<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR547129.3	1	GGCCGCGCGACGGTGCTGGGCCGGGGGCGGAGACCGTGGTTCCCTAAGTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	6400	GGCCGCGCGACGGTGCTGGGCCGGGGGCGGAGACCGTGGTTCCCTAAGTG	6449

CR547129.3	51	GCGCAGAACTCCCGGGACGCAGGATCCTCACGCGGGACGAGCCCGTCCCG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	6450	GCGCAGAACTCCCGGGACGCAGGATCCTCACGCGGGACGAGCCCGTCCCG	6499

CR547129.3	101	TGGGCGGGAGAACCGCGGCGTCCACGTCCCGTCCCACCCGCGCCGCGAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	6500	TGGGCGGGAGAACCGCGGCGTCCACGTCCCGTCCCACCCGCGCCGCGAAT	6549

CR547129.3	151	GGTGGGTGACGTCTCCGCCGGCGGGGGGAGCGGGTGTAGCGGAGGAGCAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	6550	GGTGGGTGACGTCTCCGCCGGCGGGGGGAGCGGGTGTAGCGGAGGAGCAG	6599

CR547129.3	201	GCGGAAGTGACGTAGGGCCCCAGCGCCCGGGCCATGGCGGCGGCGGTGGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	6600	GCGGAAGTGACGTAGGGCCCCAGCGCCCGGGCCATGGCGGCGGCGGTGGC	6649

CR547129.3	251	GGGAGCTGCTGTCTGAGCAGCGGTTGCGGACCGAGCGAACTTGGCCCAGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	6650	GGGAGCTGCTGTCTGAGCAGCGGTTGCGGACCGAGCGAACTTGGCCCAGG	6699

CR547129.3	301	AGCCCGGGCCTAGGGAGAGGCGCGGCGGCGGCGGGAGCGCGAACGGCTGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	6700	AGCCCGGGCCTAGGGAGAGGCGCGGCGGCGGCGGGAGCGCGAACGGCTGG	6749

CR547129.3	351	AGCTGGGTGAGGGGCAGTGCCGGCGCGGGGGCGGGAGCGGGGGCGGAGAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	6750	AGCTGGGTGAGGGGCAGTGCCGGCGCGGGGGCGGGAGCGGGGGCGGAGAG	6799

CR547129.3	401	GGGCGCTTCTGGAGGGGCGGGGTCTACGCGAGGGGCGGCCCCCCTGACGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	6800	GGGCGCTTCTGGAGGGGCGGGGTCTACGCGAGGGGCGGCCCCCCTGACGC	6849

CR547129.3	451	CCTCCTCCCCTTCCCCCCACCCCCAGCCTTCTTCGCCTTCTCCTCGGCTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	6850	CCTCCTCCCCTTCCCCCCACCCCCAGCCTTCTTCGCCTTCTCCTCGGCTG	6899

CR547129.3	501	TGGAGCCCTGGTGGGGGGTCTGCGCCCGGTCACCATGACGACGCCGGCGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	6900	TGGAGCCCTGGTGGGGGGTCTGCGCCCGGTCACCATGACGACGCCGGCGA	6949

CR547129.3	551	ATGCCCAGAATGCCAGCAAAACGTGGGAACTGAGTCTGTATGAGCTGCAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	6950	ATGCCCAGAATGCCAGCAAAACGTGGGAACTGAGTCTGTATGAGCTGCAC	6999

CR547129.3	601	CGGACCCCGCAGGTGACAGGCATTCTCCCTTTCAGGCTTACCCCCTCCCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7000	CGGACCCCGCAGGTGACAGGCATTCTCCCTTTCAGGCTTACCCCCTCCCC	7049

CR547129.3	651	CAAACCCTTATATCCACAGACCGCATCACACAGCTTCTTTTCCGTAATTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7050	CAAACCCTTATATCCACAGACCGCATCACACAGCTTCTTTTCCGTAATTT	7099

CR547129.3	701	GCTCTATTCTGCCTTGCCTGGCCCTACCTTTGAATCACCTTAATCTTTCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7100	GCTCTATTCTGCCTTGCCTGGCCCTACCTTTGAATCACCTTAATCTTTCC	7149

CR547129.3	751	AAAGCACTTTCGCATTTAGCTCATTTAATCCTCAAAACAGCCCTGCCAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7150	AAAGCACTTTCGCATTTAGCTCATTTAATCCTCAAAACAGCCCTGCCAGA	7199

CR547129.3	801	GAGGTGGAACAAGTATTATTATCTTCATTTGAAAGATCACAAACACAAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7200	GAGGTGGAACAAGTATTATTATCTTCATTTGAAAGATCACAAACACAAAA	7249

CR547129.3	851	ATTACCTTCCCTGTTCCTCATTCAGTGTCATAAGTCAGTGCACATAAGAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7250	ATTACCTTCCCTGTTCCTCATTCAGTGTCATAAGTCAGTGCACATAAGAC	7299

CR547129.3	901	TCACTTTGGGAGTTTATTAAAAGCAGAGCTTCATGCCCCCCAACATTCTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7300	TCACTTTGGGAGTTTATTAAAAGCAGAGCTTCATGCCCCCCAACATTCTG	7349

CR547129.3	951	ATTCAGTAGTGAATTGGGTTCTCAGAATCTGAATTTTTAACAGGCACCCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7350	ATTCAGTAGTGAATTGGGTTCTCAGAATCTGAATTTTTAACAGGCACCCT	7399

