<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR391942.8	1	TACTTGACCATTTTATTAAATCCATAATAAAATTTAAATAGTGTTTTCTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	106726	TACTTGACCATTTTATTAAATCCATAATAAAATTTAAATAGTGTTTTCTT	106775

CR391942.8	51	GTTTGTATTTCATAAATTCTAGAAATACATTAGGTATTAAGTTTCTTGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	106776	GTTTGTATTTCATAAATTCTAGAAATACATTAGGTATTAAGTTTCTTGAA	106825

CR391942.8	101	CTGACTGCAATGTCCACATAACCCATTCATAAGCTGGAGCTCATATAAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	106826	CTGACTGCAATGTCCACATAACCCATTCATAAGCTGGAGCTCATATAAAA	106875

CR391942.8	151	CTAGCAGAAGTGATTTTGAACAATTCGAATGTATTTGTGATTGATCTTAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	106876	CTAGCAGAAGTGATTTTGAACAATTCGAATGTATTTGTGATTGATCTTAA	106925

CR391942.8	201	TATGTGCGTTTGATTCTGAAACAAGCCATGTATTTGACTGACCATTTTGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	106926	TATGTGCGTTTGATTCTGAAACAAGCCATGTATTTGACTGACCATTTTGA	106975

CR391942.8	251	TATGCTGGGTAATTTATTTAAAAAAATATATCAACATACTTGTTAACCTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	106976	TATGCTGGGTAATTTATTTAAAAAAATATATCAACATACTTGTTAACCTT	107025

CR391942.8	301	TGTGCTTCTCTCTAGATCCTCCTGTTTTTTACTGTTCTATTCTGCTACCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107026	TGTGCTTCTCTCTAGATCCTCCTGTTTTTTACTGTTCTATTCTGCTACCA	107075

CR391942.8	351	TCACTTTTTAATATTTGGGAAGAAATAAAATACAAAAAAGCTGCAATCGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107076	TCACTTTTTAATATTTGGGAAGAAATAAAATACAAAAAAGCTGCAATCGA	107125

CR391942.8	401	ATTAAACAATTCAACCTATTAAAATAAAAATAATACTTTTTTAAGCATGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107126	ATTAAACAATTCAACCTATTAAAATAAAAATAATACTTTTTTAAGCATGT	107175

CR391942.8	451	TTAATTAACATTGAATGACAGAGGTGGTACTTTAAGGGGCTGATCACACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107176	TTAATTAACATTGAATGACAGAGGTGGTACTTTAAGGGGCTGATCACACT	107225

CR391942.8	501	GAACGAGCTTTATGCGTTTAGAGGTGCCTTTTTGAATGGTTTACTAATGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107226	GAACGAGCTTTATGCGTTTAGAGGTGCCTTTTTGAATGGTTTACTAATGA	107275

CR391942.8	551	ACGCGAGCGTTTTGTGCGCTGCTTATGGACTCTGCGCTCCTCTTGTTTTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107276	ACGCGAGCGTTTTGTGCGCTGCTTATGGACTCTGCGCTCCTCTTGTTTTA	107325

CR391942.8	601	ACCGCCTGCTGCACCTTGTGTTTTTTCTCTTGTGCGCTGTACGCATGCAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107326	ACCGCCTGCTGCACCTTGTGTTTTTTCTCTTGTGCGCTGTACGCATGCAG	107375

CR391942.8	651	TTGAAAAAAGTCAACTCTGGGCAGAAAAAGCGTGTTTCGTCACTCGCGTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107376	TTGAAAAAAGTCAACTCTGGGCAGAAAAAGCGTGTTTCGTCACTCGCGTC	107425

CR391942.8	701	TGTTTCATTCTCCAATCAAATGAAAGCAGGGGTGGGGTTTCCGTGTAAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107426	TGTTTCATTCTCCAATCAAATGAAAGCAGGGGTGGGGTTTCCGTGTAAAA	107475

CR391942.8	751	CATGCTAATATAATACATATAACATCTGTGTTTTTGTCTGTTTAAGCAAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107476	CATGCTAATATAATACATATAACATCTGTGTTTTTGTCTGTTTAAGCAAG	107525

CR391942.8	801	CCTAATGCCGAGTTCAGACTGCATGATTTTCAAAGTAGTTGCGTCACAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107526	CCTAATGCCGAGTTCAGACTGCATGATTTTCAAAGTAGTTGCGTCACAGA	107575

CR391942.8	851	TGTTTTCACACTGCATGACTATCTGGGGTAGCTTTCAGTTACTGTTGTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107576	TGTTTTCACACTGCATGACTATCTGGGGTAGCTTTCAGTTACTGTTGTGT	107625

CR391942.8	901	TTACACTGTAAGATGGATCTTTGACAGTGGGTTTCACACTGCATGACTTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107626	TTACACTGTAAGATGGATCTTTGACAGTGGGTTTCACACTGCATGACTTC	107675

CR391942.8	951	AAAATAGGAAGAATCACCGATAACTTTGTCTCGGTCTGCAAACTACATCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107676	AAAATAGGAAGAATCACCGATAACTTTGTCTCGGTCTGCAAACTACATCT	107725

