<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX470204.13	185190	GAATTCTTCGTTATTTTTACTGGCCACGAATCAAAAAAGATGTCGCCAGT	185141
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	72435	GAATTCTTCGTTATTTTTACTGGCCACGAATCAAAAAAGATGTCGCCAGT	72484

C  BX470204.13	185140	TATGTTAAAACCTGTCATACATGCCAGTTGACTGGTAAGCCTAATCAGCC	185091
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	72485	TATGTTAAAACCTGTCATACATGCCAGTTGACTGGTAAGCCTAATCAGCC	72534

C  BX470204.13	185090	GTTAAAACCGGCGCCTCTGCAGCCCATTTCTGCCGTATGCCAACCTTTCG	185041
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	72535	GTTAAAACCGGCGCCTCTGCAGCCCATTTCTGCCGTATGCCAACCTTTCG	72584

C  BX470204.13	185040	AGCATCTCATCATTGACTGTGTTGGGCCACTCCCTCGCTCGAAAGCGGGG	184991
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	72585	AGCATCTCATCATTGACTGTGTTGGGCCACTCCCTCGCTCGAAAGCGGGG	72634

C  BX470204.13	184990	AGTGAATATCTGCTAACAGTGATGTGCCAGGTCACTCGTTATCCGGCCGC	184941
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	72635	AGTGAATATCTGCTAACAGTGATGTGCCAGGTCACTCGTTATCCGGCCGC	72684

C  BX470204.13	184940	GTTTCCTTTGCGTTCTATTAACACTAAGGCTATTGTTAAAGCTCTCACTC	184891
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	72685	GTTTCCTTTGCGTTCTATTAACACTAAGGCTATTGTTAAAGCTCTCACTC	72734

C  BX470204.13	184890	AATTTATTTCTATTTTTGGCTTACCTAAAGTTATTCAGTCCGATCAGGGA	184841
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	72735	AATTTATTTCTATTTTTGGCTTACCTAAAGTTATTCAGTCCGATCAGGGA	72784

C  BX470204.13	184840	AGTAATTTTACTTCAAACGTGTTTGCCGAAGTACTTCGTCATTTGGGGAT	184791
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	72785	AGTAATTTTACTTCAAACGTGTTTGCCGAAGTACTTCGTCATTTGGGGAT	72834

C  BX470204.13	184790	TAAGCACAATTTGTCCACTGCGTATCATGCGCAAAGTCAAGGTGCGCTAG	184741
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	72835	TAAGCACAATTTGTCCACTGCGTATCATGCGCAAAGTCAAGGTGCGCTAG	72884

C  BX470204.13	184740	AGCGCTTCCATTCCACCTTAAAATCCTTGCTCCGGGCTTATTGCGTTGAG	184691
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	72885	AGCGCTTCCATTCCACCTTAAAATCCTTGCTCCGGGCTTATTGCGTTGAG	72934

C  BX470204.13	184690	ATGGACAGAGATTGGGAGGAGGGCCTCCCGTGGCTGATGCTGTCAGCCCG	184641
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	72935	ATGGACAGAGATTGGGAGGAGGGCCTCCCGTGGCTGATGCTGTCAGCCCG	72984

C  BX470204.13	184640	GGAAGTAACTCAACAAAGTCTTGGCTATAGCCCGAATGAACTCGTTTTTG	184591
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	72985	GGAAGTAACTCAACAAAGTCTTGGCTATAGCCCGAATGAACTCGTTTTTG	73034

C  BX470204.13	184590	CTCATAAAGTTCGGGGGGTACTGGCTGTTTTGCACGATCAGTGGACCGAT	184541
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73035	CTCATAAAGTTCGGGGGGTACTGGCTGTTTTGCACGATCAGTGGACCGAT	73084

C  BX470204.13	184540	TTAGATCCGCCAGAAAAATTGTCGGATTATGTTTTGGGTTTTCGTCGACG	184491
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73085	TTAGATCCGCCAGAAAAATTGTCGGATTATGTTTTGGGTTTTCGTCGACG	73134

