<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX005342.14	257502	AAGCTTGTGGGTCATCCTCAAACGCATAGCCACCATGTCACCTGCCAGGG	257453
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	92705	AAGCTTGTGGGTCATCCTCAAACGCATAGCCACCATGTCACCTGCCAGGG	92754

C  BX005342.14	257452	CACCTCTGACTATTTGCTGCATTCTAAGATGATTAAGAGCAGAATACTCA	257403
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	92755	CACCTCTGACTATTTGCTGCATTCTAAGATGATTAAGAGCAGAATACTCA	92804

C  BX005342.14	257402	ATTCCTTTTTTCCGCAGCATGCTATGGAGTAGCCTGTCCAACCTCAATAT	257353
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	92805	ATTCCTTTTTTCCGCAGCATGCTATGGAGTAGCCTGTCCAACCTCAATAT	92854

C  BX005342.14	257352	GTAGGCTGACAGCTTCTCTCCTTCATTCTGGTATGTGCTTCGAAATTTAA	257303
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	92855	GTAGGCTGACAGCTTCTCTCCTTCATTCTGGTATGTGCTTCGAAATTTAA	92904

C  BX005342.14	257302	GCATTAAATCTGCAGCATCCTCAGTACTGCCAAATGCTGACTCTAGTACA	257253
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	92905	GCATTAAATCTGCAGCATCCTCAGTACTGCCAAATGCTGACTCTAGTACA	92954

C  BX005342.14	257252	CTAAGATAGTCACTATAAGTAGCAGCTGAGTTGCCAGTCTTTTCAAATCT	257203
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	92955	CTAAGATAGTCACTATAAGTAGCAGCTGAGTTGCCAGTCTTTTCAAATCT	93004

C  BX005342.14	257202	TAAAATATCTGCTGCAGGGCCTCTGAGGCACTCTACTAGTTTCTGCTTCT	257153
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93005	TAAAATATCTGCTGCAGGGCCTCTGAGGCACTCTACTAGTTTCTGCTTCT	93054

C  BX005342.14	257152	TAACATTATCAGAGCACTGCCACTCTTCCAAAATGTGTGTAGTCTGCTCC	257103
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93055	TAACATTATCAGAGCACTGCCACTCTTCCAAAATGTGTGTAGTCTGCTCC	93104

C  BX005342.14	257102	ACCCAAATCTCAAACTCATCTTCCCCAAGAGGAGTTGGTATAAACCCTGA	257053
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93105	ACCCAAATCTCAAACTCATCTTCCCCAAGAGGAGTTGGTATAAACCCTGA	93154

C  BX005342.14	257052	AAAAGGGCGCAGCTTTCTATATATCCCTCTCTCCTCAGATGAAGCCACAT	257003
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93155	AAAAGGGCGCAGCTTTCTATATATCCCTCTCTCCTCAGATGAAGCCACAT	93204

C  BX005342.14	257002	GACATGTTTGAACAAGGGAGTTTATGGCCTCGACCAGCTTAGTGTTGAGG	256953
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93205	GACATGTTTGAACAAGGGAGTTTATGGCCTCGACCAGCTTAGTGTTGAGG	93254

C  BX005342.14	256952	TCAGGAGCAGGAGATGCCAAACTTGAAATGTCGGCTAATGATTTTCCTTC	256903
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93255	TCAGGAGCAGGAGATGCCAAACTTGAAATGTCGGCTAATGATTTTCCTTC	93304

C  BX005342.14	256902	GTTTTGAAGGAACAAATTCAACTTAGTCTGAAATTCATCTTCCTTGCTCT	256853
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93305	GTTTTGAAGGAACAAATTCAACTTAGTCTGAAATTCATCTTCCTTGCTCT	93354

C  BX005342.14	256852	TTTTAGGAGCTGCAGCTGCAACACACACAACCTGTGTGTACCAGAGACCT	256803
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93355	TTTTAGGAGCTGCAGCTGCAACACACACAACCTGTGTGTACCAGAGACCT	93404

