<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX248388.8	1	GAATTCTCCCGGTCCTCCCGATTAGCCAATCCGGGCCTGCCTAAACTGCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	25426	GAATTCTCCCGGTCCTCCCGATTAGCCAATCCGGGCCTGCCTAAACTGCT	25475

BX248388.8	51	TTTCGGTTGGTCAGATTTAACGTGCGGGAAAATGCCAATGGAGGTCCCGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	25476	TTTCGGTTGGTCAGATTTAACGTGCGGGAAAATGCCAATGGAGGTCCCGC	25525

BX248388.8	101	AAGTAAACAAACTGGCAGACTCAAAATGTCGCTTTTGACTATGGAGCTAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	25526	AAGTAAACAAACTGGCAGACTCAAAATGTCGCTTTTGACTATGGAGCTAC	25575

BX248388.8	151	GACTGTGCTGATGTTTTAAAGCATTACAAACGGCGAAGGTGCATCATTAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	25576	GACTGTGCTGATGTTTTAAAGCATTACAAACGGCGAAGGTGCATCATTAG	25625

BX248388.8	201	TCACTTCAGGAAGAGGTGTGAATTAATTCTCTCCAGATTGGACTATAGCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	25626	TCACTTCAGGAAGAGGTGTGAATTAATTCTCTCCAGATTGGACTATAGCA	25675

BX248388.8	251	ACTATCAACTAGCCGGGCTTCCAGCTAACTCTATCAAACCTCTTCAGCTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	25676	ACTATCAACTAGCCGGGCTTCCAGCTAACTCTATCAAACCTCTTCAGCTG	25725

BX248388.8	301	CTTCAGAACGCAGCAGCACGAGAGGTCTTTAATGAACCTAAAAGAGCACA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	25726	CTTCAGAACGCAGCAGCACGAGAGGTCTTTAATGAACCTAAAAGAGCACA	25775

BX248388.8	351	TGACACTCCGCTGCTCATCCGTTTGCACTGGCTGCCAGTTGCTGCTCTGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	25776	TGACACTCCGCTGCTCATCCGTTTGCACTGGCTGCCAGTTGCTGCTCTGA	25825

BX248388.8	401	TCAAATTCAAAGCTCAGATGTTTGCTTACAAAGCGACTTCTGGCTTTGCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	25826	TCAAATTCAAAGCTCAGATGTTTGCTTACAAAGCGACTTCTGGCTTTGCT	25875

BX248388.8	451	CCTTCTTATCTGCTCTCACTTCTGCAGATTTATGTGCCCTCCAGAAACTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	25876	CCTTCTTATCTGCTCTCACTTCTGCAGATTTATGTGCCCTCCAGAAACTT	25925

BX248388.8	501	GCGTTCTGTGAATAATTGTTGCCTCGTAGTTCTATCCCAAAGAGAGAAGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	25926	GCGTTCTGTGAATAATTGTTGCCTCGTAGTTCTATCCCAAAGAGAGAAGA	25975

BX248388.8	551	AATCACTTTCCCGAACTCTCGCATTAAATCTACCCAGTTGGTGGAATGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	25976	AATCACTTTCCCGAACTCTCGCATTAAATCTACCCAGTTGGTGGAATGAA	26025

BX248388.8	601	CTCCCTAACTGCATCAGATCTGCAGAGTCACTCGCGGTCTTCAAGAAGCG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26026	CTCCCTAACTGCATCAGATCTGCAGAGTCACTCGCGGTCTTCAAGAAGCG	26075

BX248388.8	651	ACTAATAACTCAACTATTTAGTTTCCACTTCCCTTCCTAATCTGCAATTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26076	ACTAATAACTCAACTATTTAGTTTCCACTTCCCTTCCTAATCTGCAATTG	26125

BX248388.8	701	CCTCTCTGGCTCCACCCCTAACTGTATTACAAAAAAATACATATATATTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26126	CCTCTCTGGCTCCACCCCTAACTGTATTACAAAAAAATACATATATATTA	26175

BX248388.8	751	CTAATGTTTTGCTTCTTACACTTTACATACTTTTTCATTGTTGCTCTTAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26176	CTAATGTTTTGCTTCTTACACTTTACATACTTTTTCATTGTTGCTCTTAT	26225

BX248388.8	801	AGTTGTGTAAATTGCTTCCTTGTCCTCATTTGTAAGTCGCTTCGGATAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26226	AGTTGTGTAAATTGCTTCCTTGTCCTCATTTGTAAGTCGCTTCGGATAAA	26275

BX248388.8	851	AGCGTCTGCTAAATGACTAAATGTAAAAATTTTAATTTTGCTAAACTGCG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26276	AGCGTCTGCTAAATGACTAAATGTAAAAATTTTAATTTTGCTAAACTGCG	26325

BX248388.8	901	ACATGGTCATCTTCCAGAAATATTACTCACGATCATCAGGCAATGTTTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26326	ACATGGTCATCTTCCAGAAATATTACTCACGATCATCAGGCAATGTTTTT	26375

BX248388.8	951	CTCTCTCGCTCTTGGTAAAGCGCTGTCAACAAATATTTTCCTTCACATTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26376	CTCTCTCGCTCTTGGTAAAGCGCTGTCAACAAATATTTTCCTTCACATTC	26425