C  BX470204.13	184490	GCTTTCGTTGGCATGGGAACTAGCTAAAAAGCAGTTGGGTAGTTCCCAGA	184441
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73135	GCTTTCGTTGGCATGGGAACTAGCTAAAAAGCAGTTGGGTAGTTCCCAGA	73184

C  BX470204.13	184440	AAAAGATGAAGCGCCTGTTTGACCGTCGCACTGAACGCCGACAGTTTAGC	184391
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73185	AAAAGATGAAGCGCCTGTTTGACCGTCGCACTGAACGCCGACAGTTTAGC	73234

C  BX470204.13	184390	GTGGGAGACCAGGTTGTTGCGCTCCTCCCAGTGTTGGGATCGCCCTTTCA	184341
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73235	GTGGGAGACCAGGTTGTTGCGCTCCTCCCAGTGTTGGGATCGCCCTTTCA	73284

C  BX470204.13	184340	AGCCAAGTACACTGGGCCATATAAGGTGACGCACATTGGCAGTAATGACA	184291
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73285	AGCCAAGTACACTGGGCCATATAAGGTGACGCACATTGGCAGTAATGACA	73334

C  BX470204.13	184290	ATTACACTATTTTAACACCAGATCGTAAAAAGAAAACACAAGTTTGTCAC	184241
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73335	ATTACACTATTTTAACACCAGATCGTAAAAAGAAAACACAAGTTTGTCAC	73384

C  BX470204.13	184240	GTTAATATTTTAAAGCCATATTTTAATCGAGACTGTGTCACACCAATGCA	184191
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73385	GTTAATATTTTAAAGCCATATTTTAATCGAGACTGTGTCACACCAATGCA	73434

C  BX470204.13	184190	GGTAAATCCTGTAGCGCTGGTTGATAGTTTTCCTGAGCACTATGCGCATC	184141
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73435	GGTAAATCCTGTAGCGCTGGTTGATAGTTTTCCTGAGCACTATGCGCATC	73484

C  BX470204.13	184140	ATGTGATGGATATGCAGGCGGATGAATTGAAAACACCCGATGATTGCGTG	184091
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73485	ATGTGATGGATATGCAGGCGGATGAATTGAAAACACCCGATGATTGCGTG	73534

C  BX470204.13	184090	TTGCAGGGTAGGTTAAAGAATTCTGAGACTTTTAAAAAGTTGTTATTCGA	184041
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73535	TTGCAGGGTAGGTTAAAGAATTCTGAGACTTTTAAAAAGTTGTTATTCGA	73584

C  BX470204.13	184040	TTTTAAACATCTAGATGCTACTCAACAACAAGAATTAATTCAGTTGTTAT	183991
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73585	TTTTAAACATCTAGATGCTACTCAACAACAAGAATTAATTCAGTTGTTAT	73634

C  BX470204.13	183990	CGGAGTTTCCACAGTTATTTTCCGATGTACCGACACAGACGAGTGTTTTG	183941
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73635	CGGAGTTTCCACAGTTATTTTCCGATGTACCGACACAGACGAGTGTTTTG	73684

C  BX470204.13	183940	ACGCATGATATAGATGTGGGGGAAGCCACGCCTATCCGCCAGCGCTTTTA	183891
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73685	ACGCATGATATAGATGTGGGGGAAGCCACGCCTATCCGCCAGCGCTTTTA	73734

C  BX470204.13	183890	TCGTGTTCCCCTGAATAAACGTGATGTATTGAGAGCAGAAGTTCAGTATT	183841
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73735	TCGTGTTCCCCTGAATAAACGTGATGTATTGAGAGCAGAAGTTCAGTATT	73784

C  BX470204.13	183840	TGCTCGACAATAAACTGGCTGAACCCTCTTCCTCTTGCTGGTCATCTCCG	183791
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73785	TGCTCGACAATAAACTGGCTGAACCCTCTTCCTCTTGCTGGTCATCTCCG	73834

C  BX470204.13	183790	TGTCTTTTAGTTCGGAAGTCCGACGATAGTTTCCGCTTTTGTACGGACTA	183741
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73835	TGTCTTTTAGTTCGGAAGTCCGACGATAGTTTCCGCTTTTGTACGGACTA	73884

