<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

CR925812.10	1	GAACGGAGAAAGTGCATCCCATGGTCTGCGATACGAAAGTTCAGATCCCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114155	GAACGGAGAAAGTGCATCCCATGGTCTGCGATACGAAAGTTCAGATCCCC	114204

CR925812.10	51	AAACCAGAAGACCACCCTGTGAGACAAAACATCAATGTGAGCACCATATC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114205	AAACCAGAAGACCACCCTGTGAGACAAAACATCAATGTGAGCACCATATC	114254

CR925812.10	101	ACCATACATGAGAGGATGCTTATATATGGCCATCTGTATTATAAGTTAGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114255	ACCATACATGAGAGGATGCTTATATATGGCCATCTGTATTATAAGTTAGC	114304

CR925812.10	151	ACTGACTTGTGGTCAAGTACTTGTGGTGTGTTGAACATGTCAAATTCCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114305	ACTGACTTGTGGTCAAGTACTTGTGGTGTGTTGAACATGTCAAATTCCTG	114354

CR925812.10	201	CGTGTCCAGTATGTATTCAAACTCATCCATCCGTTGCAGTGCATAATTCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114355	CGTGTCCAGTATGTATTCAAACTCATCCATCCGTTGCAGTGCATAATTCA	114404

CR925812.10	251	TATGAGCCGCCAGATGACAGTTTAGAAAACACAGCATTTCACCATAAAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114405	TATGAGCCGCCAGATGACAGTTTAGAAAACACAGCATTTCACCATAAAAG	114454

CR925812.10	301	GAGAATCGCACTGAAATTCCCCCTTTATTTCCCTGCAAGAATAATTTGGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114455	GAGAATCGCACTGAAATTCCCCCTTTATTTCCCTGCAAGAATAATTTGGC	114504

CR925812.10	351	CTATATTAGTCCACCTATTTATTACTACAGTAAATGTATATTTATTTAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114505	CTATATTAGTCCACCTATTTATTACTACAGTAAATGTATATTTATTTAAA	114554

CR925812.10	401	ACATACATAGAAACACTAAAGTTCAAAGTTTTATAGTCAAGACTAAAGTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114555	ACATACATAGAAACACTAAAGTTCAAAGTTTTATAGTCAAGACTAAAGTA	114604

CR925812.10	451	ATAGATGTAAAAGAAATCTGCTTAATAATAACAATAAATACCATTTTTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114605	ATAGATGTAAAAGAAATCTGCTTAATAATAACAATAAATACCATTTTTAA	114654

CR925812.10	501	ATATATTAAGATAGGTTACAACATTAAGAGAGAATTTAATTCAAAGAGAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114655	ATATATTAAGATAGGTTACAACATTAAGAGAGAATTTAATTCAAAGAGAT	114704

CR925812.10	551	TTCATTTTTTAATTAAAATAATATATTTTTTATTTATTTTGTGCGTGTAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114705	TTCATTTTTTAATTAAAATAATATATTTTTTATTTATTTTGTGCGTGTAA	114754

CR925812.10	601	ATTAAATGTGGCCTTATAATGCATAAGATACAACAAAAATGACAATATAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114755	ATTAAATGTGGCCTTATAATGCATAAGATACAACAAAAATGACAATATAA	114804

CR925812.10	651	AGAAAGATTAATCTTACAGTCCCCAAACTTTAACACAAATCTTTTTTTTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114805	AGAAAGATTAATCTTACAGTCCCCAAACTTTAACACAAATCTTTTTTTTA	114854

CR925812.10	701	AAAAGTAATGGAATCAATATGAATTTATTATATAAAACAAATTGCCAGTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114855	AAAAGTAATGGAATCAATATGAATTTATTATATAAAACAAATTGCCAGTG	114904

CR925812.10	751	GAATGTCAGGATCTAAAGGCTTTGCCATACCCAGTATCCAAACAGGCCTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114905	GAATGTCAGGATCTAAAGGCTTTGCCATACCCAGTATCCAAACAGGCCTG	114954

CR925812.10	801	TACGTGTGTATGTACTTTGGATGTCTCTGATGAAAGGCAGGTGGACCTGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	114955	TACGTGTGTATGTACTTTGGATGTCTCTGATGAAAGGCAGGTGGACCTGC	115004

CR925812.10	851	TTGGCAAACAATATCAGCAATAAACCCTGCATCCTCACAGAAGTCACCTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115005	TTGGCAAACAATATCAGCAATAAACCCTGCATCCTCACAGAAGTCACCTG	115054

CR925812.10	901	AGGACAGCATTAAAATGTTAAGTATTTTGTCATATGAGCTTAATCCATAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115055	AGGACAGCATTAAAATGTTAAGTATTTTGTCATATGAGCTTAATCCATAT	115104

CR925812.10	951	CATACCTGACAGTATCACAGAGAGTGGATATTAGGATGTTTCTACGGCCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115105	CATACCTGACAGTATCACAGAGAGTGGATATTAGGATGTTTCTACGGCCA	115154

CR925812.10	1001	AGAAAGACATGTGTCGGTCTCAAAATAAACAGTGGCTTGGTTTCCATACT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115155	AGAAAGACATGTGTCGGTCTCAAAATAAACAGTGGCTTGGTTTCCATACT	115204

