<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR848794.6	1	TTCTTTTTCATTTCTTTTTTCAAGCTTAAATGTTGCTCAAGTCATTCTTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	204723	TTCTTTTTCATTTCTTTTTTCAAGCTTAAATGTTGCTCAAGTCATTCTTA	204772

CR848794.6	51	ATGTTTCCTCTGTGTGTGTCTGTGTTCCTCTGTACAGGCAGTGTAAACCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	204773	ATGTTTCCTCTGTGTGTGTCTGTGTTCCTCTGTACAGGCAGTGTAAACCC	204822

CR848794.6	101	TAGAAACCACTCGTTCAGTGATCCAGCCAGTAATCTGGGTCTGGAGGACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	204823	TAGAAACCACTCGTTCAGTGATCCAGCCAGTAATCTGGGTCTGGAGGACA	204872

CR848794.6	151	TCATCAGGAAGGCTCTCATGGGGAACATGGAGGAGAAGCAGGAGGACCAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	204873	TCATCAGGAAGGCTCTCATGGGGAACATGGAGGAGAAGCAGGAGGACCAG	204922

CR848794.6	201	CAGCAGCAGCAGCAAACCCTGATGAGCGCAGCAAACTCCTCAGGCAGCAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	204923	CAGCAGCAGCAGCAAACCCTGATGAGCGCAGCAAACTCCTCAGGCAGCAT	204972

CR848794.6	251	GAGCAGTATTTCAGAGAGCCGGCAGGAGGCCAGCCCGTCCCCTAACACAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	204973	GAGCAGTATTTCAGAGAGCCGGCAGGAGGCCAGCCCGTCCCCTAACACAG	205022

CR848794.6	301	GTTCAGACTGCAAAGCCATATATATATATTTTTTTTGCATGTTACCACAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205023	GTTCAGACTGCAAAGCCATATATATATATTTTTTTTGCATGTTACCACAA	205072

CR848794.6	351	AAATATGTATAGGTGTATAAGTAAAGCACCTTATTTCATTGCAAAATGTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205073	AAATATGTATAGGTGTATAAGTAAAGCACCTTATTTCATTGCAAAATGTC	205122

CR848794.6	401	TGTGGGATCTTAAAGTATTAACAAGTCTTAAATTAACTGAAATCTGAAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205123	TGTGGGATCTTAAAGTATTAACAAGTCTTAAATTAACTGAAATCTGAAAC	205172

CR848794.6	451	TGAAACTGAAATGTCTTGTTGGTCTTAAATTGTTTTAAATGAGTCTTAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205173	TGAAACTGAAATGTCTTGTTGGTCTTAAATTGTTTTAAATGAGTCTTAAT	205222

CR848794.6	501	TTTTATTTGTTGTTTAAAAGTATATAATCGATCCAAACAATACATCTCAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205223	TTTTATTTGTTGTTTAAAAGTATATAATCGATCCAAACAATACATCTCAA	205272

CR848794.6	551	TAAAACGTTTAGCAAAACTCTATTTATATCTTGTATATTTAACTGTTAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205273	TAAAACGTTTAGCAAAACTCTATTTATATCTTGTATATTTAACTGTTAAT	205322

CR848794.6	601	CTGTTAACATTGAGTTTTTACAATTTTAAAGAGTTTTTTTAGTTATGTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205323	CTGTTAACATTGAGTTTTTACAATTTTAAAGAGTTTTTTTAGTTATGTTT	205372

CR848794.6	651	AAAAAAAATTTGAATGTAAACCACTCGGGTCTGCTTGTTTTGAAATTATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205373	AAAAAAAATTTGAATGTAAACCACTCGGGTCTGCTTGTTTTGAAATTATT	205422

CR848794.6	701	TTATCATTCAATTTTTAATTAGATCCTTATTTAAAATATATGGTTTAGAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205423	TTATCATTCAATTTTTAATTAGATCCTTATTTAAAATATATGGTTTAGAG	205472

CR848794.6	751	ATAAGTAGTTAGAATTCTTTGATGCTGGGCCATTAAAAACTATCATTAGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205473	ATAAGTAGTTAGAATTCTTTGATGCTGGGCCATTAAAAACTATCATTAGC	205522

CR848794.6	801	ACTTAGACCTCTATAAGTCAAAAATTGCTTGCAAGAACAAAAGACTGTTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205523	ACTTAGACCTCTATAAGTCAAAAATTGCTTGCAAGAACAAAAGACTGTTA	205572

CR848794.6	851	GGGATTTACAATATGTTAAATCAAATGTTCTCTCATTTAACAACATAAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205573	GGGATTTACAATATGTTAAATCAAATGTTCTCTCATTTAACAACATAAAA	205622

CR848794.6	901	ATGTTGAAACAATGCCATGTTTTGAGGCATTTATAAAATATTTGGACAAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205623	ATGTTGAAACAATGCCATGTTTTGAGGCATTTATAAAATATTTGGACAAC	205672

CR848794.6	951	AATATCAAAGTTTTAAATACATTCAAGTGGTCTTTTATGGGTAATTTCCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205673	AATATCAAAGTTTTAAATACATTCAAGTGGTCTTTTATGGGTAATTTCCA	205722

CR848794.6	1001	CAGCAATACAGCATTATGTGCATTTATTTAAATTTTCACTGTCTGAAGAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205723	CAGCAATACAGCATTATGTGCATTTATTTAAATTTTCACTGTCTGAAGAA	205772

CR848794.6	1051	CCACAATAGGGTAGGGTACCACTGTTTGGAATCCTTTCAGTACTAAAGAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205773	CCACAATAGGGTAGGGTACCACTGTTTGGAATCCTTTCAGTACTAAAGAG	205822