CR391942.8	1001	CACAACCAAACACGTGAGAAGTGACATGGAAACAACGCAAGGTCATGTAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107726	CACAACCAAACACGTGAGAAGTGACATGGAAACAACGCAAGGTCATGTAG	107775

CR391942.8	1051	TATGTCTTTTGCTATTAATTACATAATGAGAAAGAAGCCTTTAGTGGGGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107776	TATGTCTTTTGCTATTAATTACATAATGAGAAAGAAGCCTTTAGTGGGGT	107825

CR391942.8	1101	AGAAAATATGCTTATTTTGCTTATCTGGTTTTTGAAGGAATTTAACAATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107826	AGAAAATATGCTTATTTTGCTTATCTGGTTTTTGAAGGAATTTAACAATT	107875

CR391942.8	1151	TCTCCTCAACTTTTTTCTGTTTTAACCCGTTAGTGGTCTTGCTTAGATGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107876	TCTCCTCAACTTTTTTCTGTTTTAACCCGTTAGTGGTCTTGCTTAGATGA	107925

CR391942.8	1201	CATGTCAAACAGACACAGGTGTTCCTGCCAAATTTACCAAATTTACACTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107926	CATGTCAAACAGACACAGGTGTTCCTGCCAAATTTACCAAATTTACACTA	107975

CR391942.8	1251	GTTTTCAATCCAAATAGACCAAAAAGAAGCACTTTTACCTTCTCGGCCAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	107976	GTTTTCAATCCAAATAGACCAAAAAGAAGCACTTTTACCTTCTCGGCCAA	108025

CR391942.8	1301	GCTCCAGCTGGCCTGCAGATACCTCTACTAGTGGATGCTGCTCTGTCATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	108026	GCTCCAGCTGGCCTGCAGATACCTCTACTAGTGGATGCTGCTCTGTCATT	108075

CR391942.8	1351	GGCTGTAGGTAATCGCCAATGTTATTTTCAATGAGAACATATTTCACATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	108076	GGCTGTAGGTAATCGCCAATGTTATTTTCAATGAGAACATATTTCACATG	108125

CR391942.8	1401	GCATGATTTGAATTGCCGACAGCTCCAGATATTTAGCATGCCATTCTCTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	108126	GCATGATTTGAATTGCCGACAGCTCCAGATATTTAGCATGCCATTCTCTC	108175

CR391942.8	1451	AGATTGAGGGCCCTATCATACACCCAGCGCAATGTGGCGCAGGGCGCGGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	108176	AGATTGAGGGCCCTATCATACACCCAGCGCAATGTGGCGCAGGGCGCGGC	108225

CR391942.8	1501	GCAATAGTCTTTTGGTACTTTTAGCTCGGCGCAAGGGTCATTTTGAGGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	108226	GCAATAGTCTTTTGGTACTTTTAGCTCGGCGCAAGGGTCATTTTGAGGTG	108275

CR391942.8	1551	TTGCGCCACACTGTTTAAATAGCAAATGCATTTGCGCTCAAATGTGCGCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	108276	TTGCGCCACACTGTTTAAATAGCAAATGCATTTGCGCTCAAATGTGCGCC	108325

CR391942.8	1601	CATAGGCATTCTGGTCTAAAAAAGCAGGCGTGTTTTGGCGCGTTGCTATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	108326	CATAGGCATTCTGGTCTAAAAAAGCAGGCGTGTTTTGGCGCGTTGCTATT	108375

CR391942.8	1651	TTGAGAAACTGTAAATAGTCTGATGGCTTACACACTACAAACAAGATGCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	108376	TTGAGAAACTGTAAATAGTCTGATGGCTTACACACTACAAACAAGATGCA	108425

CR391942.8	1701	GAGCAATACGCAAATATCTTTACATATGAAAAATATATAATATCCTAAGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	108426	GAGCAATACGCAAATATCTTTACATATGAAAAATATATAATATCCTAAGG	108475

CR391942.8	1751	ATATATATATATATATATATATATATATATAAAATAAGGATATATACAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	108476	ATATATATATATATATATATATATATATATAAAATAAGGATATATACAGG	108525

CR391942.8	1801	ATATAGATATAAATGATTAAAATATTACAAAACATTTTAATTTCTAGCCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	108526	ATATAGATATAAATGATTAAAATATTACAAAACATTTTAATTTCTAGCCT	108575

CR391942.8	1851	ACATGAAGATTTAAAAACCACAGCCTTAATTTCTTCATCTCGGGAGGCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	108576	ACATGAAGATTTAAAAACCACAGCCTTAATTTCTTCATCTCGGGAGGCTT	108625

CR391942.8	1901	TTTCAGTTCATTTAATTTGCTTTTGTATAATGTTGTCATTATTATTAGCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	108626	TTTCAGTTCATTTAATTTGCTTTTGTATAATGTTGTCATTATTATTAGCA	108675

CR391942.8	1951	GTATTATTTATTATATCCATATTTATATTTGTTTTATTAAAAACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848794.6	108676	GTATTATTTATTATATCCATATTTATATTTGTTTTATTAAAAACAAGCTT	108725

Overview

Query
CR391942.8 - 25485 bps
Hit
CR848794.6 - 108725 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193620001200011067261087251
Short-link