<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR354565.6	1	AAATTTGGATCAGGTCACTCAAGAAAAGTACATAAAGTCAGAATAGCAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86164	AAATTTGGATCAGGTCACTCAAGAAAAGTACATAAAGTCAGAATAGCAAG	86213

CR354565.6	51	GGTCTGAGTGTGTGCTCCTGCATCCAGACAAACACAGACATGAAAAAAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86214	GGTCTGAGTGTGTGCTCCTGCATCCAGACAAACACAGACATGAAAAAAGA	86263

CR354565.6	101	GGCTGAAAAGGAGAAGACTAGAAAGTAGGAGGAAAACAAAGAGGAAGTGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86264	GGCTGAAAAGGAGAAGACTAGAAAGTAGGAGGAAAACAAAGAGGAAGTGG	86313

CR354565.6	151	GTTCATAAAAGACAACAGACAGGAGAAAACATCCAGGAAAGAGGAGCGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86314	GTTCATAAAAGACAACAGACAGGAGAAAACATCCAGGAAAGAGGAGCGGA	86363

CR354565.6	201	CGCATCACAAACACACTCATGACACACAAGAGATAGAGACAGAGAAGTGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86364	CGCATCACAAACACACTCATGACACACAAGAGATAGAGACAGAGAAGTGA	86413

CR354565.6	251	TCACTGGTTTGGGTTGTATAAAGGTCACCCTGAGAGCAGCATCAGAGACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86414	TCACTGGTTTGGGTTGTATAAAGGTCACCCTGAGAGCAGCATCAGAGACA	86463

CR354565.6	301	TGGGGAAGAAAAAGGGAGAATGCAGTGGGTTGAAGACTGAATGAAATGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86464	TGGGGAAGAAAAAGGGAGAATGCAGTGGGTTGAAGACTGAATGAAATGAG	86513

CR354565.6	351	AGAGAGTCACTAACGGGCTGGGTGTGGTGCCCCACACCTGTAATCTTAGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86514	AGAGAGTCACTAACGGGCTGGGTGTGGTGCCCCACACCTGTAATCTTAGT	86563

CR354565.6	401	GCTGTGAGAGGCTGAACAGGAGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTTGAGACC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86564	GCTGTGAGAGGCTGAACAGGAGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTTGAGACC	86613

CR354565.6	451	AGCCTAGGAAATACAGTGAGACTCCATCTCTAAGGGGAAAAAAAAAAAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86614	AGCCTAGGAAATACAGTGAGACTCCATCTCTAAGGGGAAAAAAAAAAAAA	86663

CR354565.6	501	ATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTATCCAGGTGTAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86664	ATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTATCCAGGTGTAG	86713

CR354565.6	551	TGACAGACACCTGTAGTCCCAGTTACCCAGGAGGCTGAGGTGTGAGGATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86714	TGACAGACACCTGTAGTCCCAGTTACCCAGGAGGCTGAGGTGTGAGGATC	86763

CR354565.6	601	CCTTGAGCCTGGGAGTTCAAGGTTGCAGTGAACTGTGATCACGTGATTGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86764	CCTTGAGCCTGGGAGTTCAAGGTTGCAGTGAACTGTGATCACGTGATTGC	86813

CR354565.6	651	ACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAGGACCCTGTCGAGAGAGAGAGAGGAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86814	ACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAGGACCCTGTCGAGAGAGAGAGAGGAGA	86863

CR354565.6	701	GAGAGAGAGAAAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGGGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86864	GAGAGAGAGAAAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGGGG	86913

CR354565.6	751	AGGGAGAAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAAAAACCCACATTGCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86914	AGGGAGAAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAAAAACCCACATTGCA	86963

CR354565.6	801	GACTCCTATTTGAGGAAGCTGACCTCTACAATCTACGAGAGAATCTCCAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	86964	GACTCCTATTTGAGGAAGCTGACCTCTACAATCTACGAGAGAATCTCCAG	87013

CR354565.6	851	AGGAGGTTGCCAAGCCCTGGCTCTTCTCTCTTCAGCGAGAGGACGTGGGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87014	AGGAGGTTGCCAAGCCCTGGCTCTTCTCTCTTCAGCGAGAGGACGTGGGG	87063

CR354565.6	901	GAAAGGAGACATTTATGAATCTCTTTGAGTCTCAGTCTTTTCATTTCTAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87064	GAAAGGAGACATTTATGAATCTCTTTGAGTCTCAGTCTTTTCATTTCTAA	87113

CR354565.6	951	AATTGTGTTAATAAAAGCCTTTCTGAAAATGGTGTTGTGAGGAAGGACAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87114	AATTGTGTTAATAAAAGCCTTTCTGAAAATGGTGTTGTGAGGAAGGACAT	87163

CR354565.6	1001	GAGGTTTGGCACTTAGGGGGTGTTCAGTAAATGGTGGTTATTATTGTTAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87164	GAGGTTTGGCACTTAGGGGGTGTTCAGTAAATGGTGGTTATTATTGTTAG	87213

