<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
CR354565.6 1 AAATTTGGATCAGGTCACTCAAGAAAAGTACATAAAGTCAGAATAGCAAG 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86164 AAATTTGGATCAGGTCACTCAAGAAAAGTACATAAAGTCAGAATAGCAAG 86213 CR354565.6 51 GGTCTGAGTGTGTGCTCCTGCATCCAGACAAACACAGACATGAAAAAAGA 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86214 GGTCTGAGTGTGTGCTCCTGCATCCAGACAAACACAGACATGAAAAAAGA 86263 CR354565.6 101 GGCTGAAAAGGAGAAGACTAGAAAGTAGGAGGAAAACAAAGAGGAAGTGG 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86264 GGCTGAAAAGGAGAAGACTAGAAAGTAGGAGGAAAACAAAGAGGAAGTGG 86313 CR354565.6 151 GTTCATAAAAGACAACAGACAGGAGAAAACATCCAGGAAAGAGGAGCGGA 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86314 GTTCATAAAAGACAACAGACAGGAGAAAACATCCAGGAAAGAGGAGCGGA 86363 CR354565.6 201 CGCATCACAAACACACTCATGACACACAAGAGATAGAGACAGAGAAGTGA 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86364 CGCATCACAAACACACTCATGACACACAAGAGATAGAGACAGAGAAGTGA 86413 CR354565.6 251 TCACTGGTTTGGGTTGTATAAAGGTCACCCTGAGAGCAGCATCAGAGACA 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86414 TCACTGGTTTGGGTTGTATAAAGGTCACCCTGAGAGCAGCATCAGAGACA 86463 CR354565.6 301 TGGGGAAGAAAAAGGGAGAATGCAGTGGGTTGAAGACTGAATGAAATGAG 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86464 TGGGGAAGAAAAAGGGAGAATGCAGTGGGTTGAAGACTGAATGAAATGAG 86513 CR354565.6 351 AGAGAGTCACTAACGGGCTGGGTGTGGTGCCCCACACCTGTAATCTTAGT 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86514 AGAGAGTCACTAACGGGCTGGGTGTGGTGCCCCACACCTGTAATCTTAGT 86563 CR354565.6 401 GCTGTGAGAGGCTGAACAGGAGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTTGAGACC 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86564 GCTGTGAGAGGCTGAACAGGAGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTTGAGACC 86613 CR354565.6 451 AGCCTAGGAAATACAGTGAGACTCCATCTCTAAGGGGAAAAAAAAAAAAA 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86614 AGCCTAGGAAATACAGTGAGACTCCATCTCTAAGGGGAAAAAAAAAAAAA 86663 CR354565.6 501 ATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTATCCAGGTGTAG 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86664 ATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTATCCAGGTGTAG 86713 CR354565.6 551 TGACAGACACCTGTAGTCCCAGTTACCCAGGAGGCTGAGGTGTGAGGATC 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86714 TGACAGACACCTGTAGTCCCAGTTACCCAGGAGGCTGAGGTGTGAGGATC 86763 CR354565.6 601 CCTTGAGCCTGGGAGTTCAAGGTTGCAGTGAACTGTGATCACGTGATTGC 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86764 CCTTGAGCCTGGGAGTTCAAGGTTGCAGTGAACTGTGATCACGTGATTGC 86813 CR354565.6 651 ACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAGGACCCTGTCGAGAGAGAGAGAGGAGA 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86814 ACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAGGACCCTGTCGAGAGAGAGAGAGGAGA 86863 CR354565.6 701 GAGAGAGAGAAAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGGGG 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86864 GAGAGAGAGAAAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGGGG 86913 CR354565.6 751 AGGGAGAAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAAAAACCCACATTGCA 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86914 AGGGAGAAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAAAAACCCACATTGCA 86963 CR354565.6 801 GACTCCTATTTGAGGAAGCTGACCTCTACAATCTACGAGAGAATCTCCAG 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 86964 GACTCCTATTTGAGGAAGCTGACCTCTACAATCTACGAGAGAATCTCCAG 87013 CR354565.6 851 AGGAGGTTGCCAAGCCCTGGCTCTTCTCTCTTCAGCGAGAGGACGTGGGG 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87014 AGGAGGTTGCCAAGCCCTGGCTCTTCTCTCTTCAGCGAGAGGACGTGGGG 87063 CR354565.6 901 GAAAGGAGACATTTATGAATCTCTTTGAGTCTCAGTCTTTTCATTTCTAA 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87064 GAAAGGAGACATTTATGAATCTCTTTGAGTCTCAGTCTTTTCATTTCTAA 87113 CR354565.6 951 AATTGTGTTAATAAAAGCCTTTCTGAAAATGGTGTTGTGAGGAAGGACAT 