<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR847564.6	120705	AAGCTTGACTCAAACGTAATTCGGATTCCTTGGCCACAGCAGATTAAACC	120754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1	AAGCTTGACTCAAACGTAATTCGGATTCCTTGGCCACAGCAGATTAAACC	50

CR847564.6	120755	GAGACTTTCCTATTTTAGTTGACAAACTAGACTATGACTCTCTTGTTCAG	120804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	51	GAGACTTTCCTATTTTAGTTGACAAACTAGACTATGACTCTCTTGTTCAG	100

CR847564.6	120805	TACCTCTCTTGCCTAGTAACCATAGTAAAGGGTGGGCACGCTTTTGGCTT	120854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	101	TACCTCTCTTGCCTAGTAACCATAGTAAAGGGTGGGCACGCTTTTGGCTT	150

CR847564.6	120855	TTTGCTGTGATGTGTAGCGTGAGGTGCACTCAGCGTTACACTGCATGAAT	120904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	151	TTTGCTGTGATGTGTAGCGTGAGGTGCACTCAGCGTTACACTGCATGAAT	200

CR847564.6	120905	TTTTTAATTAGCCTACGTTAGTAACAGTTAATTTTGTTATGGTATGAACT	120954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	201	TTTTTAATTAGCCTACGTTAGTAACAGTTAATTTTGTTATGGTATGAACT	250

CR847564.6	120955	TTAGGAGGAAATATGGTATGCCTAGGAAAGACACAAATAAAATAAATAAG	121004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	251	TTAGGAGGAAATATGGTATGCCTAGGAAAGACACAAATAAAATAAATAAG	300

CR847564.6	121005	ACCTTTGTAACGAAATACAAGACGTTGCACACCAAATTCAAGGGTACTTA	121054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	301	ACCTTTGTAACGAAATACAAGACGTTGCACACCAAATTCAAGGGTACTTA	350

CR847564.6	121055	GGGGTTAACTTAAGATTATCAAATTTAAGACTTTTTCAATGCTTTTAAGA	121104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	351	GGGGTTAACTTAAGATTATCAAATTTAAGACTTTTTCAATGCTTTTAAGA	400

CR847564.6	121105	CCCCGCGGGTACTCTGAAAAAAATCTGCATCCAATTACAAATTGTTGGGC	121154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	401	CCCCGCGGGTACTCTGAAAAAAATCTGCATCCAATTACAAATTGTTGGGC	450

CR847564.6	121155	CGACAATTCCCATAATTCTGATAAGTAGCCCAAACTTTGTTCATGTGCAC	121204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	451	CGACAATTCCCATAATTCTGATAAGTAGCCCAAACTTTGTTCATGTGCAC	500

CR847564.6	121205	ACGAGACGAGAGAGCATTAAAAACAAATGTTAAATCAAAGCTTTTTCGAA	121254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	501	ACGAGACGAGAGAGCATTAAAAACAAATGTTAAATCAAAGCTTTTTCGAA	550

CR847564.6	121255	TCCTGAATCAATATAGGAGTTAGTTTTGCATGCTCGAGGAGGTACAACAC	121304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	551	TCCTGAATCAATATAGGAGTTAGTTTTGCATGCTCGAGGAGGTACAACAC	600

CR847564.6	121305	AATGGCTAAAGTATTTATTTTGGACACGTAATGTTATGTTTTAAAACTTT	121354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	601	AATGGCTAAAGTATTTATTTTGGACACGTAATGTTATGTTTTAAAACTTT	650

CR847564.6	121355	TATAATCACACAAAGCTTATGTAAATTTGTTATGAATGGGTTATATGCAC	121404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	651	TATAATCACACAAAGCTTATGTAAATTTGTTATGAATGGGTTATATGCAC	700

CR847564.6	121405	AGAAGTTTTTGATTTTAAATCTTCCGGCGAAGGATTGATGTGACTATTTT	121454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	701	AGAAGTTTTTGATTTTAAATCTTCCGGCGAAGGATTGATGTGACTATTTT	750

