<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX546475.20	1	GAATTCACCAGACTTATCTTTTATAGTTTATGCTCATGGCTGGACTGGGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	122838	GAATTCACCAGACTTATCTTTTATAGTTTATGCTCATGGCTGGACTGGGA	122887

BX546475.20	51	CAAAAATTTAGAAATTAAAAACAGTTAAATAAAAATTAAAAAAACAGCCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	122888	CAAAAATTTAGAAATTAAAAACAGTTAAATAAAAATTAAAAAAACAGCCC	122937

BX546475.20	101	CGCAAATCATCTAGAGTGGCCCACCATACACTCACATATTTGATTTGCTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	122938	CGCAAATCATCTAGAGTGGCCCACCATACACTCACATATTTGATTTGCTA	122987

BX546475.20	151	GTTTGTGGGGACGTACACAACAGCTAAACCTACCCCTGGCAGGAAACTAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	122988	GTTTGTGGGGACGTACACAACAGCTAAACCTACCCCTGGCAGGAAACTAC	123037

BX546475.20	201	TGGCCTGTTTACATTTTTAAAATAATCATTTTATATTATTTATAAACTTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123038	TGGCCTGTTTACATTTTTAAAATAATCATTTTATATTATTTATAAACTTG	123087

BX546475.20	251	TTTACCCATGACGACCTTAATTTAGGTCCCCACAATGACAAAAGCTCCTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123088	TTTACCCATGACGACCTTAATTTAGGTCCCCACAATGACAAAAGCTCCTA	123137

BX546475.20	301	TGAATTGGTGTGTATTCAGGTTTCCTACAAGAATAAACGACTCTCTCACA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123138	TGAATTGGTGTGTATTCAGGTTTCCTACAAGAATAAACGACTCTCTCACA	123187

BX546475.20	351	CGCACGAACGCACACTCAAACACACACACACACACACACACACACACACA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123188	CGCACGAACGCACACTCAAACACACACACACACACACACACACACACACA	123237

BX546475.20	401	CACACACACACACACACACACACACGCACACACACGCACACACACGCACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123238	CACACACACACACACACACACACACGCACACACACGCACACACACGCACA	123287

BX546475.20	451	CACACGCACACACACGCACACACACACACGCACACACAAAGTTAACGTCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123288	CACACGCACACACACGCACACACACACACGCACACACAAAGTTAACGTCA	123337

BX546475.20	501	GCTAGACTATAAAAGATCTGGGTGTCATATTAGACAGCAATTTAACTTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123338	GCTAGACTATAAAAGATCTGGGTGTCATATTAGACAGCAATTTAACTTTT	123387

BX546475.20	551	AAAAAACCATATATCCCATGTCACAAAAACTACCTTCTTTCATCTGAGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123388	AAAAAACCATATATCCCATGTCACAAAAACTACCTTCTTTCATCTGAGAA	123437

BX546475.20	601	ATAATGCTAAATTACGAAGTATGCTAACCATCTCTGATGCAGAAAAACTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123438	ATAATGCTAAATTACGAAGTATGCTAACCATCTCTGATGCAGAAAAACTA	123487

BX546475.20	651	TTCCATGATTTTATGACTTCTAGGCTGGATTACTGTGATGCTCTATATGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123488	TTCCATGATTTTATGACTTCTAGGCTGGATTACTGTGATGCTCTATATGC	123537

BX546475.20	701	TGGCTGCCCAGCATCCTCTATTAACAAACTTTAATTAGTACAAAATGCAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123538	TGGCTGCCCAGCATCCTCTATTAACAAACTTTAATTAGTACAAAATGCAG	123587

BX546475.20	751	CAGCCAGAGTTCTTACCAGGTCTAGAAATTATGATCATATCACCCCAATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123588	CAGCCAGAGTTCTTACCAGGTCTAGAAATTATGATCATATCACCCCAATT	123637

BX546475.20	801	TTATCCTTCCTTTATCCTTTACACTGGCTGCTTGTTAAGTTTCGTATTGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123638	TTATCCTTCCTTTATCCTTTACACTGGCTGCTTGTTAAGTTTCGTATTGA	123687

BX546475.20	851	ATTTTAAATATTACTTCTCACCTATAAAGGTCTAAATAATCTAGCTCCCG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123688	ATTTTAAATATTACTTCTCACCTATAAAGGTCTAAATAATCTAGCTCCCG	123737

BX546475.20	901	TTTATCTAACCAACCTTCTGTCTTGCTACAATCCAACTCGCTCTTTAAGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123738	TTTATCTAACCAACCTTCTGTCTTGCTACAATCCAACTCGCTCTTTAAGA	123787

BX546475.20	951	TCTCAAAACTCAGGGCTTCTTGTAGTACCTAGAATAGCAAAGTCGAGTAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123788	TCTCAAAACTCAGGGCTTCTTGTAGTACCTAGAATAGCAAAGTCGAGTAA	123837

BX546475.20	1001	AGGAGGTTGAGCCTTCTCCTTTATAGCTCCTACACTCTGGAATAGCCTAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123838	AGGAGGTTGAGCCTTCTCCTTTATAGCTCCTACACTCTGGAATAGCCTAC	123887

BX546475.20	1051	CTGATAACAACAGAGGCTCAGACACAATCTCTCAGTACAAAACTAGATTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123888	CTGATAACAACAGAGGCTCAGACACAATCTCTCAGTACAAAACTAGATTA	123937

