<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU024874.2	1	GTGATGGCTGGAGGACTTCCTAAAACAGGCTGAGGAAGCCAGAGACAATG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	192525	GTGATGGCTGGAGGACTTCCTAAAACAGGCTGAGGAAGCCAGAGACAATG	192574

CU024874.2	51	GGGTCTGGGGAGTCTCTCCTACAAAAGTTTGCTGAATTCCATAGACTTTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	192575	GGGTCTGGGGAGTCTCTCCTACAAAAGTTTGCTGAATTCCATAGACTTTC	192624

CU024874.2	101	ATCCATCTGAGGGGACAGGGCTAGACCTGAAGTGAGGGGGCTACCAAATG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	192625	ATCCATCTGAGGGGACAGGGCTAGACCTGAAGTGAGGGGGCTACCAAATG	192674

CU024874.2	151	AGCTCAAGGGAACTGTAGATATTAAGATTTTGGTGGCTGTTCCAGGGTCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	192675	AGCTCAAGGGAACTGTAGATATTAAGATTTTGGTGGCTGTTCCAGGGTCA	192724

CU024874.2	201	AGGAGGCAGAGTCATCTGAACCCTGTGGCTGCCCCTGGGCTAAGGAAGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	192725	AGGAGGCAGAGTCATCTGAACCCTGTGGCTGCCCCTGGGCTAAGGAAGAA	192774

CU024874.2	251	GAGGAGAGAACCCTGGGCTTGGAGGGGCCCAAGGCTCTGGTTCTTATAGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	192775	GAGGAGAGAACCCTGGGCTTGGAGGGGCCCAAGGCTCTGGTTCTTATAGT	192824

CU024874.2	301	CACTGGCTGTGTGGCTTTGGGCAAGTCTCTTACCCTGCCTGAGCTTCTGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	192825	CACTGGCTGTGTGGCTTTGGGCAAGTCTCTTACCCTGCCTGAGCTTCTGT	192874

CU024874.2	351	CTCCTCCTCTGTAAACAGAAGGTTTTGGACTATGTGGCCCCTAGGACCCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	192875	CTCCTCCTCTGTAAACAGAAGGTTTTGGACTATGTGGCCCCTAGGACCCC	192924

CU024874.2	401	TTCTAGTCCTGCCTGTATTCTCCAAGGAAAACAGCTTCTGCCAGGAGAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	192925	TTCTAGTCCTGCCTGTATTCTCCAAGGAAAACAGCTTCTGCCAGGAGAAC	192974

CU024874.2	451	CTTGGGTCCCCTATTGCCCTCACCATGCCCTGAGGTTCCCCTGCCTACAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	192975	CTTGGGTCCCCTATTGCCCTCACCATGCCCTGAGGTTCCCCTGCCTACAA	193024

CU024874.2	501	GGTCCCAGCCTACACCACCCCCTCTCCAATATTTTCCAGTCCAATGACCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193025	GGTCCCAGCCTACACCACCCCCTCTCCAATATTTTCCAGTCCAATGACCT	193074

CU024874.2	551	GTGAGTGGTATTGGACTCCAGACCAAACTCTGAGATTCCCTTGCATTGAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193075	GTGAGTGGTATTGGACTCCAGACCAAACTCTGAGATTCCCTTGCATTGAC	193124

CU024874.2	601	CTGCACTCAAGGGAGTTTTCCCTGCCCAATCCAGAACTGAGCATAGGAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193125	CTGCACTCAAGGGAGTTTTCCCTGCCCAATCCAGAACTGAGCATAGGAAA	193174

CU024874.2	651	AGTAAGAAAGAATGAGTCAAGTTCTTTTTCATCAAGTAATGAATTTTTCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193175	AGTAAGAAAGAATGAGTCAAGTTCTTTTTCATCAAGTAATGAATTTTTCA	193224

CU024874.2	701	TCCCTTCCCACTGAGGTCTGTGAAGTAGATAAAAGCAGGGGATTATATTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193225	TCCCTTCCCACTGAGGTCTGTGAAGTAGATAAAAGCAGGGGATTATATTC	193274

CU024874.2	751	TCTCACTTTGCAGATAAGGAAACTGAGGCTTAAGCAGAGACAAGGGTATG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193275	TCTCACTTTGCAGATAAGGAAACTGAGGCTTAAGCAGAGACAAGGGTATG	193324

CU024874.2	801	TGGGTGATCACTGTCAATCCTGAGCTTCTACCATGCTCCCTGTTTTTCTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193325	TGGGTGATCACTGTCAATCCTGAGCTTCTACCATGCTCCCTGTTTTTCTC	193374

CU024874.2	851	CCACCTCGACACCCTCTCTAATCCCCTCCCCAGCAGAAACCAGGATGACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193375	CCACCTCGACACCCTCTCTAATCCCCTCCCCAGCAGAAACCAGGATGACA	193424

CU024874.2	901	TCAAATCCCTTTGCCCCGGCTCCCTGGCCAAAGTACCCAGCGTTTATCTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193425	TCAAATCCCTTTGCCCCGGCTCCCTGGCCAAAGTACCCAGCGTTTATCTT	193474

CU024874.2	951	GGCAGCCTGGCTTGGCCTTGCCTGGGTTAAGGGGTTCCCATGTGTCCTAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193475	GGCAGCCTGGCTTGGCCTTGCCTGGGTTAAGGGGTTCCCATGTGTCCTAA	193524

