<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX927178.8	1	GGCCAGGCACAGTGGCTCAGACTTGTAATTCCATCAGTTTCGGAGGCCAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	34429	GGCCAGGCACAGTGGCTCAGACTTGTAATTCCATCAGTTTCGGAGGCCAT	34478

BX927178.8	51	GGTAGGAGGATTGTTTAAGGCCAGGAGTTTGAAACCAACCGGGGCAAAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	34479	GGTAGGAGGATTGTTTAAGGCCAGGAGTTTGAAACCAACCGGGGCAAAAT	34528

BX927178.8	101	AGTGAGACCCCATTCCTACAAAATCTTTAAAAAATTAGTTGGGCATGCTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	34529	AGTGAGACCCCATTCCTACAAAATCTTTAAAAAATTAGTTGGGCATGCTG	34578

BX927178.8	151	GTGTGTACCTGTAATGCTATTGCTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	34579	GTGTGTACCTGTAATGCTATTGCTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACT	34628

BX927178.8	201	TGAGCCCAGGAATTCAAGGTTACAATGAGCTATGATTGTGCCACTGCATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	34629	TGAGCCCAGGAATTCAAGGTTACAATGAGCTATGATTGTGCCACTGCATT	34678

BX927178.8	251	CTACCCTGGGCAACAGAGCAAGACCTTGTCTCTGAAATAAATAAATATTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	34679	CTACCCTGGGCAACAGAGCAAGACCTTGTCTCTGAAATAAATAAATATTA	34728

BX927178.8	301	TAAAAAGAGATAATGTGGTCAAAGACCAGGGTGTGATCTGTGGCCCAATC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	34729	TAAAAAGAGATAATGTGGTCAAAGACCAGGGTGTGATCTGTGGCCCAATC	34778

BX927178.8	351	AAAATATCTGGTCTTTTTCCCTGTTTCCTGACAAGCAGGTTCCAAAACAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	34779	AAAATATCTGGTCTTTTTCCCTGTTTCCTGACAAGCAGGTTCCAAAACAT	34828

BX927178.8	401	TTGCAATCTCCTCAGTGATAAGTATGACTTTAATATGCCAATGAGATGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	34829	TTGCAATCTCCTCAGTGATAAGTATGACTTTAATATGCCAATGAGATGAC	34878

BX927178.8	451	TATGGGGTGAGGGGCTCCTAAATAGCTTCAGGATGGGGGCTGGTTGCCAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	34879	TATGGGGTGAGGGGCTCCTAAATAGCTTCAGGATGGGGGCTGGTTGCCAG	34928

BX927178.8	501	AAACATGAAGCTGTGATTAGAGGATTGGAAATTTCAGCAGTATCCCTTAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	34929	AAACATGAAGCTGTGATTAGAGGATTGGAAATTTCAGCAGTATCCCTTAC	34978

BX927178.8	551	CTCTGAGAAGCAAAGGGGGCTGGAAGTTGAGTTCAGTCACCAGTGGCCAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	34979	CTCTGAGAAGCAAAGGGGGCTGGAAGTTGAGTTCAGTCACCAGTGGCCAT	35028

BX927178.8	601	TGATTTAATTAATCTTGCCTACACAATGAAACTTCCATAGAAACCTCTAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35029	TGATTTAATTAATCTTGCCTACACAATGAAACTTCCATAGAAACCTCTAG	35078

BX927178.8	651	AGATTGGGTTTTGGAGAGCTTCCCAATTGCTGAGCACATCCGTGTGTCCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35079	AGATTGGGTTTTGGAGAGCTTCCCAATTGCTGAGCACATCCGTGTGTCCA	35128

BX927178.8	701	TGTGCTGGGAGGATGGTGAACCTCATCTCCATGGGGACAGAGGCTCCTGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35129	TGTGCTGGGAGGATGGTGAACCTCATCTCCATGGGGACAGAGGCTCCTGT	35178

BX927178.8	751	GCTCAGAGCCCTCCCAGACCACACCCTGTGCACCTCTTCATCTGGTTGCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35179	GCTCAGAGCCCTCCCAGACCACACCCTGTGCACCTCTTCATCTGGTTGCT	35228

BX927178.8	801	CATTTGTACCCTTTATAACTGCTATGGTTTGAATGTTTCCCTAGAAAAGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35229	CATTTGTACCCTTTATAACTGCTATGGTTTGAATGTTTCCCTAGAAAAGC	35278

BX927178.8	851	ATCTCTTGGATAATTTATCCTGAATGCAACATTTTTAAGAGGCGGGACCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35279	ATCTCTTGGATAATTTATCCTGAATGCAACATTTTTAAGAGGCGGGACCT	35328

BX927178.8	901	TTGAGAGGTGATTGGACCATCAGAGCTCTGCCTCCATTAATGAATTAAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35329	TTGAGAGGTGATTGGACCATCAGAGCTCTGCCTCCATTAATGAATTAAGT	35378

BX927178.8	951	CTGATCATAAAAGGACCTGAGGCTGTGAGTTTGACCTCTTATTCCCCCTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35379	CTGATCATAAAAGGACCTGAGGCTGTGAGTTTGACCTCTTATTCCCCCTA	35428

