<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005404.7	1	AAGCTTGCCGCCACCTACTGGTTTAGTGTTATATTTAGTGAACGGCTTTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	20657	AAGCTTGCCGCCACCTACTGGTTTAGTGTTATATTTAGTGAACGGCTTTA	20706

BX005404.7	51	GCCATTCCTCCATACAAATGTAATATTAGTTCATTGAGCTAACTCTTTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	20707	GCCATTCCTCCATACAAATGTAATATTAGTTCATTGAGCTAACTCTTTTT	20756

BX005404.7	101	GAAAACTGTAAAATAAAAAAATAAAAAAAATAAATTAAAAAAATATATAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	20757	GAAAACTGTAAAATAAAAAAATAAAAAAAATAAATTAAAAAAATATATAT	20806

BX005404.7	151	ATATATATATTTTAAAGGTGAGAATTTTGATAATCTGCAGTTCATAGAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	20807	ATATATATATTTTAAAGGTGAGAATTTTGATAATCTGCAGTTCATAGAGT	20856

BX005404.7	201	GTTTTTTTTTCCTTTGAAAGTTAACTAATTTATCTGCCGATAGGAAAGCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	20857	GTTTTTTTTTCCTTTGAAAGTTAACTAATTTATCTGCCGATAGGAAAGCA	20906

BX005404.7	251	TATGTAATATTAAAATATAATTTTTTGTGGTTTAAACTAGGGCTGCACAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	20907	TATGTAATATTAAAATATAATTTTTTGTGGTTTAAACTAGGGCTGCACAA	20956

BX005404.7	301	TATACCGTTTCAGCATCAATATCGCAATGTGCGAGAGTGCAATAGTCATT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	20957	TATACCGTTTCAGCATCAATATCGCAATGTGCGAGAGTGCAATAGTCATT	21006

BX005404.7	351	TCGCAGAATCTGCAACGTCAAGTTGTGATTATAATTTACCAGACGTAACA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21007	TCGCAGAATCTGCAACGTCAAGTTGTGATTATAATTTACCAGACGTAACA	21056

BX005404.7	401	GTTCACAACATAGTGGCATCATTTCATTTCATTTCCACACTGAAGAATAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21057	GTTCACAACATAGTGGCATCATTTCATTTCATTTCCACACTGAAGAATAA	21106

BX005404.7	451	GATCAGTAACTTTATACAGTGATCATTTCATTTCTGTTGCTGAAAACTGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21107	GATCAGTAACTTTATACAGTGATCATTTCATTTCTGTTGCTGAAAACTGT	21156

BX005404.7	501	TCGACTGCCCAGAAATTCATAAGTCATTGCTTATTTTATTTGAATACTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21157	TCGACTGCCCAGAAATTCATAAGTCATTGCTTATTTTATTTGAATACTTG	21206

BX005404.7	551	CTCTGTTATATGTATTTAACTTTGCTTATTGTTTTTTTTTAATTGTATTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21207	CTCTGTTATATGTATTTAACTTTGCTTATTGTTTTTTTTTAATTGTATTC	21256

BX005404.7	601	AGTGGCGGATTTAGTCATGGGCAATCGCCCAGGGCGCCATCTTGCTGGGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21257	AGTGGCGGATTTAGTCATGGGCAATCGCCCAGGGCGCCATCTTGCTGGGG	21306

BX005404.7	651	GTGGCATGGGGGAAGCAAAAAAAGTGCCCAGTAAAAGCTTTGAGATAAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21307	GTGGCATGGGGGAAGCAAAAAAAGTGCCCAGTAAAAGCTTTGAGATAAGA	21356

BX005404.7	701	TTAACTTTATGCAAGTGTATTGAGTGGTTATCCAAGAATAAAGATGTTAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21357	TTAACTTTATGCAAGTGTATTGAGTGGTTATCCAAGAATAAAGATGTTAG	21406

BX005404.7	751	GGGCCATTACCAATTCAATTCACAACTCAAGTTTCTTATTCTTTATGTGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21407	GGGCCATTACCAATTCAATTCACAACTCAAGTTTCTTATTCTTTATGTGC	21456

BX005404.7	801	AACCGAAACAACGCTGGTGAAAACAAATAGACGCAGGCAGCTGCTCAGAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21457	AACCGAAACAACGCTGGTGAAAACAAATAGACGCAGGCAGCTGCTCAGAA	21506

BX005404.7	851	AGCCATTCCTGCACGCCTCACACACGCTGATCATCATTCCGGTTGTTTAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21507	AGCCATTCCTGCACGCCTCACACACGCTGATCATCATTCCGGTTGTTTAC	21556

BX005404.7	901	ATGCACGTCGACATGCAAGTCAACAACACTAAATATTAACATATTATAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21557	ATGCACGTCGACATGCAAGTCAACAACACTAAATATTAACATATTATAAA	21606

BX005404.7	951	ATATGGTCATGATGTTACTTTGACTGAGCATGACTATGAAGCAGAAAGGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21607	ATATGGTCATGATGTTACTTTGACTGAGCATGACTATGAAGCAGAAAGGA	21656

BX005404.7	1001	GGAATAATCGGTCAGGGAGGTAGACCTCATAACATCAATTCTAGGCCATG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21657	GGAATAATCGGTCAGGGAGGTAGACCTCATAACATCAATTCTAGGCCATG	21706

BX005404.7	1051	AGCCGGGTCTAAGACAACAGATAATTCTATAAAACATACGTCATGCAAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21707	AGCCGGGTCTAAGACAACAGATAATTCTATAAAACATACGTCATGCAAAA	21756