CU024874.2	1001	ACTGTCCTCTGGATGAGGCCAGGGTTGTTCTTACCTGTGTGGCATCTCTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193525	ACTGTCCTCTGGATGAGGCCAGGGTTGTTCTTACCTGTGTGGCATCTCTG	193574

CU024874.2	1051	GAGTCCAACATGATACAGGAGGGTAAGGCAGATCAGTCACCCAGCCCAGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193575	GAGTCCAACATGATACAGGAGGGTAAGGCAGATCAGTCACCCAGCCCAGT	193624

CU024874.2	1101	CCTAGCAGAGAAAGCCAATCCAGTGACTTTGTCTCTTTGTGGAGAGCTCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193625	CCTAGCAGAGAAAGCCAATCCAGTGACTTTGTCTCTTTGTGGAGAGCTCT	193674

CU024874.2	1151	GTGTCCAGATAGACCAGCCTCCCTATTGAAATGGCAAAAAAAAAGGAGGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193675	GTGTCCAGATAGACCAGCCTCCCTATTGAAATGGCAAAAAAAAAGGAGGA	193724

CU024874.2	1201	GGGGACTCTCCTACAACGCCACCTGTGACTGTTTTCCAGGAGGGGGCAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193725	GGGGACTCTCCTACAACGCCACCTGTGACTGTTTTCCAGGAGGGGGCAGG	193774

CU024874.2	1251	GGCTGTAAACAAATCCTATACAAATCACATTTGGGCCCATGCCCTGTGCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193775	GGCTGTAAACAAATCCTATACAAATCACATTTGGGCCCATGCCCTGTGCT	193824

CU024874.2	1301	GGGCACCAGTGGGCCCTGACCACCCCTCTAGCTAGAGGGCCATCCTCATG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193825	GGGCACCAGTGGGCCCTGACCACCCCTCTAGCTAGAGGGCCATCCTCATG	193874

CU024874.2	1351	ACTTCCACTCTTTGAGGTATCTGAAGCTTTATGGTTATGGTCATCTGAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193875	ACTTCCACTCTTTGAGGTATCTGAAGCTTTATGGTTATGGTCATCTGAAG	193924

CU024874.2	1401	CTTTCTGCCCCTCTGACTCAGGAAGATGCCTTTAGGAATGGGTTTCCAAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193925	CTTTCTGCCCCTCTGACTCAGGAAGATGCCTTTAGGAATGGGTTTCCAAC	193974

CU024874.2	1451	AACTAATTCATGTTGTCTCCTTACCCTGTGCTGAGCTGTGCCCCTACCAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	193975	AACTAATTCATGTTGTCTCCTTACCCTGTGCTGAGCTGTGCCCCTACCAT	194024

CU024874.2	1501	AGGGAGGCTGTGTTCAGAAACCTTAGCCATGAAGTCATGAAGGCTGCTGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	194025	AGGGAGGCTGTGTTCAGAAACCTTAGCCATGAAGTCATGAAGGCTGCTGG	194074

CU024874.2	1551	TCCTAGGCCCTAATTGTGATCTCAAAAAAGTAATTTATGAAGCAATTGCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	194075	TCCTAGGCCCTAATTGTGATCTCAAAAAAGTAATTTATGAAGCAATTGCC	194124

CU024874.2	1601	CCCAAGAGCTGCTATTCTATTAGGACGATACAAAACCAACAGAGGGAAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	194125	CCCAAGAGCTGCTATTCTATTAGGACGATACAAAACCAACAGAGGGAAAC	194174

CU024874.2	1651	TCAGGTCAGGGTACCCCAAACCCAGTGAGGGTCTTGAGGATAAAACATCG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	194175	TCAGGTCAGGGTACCCCAAACCCAGTGAGGGTCTTGAGGATAAAACATCG	194224

CU024874.2	1701	ATGGAATAGTTAGACTTCTGCTCAGTAGAGAAGGTGGCAGATAGGTGGTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	194225	ATGGAATAGTTAGACTTCTGCTCAGTAGAGAAGGTGGCAGATAGGTGGTG	194274

CU024874.2	1751	CAGGGGAGAGAGCACTGGTTCTGGAGCCAGAGACTGGAGTTCAACACTGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	194275	CAGGGGAGAGAGCACTGGTTCTGGAGCCAGAGACTGGAGTTCAACACTGG	194324

CU024874.2	1801	TCTGAAACTCTCATTAGCTGAGTGACCTTGGACAAGTCACTTCACCCTGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	194325	TCTGAAACTCTCATTAGCTGAGTGACCTTGGACAAGTCACTTCACCCTGC	194374

CU024874.2	1851	TTGCCTCAGTTTGCCTTAAATGAGCTGGAGGAGGAAATGGCAAACCACTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	194375	TTGCCTCAGTTTGCCTTAAATGAGCTGGAGGAGGAAATGGCAAACCACTC	194424

CU024874.2	1901	CAGTACCTTTGCCAAGAAAACCCCTGGGAATACAAAGAAACATAAAGTAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	194425	CAGTACCTTTGCCAAGAAAACCCCTGGGAATACAAAGAAACATAAAGTAA	194474

CU024874.2	1951	ACAGCCAAGTTCTCCTACATTAGACTGTGAACTCCCAGAGAACAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848708.12	194475	ACAGCCAAGTTCTCCTACATTAGACTGTGAACTCCCAGAGAACAAAGCTT	194524

Overview

Query
CU024874.2 - 68196 bps
Hit
CR848708.12 - 194524 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100200020001200011925251945241
286.044287634878249544-127967287321
378.15652096559965807156906571111
481.97781802280022979191019912011
Short-link