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87114 AATTGTGTTAATAAAAGCCTTTCTGAAAATGGTGTTGTGAGGAAGGACAT 87163 CR354565.6 1001 GAGGTTTGGCACTTAGGGGGTGTTCAGTAAATGGTGGTTATTATTGTTAG 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87164 GAGGTTTGGCACTTAGGGGGTGTTCAGTAAATGGTGGTTATTATTGTTAG 87213 CR354565.6 1051 AATGAGAGAAAGCAAAAGAGAGCCTCAGGCAAAACAGTAAAGAACAGAGA 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87214 AATGAGAGAAAGCAAAAGAGAGCCTCAGGCAAAACAGTAAAGAACAGAGA 87263 CR354565.6 1101 AAACAGAACAGGAAAGAAAACAGCATCTGTGGGCTCCAGAAGCGCCCAGA 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87264 AAACAGAACAGGAAAGAAAACAGCATCTGTGGGCTCCAGAAGCGCCCAGA 87313 CR354565.6 1151 GCCCCCACCCTCCCTCGCCCACCTGCGCACTCACCCCTGATGGCCCAGGT 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87314 GCCCCCACCCTCCCTCGCCCACCTGCGCACTCACCCCTGATGGCCCAGGT 87363 CR354565.6 1201 TCCGAGAGGCTAAGCAGGGCAGCCAGGGCCATGGCTCACAGGAGGATCCT 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87364 TCCGAGAGGCTAAGCAGGGCAGCCAGGGCCATGGCTCACAGGAGGATCCT 87413 CR354565.6 1251 GGCTCTGCGCTGGCTCCTTCAGTCTTCAGGGTGTATTGCAATGGCCACTG 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87414 GGCTCTGCGCTGGCTCCTTCAGTCTTCAGGGTGTATTGCAATGGCCACTG 87463 CR354565.6 1301 TGCGCCAGACCCCAAGGAGAAAATGAGGCGGCGCAGGGACGGAGGAGCTC 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87464 TGCGCCAGACCCCAAGGAGAAAATGAGGCGGCGCAGGGACGGAGGAGCTC 87513 CR354565.6 1351 CGAATCCAGCACTCCTTTCCCTACCCCTGTCCAGGGAGAAAGGCTGGAGA 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87514 CGAATCCAGCACTCCTTTCCCTACCCCTGTCCAGGGAGAAAGGCTGGAGA 87563 CR354565.6 1401 TGAAACAGCCTGATGGGGCTCAACCAACCAGAATACATCAGAAGGGACGC 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87564 TGAAACAGCCTGATGGGGCTCAACCAACCAGAATACATCAGAAGGGACGC 87613 CR354565.6 1451 CTCTGTGGCTGGGGAAGGAAGATGCTAGAGCTGCTGGGAGGAAGTGGGAG 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87614 CTCTGTGGCTGGGGAAGGAAGATGCTAGAGCTGCTGGGAGGAAGTGGGAG 87663 CR354565.6 1501 AATTGTCAGGCACCAGCATGGCCCAGGAAGCCCCTGACTACTGCAGAGTG 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87664 AATTGTCAGGCACCAGCATGGCCCAGGAAGCCCCTGACTACTGCAGAGTG 87713 CR354565.6 1551 TAGGGGTAAGTGAAGAAAACGAAAATTAGGACATCATAATCACCTTCTTC 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87714 TAGGGGTAAGTGAAGAAAACGAAAATTAGGACATCATAATCACCTTCTTC 87763 CR354565.6 1601 TTAATGAGGAAATACATTACGCAAGTTGGGATTTTTTATTTGTAGTTACT 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87764 TTAATGAGGAAATACATTACGCAAGTTGGGATTTTTTATTTGTAGTTACT 87813 CR354565.6 1651 TCTGTGAATGGATGATATTTCTTCACAATTTTACATTGATTCTTTGCATC 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87814 TCTGTGAATGGATGATATTTCTTCACAATTTTACATTGATTCTTTGCATC 87863 CR354565.6 1701 ATAAAGGAATTAATTTGTTACCATTTGATATTATATTGACTCTTTTATAG 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87864 ATAAAGGAATTAATTTGTTACCATTTGATATTATATTGACTCTTTTATAG 87913 CR354565.6 1751 CTATGATAATTTTGGAGAAAATCTTTGATGTTTTCAAACATATAAGGAGA 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87914 CTATGATAATTTTGGAGAAAATCTTTGATGTTTTCAAACATATAAGGAGA 87963 CR354565.6 1801 AGGAAATAATATTTAATTATTTAATTAGTAATTATTATTTTATTTCTTCT 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 87964 AGGAAATAATATTTAATTATTTAATTAGTAATTATTATTTTATTTCTTCT 88013 CR354565.6 1851 TCATATAAAAATGTGGTGAGGCTGGGCGCACAGCTGAATGAAATTTAAAA 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 88014 TCATATAAAAATGTGGTGAGGCTGGGCGCACAGCTGAATGAAATTTAAAA 88063 CR354565.6 1901 GAGTCAGCTGGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAG 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 88064 GAGTCAGCTGGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAG 88113 CR354565.6 1951 GCTGAGGCGGGTGGATCATCTGAGGTCAGTAGTTAGAGACCAGCCTGGCC 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR847849.5 88114 GCTGAGGCGGGTGGATCATCTGAGGTCAGTAGTTAGAGACCAGCCTGGCC 88163