CR848794.6	1101	TTGTTAGGTTTTGCTGTATTTGGGTTGACCCTTCTTGGGTGGCTCGCCAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205823	TTGTTAGGTTTTGCTGTATTTGGGTTGACCCTTCTTGGGTGGCTCGCCAA	205872

CR848794.6	1151	TGTATTGGATGACTCTAATGCATAAAATAAGTGAGCAGAACAAAGTTCTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205873	TGTATTGGATGACTCTAATGCATAAAATAAGTGAGCAGAACAAAGTTCTT	205922

CR848794.6	1201	ATCAGGAGAAGATTTTATTAAAGACGATGAAAAGTGCAGTTCCTCAGCAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205923	ATCAGGAGAAGATTTTATTAAAGACGATGAAAAGTGCAGTTCCTCAGCAT	205972

CR848794.6	1251	TGATGTTAACCCATTGGTCTTTATGTAGCTTAACCCAAAGTACTGTCTGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	205973	TGATGTTAACCCATTGGTCTTTATGTAGCTTAACCCAAAGTACTGTCTGT	206022

CR848794.6	1301	GAGACACTACTTTATAACAAAGTATACTGTAAGTATACCCCCGGAGATTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	206023	GAGACACTACTTTATAACAAAGTATACTGTAAGTATACCCCCGGAGATTA	206072

CR848794.6	1351	CCCAACTGGTTTGGTTGGGTCTCAACTTTTGAGTTCCTTTAGGACATTTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	206073	CCCAACTGGTTTGGTTGGGTCTCAACTTTTGAGTTCCTTTAGGACATTTG	206122

CR848794.6	1401	GCTCACACCCTTTCAGATGCAGATACTTGTTCGCATTTGAAACAAGCTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	206123	GCTCACACCCTTTCAGATGCAGATACTTGTTCGCATTTGAAACAAGCTTT	206172

CR848794.6	1451	ACAATCTATCGAGAGTGTGCTAGACTCTTGGTTTACAGAAATCCGTCACT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	206173	ACAATCTATCGAGAGTGTGCTAGACTCTTGGTTTACAGAAATCCGTCACT	206222

CR848794.6	1501	TGCGCATTCAACAAGTCACAGGAATTTAAACACGATATTTAGATACACAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	206223	TGCGCATTCAACAAGTCACAGGAATTTAAACACGATATTTAGATACACAT	206272

CR848794.6	1551	TTAAAACACAACAACCATGGTTGAACCTGTCTCATGCACAGTTTGTCATC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	206273	TTAAAACACAACAACCATGGTTGAACCTGTCTCATGCACAGTTTGTCATC	206322

CR848794.6	1601	ATCTTGTGTCAAACGGCCACATGCCAATAAGCAAGAACATGGTCTACTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	206323	ATCTTGTGTCAAACGGCCACATGCCAATAAGCAAGAACATGGTCTACTCT	206372

CR848794.6	1651	CATTCATTGTTTATGGGGCCATTCTCAATATGTGCACTAAGGGAACAACC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	206373	CATTCATTGTTTATGGGGCCATTCTCAATATGTGCACTAAGGGAACAACC	206422

CR848794.6	1701	CATACTGGTTTCTTCTTCAAGCAAGATTGATTTCAAATACATCTTTGCCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	206423	CATACTGGTTTCTTCTTCAAGCAAGATTGATTTCAAATACATCTTTGCCA	206472

CR848794.6	1751	TACTTTTGCTTGCCAAATAAGTGTACTATCAGCAGTGGGCATGCAGGCCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	206473	TACTTTTGCTTGCCAAATAAGTGTACTATCAGCAGTGGGCATGCAGGCCT	206522

CR848794.6	1801	GATCATCGTGATTTATACTGAACCATACTTAACTGTATTCTACTCAACTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	206523	GATCATCGTGATTTATACTGAACCATACTTAACTGTATTCTACTCAACTG	206572

CR848794.6	1851	TACCACACAGTGGAAATGAGGAATATCTGCTTGTTGTTTATGTATTCTGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	206573	TACCACACAGTGGAAATGAGGAATATCTGCTTGTTGTTTATGTATTCTGT	206622

CR848794.6	1901	ATCGGCTCTATTTTAAATATTTTCATTTATGACCTGAACAAAGATAGAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	206623	ATCGGCTCTATTTTAAATATTTTCATTTATGACCTGAACAAAGATAGAAA	206672

CR848794.6	1951	TTAAGCATATTCTCACTCATTCTGTCTCCTCAGCAGGGAAGCAGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848813.6	206673	TTAAGCATATTCTCACTCATTCTGTCTCCTCAGCAGGGAAGCAGAAGCTT	206722

Overview

Query
CR848794.6 - 108725 bps
Hit
CR848813.6 - 206722 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193920001200012047232067221
288.092745211381214332-1816011
387.942284232582426246-1815031
483.671052324757347804110751109891
584.931052144768747900-125264254821
685.72971907423874427125408256101
782.381824226192762348144967453861
886.62721452590626050153576537171
986.531933961385514250-155525559101
1088.15661321605616187155776559101
1185.1989162108211108372-158208583691
1288.71182291379914027-160814610431
1380.481395301055511084-164564651061
1485.581884202582726246164691651061
1583.18982121020010411-170759709721
1682.381032465892459169178343785861
1782.711795221381414335181448819331
1886.571322832596326245181647819291
1982.791303901383814227195457958281
2090.7658118194541957111260251261431
2194.09153186428134299811519371521221
Short-link