CR847564.6	121455	TAGTTTCTTAAGGGATTTTTTACATCATTGATAATGTATATTTTTATTTA	121504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	751	TAGTTTCTTAAGGGATTTTTTACATCATTGATAATGTATATTTTTATTTA	800

CR847564.6	121505	GTTTAAAAACATAACAGAAGTAAATAGTTCTATTCCGCGTAGCCTGCTTT	121554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	801	GTTTAAAAACATAACAGAAGTAAATAGTTCTATTCCGCGTAGCCTGCTTT	850

CR847564.6	121555	TCTGAGGCGAAGTTGACTTTATAATCACATTGGTTCAATTTTGAACAATG	121604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	851	TCTGAGGCGAAGTTGACTTTATAATCACATTGGTTCAATTTTGAACAATG	900

CR847564.6	121605	ACAGCCTGTGAAGATTCCACATTCCTTATATTCAGTCTGAAATAGCATGT	121654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	901	ACAGCCTGTGAAGATTCCACATTCCTTATATTCAGTCTGAAATAGCATGT	950

CR847564.6	121655	AAGTATGGCTTAGTAATAAGTGTAATTCCTGCACCCCACCGGCCAACCAC	121704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	951	AAGTATGGCTTAGTAATAAGTGTAATTCCTGCACCCCACCGGCCAACCAC	1000

CR847564.6	121705	TAAGCAAAGTCGCTTTAGGGCAGCACGTGAGAGAGGGTTGTCTGCTGTCA	121754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1001	TAAGCAAAGTCGCTTTAGGGCAGCACGTGAGAGAGGGTTGTCTGCTGTCA	1050

CR847564.6	121755	TCTTTAAGGTGCGCTTTCGTTTTTCAGGAGGCGCGGCTTTAGACAGCAGG	121804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1051	TCTTTAAGGTGCGCTTTCGTTTTTCAGGAGGCGCGGCTTTAGACAGCAGG	1100

CR847564.6	121805	GGAGGGACGGTGTTTCAAAGATTGTGTGCTAACCAGTTAGCATTGTGGCA	121854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1101	GGAGGGACGGTGTTTCAAAGATTGTGTGCTAACCAGTTAGCATTGTGGCA	1150

CR847564.6	121855	GATCATCAACTGCACCTTTAATTGTTTTATGTCAATCAACTTAAAATCGT	121904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1151	GATCATCAACTGCACCTTTAATTGTTTTATGTCAATCAACTTAAAATCGT	1200

CR847564.6	121905	AAAAACCATTAACTTAATCGATTTGCATTGGAACGACATGAAGGGATTGT	121954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1201	AAAAACCATTAACTTAATCGATTTGCATTGGAACGACATGAAGGGATTGT	1250

CR847564.6	121955	GTGAAACCCTGCTTTTTTTACAGTGTGTATAATTTTTAAAAATATGTTTC	122004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1251	GTGAAACCCTGCTTTTTTTACAGTGTGTATAATTTTTAAAAATATGTTTC	1300

CR847564.6	122005	CATGGAAAGTAGATGGTATATTTTCAGCTTTTTAAACAAAATTTATATTT	122054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1301	CATGGAAAGTAGATGGTATATTTTCAGCTTTTTAAACAAAATTTATATTT	1350

CR847564.6	122055	GTGAATGTTAATATATATGTATGTGAATGTTAATATATATTGGTTTTAGT	122104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1351	GTGAATGTTAATATATATGTATGTGAATGTTAATATATATTGGTTTTAGT	1400

CR847564.6	122105	TGCAGGTAACTAATAACTACAGGAGAAAATAATTTATGAATTCTGAAATA	122154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1401	TGCAGGTAACTAATAACTACAGGAGAAAATAATTTATGAATTCTGAAATA	1450

