<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR847890.19	1	AAGCTTCATATGATACCAAAACTAAAACGTGGTGTACATTTATTCACTGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	111847	AAGCTTCATATGATACCAAAACTAAAACGTGGTGTACATTTATTCACTGG	111896

CR847890.19	51	GAATTTATTAACTGTGCACATGAGGCTCAGAAGAGTTTGTGATTTTCTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	111897	GAATTTATTAACTGTGCACATGAGGCTCAGAAGAGTTTGTGATTTTCTTT	111946

CR847890.19	101	GTAAGGTATTTGTAAAACCGGCTCACAGTTTGTCTGGCTGAAAGGCTTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	111947	GTAAGGTATTTGTAAAACCGGCTCACAGTTTGTCTGGCTGAAAGGCTTCA	111996

CR847890.19	151	GACAAATAGATGTCGAGTGGACATGGAGCTGAGGTCTCAGCAGGTGACAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	111997	GACAAATAGATGTCGAGTGGACATGGAGCTGAGGTCTCAGCAGGTGACAG	112046

CR847890.19	201	GTCAGAAAACCCGGCCAACCTTGTGCTCTTTGAGAGACTGATGACTGAGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112047	GTCAGAAAACCCGGCCAACCTTGTGCTCTTTGAGAGACTGATGACTGAGC	112096

CR847890.19	251	ACTTGAGAAAGTGCAAAAGTTGCCAGAACTTTGGGAAAAAAAGAATAATG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112097	ACTTGAGAAAGTGCAAAAGTTGCCAGAACTTTGGGAAAAAAAGAATAATG	112146

CR847890.19	301	TGTGGAGAGCATTAGTTCTATCTCTGATCACATGCTTCAGATCTGTATTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112147	TGTGGAGAGCATTAGTTCTATCTCTGATCACATGCTTCAGATCTGTATTA	112196

CR847890.19	351	AATCGCAGGCTCGAATTAGATGAATTTTGCCTGATGTTTGATCATGTTTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112197	AATCGCAGGCTCGAATTAGATGAATTTTGCCTGATGTTTGATCATGTTTG	112246

CR847890.19	401	ACATGGTCATTTTTTAAAGCTGTTCGATTGGTGATATATAGTTAAAGTCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112247	ACATGGTCATTTTTTAAAGCTGTTCGATTGGTGATATATAGTTAAAGTCA	112296

CR847890.19	451	GAATTTTTAGCCCCCCTGTATATTTTAGTCCCCAATTTCTGTTTTACAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112297	GAATTTTTAGCCCCCCTGTATATTTTAGTCCCCAATTTCTGTTTTACAGA	112346

CR847890.19	501	AAGCAGATTTTCTCAACACATTTCTAAACATAATAGATTTAATATCTAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112347	AAGCAGATTTTCTCAACACATTTCTAAACATAATAGATTTAATATCTAAT	112396

CR847890.19	551	TTTTAATAACTGATTTTTTTTTTATCTTTGTCATGATGACAGTACATAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112397	TTTTAATAACTGATTTTTTTTTTATCTTTGTCATGATGACAGTACATAAT	112446

CR847890.19	601	ATTTGACTAGATATTTTTCAAGATACTAATATTCAGCCGAAATTTACATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112447	ATTTGACTAGATATTTTTCAAGATACTAATATTCAGCCGAAATTTACATT	112496

CR847890.19	651	TAAAGGCTTAATTACGTTAATTAGGCAAATTATTGTATAACAATGGTTTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112497	TAAAGGCTTAATTACGTTAATTAGGCAAATTATTGTATAACAATGGTTTG	112546

CR847890.19	701	TTCTGTAGACAATCGAAAAAATATTGCTTAAGAAGGCAGTGTTGCCAACT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112547	TTCTGTAGACAATCGAAAAAATATTGCTTAAGAAGGCAGTGTTGCCAACT	112596

CR847890.19	751	ATTTTCAATGAATAGGTGCTAAGCTCTGCCTAAAAAATTACTAAATGTTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112597	ATTTTCAATGAATAGGTGCTAAGCTCTGCCTAAAAAATTACTAAATGTTC	112646

CR847890.19	801	CTAGATTATGTCATATGTCAGTTTGCATATTGATGACATCATGACAACCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112647	CTAGATTATGTCATATGTCAGTTTGCATATTGATGACATCATGACAACCA	112696

CR847890.19	851	ACGCTTTATGTATGCATGTCAATCTAACTTAATTTATTGCTGTTTGAAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112697	ACGCTTTATGTATGCATGTCAATCTAACTTAATTTATTGCTGTTTGAAAA	112746

CR847890.19	901	CAGTATATCAGTATAGATGTGTCGTGAATTTGCAGCAATCTCTCAGTAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112747	CAGTATATCAGTATAGATGTGTCGTGAATTTGCAGCAATCTCTCAGTAAT	112796

CR847890.19	951	AAACTCAGAAAAGTTCTGTCACTAAAATATCGGTGATCTGTGATAACAAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112797	AAACTCAGAAAAGTTCTGTCACTAAAATATCGGTGATCTGTGATAACAAG	112846

CR847890.19	1001	AAAAGGATAAATGATCAAATTAATTTGAAGCAGATTGGTTTGACTGTACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112847	AAAAGGATAAATGATCAAATTAATTTGAAGCAGATTGGTTTGACTGTACA	112896

CR847890.19	1051	AGGGAAATACCTCACACTTGCGGTGCAAAATAATTTGCTATCGGTGAAGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112897	AGGGAAATACCTCACACTTGCGGTGCAAAATAATTTGCTATCGGTGAAGT	112946