BX546475.20	1101	AAGACCTATCTGTTTAGTAAAGCATACACTCAATGCATCACTTAGCAGGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123938	AAGACCTATCTGTTTAGTAAAGCATACACTCAATGCATCACTTAGCAGGT	123987

BX546475.20	1151	TTCCACACAAGTTTCTGCATCTTGCTTATATACACTATGAACAGCAGCTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	123988	TTCCACACAAGTTTCTGCATCTTGCTTATATACACTATGAACAGCAGCTA	124037

BX546475.20	1201	CGCTAATTATTCTCTTTTTTTTTCTCCATTTCCACCTGGGGATACTCATC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124038	CGCTAATTATTCTCTTTTTTTTTCTCCATTTCCACCTGGGGATACTCATC	124087

BX546475.20	1251	CCGAGGTCCTCAGATTATGTGGAATCCTTGATTGGATCCGAACAGAAGGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124088	CCGAGGTCCTCAGATTATGTGGAATCCTTGATTGGATCCGAACAGAAGGC	124137

BX546475.20	1301	AGAATTGAGGAAATAGAGCAGGTGTGTGGGAACGACTCAGGAAAACAAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124138	AGAATTGAGGAAATAGAGCAGGTGTGTGGGAACGACTCAGGAAAACAAAA	124187

BX546475.20	1351	ATGGATGAACTGAGGCTTCAGCTGGTAAAAAATAGACTGTGCAGGGACTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124188	ATGGATGAACTGAGGCTTCAGCTGGTAAAAAATAGACTGTGCAGGGACTA	124237

BX546475.20	1401	CTGCGCTTTGATGCTAACAGAGTCATGGCTACATCCAGGAATACCTGACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124238	CTGCGCTTTGATGCTAACAGAGTCATGGCTACATCCAGGAATACCTGACA	124287

BX546475.20	1451	CAGCATTGGAGCTAACAGATTTCACTCTACACCGTCACGACAGAAACCAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124288	CAGCATTGGAGCTAACAGATTTCACTCTACACCGTCACGACAGAAACCAT	124337

BX546475.20	1501	CTCTGACAGTAACAACGAGGTGGGGGTTTTTGTATTTATATTAGTAAGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124338	CTCTGACAGTAACAACGAGGTGGGGGTTTTTGTATTTATATTAGTAAGAA	124387

BX546475.20	1551	ATTGGCTAAAAACACCAAAGCTGCAGATAGTCATTGCTCAACAGACTTGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124388	ATTGGCTAAAAACACCAAAGCTGCAGATAGTCATTGCTCAACAGACTTGG	124437

BX546475.20	1601	AGTATCTGACAAGTAAATGCAAACCCTTTTTCCTCTGCTGTGAGTTTTCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124438	AGTATCTGACAAGTAAATGCAAACCCTTTTTCCTCTGCTGTGAGTTTTCA	124487

BX546475.20	1651	TCAGCTGTTTTTATCAGAGCAGTGTATATAGCTCCTGATGCTAATGCTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124488	TCAGCTGTTTTTATCAGAGCAGTGTATATAGCTCCTGATGCTAATGCTAT	124537

BX546475.20	1701	ATCAGCTCATAGCCTCCTCTATAATGCTATTAGCTCCCAACTAAAAAAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124538	ATCAGCTCATAGCCTCCTCTATAATGCTATTAGCTCCCAACTAAAAAAAT	124587

BX546475.20	1751	ACCCAGAGGCAGCACATATAATTGTTGGAGATTTTAACCATGTGGATCTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124588	ACCCAGAGGCAGCACATATAATTGTTGGAGATTTTAACCATGTGGATCTT	124637

BX546475.20	1801	AAAAATAGTGTTTCCCAAACTCCATCAGCATGTAAACTGTGCTACACGTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124638	AAAAATAGTGTTTCCCAAACTCCATCAGCATGTAAACTGTGCTACACGTG	124687

BX546475.20	1851	GGACCAATCTATTAGATAAAGTATACTCTAACATTAAGCGAGGCTCTAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124688	GGACCAATCTATTAGATAAAGTATACTCTAACATTAAGCGAGGCTCTAAA	124737

BX546475.20	1901	ACAATACCAGCACCTCATATTGGACAGTCTAACCACCAGTGGTGGGAGTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124738	ACAATACCAGCACCTCATATTGGACAGTCTAACCACCAGTGGTGGGAGTA	124787

BX546475.20	1951	ACGAATTACAACTACTCACGTTACTGTAATTAAGTACATTTTTGGTGTAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847859.13	124788	ACGAATTACAACTACTCACGTTACTGTAATTAAGTACATTTTTGGTGTAA	124837

Overview

Query
BX546475.20 - 142158 bps
Hit
CR847859.13 - 124837 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195320001200011228381248371
288.76189334729017323416719991
381.947320573593737971189421091
488761708910389272-114798149721
586.311593533647436826115176155331
690.31240360103933104292-124922252821
782.35631552886429018139603397551
888.89981542900329156139766399181
994.621081306078860917139789399181
1085.131402722885829129-140291405591
1180.73862257498075204140354405711
1283.226914841604307140427405751
1384.981152715953859808-144258445301
1489.76233360103933104292-146898472581
1592.79861113103931149-182606827161
1686.32115236953759561011006631008961
1779.94662809145291731-11006741009671
1897.7849908908789176-11121981122871
1999.06571065987259977-11122051123101
2010049102598725997311122111123121
2110049102598725997311132841133851
2288.86477768590815984811160761168471
2384.24365815325603337411160781169081
2490.4141198601186031511171011172981
Short-link