CR847564.6	122155	GATGATAGAAAGTCTGACAAATTTTTTTGAGGTTCAGTTTTTCTCTTTAG	122204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1451	GATGATAGAAAGTCTGACAAATTTTTTTGAGGTTCAGTTTTTCTCTTTAG	1500

CR847564.6	122205	AAATGTATTTAATATTTATATTTAACATTCAAATTCACAGAGGTAGATGG	122254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1501	AAATGTATTTAATATTTATATTTAACATTCAAATTCACAGAGGTAGATGG	1550

CR847564.6	122255	TCCATGCATGCCTGATGAAAAATGCATTATATGCCTAAAGATATTATTCC	122304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1551	TCCATGCATGCCTGATGAAAAATGCATTATATGCCTAAAGATATTATTCC	1600

CR847564.6	122305	ACGTAAGGAAAAGTTTGGGTGTCTTTAGTTTTCCATCTTGAGTTTTACAT	122354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1601	ACGTAAGGAAAAGTTTGGGTGTCTTTAGTTTTCCATCTTGAGTTTTACAT	1650

CR847564.6	122355	GGTGAGAAACTTCAGTTGCTTTGTCATGATCAGAGGTGGAAAGAGTACTG	122404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1651	GGTGAGAAACTTCAGTTGCTTTGTCATGATCAGAGGTGGAAAGAGTACTG	1700

CR847564.6	122405	AAAAGTCATACTTAGGTAAAAGTACAATTACTTGCCCCAAAATTAGTGAA	122454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1701	AAAAGTCATACTTAGGTAAAAGTACAATTACTTGCCCCAAAATTAGTGAA	1750

CR847564.6	122455	AATAGAGTAAAAGTATCTGTTGTAAATATGACTCAAAGTATGAGTAAAAA	122504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1751	AATAGAGTAAAAGTATCTGTTGTAAATATGACTCAAAGTATGAGTAAAAA	1800

CR847564.6	122505	GTAGCCCTTTCAAAAGTACTCAAGAGTAGTAAGTATTAAGGATTACACTG	122554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1801	GTAGCCCTTTCAAAAGTACTCAAGAGTAGTAAGTATTAAGGATTACACTG	1850

CR847564.6	122555	TGAAAGGCTGATGCGTTTACCTGCAAATTGTGTCAGGATGTGTAAATGTA	122604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1851	TGAAAGGCTGATGCGTTTACCTGCAAATTGTGTCAGGATGTGTAAATGTA	1900

CR847564.6	122605	TCATCCTGTAGTGGATTTAGTGATGATTTAAGGCCATTTGTTTAAGGACA	122654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1901	TCATCCTGTAGTGGATTTAGTGATGATTTAAGGCCATTTGTTTAAGGACA	1950

CR847564.6	122655	TCCGCCTGGACACTTTTAATGGGTCCAAATTGTTTACTGCATTTATAAAG	122704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR848031.5	1951	TCCGCCTGGACACTTTTAATGGGTCCAAATTGTTTACTGCATTTATAAAG	2000

Overview

Query
CR847564.6 - 122704 bps
Hit
CR848031.5 - 160671 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192420001207051227041120001
286.591101966220062395110573107661
382.561333174784448160114587148901
483.341503409123891577130725310601
586.0365132122423122554133164332991
680.1762159365093864139217394371
792921251393514059139641397651
885.6681255806258186-139641397651
985.6681255806258186141971420951
1092921251393514059-141971420951
1180.1762159365093864-142299425191
1278.35863079360293908152321526341
1379.3973389124791584-152799531411
1491.0357782414824225153035531121
1585.32591089125691363-156767568751
1691.6763842413624219-166326664091
1788.361762774750547781189870901441
1885.142235065469855203-11057961062931
1979.68822459360393847-11075431077931
2087.1941732186022032-11075451077301
2189.651292009123191430-11075921077941
2293.331041341913819271-11076561077901
2381.3784207936949390011182191184221
2490.916389241482423611267621268491
Short-link