BX927178.8	1001	CCTCTCACCCTCTCTTGCCCTTTTGCTTTCTACCAGGTACAGTCCTTGGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35429	CCTCTCACCCTCTCTTGCCCTTTTGCTTTCTACCAGGTACAGTCCTTGGT	35478

BX927178.8	1051	CTTGGAATTCCCATCCTCAACAACCATGAACCAAATAAATTTCTGTTCGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35479	CTTGGAATTCCCATCCTCAACAACCATGAACCAAATAAATTTCTGTTCGT	35528

BX927178.8	1101	TTTAAGTTATCCAGTCTCAGGTGTTCTACTATAGTGGCATAATTTAAACC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35529	TTTAAGTTATCCAGTCTCAGGTGTTCTACTATAGTGGCATAATTTAAACC	35578

BX927178.8	1151	AAGAGTCCGTAACCCCCGGCTGTGGACTGGTACAGGTTCCTGGCTTGGCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35579	AAGAGTCCGTAACCCCCGGCTGTGGACTGGTACAGGTTCCTGGCTTGGCA	35628

BX927178.8	1201	GGAACCAGACCACACAGCAGGAGGTCACTGGTGGGTGATAGAGCATGAGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35629	GGAACCAGACCACACAGCAGGAGGTCACTGGTGGGTGATAGAGCATGAGC	35678

BX927178.8	1251	ATGACCACCTGAGCTCTGCCTCCTGTTAGATCAGTGGCGGAATTAGATTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35679	ATGACCACCTGAGCTCTGCCTCCTGTTAGATCAGTGGCGGAATTAGATTC	35728

BX927178.8	1301	TCATAAGAGCATGAACCCTATTGTGAACTCTGCATGTGAGGGATCTAGGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35729	TCATAAGAGCATGAACCCTATTGTGAACTCTGCATGTGAGGGATCTAGGT	35778

BX927178.8	1351	TGCATGCTCCATATGAAACAGTAATGCCTGATCATCTTAGGTGGAACAGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35779	TGCATGCTCCATATGAAACAGTAATGCCTGATCATCTTAGGTGGAACAGT	35828

BX927178.8	1401	TTCATCCTCAATCCATTCCCCTCTATTCCCTGCCACCTCTGCTGGTCCAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35829	TTCATCCTCAATCCATTCCCCTCTATTCCCTGCCACCTCTGCTGGTCCAT	35878

BX927178.8	1451	GGAAAAACTGTCTTCCATGAAATTGGTCCCTGGTGCCAAAAAGTTGGGAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35879	GGAAAAACTGTCTTCCATGAAATTGGTCCCTGGTGCCAAAAAGTTGGGAC	35928

BX927178.8	1501	CACTGATTTAAGCTATAACAATAATAAACTACAATACTGAGTGTGAAAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35929	CACTGATTTAAGCTATAACAATAATAAACTACAATACTGAGTGTGAAAGA	35978

BX927178.8	1551	AAAACAAAATTTAGGGACGCCAAATTCACTATACCAAAGGGACAAGTTAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	35979	AAAACAAAATTTAGGGACGCCAAATTCACTATACCAAAGGGACAAGTTAA	36028

BX927178.8	1601	GTTTGGTAACTGAGTGATGGAAAAACCGCCTTTCTTTTGTTCCTAAACAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	36029	GTTTGGTAACTGAGTGATGGAAAAACCGCCTTTCTTTTGTTCCTAAACAA	36078

BX927178.8	1651	ATAACTGCAAAGATAGAGGAACATATATCTCCCCAGGTGGCCTCCCTCAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	36079	ATAACTGCAAAGATAGAGGAACATATATCTCCCCAGGTGGCCTCCCTCAC	36128

BX927178.8	1701	AAATTGCTCACAAGATAATTCCTTGTGGGCCCCAACATCTTTACTCTAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	36129	AAATTGCTCACAAGATAATTCCTTGTGGGCCCCAACATCTTTACTCTAAA	36178

BX927178.8	1751	ACAGAGTTTTGTTGAATTTCACCCTAACAATGTAAATTAACAGCTTATCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	36179	ACAGAGTTTTGTTGAATTTCACCCTAACAATGTAAATTAACAGCTTATCT	36228

BX927178.8	1801	TCACAGGTGAAGGACAAAGACAAGACCAGAAATCATCCCTCCACTCACCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	36229	TCACAGGTGAAGGACAAAGACAAGACCAGAAATCATCCCTCCACTCACCT	36278

BX927178.8	1851	GGAGACAAATGTGTATTTGACTTCTCTACCCAACATTTACTTTGTCTTAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	36279	GGAGACAAATGTGTATTTGACTTCTCTACCCAACATTTACTTTGTCTTAT	36328

BX927178.8	1901	GTAAAATGCAGATTTACTGAGCACTCGATGAAAGCATAGTTGACTGTTCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	36329	GTAAAATGCAGATTTACTGAGCACTCGATGAAAGCATAGTTGACTGTTCC	36378

BX927178.8	1951	TTTTTCCTCTCCTGCCTGCTCTTTCTCCTGTAAATATTAAAGTCCTCAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847781.3	36379	TTTTTCCTCTCCTGCCTGCTCTTTCTCCTGTAAATATTAAAGTCCTCAAA	36428

Overview

Query
BX927178.8 - 106199 bps
Hit
CR847781.3 - 36428 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link