<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1999 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR381695.4	1	TGGAAAAATGACACCTCTCCAATCATTTACTGTCAGTAATACGCACTTAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185195	TGGAAAAATGACACCTCTCCAATCATTTACTGTCAGTAATACGCACTTAT	185244

CR381695.4	51	AAAGGCGGCAAGGTGGCTCAGTGGTTAGCATTGTCACCTCACAGCAAGAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185245	AAAGGCGGCAAGGTGGCTCAGTGGTTAGCATTGTCACCTCACAGCAAGAG	185294

CR381695.4	101	GGTTGCTGATTCAAGTCCCAGCTCGCCCAGTATACATTTCTGTGTGGGGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185295	GGTTGCTGATTCAAGTCCCAGCTCGCCCAGTATACATTTCTGTGTGGGGT	185344

CR381695.4	151	TTGCATGTTCTCCCCATGTTCACATGGTATTCCTGTGGGTGCTTTGGTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185345	TTGCATGTTCTCCCCATGTTCACATGGTATTCCTGTGGGTGCTTTGGTTT	185394

CR381695.4	201	CTCCCACAATCTAAAGTAAGGATGCCCAAACTTTTTGTTTTTTATGAAGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185395	CTCCCACAATCTAAAGTAAGGATGCCCAAACTTTTTGTTTTTTATGAAGG	185444

CR381695.4	251	GCCAAAAACCAAATTTGGGCCGAAGATAAATATATCAAGCTGTATTACAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185445	GCCAAAAACCAAATTTGGGCCGAAGATAAATATATCAAGCTGTATTACAA	185494

CR381695.4	301	GTTGCCATACATAGTTTCCTCATTCATTTCAAAGTGAATAGAAAACATTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185495	GTTGCCATACATAGTTTCCTCATTCATTTCAAAGTGAATAGAAAACATTA	185544

CR381695.4	351	CTTAATTAACATTAACATATGCATTATATATATTTTACATTTTATAATGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185545	CTTAATTAACATTAACATATGCATTATATATATTTTACATTTTATAATGA	185594

CR381695.4	401	ACCTAATATAATGAAAACATAAGAATTCCATTTATAACACAATGGCGTTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185595	ACCTAATATAATGAAAACATAAGAATTCCATTTATAACACAATGGCGTTT	185644

CR381695.4	451	AATGCTGAATACACTAGTCAAGCTGTCCCTGCCTTTGCTTTGATTTGCTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185645	AATGCTGAATACACTAGTCAAGCTGTCCCTGCCTTTGCTTTGATTTGCTC	185694

CR381695.4	501	ATTAAGGTCTTCTGAATTGTGGTTTATCCACTGAGCAACAGTATGTTCAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185695	ATTAAGGTCTTCTGAATTGTGGTTTATCCACTGAGCAACAGTATGTTCAT	185744

CR381695.4	551	TATTAAAAATAAAAATCAGATTCATTTACAACATTTAATTGAAGAATTTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185745	TATTAAAAATAAAAATCAGATTCATTTACAACATTTAATTGAAGAATTTA	185794

CR381695.4	601	GATCATGTTTGTCTTTTGTAGCTCAAAAATAAAACTAACAAATGAATGGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185795	GATCATGTTTGTCTTTTGTAGCTCAAAAATAAAACTAACAAATGAATGGT	185844

CR381695.4	651	TACAATAAAATGAGAAATAACTGTATTAAACACTCCTACCCTAAATGCTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185845	TACAATAAAATGAGAAATAACTGTATTAAACACTCCTACCCTAAATGCTC	185894

CR381695.4	701	CCTCTTTTTTGAGATGGTATGGGCCCTGGGCCAAATCAAAGGTTACCATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185895	CCTCTTTTTTGAGATGGTATGGGCCCTGGGCCAAATCAAAGGTTACCATG	185944

CR381695.4	751	GGCCAACTTTGGCCCGCGGGCCCTAGTTTGAGCATCTCTTGTCTAAAGAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185945	GGCCAACTTTGGCCCGCGGGCCCTAGTTTGAGCATCTCTTGTCTAAAGAC	185994

CR381695.4	801	ATGCCGTATAGGTGAATTGAATAAACTAAATTGGTCGTAGTGTGTGTGTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	185995	ATGCCGTATAGGTGAATTGAATAAACTAAATTGGTCGTAGTGTGTGTGTA	186044

CR381695.4	851	TGGGTGTTTCCCAATACTGGGTTGTGGTTGGAAGGGAATCCACTGTAAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186045	TGGGTGTTTCCCAATACTGGGTTGTGGTTGGAAGGGAATCCACTGTAAAA	186094

CR381695.4	901	CATATGGAATGTTTCGTTGTGCGGTTCATTCTGCTGTGAAAAATTAATGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186095	CATATGGAATGTTTCGTTGTGCGGTTCATTCTGCTGTGAAAAATTAATGA	186144

CR381695.4	951	AAATTTTATTATTTTATTGGTTTATTTTTGAATCAGTATAATCTTAGTTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186145	AAATTTTATTATTTTATTGGTTTATTTTTGAATCAGTATAATCTTAGTTA	186194

CR381695.4	1001	TGAGCACATTAAAAAAATCTTTAAAATGTGTTTAATAAAATAATACATAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186195	TGAGCACATTAAAAAAATCTTTAAAATGTGTTTAATAAAATAATACATAA	186244

CR381695.4	1051	TTATTACAAAGTGTTTAAAGTTTCAGCTTTCAGCCAAGTGTAACCAGATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186245	TTATTACAAAGTGTTTAAAGTTTCAGCTTTCAGCCAAGTGTAACCAGATT	186294