CR354565.6	1051	AATGAGAGAAAGCAAAAGAGAGCCTCAGGCAAAACAGTAAAGAACAGAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87214	AATGAGAGAAAGCAAAAGAGAGCCTCAGGCAAAACAGTAAAGAACAGAGA	87263

CR354565.6	1101	AAACAGAACAGGAAAGAAAACAGCATCTGTGGGCTCCAGAAGCGCCCAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87264	AAACAGAACAGGAAAGAAAACAGCATCTGTGGGCTCCAGAAGCGCCCAGA	87313

CR354565.6	1151	GCCCCCACCCTCCCTCGCCCACCTGCGCACTCACCCCTGATGGCCCAGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87314	GCCCCCACCCTCCCTCGCCCACCTGCGCACTCACCCCTGATGGCCCAGGT	87363

CR354565.6	1201	TCCGAGAGGCTAAGCAGGGCAGCCAGGGCCATGGCTCACAGGAGGATCCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87364	TCCGAGAGGCTAAGCAGGGCAGCCAGGGCCATGGCTCACAGGAGGATCCT	87413

CR354565.6	1251	GGCTCTGCGCTGGCTCCTTCAGTCTTCAGGGTGTATTGCAATGGCCACTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87414	GGCTCTGCGCTGGCTCCTTCAGTCTTCAGGGTGTATTGCAATGGCCACTG	87463

CR354565.6	1301	TGCGCCAGACCCCAAGGAGAAAATGAGGCGGCGCAGGGACGGAGGAGCTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87464	TGCGCCAGACCCCAAGGAGAAAATGAGGCGGCGCAGGGACGGAGGAGCTC	87513

CR354565.6	1351	CGAATCCAGCACTCCTTTCCCTACCCCTGTCCAGGGAGAAAGGCTGGAGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87514	CGAATCCAGCACTCCTTTCCCTACCCCTGTCCAGGGAGAAAGGCTGGAGA	87563

CR354565.6	1401	TGAAACAGCCTGATGGGGCTCAACCAACCAGAATACATCAGAAGGGACGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87564	TGAAACAGCCTGATGGGGCTCAACCAACCAGAATACATCAGAAGGGACGC	87613

CR354565.6	1451	CTCTGTGGCTGGGGAAGGAAGATGCTAGAGCTGCTGGGAGGAAGTGGGAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87614	CTCTGTGGCTGGGGAAGGAAGATGCTAGAGCTGCTGGGAGGAAGTGGGAG	87663

CR354565.6	1501	AATTGTCAGGCACCAGCATGGCCCAGGAAGCCCCTGACTACTGCAGAGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87664	AATTGTCAGGCACCAGCATGGCCCAGGAAGCCCCTGACTACTGCAGAGTG	87713

CR354565.6	1551	TAGGGGTAAGTGAAGAAAACGAAAATTAGGACATCATAATCACCTTCTTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87714	TAGGGGTAAGTGAAGAAAACGAAAATTAGGACATCATAATCACCTTCTTC	87763

CR354565.6	1601	TTAATGAGGAAATACATTACGCAAGTTGGGATTTTTTATTTGTAGTTACT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87764	TTAATGAGGAAATACATTACGCAAGTTGGGATTTTTTATTTGTAGTTACT	87813

CR354565.6	1651	TCTGTGAATGGATGATATTTCTTCACAATTTTACATTGATTCTTTGCATC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87814	TCTGTGAATGGATGATATTTCTTCACAATTTTACATTGATTCTTTGCATC	87863

CR354565.6	1701	ATAAAGGAATTAATTTGTTACCATTTGATATTATATTGACTCTTTTATAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87864	ATAAAGGAATTAATTTGTTACCATTTGATATTATATTGACTCTTTTATAG	87913

CR354565.6	1751	CTATGATAATTTTGGAGAAAATCTTTGATGTTTTCAAACATATAAGGAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87914	CTATGATAATTTTGGAGAAAATCTTTGATGTTTTCAAACATATAAGGAGA	87963

CR354565.6	1801	AGGAAATAATATTTAATTATTTAATTAGTAATTATTATTTTATTTCTTCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	87964	AGGAAATAATATTTAATTATTTAATTAGTAATTATTATTTTATTTCTTCT	88013

CR354565.6	1851	TCATATAAAAATGTGGTGAGGCTGGGCGCACAGCTGAATGAAATTTAAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	88014	TCATATAAAAATGTGGTGAGGCTGGGCGCACAGCTGAATGAAATTTAAAA	88063

CR354565.6	1901	GAGTCAGCTGGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	88064	GAGTCAGCTGGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAG	88113

CR354565.6	1951	GCTGAGGCGGGTGGATCATCTGAGGTCAGTAGTTAGAGACCAGCCTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847849.5	88114	GCTGAGGCGGGTGGATCATCTGAGGTCAGTAGTTAGAGACCAGCCTGGCC	88163

Overview

Query
CR354565.6 - 61882 bps
Hit
CR847849.5 - 88163 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link