BX005404.7	1101	GTCTTAGAATATTTTTTTGCAACTGTGTCATTACATTTCAGTTACATTTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21757	GTCTTAGAATATTTTTTTGCAACTGTGTCATTACATTTCAGTTACATTTA	21806

BX005404.7	1151	GGATTGATGTCTGTAATTTTTTAGAATAAAAGTTGTGTAATATTAAAAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21807	GGATTGATGTCTGTAATTTTTTAGAATAAAAGTTGTGTAATATTAAAAAA	21856

BX005404.7	1201	ATAATAAACAAATAACTTATATTTTTAAAAAATAAATAAATATATTTAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21857	ATAATAAACAAATAACTTATATTTTTAAAAAATAAATAAATATATTTAAA	21906

BX005404.7	1251	TGTATTTATAATAATTATTTTAAATGTGTATATATATATATATATATATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21907	TGTATTTATAATAATTATTTTAAATGTGTATATATATATATATATATATA	21956

BX005404.7	1301	TACACACACACACACACACACACACATATATATATATATATATATATATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	21957	TACACACACACACACACACACACACATATATATATATATATATATATATA	22006

BX005404.7	1351	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	22007	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTAAA	22056

BX005404.7	1401	ATATACACATATACATATAATATATATATTATATTATATATATAAATTAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	22057	ATATACACATATACATATAATATATATATTATATTATATATATAAATTAT	22106

BX005404.7	1451	TTCTTGGGGGATGGTTGAAGGGGGGTGTTTGGGGTGGTTTCGCCCAGGGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	22107	TTCTTGGGGGATGGTTGAAGGGGGGTGTTTGGGGTGGTTTCGCCCAGGGT	22156

BX005404.7	1501	GCCATTTAAACTAGAACCGCCACTGATTGTATTTTACGCACATACACTGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	22157	GCCATTTAAACTAGAACCGCCACTGATTGTATTTTACGCACATACACTGT	22206

BX005404.7	1551	CCTATAAAATATCATGCAGCCCTAGTTTGAACCCAGCATTAAAATGCAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	22207	CCTATAAAATATCATGCAGCCCTAGTTTGAACCCAGCATTAAAATGCAAT	22256

BX005404.7	1601	GTGATAATCTCAGGTACTGACTGAAAATTATAATGTTAAAAAAAAAATAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	22257	GTGATAATCTCAGGTACTGACTGAAAATTATAATGTTAAAAAAAAAATAT	22306

BX005404.7	1651	ATATATATTAATTCACTACTTCATTTCTAATTCTTGATGTTATAAAAAGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	22307	ATATATATTAATTCACTACTTCATTTCTAATTCTTGATGTTATAAAAAGA	22356

BX005404.7	1701	ATCATAAAAACTGAGAGAAAAAAAAACTAGTAAATCACATGACAAAGATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	22357	ATCATAAAAACTGAGAGAAAAAAAAACTAGTAAATCACATGACAAAGATG	22406

BX005404.7	1751	GTAACAGTCATTCAGCATGTATTTTAACAATGCTCTGGTTATTTTGTATT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	22407	GTAACAGTCATTCAGCATGTATTTTAACAATGCTCTGGTTATTTTGTATT	22456

BX005404.7	1801	ATGCGTTATAAACTTGTCACTTGCAGACGATCATGCCTACACTCTCTTCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	22457	ATGCGTTATAAACTTGTCACTTGCAGACGATCATGCCTACACTCTCTTCT	22506

BX005404.7	1851	GATTGGCTGTGACATTGTTTTGTATCTTTTGTTACGTCATGTAACTCTGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	22507	GATTGGCTGTGACATTGTTTTGTATCTTTTGTTACGTCATGTAACTCTGT	22556

BX005404.7	1901	CAAGACAAGAGTCTTATCACGTTGCGTCTGGTTAGGACACGGTCTTACAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	22557	CAAGACAAGAGTCTTATCACGTTGCGTCTGGTTAGGACACGGTCTTACAC	22606

BX005404.7	1951	ACAAGCTCATTCTTGAAGATAGAAAGTGTTTTGTCCACCCACAGCATGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848677.6	22607	ACAAGCTCATTCTTGAAGATAGAAAGTGTTTTGTCCACCCACAGCATGCC	22656

Overview

Query
BX005404.7 - 229643 bps
Hit
CR848677.6 - 22656 bps
Total alignments
41
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001896200012000120657226561
285.575296160461160556-12683641
381.1610433162605629351682971731
488.448315039414090-19859100051
596.633489160109160197-112985130731
610043895608956177112985130731
71004185173189173273112985130691
81004389206785206873112985130731
910044905608856177-112986130751
101004388120928121015-112986130731
111004490206784206873-112986130751
1298.7837827541075491112986130671
131004388120928121015112986130731
1496.633489160109160197112986130741
151003777206062206138112986130621
161003777160018160094112987130631
171004286173188173273-112990130751
1898.7837827541075491-112992130731
191003777160018160094-112996130721
201003777206062206138-112997130731
2198.67337513261400113001130751
2285.2630977538675482-121888219821
2387.9457177160020160196121896220691
2410036482203922086-121935219821
2596.1547781754717624121958220351
2687.5935141183436183576121964221001
2791.6735124160017160140121981221001
28100347013261395-121982220511
2992.31331065609156196-121982220851
301003470160018160087-121982220511
3198.673375173188173262-121982220561
321003470206063206132-121982220511
3392.45341085609356200121982220871
3495.2434857541175495121982220651
351003470173191173260121982220511
361003571206069206139121982220521
3796.3936827540675487-121983220651
3893.073399206786206884-121984220841
3993.1434100206786206885121985220861
40933398120927121024-121986220851
4193.2135101120927121027121986220881
Short-link