BX248388.8	1001	CATAATACACAGCGCATTGGCCTACGGCAGCTAGATTACTTCAAAAAAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26426	CATAATACACAGCGCATTGGCCTACGGCAGCTAGATTACTTCAAAAAAGG	26475

BX248388.8	1051	CACAGGAGGTCTCTGTACGCTTTTTTTGGTCCACTTTTGGTGTGCACTCG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26476	CACAGGAGGTCTCTGTACGCTTTTTTTGGTCCACTTTTGGTGTGCACTCG	26525

BX248388.8	1101	AGTACGATTGCTACATTCACACCTCCCCAAATGAACGGCACCAGGAGGGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26526	AGTACGATTGCTACATTCACACCTCCCCAAATGAACGGCACCAGGAGGGG	26575

BX248388.8	1151	AAACGAACTCTAGTGCGATTCAACCAGACTAAATAGGGCAGGTGTGAAAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26576	AAACGAACTCTAGTGCGATTCAACCAGACTAAATAGGGCAGGTGTGAAAG	26625

BX248388.8	1201	CACCCTAAGTAGATGCTGCACACTGGGGGTTGTGTGGAGAGACCCCCCTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26626	CACCCTAAGTAGATGCTGCACACTGGGGGTTGTGTGGAGAGACCCCCCTC	26675

BX248388.8	1251	ATGATTGGGAAGTGTTTTGGGTGTAAGACCATACATGATAAATGCGCTAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26676	ATGATTGGGAAGTGTTTTGGGTGTAAGACCATACATGATAAATGCGCTAT	26725

BX248388.8	1301	ATAAATACACACTACATTACATTACAATGTGGCTAATTCCACTAAATGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26726	ATAAATACACACTACATTACATTACAATGTGGCTAATTCCACTAAATGTG	26775

BX248388.8	1351	CTTTTTGAACTTTGAACTCGTTCCAAAATCTGTTTGTATGAACATATTCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26776	CTTTTTGAACTTTGAACTCGTTCCAAAATCTGTTTGTATGAACATATTCC	26825

BX248388.8	1401	ATTGCACATGAATATGTTGAATTTACATTTTTGTTGTATTCCTATTGCAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26826	ATTGCACATGAATATGTTGAATTTACATTTTTGTTGTATTCCTATTGCAG	26875

BX248388.8	1451	CCTTTTGCTTTTTTTGCTTATAGCAATATTTTATATCGATTACGAATCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26876	CCTTTTGCTTTTTTTGCTTATAGCAATATTTTATATCGATTACGAATCTA	26925

BX248388.8	1501	TTTCAATTAATCGCACAGACCCAAGTGTAAGGGACACAAATCTAGCTGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26926	TTTCAATTAATCGCACAGACCCAAGTGTAAGGGACACAAATCTAGCTGTG	26975

BX248388.8	1551	ATGATCGGTTCGAGTTTTAATCATTAATGAAAAATGGAAAACAGATTTAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	26976	ATGATCGGTTCGAGTTTTAATCATTAATGAAAAATGGAAAACAGATTTAC	27025

BX248388.8	1601	ATTTTTACAGTCTACTGACATTGTTAATGTACCCGTAAACACACTCATTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	27026	ATTTTTACAGTCTACTGACATTGTTAATGTACCCGTAAACACACTCATTG	27075

BX248388.8	1651	TCAGTTATCATAAAGAAAGAAAATTCTTATATTGTGTTTAAAAACAATAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	27076	TCAGTTATCATAAAGAAAGAAAATTCTTATATTGTGTTTAAAAACAATAT	27125

BX248388.8	1701	TTGCTTTTATCTACAGTTACTCTATTTAAAACAAATATTGGTCGACTTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	27126	TTGCTTTTATCTACAGTTACTCTATTTAAAACAAATATTGGTCGACTTTT	27175

BX248388.8	1751	ATATTTACTTCCCCAAATATTTCTATACAAATAAAATAATTTAACACGCG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	27176	ATATTTACTTCCCCAAATATTTCTATACAAATAAAATAATTTAACACGCG	27225

BX248388.8	1801	TTGTTATGATTAGGCTAATATTCGGCTCCATTTAATTCTTTTTTCATGCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	27226	TTGTTATGATTAGGCTAATATTCGGCTCCATTTAATTCTTTTTTCATGCT	27275

BX248388.8	1851	CCTCAACTGACATTCACGTCAAATTCAGTCACAAGTCTACCTGTCAGCTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	27276	CCTCAACTGACATTCACGTCAAATTCAGTCACAAGTCTACCTGTCAGCTA	27325

BX248388.8	1901	AGGCTAACATGCCAGAGTAACCTACATTTTGAAGCTTTGGCTTCCAAATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	27326	AGGCTAACATGCCAGAGTAACCTACATTTTGAAGCTTTGGCTTCCAAATG	27375

BX248388.8	1951	GTCTCAAAAAAGTCTGGGTGTTCAAAATAATTATCAAATATGGGAGAAGC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854952.6	27376	GTCTCAAAAAAGTCTGGGTGTTCAAAATAATTATCAAATATGGGAGAAGC	27425

Overview

Query
BX248388.8 - 58638 bps
Hit
CR854952.6 - 27425 bps
Total alignments
8
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001962200012000125426274251
280.656619832504327011357937641
389.842433652236522729111407117701
486.91783173942939745111407117191
588.611702832919529477111500117711
687.65311725272752898-112022121911
710035642329923362112119121821
889.243695921539415985125727263021
Short-link