721122462711427359150002502591
985.711603202316723486150980512871
1090.7871372381623952-152350524781
1191.11041512365623806-152571527161
1291.04961382288223019-152578527111
1310055561942819483-152656527111
1480.931303493015430502152830531911
1589.63901402365323792171620717541
1698.1851551942919483171629716831
1785.661262402711527354172696729461
1882.91641515240652556178179783361
1985.5240761637016445-11377471378221
2084.75113221639356415511388651390871
Short-link