CR547129.3	1001	ATGGGGTTCTAATACAGGTAGCACCAGGACTTTAAAAAATTTTGTTGAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7400	ATGGGGTTCTAATACAGGTAGCACCAGGACTTTAAAAAATTTTGTTGAAT	7449

CR547129.3	1051	AGTTTTTCCCAACCACAGATTTGTGCCATCTTCACTCCTAGGCCACTTAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7450	AGTTTTTCCCAACCACAGATTTGTGCCATCTTCACTCCTAGGCCACTTAG	7499

CR547129.3	1101	CCACCTCAGATCCTCCTATTCCAAAGCTCCTACTCTTAGTTAATGGACAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7500	CCACCTCAGATCCTCCTATTCCAAAGCTCCTACTCTTAGTTAATGGACAC	7549

CR547129.3	1151	TAAAGTCTGTCTTTTCTCCATTTGCTCCAAGTCATCAGTCCTTCTCTTTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7550	TAAAGTCTGTCTTTTCTCCATTTGCTCCAAGTCATCAGTCCTTCTCTTTC	7599

CR547129.3	1201	TCAGAATTCTTGTCTCCTATAGAGACCAACATGGGTCTTCTCACTGTATT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7600	TCAGAATTCTTGTCTCCTATAGAGACCAACATGGGTCTTCTCACTGTATT	7649

CR547129.3	1251	TCTCAAAATTCTTATTTTATGGGCTGCTGTTTCTAAAACCCCTTTCCCTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7650	TCTCAAAATTCTTATTTTATGGGCTGCTGTTTCTAAAACCCCTTTCCCTC	7699

CR547129.3	1301	TAACCCACACCACCTTTCTACTCACTGATGCCTTCAGGAAGCCATAATGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7700	TAACCCACACCACCTTTCTACTCACTGATGCCTTCAGGAAGCCATAATGG	7749

CR547129.3	1351	ATGGCACAGAGATTGCTGTTTCCCCTCGGTCACTGCATTCAGAACTCATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7750	ATGGCACAGAGATTGCTGTTTCCCCTCGGTCACTGCATTCAGAACTCATG	7799

CR547129.3	1401	TGCCCTATCTGCCTGGACATGCTGAAGAATACGATGACCACCAAGGAGTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7800	TGCCCTATCTGCCTGGACATGCTGAAGAATACGATGACCACCAAGGAGTG	7849

CR547129.3	1451	CCTCCACAGATTCTGCTCTGACTGCATTGTCACAGCCCTACGGAGCGGGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7850	CCTCCACAGATTCTGCTCTGACTGCATTGTCACAGCCCTACGGAGCGGGT	7899

CR547129.3	1501	AATAGGAGAGACATGTTTGAGATGAGATGAAGGGGTACAAAGTTAGGGCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7900	AATAGGAGAGACATGTTTGAGATGAGATGAAGGGGTACAAAGTTAGGGCC	7949

CR547129.3	1551	CTCTCACTGGTCTTGGTTCAGCCTAGGCTTCAGTTCCCTTGACTGACCAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	7950	CTCTCACTGGTCTTGGTTCAGCCTAGGCTTCAGTTCCCTTGACTGACCAC	7999

CR547129.3	1601	TCAGGGCTTCCCTTCTCCTACCCCAGGAACAAGGAGTGTCCTACCTGCCG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	8000	TCAGGGCTTCCCTTCTCCTACCCCAGGAACAAGGAGTGTCCTACCTGCCG	8049

CR547129.3	1651	AAAGAAGCTGGTGTCCAAGCGATCCCTACGGCCAGACCCCAACTTTGATG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	8050	AAAGAAGCTGGTGTCCAAGCGATCCCTACGGCCAGACCCCAACTTTGATG	8099

CR547129.3	1701	CCCTGATCTCTAAGATCTATCCTAGCCGGGAGGAATACGAGGCCCATCAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	8100	CCCTGATCTCTAAGATCTATCCTAGCCGGGAGGAATACGAGGCCCATCAA	8149

CR547129.3	1751	GACCGAGTGCTTATCCGCCTGAGCCGCCTGCACAACCAGCAGGCATTGAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	8150	GACCGAGTGCTTATCCGCCTGAGCCGCCTGCACAACCAGCAGGCATTGAG	8199

CR547129.3	1801	CTCCAGCATTGAGGAGGGGCTACGCATGCAGGCCATGCACAGGTGTGAGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	8200	CTCCAGCATTGAGGAGGGGCTACGCATGCAGGCCATGCACAGGTGTGAGG	8249

CR547129.3	1851	GTCAGGAGAGAAGCAGAACTGATGGGATGGGTCCGTGGGTCAGTCCTTGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	8250	GTCAGGAGAGAAGCAGAACTGATGGGATGGGTCCGTGGGTCAGTCCTTGT	8299

CR547129.3	1901	TGCCTGCTAGCTTCTAAGCCTCAGCATCCTAGGAGCTGACCACAGACTGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	8300	TGCCTGCTAGCTTCTAAGCCTCAGCATCCTAGGAGCTGACCACAGACTGA	8349

CR547129.3	1951	TCATTAGGGCTGGAAATCATGGGTGTAAATTGCAGTTTCTTAGTAAACAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847841.4	8350	TCATTAGGGCTGGAAATCATGGGTGTAAATTGCAGTTTCTTAGTAAACAA	8399

Overview

Query
CR547129.3 - 49878 bps
Hit
CR847841.4 - 8399 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link