CR925812.10	1051	AACATGAAGCATATCATGTCCAAGTTTGCAAAGAAATGCAAATTAGGTGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115205	AACATGAAGCATATCATGTCCAAGTTTGCAAAGAAATGCAAATTAGGTGC	115254

CR925812.10	1101	ATAACCATTTGATTTTATATTGAGTATTTTACTTGAGCGGAAACAGCCGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115255	ATAACCATTTGATTTTATATTGAGTATTTTACTTGAGCGGAAACAGCCGA	115304

CR925812.10	1151	TTAGTCATATTGGTTTTTTTTTCATTATAGTGACCAAAATTATTACAGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115305	TTAGTCATATTGGTTTTTTTTTCATTATAGTGACCAAAATTATTACAGTT	115354

CR925812.10	1201	TTGAAAAAAATAGCAGAAAATGTTATATACACTTATATAAATATCTATCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115355	TTGAAAAAAATAGCAGAAAATGTTATATACACTTATATAAATATCTATCT	115404

CR925812.10	1251	ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115405	ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT	115454

CR925812.10	1301	CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
CR854904.9	115455	CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC-	115503

CR925812.10	1351	ATCGATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGTATAGTTAAAGTCAGAATT	1400
			   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115504	---GATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGTATAGTTAAAGTCAGAATT	115550

CR925812.10	1401	ATTAGCCCCCCCCTCCCAATCTTTAGCTCCCCTGTTTATTTTTTCCCTGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115551	ATTAGCCCCCCCCTCCCAATCTTTAGCTCCCCTGTTTATTTTTTCCCTGA	115600

CR925812.10	1451	TTTCTGTTTAACAGAGAGATTTTATCAACACATTTCTAAACATAATAGTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115601	TTTCTGTTTAACAGAGAGATTTTATCAACACATTTCTAAACATAATAGTT	115650

CR925812.10	1501	TTAATAACTCATCTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115651	TTAATAACTCATCTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGAC	115700

CR925812.10	1551	AGTAATTTATATTTGACTAGATATTTTTCAAGACACTTCTACTTTACAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115701	AGTAATTTATATTTGACTAGATATTTTTCAAGACACTTCTACTTTACAGT	115750

CR925812.10	1601	TTAAAGGTACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGGCGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115751	TTAAAGGTACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGGCGG	115800

CR925812.10	1651	GTTAGGGTAATTGGGCAAGTTATTGTATAACGATGGTTTGTTCTGTAGAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115801	GTTAGGGTAATTGGGCAAGTTATTGTATAACGATGGTTTGTTCTGTAGAC	115850

CR925812.10	1701	TTGATTTGATTTCCTTAGTTGAGGAATTGTTTGTTAAAACCTACACTTGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115851	TTGATTTGATTTCCTTAGTTGAGGAATTGTTTGTTAAAACCTACACTTGG	115900

CR925812.10	1751	AAAACTACCTCACAGGGATCCATGTTTTTATATTTGCAAATTTTTAAAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115901	AAAACTACCTCACAGGGATCCATGTTTTTATATTTGCAAATTTTTAAAAT	115950

CR925812.10	1801	GAAAACATCTAATTGTGATTTTTGTGACTGATACTGTTATTTGATTTGCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115951	GAAAACATCTAATTGTGATTTTTGTGACTGATACTGTTATTTGATTTGCA	116000

CR925812.10	1851	ATTATTTCAAAAGTGCAGCACACACTTAAAATGAAAGGAACGTGGCATAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	116001	ATTATTTCAAAAGTGCAGCACACACTTAAAATGAAAGGAACGTGGCATAC	116050

CR925812.10	1901	TTTAACGTTATATAGAAATATGTATTTATTAGCTGTCTATATAAACATGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	116051	TTTAACGTTATATAGAAATATGTATTTATTAGCTGTCTATATAAACATGC	116100

CR925812.10	1951	ATTTACTTTGCAGACTTTAGCAAATAGCTAATCACAATGTTATAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	116101	ATTTACTTTGCAGACTTTAGCAAATAGCTAATCACAATGTTATAGAATTC	116150

Compact alignment

skip 1300 bps 100% identity alignment

CR925812.10	1301	CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
CR854904.9	115455	CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC-	115503

CR925812.10	1351	ATCGATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGTATAGTTAAAGTCAGAATT	1400
			   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR854904.9	115504	---GATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGTATAGTTAAAGTCAGAATT	115550

skip 600 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR925812.10 - 207061 bps
Hit
CR854904.9 - 116150 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.8188120001200011141551161501
275.7596413127826128238-1472451231
381.6112031594633949471700973181
485.081262468727487519-1701472611
590.9877132141877142008126609267411
676.19149656198952199607129442300961
781.5751943551435707-134156343551
886.06881626267662837-134190343541
987.341312349463494867-137137373651
1085.351092228720987430140330405611
1188.59115180199700199879149363495461
1288.011362349463394866-152331525551
1391.821612248729687519152331525501
1486.321022084768347890-152565527761
1582.081022487632876575-162995632341
1685.72751409823598374163043631821
1793.8226291119298119588179385796741
1879.8278245946839492711011111013431
1991.74801099764997757-11050531051611
2092.811051551423157711124241125761
2198.561031394391144049-11153961155341
2298.5610313914765314779111153961155341
2387.541402685138151648-11155791158511
Short-link