C  BX470204.13	183740	TAGAAAATTAAATTCAGTAACGAAACCAGACTCCTTTCCTCTACCGAGGA	183691
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73885	TAGAAAATTAAATTCAGTAACGAAACCAGACTCCTTTCCTCTACCGAGGA	73934

C  BX470204.13	183690	TGGAGGATTGTATTGATCAGGTCGGTGCTGCAAAATTTGTGACTAAATTG	183641
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73935	TGGAGGATTGTATTGATCAGGTCGGTGCTGCAAAATTTGTGACTAAATTG	73984

C  BX470204.13	183640	GATTTACTTAAGGGCTATTGGCAGGTCTACTTAAGTGAGCGTGCGAGGGA	183591
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	73985	GATTTACTTAAGGGCTATTGGCAGGTCTACTTAAGTGAGCGTGCGAGGGA	74034

C  BX470204.13	183590	ATTATCGTCGTTTATAACACCTGATGGGTTATTCTCCTACCGGGTTATGA	183541
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	74035	ATTATCGTCGTTTATAACACCTGATGGGTTATTCTCCTACCGGGTTATGA	74084

C  BX470204.13	183540	GCTTCGGGCTGCGAAACGCGCCCGCAACGTTTCAGAGATTAATGAACAAA	183491
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	74085	GCTTCGGGCTGCGAAACGCGCCCGCAACGTTTCAGAGATTAATGAACAAA	74134

C  BX470204.13	183490	ATAGTCGCGGGATTAGAAGGGGTTACCGTTTATTTGGACGATACGATTGT	183441
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	74135	ATAGTCGCGGGATTAGAAGGGGTTACCGTTTATTTGGACGATACGATTGT	74184

C  BX470204.13	183440	TGTGAGTGATAGCTGGCCGGAGCATCTTTGTCGTTTGCGCCGCCTTCTCG	183391
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	74185	TGTGAGTGATAGCTGGCCGGAGCATCTTTGTCGTTTGCGCCGCCTTCTCG	74234

C  BX470204.13	183390	ATCGCCTCTCGCAGGCCAACCTTACCATCAATCTCGCTAAATGCGAATTT	183341
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	74235	ATCGCCTCTCGCAGGCCAACCTTACCATCAATCTCGCTAAATGCGAATTT	74284

C  BX470204.13	183340	GCAGGGGCGACGGTGACGTACCTGGGCAAGGTAGTGGGACAAGGACAGGT	183291
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	74285	GCAGGGGCGACGGTGACGTACCTGGGCAAGGTAGTGGGACAAGGACAGGT	74334

C  BX470204.13	183290	GCGTCCAGTGAGGGCGAAGGTGCAGGCGATAGATGAATATCCGGTGCCTG	183241
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	74335	GCGTCCAGTGAGGGCGAAGGTGCAGGCGATAGATGAATATCCGGTGCCTG	74384

C  BX470204.13	183240	TCACTAAGAAAGAATTAATGCGCTTTTTGGAACTTGTAGGGTTTTACCGC	183191
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR854929.8	74385	TCACTAAGAAAGAATTAATGCGCTTTTTGGAACTTGTAGGGTTTTACCGC	74434

Overview

Query
BX470204.13 - 185190 bps
Hit
CR854929.8 - 74434 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019922000183191185190-172435744341
280.931213333032430656-111778121021
387.411732995324853546111849121341
479.48116348141236141583121205215501
588.281772995324853546-121210214991
680.221233621008110442121215215781
783.6144319165299165617-123892242021
883.1824453067627291-131006315341
985.6393167154188154354-131207313731
1088.1876127141238141364-132211323371
1188.5791140165477165616140937410761
1280.7612534264056746145350456871
1385.38119223153930154152145866460841
1482.5224857467637336145986465571
1587.25621024685946960147439475401
1685.8369127165491165617-147442475681
1787.598160136788136947151227513861
1885.06841543047030623-151228513811
1983.33791693735537523161475616421
20100320327182237182563-164045643711
Short-link