CR847890.19	1101	GGGATCTGCACTGCAGGGGGAGAGACTTCTGTATGAGCACTCGGTCGCCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112947	GGGATCTGCACTGCAGGGGGAGAGACTTCTGTATGAGCACTCGGTCGCCT	112996

CR847890.19	1151	TTGAGTGCTCTGATGCCAGCTTTCCACTGCACGCGACATTCAGACAAGAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	112997	TTGAGTGCTCTGATGCCAGCTTTCCACTGCACGCGACATTCAGACAAGAC	113046

CR847890.19	1201	TGTCGGAATACGCTCCCTTGTGGCAGTCGCACAGAAATTTAAGTTTTGTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113047	TGTCGGAATACGCTCCCTTGTGGCAGTCGCACAGAAATTTAAGTTTTGTT	113096

CR847890.19	1251	GTGCACCATGGGAGAGTAGCTGTTTCTCATGATGTCCGAAATAAAGGAGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113097	GTGCACCATGGGAGAGTAGCTGTTTCTCATGATGTCCGAAATAAAGGAGT	113146

CR847890.19	1301	GCAAAAGCCTTTATTTTCTTTGCATTCACCATGGTTGAATGAATGAGTGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113147	GCAAAAGCCTTTATTTTCTTTGCATTCACCATGGTTGAATGAATGAGTGA	113196

CR847890.19	1351	ATGAATGAATACTATAAACTCACAGACCTTTAAATATTTTGGAGGGAATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113197	ATGAATGAATACTATAAACTCACAGACCTTTAAATATTTTGGAGGGAATG	113246

CR847890.19	1401	TGGAGACATTAAAAACAATATTTTTTATTACTCATTTATGAATAGAAAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113247	TGGAGACATTAAAAACAATATTTTTTATTACTCATTTATGAATAGAAAGA	113296

CR847890.19	1451	TTTTTTTTAAATATAGACTTTTTTTCTTATTCAAAAACTAACTAACTAAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113297	TTTTTTTTAAATATAGACTTTTTTTCTTATTCAAAAACTAACTAACTAAC	113346

CR847890.19	1501	AAAAAAAACCTAGTATTTCTCATTTTTCGCACACAGACCTGGTTGGACAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113347	AAAAAAAACCTAGTATTTCTCATTTTTCGCACACAGACCTGGTTGGACAA	113396

CR847890.19	1551	CACTGGAACACATCCAGTCAGCCGGTTGCATACGGTCTAATCCGAGGAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113397	CACTGGAACACATCCAGTCAGCCGGTTGCATACGGTCTAATCCGAGGAGT	113446

CR847890.19	1601	TTAAATTTTTCAACAGATCCACACTTCAAATCAGATCCGCATTTTCCGTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113447	TTAAATTTTTCAACAGATCCACACTTCAAATCAGATCCGCATTTTCCGTA	113496

CR847890.19	1651	TATGGAGATGATCGGAACTCCATGCAGCTCCCGGACTACCCTTTGGAAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113497	TATGGAGATGATCGGAACTCCATGCAGCTCCCGGACTACCCTTTGGAAAT	113546

CR847890.19	1701	GAATGACTTCCGGTCTGTCACTTTGTCATTTGTGGTGTGCAGTGGAAAGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113547	GAATGACTTCCGGTCTGTCACTTTGTCATTTGTGGTGTGCAGTGGAAAGG	113596

CR847890.19	1751	CGGCTTGAGGCGGACGAGGGGAATGTCACCTGCAGCTTGTTGAGAAAGAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113597	CGGCTTGAGGCGGACGAGGGGAATGTCACCTGCAGCTTGTTGAGAAAGAG	113646

CR847890.19	1801	AAACGGTACAGTATGGACACATGAGTCTACAAAAATCTCTAGTAACACCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113647	AAACGGTACAGTATGGACACATGAGTCTACAAAAATCTCTAGTAACACCA	113696

CR847890.19	1851	AAAAAAGTCACTAGATTTGTCGCTAGTGGCTTTTAGTGTCTAGGTTGGCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113697	AAAAAAGTCACTAGATTTGTCGCTAGTGGCTTTTAGTGTCTAGGTTGGCA	113746

CR847890.19	1901	ACACTGTAAACGGGCTTTTATAATATTGACCTTAAAATGGCCCTAAAATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113747	ACACTGTAAACGGGCTTTTATAATATTGACCTTAAAATGGCCCTAAAATG	113796

CR847890.19	1951	CTTTTATTCTAGCTAAAATAAAACAAATAAGAATTTCTCCAGAAGAAAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847967.16	113797	CTTTTATTCTAGCTAAAATAAAACAAATAAGAATTTCTCCAGAAGAAAAA	113846

Overview

Query
CR847890.19 - 217550 bps
Hit
CR847967.16 - 113846 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194620001200011118471138461
284.96114280104456104735123984242691
382.71593756658166955128737291231
482.95117277183954184230129065293221
589.77116181217003217183129147293221
682.511294023381534216135046354511
779.88113318123561123878136749370661
887.21753383378134118-146202465371
987.75381613100167100779-148724493351
1086.67187317188385188701154794551081
1196.58100011329281993950154797559341
1286.331843447273873081165642659921
1381.72203542158491159032-187526880501
1487.74158263158140158402-188047883071
1584.151653431030610648194711950571
1684.37150321206583206903-194722950601
1786.84173313122058122370-194744950621
1889.1320132718066418099011008651011951
1988.8911620420192420212711049461051521
2089.8714621912218212240011068071070331
2182.13111265665096677311085621088241
Short-link