C  BX005342.14	256802	ACTTCAGGTCCTCCAATCTCTGCAGGGATAGATGTCTTGGATATGTCATC	256753
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93405	ACTTCAGGTCCTCCAATCTCTGCAGGGATAGATGTCTTGGATATGTCATC	93454

C  BX005342.14	256752	ACCAAATTCAATCAAAACAAATTGAAATTCCTTATTTTTATCTAAGCGAC	256703
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93455	ACCAAATTCAATCAAAACAAATTGAAATTCCTTATTTTTATCTAAGCGAC	93504

C  BX005342.14	256702	AACCAAGCACTTTGCATTTACCAACTCCCAGAGCAGAATCTAGTACATTA	256653
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93505	AACCAAGCACTTTGCATTTACCAACTCCCAGAGCAGAATCTAGTACATTA	93554

C  BX005342.14	256652	TAGATCTCTCTGTCCTCACAGTCTGTAGGCACATTGCTAAGAATAATAAC	256603
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93555	TAGATCTCTCTGTCCTCACAGTCTGTAGGCACATTGCTAAGAATAATAAC	93604

C  BX005342.14	256602	TTTGTCCAGACCCACATCTTTGTCTCTGCACCAAGCAATAATCTCACTAA	256553
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93605	TTTGTCCAGACCCACATCTTTGTCTCTGCACCAAGCAATAATCTCACTAA	93654

C  BX005342.14	256552	CCTCCATTTTTTTTTCTTACAAAAAAAATGTAAAATGTGTTTGTAAAAAA	256503
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93655	CCTCCATTTTTTTTTCTTACAAAAAAAATGTAAAATGTGTTTGTAAAAAA	93704

C  BX005342.14	256502	AAAACTGAATGAATGAGAAAAATATATATTCAAAATAAACCCTAGAATAA	256453
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93705	AAAACTGAATGAATGAGAAAAATATATATTCAAAATAAACCCTAGAATAA	93754

C  BX005342.14	256452	GTATACACGCAAATAAATCACTTCTAAATTTCTTTCTGAATTTACAATCT	256403
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93755	GTATACACGCAAATAAATCACTTCTAAATTTCTTTCTGAATTTACAATCT	93804

C  BX005342.14	256402	GAGTAATCGGATTAATCCCGGATGAGCCCCCACAAATGTAGCCCTCTCCC	256353
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93805	GAGTAATCGGATTAATCCCGGATGAGCCCCCACAAATGTAGCCCTCTCCC	93854

C  BX005342.14	256352	CTTAACTAGCTCAGAAAAAGTAATATGTCTAGGGAAATTCAAATAAAATT	256303
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93855	CTTAACTAGCTCAGAAAAAGTAATATGTCTAGGGAAATTCAAATAAAATT	93904

C  BX005342.14	256302	CAAGGTGAGAGGCACATCCCTATAACTTTAAAATTATCAATGTCTGTTCA	256253
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93905	CAAGGTGAGAGGCACATCCCTATAACTTTAAAATTATCAATGTCTGTTCA	93954

C  BX005342.14	256252	TCAAATGGTAATAACAAACACTTAATAATACCAGGCCTCAGATATATATG	256203
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	93955	TCAAATGGTAATAACAAACACTTAATAATACCAGGCCTCAGATATATATG	94004

C  BX005342.14	256202	TAGTGTTATTCAGAGTAGAAGTGACTATTTGTTTTCTTTTTTCTATTGCA	256153
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	94005	TAGTGTTATTCAGAGTAGAAGTGACTATTTGTTTTCTTTTTTCTATTGCA	94054

C  BX005342.14	256152	TAATATAATTTAACTCTCTCATTTACAAGTTATTTTACACACTGGTTTAT	256103
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	94055	TAATATAATTTAACTCTCTCATTTACAAGTTATTTTACACACTGGTTTAT	94104

C  BX005342.14	256102	TTAACCATTAATTTTCACCCTTTCTGTAAAAAAAAGCTTTCTTTTTATTT	256053
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	94105	TTAACCATTAATTTTCACCCTTTCTGTAAAAAAAAGCTTTCTTTTTATTT	94154

C  BX005342.14	256052	TTTTTCGCTCGATATTACGACCACTGCTCCGTTTAAGCCCTCGCAATATT	256003
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	94155	TTTTTCGCTCGATATTACGACCACTGCTCCGTTTAAGCCCTCGCAATATT	94204

C  BX005342.14	256002	TGTTTAGCCGGCAGAGCTCGCACTGAGAGGAGCTCTCAGCAAGGGACCGT	255953
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	94205	TGTTTAGCCGGCAGAGCTCGCACTGAGAGGAGCTCTCAGCAAGGGACCGT	94254

C  BX005342.14	255952	CGGAAAAGTGCTTCTTTATTTTTCGTTTTTTTTGTTTTTCTGCTCCGCTC	255903
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	94255	CGGAAAAGTGCTTCTTTATTTTTCGTTTTTTTTGTTTTTCTGCTCCGCTC	94304

C  BX005342.14	255902	AGCGCGAGCTCTCCCTGTTGCGAGGGCTTAAGTGTGTGCATGTGTGCGTG	255853
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	94305	AGCGCGAGCTCTCCCTGTTGCGAGGGCTTAAGTGTGTGCATGTGTGCGTG	94354

C  BX005342.14	255852	TGTGCGTGCGTGCGTGCGTGTGCGCGCGCGCATGTGTGTGTGTGTGTGTG	255803
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	94355	TGTGCGTGCGTGCGTGCGTGTGCGCGCGCGCATGTGTGTGTGTGTGTGTG	94404

C  BX005342.14	255802	TTTGTTTGTTTCTTTGGTGCTGTCTATGTTTGTGTTTGAATGAGAGATAG	255753
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	94405	TTTGTTTGTTTCTTTGGTGCTGTCTATGTTTGTGTTTGAATGAGAGATAG	94454

C  BX005342.14	255752	TGTGGTGCTGTGTGTCTGTGTGTTTATACAGACAGCATGTTATAGCCTCC	255703
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	94455	TGTGGTGCTGTGTGTCTGTGTGTTTATACAGACAGCATGTTATAGCCTCC	94504

C  BX005342.14	255702	CCCCTAAAATATAACACTGTGTATGGAAAGCATCGTCAATGCACCGTGAT	255653
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	94505	CCCCTAAAATATAACACTGTGTATGGAAAGCATCGTCAATGCACCGTGAT	94554

C  BX005342.14	255652	GCACCGAGATATCGAATCGAACCGAATCGAAGGCATGATAATTGTAATCG	255603
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	94555	GCACCGAGATATCGAATCGAACCGAATCGAAGGCATGATAATTGTAATCG	94604

C  BX005342.14	255602	AACCAAACCGTGAGACCAGTATAGGTTCACACCTCTACTGTTTAACTCCT	255553
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	94605	AACCAAACCGTGAGACCAGTATAGGTTCACACCTCTACTGTTTAACTCCT	94654

C  BX005342.14	255552	TTACTTTCTGCTGATCATACTGCAAAAAAGCAATTTTTTTCAAATTTAAA	255503
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848785.8	94655	TTACTTTCTGCTGATCATACTGCAAAAAAGCAATTTTTTTCAAATTTAAA	94704

Overview

Query
BX005342.14 - 257502 bps
Hit
CR848785.8 - 94704 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019652000255503257502-192705947041
292.41219294171920172213-1353538241
387.29355609253182253790-1354041291
487.96212351211503211853-113019133671
591.04440611171604172214-122526231391
691.69456614253183253796-122526231391
791.421672458004680290127516277601
892.39643860248036248895134585354511
993.29250313160462160774-138201385131
1090.6214314211501211814143041433591
1189.06445683171584172266-155663563481
1286.13520970252879253848-155663566351
1390.39135207232052232258-158059582661
1497.98321347193890194236-170426707711
1599.3158966132236066242197173807799291
1698.27164173241983242155-173822739941
1781.265061287175011176297178281795611
1898.27163173236081236253-179715798871
1988.47302515219250219764180009805111
2094.47164217219383219599-180685809011
2199.67277300256068256367-186287865861
Short-link