<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
CU024874.2 1 GTGATGGCTGGAGGACTTCCTAAAACAGGCTGAGGAAGCCAGAGACAATG 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 192525 GTGATGGCTGGAGGACTTCCTAAAACAGGCTGAGGAAGCCAGAGACAATG 192574 CU024874.2 51 GGGTCTGGGGAGTCTCTCCTACAAAAGTTTGCTGAATTCCATAGACTTTC 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 192575 GGGTCTGGGGAGTCTCTCCTACAAAAGTTTGCTGAATTCCATAGACTTTC 192624 CU024874.2 101 ATCCATCTGAGGGGACAGGGCTAGACCTGAAGTGAGGGGGCTACCAAATG 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 192625 ATCCATCTGAGGGGACAGGGCTAGACCTGAAGTGAGGGGGCTACCAAATG 192674 CU024874.2 151 AGCTCAAGGGAACTGTAGATATTAAGATTTTGGTGGCTGTTCCAGGGTCA 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 192675 AGCTCAAGGGAACTGTAGATATTAAGATTTTGGTGGCTGTTCCAGGGTCA 192724 CU024874.2 201 AGGAGGCAGAGTCATCTGAACCCTGTGGCTGCCCCTGGGCTAAGGAAGAA 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 192725 AGGAGGCAGAGTCATCTGAACCCTGTGGCTGCCCCTGGGCTAAGGAAGAA 192774 CU024874.2 251 GAGGAGAGAACCCTGGGCTTGGAGGGGCCCAAGGCTCTGGTTCTTATAGT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 192775 GAGGAGAGAACCCTGGGCTTGGAGGGGCCCAAGGCTCTGGTTCTTATAGT 192824 CU024874.2 301 CACTGGCTGTGTGGCTTTGGGCAAGTCTCTTACCCTGCCTGAGCTTCTGT 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 192825 CACTGGCTGTGTGGCTTTGGGCAAGTCTCTTACCCTGCCTGAGCTTCTGT 192874 CU024874.2 351 CTCCTCCTCTGTAAACAGAAGGTTTTGGACTATGTGGCCCCTAGGACCCC 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 192875 CTCCTCCTCTGTAAACAGAAGGTTTTGGACTATGTGGCCCCTAGGACCCC 192924 CU024874.2 401 TTCTAGTCCTGCCTGTATTCTCCAAGGAAAACAGCTTCTGCCAGGAGAAC 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 192925 TTCTAGTCCTGCCTGTATTCTCCAAGGAAAACAGCTTCTGCCAGGAGAAC 192974 CU024874.2 451 CTTGGGTCCCCTATTGCCCTCACCATGCCCTGAGGTTCCCCTGCCTACAA 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 192975 CTTGGGTCCCCTATTGCCCTCACCATGCCCTGAGGTTCCCCTGCCTACAA 193024 CU024874.2 501 GGTCCCAGCCTACACCACCCCCTCTCCAATATTTTCCAGTCCAATGACCT 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193025 GGTCCCAGCCTACACCACCCCCTCTCCAATATTTTCCAGTCCAATGACCT 193074 CU024874.2 551 GTGAGTGGTATTGGACTCCAGACCAAACTCTGAGATTCCCTTGCATTGAC 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193075 GTGAGTGGTATTGGACTCCAGACCAAACTCTGAGATTCCCTTGCATTGAC 193124 CU024874.2 601 CTGCACTCAAGGGAGTTTTCCCTGCCCAATCCAGAACTGAGCATAGGAAA 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193125 CTGCACTCAAGGGAGTTTTCCCTGCCCAATCCAGAACTGAGCATAGGAAA 193174 CU024874.2 651 AGTAAGAAAGAATGAGTCAAGTTCTTTTTCATCAAGTAATGAATTTTTCA 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193175 AGTAAGAAAGAATGAGTCAAGTTCTTTTTCATCAAGTAATGAATTTTTCA 193224 CU024874.2 701 TCCCTTCCCACTGAGGTCTGTGAAGTAGATAAAAGCAGGGGATTATATTC 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193225 TCCCTTCCCACTGAGGTCTGTGAAGTAGATAAAAGCAGGGGATTATATTC 193274 CU024874.2 751 TCTCACTTTGCAGATAAGGAAACTGAGGCTTAAGCAGAGACAAGGGTATG 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193275 TCTCACTTTGCAGATAAGGAAACTGAGGCTTAAGCAGAGACAAGGGTATG 193324 CU024874.2 801 TGGGTGATCACTGTCAATCCTGAGCTTCTACCATGCTCCCTGTTTTTCTC 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193325 TGGGTGATCACTGTCAATCCTGAGCTTCTACCATGCTCCCTGTTTTTCTC 193374 CU024874.2 851 CCACCTCGACACCCTCTCTAATCCCCTCCCCAGCAGAAACCAGGATGACA 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193375 CCACCTCGACACCCTCTCTAATCCCCTCCCCAGCAGAAACCAGGATGACA 193424 CU024874.2 901 TCAAATCCCTTTGCCCCGGCTCCCTGGCCAAAGTACCCAGCGTTTATCTT 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193425 TCAAATCCCTTTGCCCCGGCTCCCTGGCCAAAGTACCCAGCGTTTATCTT 193474 CU024874.2 951 GGCAGCCTGGCTTGGCCTTGCCTGGGTTAAGGGGTTCCCATGTGTCCTAA 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193475 GGCAGCCTGGCTTGGCCTTGCCTGGGTTAAGGGGTTCCCATGTGTCCTAA 193524 CU024874.2 1001 ACTGTCCTCTGGATGAGGCCAGGGTTGTTCTTACCTGTGTGGCATCTCTG 