CR381695.4	1101	TTTCGGTTTCTACCCAGAACTGTCGTATCTGTGCATCCCTAGTTAAAACC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186295	TTTCGGTTTCTACCCAGAACTGTCGTATCTGTGCATCCCTAGTTAAAACC	186344

CR381695.4	1151	TGTATATTTAGCTATAAATCATATGTGTCACTCTTTAATAATACCTGGTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186345	TGTATATTTAGCTATAAATCATATGTGTCACTCTTTAATAATACCTGGTG	186394

CR381695.4	1201	AGCACTATACAATAACACTGTGCAATTCTTAACGGATCATTAAATCTGCG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186395	AGCACTATACAATAACACTGTGCAATTCTTAACGGATCATTAAATCTGCG	186444

CR381695.4	1251	GTGCTGCTCACATCAGAGCTAAATTCTGCTTGTCTGGAGAACCTAGAAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186445	GTGCTGCTCACATCAGAGCTAAATTCTGCTTGTCTGGAGAACCTAGAAAT	186494

CR381695.4	1301	GCAGTTGCTTGTTGTGTGACGTCACTGCAGTTTCATCTATACTATCAGAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186495	GCAGTTGCTTGTTGTGTGACGTCACTGCAGTTTCATCTATACTATCAGAC	186544

CR381695.4	1351	ACAAAAGGAAGCATTGAGTAAGTGGGTGCTGTCAGCTACTGCATGATTAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186545	ACAAAAGGAAGCATTGAGTAAGTGGGTGCTGTCAGCTACTGCATGATTAC	186594

CR381695.4	1401	ACTTCACTTTCTGCCATCTTGATAGCAGTCCCCAACACAGCAGCGCTTTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186595	ACTTCACTTTCTGCCATCTTGATAGCAGTCCCCAACACAGCAGCGCTTTG	186644

CR381695.4	1451	TACTTGATTGATCCAATGGCCAGAGAAATGGAACTACCACTCACACATAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186645	TACTTGATTGATCCAATGGCCAGAGAAATGGAACTACCACTCACACATAT	186694

CR381695.4	1501	AGTTTCCTTGATGCATGAAAAGACACACATTTTCACTGTGTGTTTGATTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186695	AGTTTCCTTGATGCATGAAAAGACACACATTTTCACTGTGTGTTTGATTC	186744

CR381695.4	1551	AAGCATACAGCATGTGGACATTCAAAGTCAAGTGATTTCATATTTCAGTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186745	AAGCATACAGCATGTGGACATTCAAAGTCAAGTGATTTCATATTTCAGTA	186794

CR381695.4	1601	TTCTGTAGAGATTTACCGTTTCATTAATATGTAACTGGAGTACAAAATAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186795	TTCTGTAGAGATTTACCGTTTCATTAATATGTAACTGGAGTACAAAATAT	186844

CR381695.4	1651	GAAAAGATTACGGACTCATTGAAAGGTCACATCACTTGCCTTGAAAATTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186845	GAAAAGATTACGGACTCATTGAAAGGTCACATCACTTGCCTTGAAAATTA	186894

CR381695.4	1701	GAAATGTTCACAAGAAAAAGTTAGCATATGTGAATATCATGCATATGCAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186895	GAAATGTTCACAAGAAAAAGTTAGCATATGTGAATATCATGCATATGCAT	186944

CR381695.4	1751	CTGTTCATGAAAGTTTAATTAAATTAGGCAGCGTGCTGTACTTTACTGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186945	CTGTTCATGAAAGTTTAATTAAATTAGGCAGCGTGCTGTACTTTACTGAA	186994

CR381695.4	1801	GTACAAGCAGGAGCTTTTCGGATATGTTCATTCCGTAATGCACACTTTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	186995	GTACAAGCAGGAGCTTTTCGGATATGTTCATTCCGTAATGCACACTTTTT	187044

CR381695.4	1851	TTAATGATGTAGCGAAGGATGATTTAGTGTCTCTAAGAAAATCTGCTCAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	187045	TTAATGATGTAGCGAAGGATGATTTAGTGTCTCTAAGAAAATCTGCTCAA	187094

CR381695.4	1901	TTTTTAACCTCAAAAAAGTGCAAGTGCATTTTATACTCTGCCATCGGCTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	187095	TTTTTAACCTCAAAAAAGTGCAAGTGCATTTTATACTCTGCCATCGGCTA	187144

CR381695.4	1951	CTTTTACACTGCAGCTTTTCTACGACTGGGTTATATAGTGTACAAGCTT	1999
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847800.4	187145	CTTTTACACTGCAGCTTTTCTACGACTGGGTTATATAGTGTACAAGCTT	187193

Overview

Query
CR381695.4 - 81999 bps
Hit
CR847800.4 - 187193 bps
Total alignments
18
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1999 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194019991199911851951871931
2851162197175671974-1248727061
391.04961352297123105114296144291
488.322263602275423113-122372227311
597.7338443876538808-142927429701
697.8731477607776123-144638446841
710030621513115192147750478111
810030621513115192-147806478671
983.58792031939619598161624618241
1010030611513215192169971700311
1110030611513215192-170018700781
1210030611513215192180010800701
1310030621513215193-180447805081
1410030611513215192180449805091
1595.181381662273522900-189890900551
1682.271413737118171553-11102761106811
1783.06443974710027197511777481787391
1890.383452809288097911860381860891
Short-link