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193525 ACTGTCCTCTGGATGAGGCCAGGGTTGTTCTTACCTGTGTGGCATCTCTG 193574 CU024874.2 1051 GAGTCCAACATGATACAGGAGGGTAAGGCAGATCAGTCACCCAGCCCAGT 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193575 GAGTCCAACATGATACAGGAGGGTAAGGCAGATCAGTCACCCAGCCCAGT 193624 CU024874.2 1101 CCTAGCAGAGAAAGCCAATCCAGTGACTTTGTCTCTTTGTGGAGAGCTCT 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193625 CCTAGCAGAGAAAGCCAATCCAGTGACTTTGTCTCTTTGTGGAGAGCTCT 193674 CU024874.2 1151 GTGTCCAGATAGACCAGCCTCCCTATTGAAATGGCAAAAAAAAAGGAGGA 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193675 GTGTCCAGATAGACCAGCCTCCCTATTGAAATGGCAAAAAAAAAGGAGGA 193724 CU024874.2 1201 GGGGACTCTCCTACAACGCCACCTGTGACTGTTTTCCAGGAGGGGGCAGG 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193725 GGGGACTCTCCTACAACGCCACCTGTGACTGTTTTCCAGGAGGGGGCAGG 193774 CU024874.2 1251 GGCTGTAAACAAATCCTATACAAATCACATTTGGGCCCATGCCCTGTGCT 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193775 GGCTGTAAACAAATCCTATACAAATCACATTTGGGCCCATGCCCTGTGCT 193824 CU024874.2 1301 GGGCACCAGTGGGCCCTGACCACCCCTCTAGCTAGAGGGCCATCCTCATG 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193825 GGGCACCAGTGGGCCCTGACCACCCCTCTAGCTAGAGGGCCATCCTCATG 193874 CU024874.2 1351 ACTTCCACTCTTTGAGGTATCTGAAGCTTTATGGTTATGGTCATCTGAAG 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193875 ACTTCCACTCTTTGAGGTATCTGAAGCTTTATGGTTATGGTCATCTGAAG 193924 CU024874.2 1401 CTTTCTGCCCCTCTGACTCAGGAAGATGCCTTTAGGAATGGGTTTCCAAC 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193925 CTTTCTGCCCCTCTGACTCAGGAAGATGCCTTTAGGAATGGGTTTCCAAC 193974 CU024874.2 1451 AACTAATTCATGTTGTCTCCTTACCCTGTGCTGAGCTGTGCCCCTACCAT 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 193975 AACTAATTCATGTTGTCTCCTTACCCTGTGCTGAGCTGTGCCCCTACCAT 194024 CU024874.2 1501 AGGGAGGCTGTGTTCAGAAACCTTAGCCATGAAGTCATGAAGGCTGCTGG 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 194025 AGGGAGGCTGTGTTCAGAAACCTTAGCCATGAAGTCATGAAGGCTGCTGG 194074 CU024874.2 1551 TCCTAGGCCCTAATTGTGATCTCAAAAAAGTAATTTATGAAGCAATTGCC 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 194075 TCCTAGGCCCTAATTGTGATCTCAAAAAAGTAATTTATGAAGCAATTGCC 194124 CU024874.2 1601 CCCAAGAGCTGCTATTCTATTAGGACGATACAAAACCAACAGAGGGAAAC 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 194125 CCCAAGAGCTGCTATTCTATTAGGACGATACAAAACCAACAGAGGGAAAC 194174 CU024874.2 1651 TCAGGTCAGGGTACCCCAAACCCAGTGAGGGTCTTGAGGATAAAACATCG 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 194175 TCAGGTCAGGGTACCCCAAACCCAGTGAGGGTCTTGAGGATAAAACATCG 194224 CU024874.2 1701 ATGGAATAGTTAGACTTCTGCTCAGTAGAGAAGGTGGCAGATAGGTGGTG 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 194225 ATGGAATAGTTAGACTTCTGCTCAGTAGAGAAGGTGGCAGATAGGTGGTG 194274 CU024874.2 1751 CAGGGGAGAGAGCACTGGTTCTGGAGCCAGAGACTGGAGTTCAACACTGG 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 194275 CAGGGGAGAGAGCACTGGTTCTGGAGCCAGAGACTGGAGTTCAACACTGG 194324 CU024874.2 1801 TCTGAAACTCTCATTAGCTGAGTGACCTTGGACAAGTCACTTCACCCTGC 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 194325 TCTGAAACTCTCATTAGCTGAGTGACCTTGGACAAGTCACTTCACCCTGC 194374 CU024874.2 1851 TTGCCTCAGTTTGCCTTAAATGAGCTGGAGGAGGAAATGGCAAACCACTC 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 194375 TTGCCTCAGTTTGCCTTAAATGAGCTGGAGGAGGAAATGGCAAACCACTC 194424 CU024874.2 1901 CAGTACCTTTGCCAAGAAAACCCCTGGGAATACAAAGAAACATAAAGTAA 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 194425 CAGTACCTTTGCCAAGAAAACCCCTGGGAATACAAAGAAACATAAAGTAA 194474 CU024874.2 1951 ACAGCCAAGTTCTCCTACATTAGACTGTGAACTCCCAGAGAACAAAGCTT 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR848708.12 194475 ACAGCCAAGTTCTCCTACATTAGACTGTGAACTCCCAGAGAACAAAGCTT 194524
Overview
- Query
- CU024874.2 - 68196 bps
- Hit
- CR848708.12 - 194524 bps
- Total alignments
- 4
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon