<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR628370.28	1	AAGCTTTGACTTAACAAATGCAGATGTAAAAGCATCATAAGGGCTGGGCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118176	AAGCTTTGACTTAACAAATGCAGATGTAAAAGCATCATAAGGGCTGGGCA	118225

CR628370.28	51	ATTAATCGAAAAAACGACATTCATTATCTATAATTGATAGCTTTTCCAGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118226	ATTAATCGAAAAAACGACATTCATTATCTATAATTGATAGCTTTTCCAGG	118275

CR628370.28	101	TCAGTTCTTTTTAGGCAATGTGTTTTTTAATTTCAGTTATTCAATGTTGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118276	TCAGTTCTTTTTAGGCAATGTGTTTTTTAATTTCAGTTATTCAATGTTGA	118325

CR628370.28	151	TGTTCAATAAATACTCACAGATAGATAGCGTAGATAGTGTGTGTTGAATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118326	TGTTCAATAAATACTCACAGATAGATAGCGTAGATAGTGTGTGTTGAATT	118375

CR628370.28	201	TATTACATTTATTTTTTAAAATTAAATGGTGTTTTAATTAATTATATTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118376	TATTACATTTATTTTTTAAAATTAAATGGTGTTTTAATTAATTATATTAA	118425

CR628370.28	251	AATCAAGCAAAACACTCTTCATTAAAAAATGTCTCACTTGTAATATGTAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118426	AATCAAGCAAAACACTCTTCATTAAAAAATGTCTCACTTGTAATATGTAA	118475

CR628370.28	301	GCATAATTACTGTACAAAACCTGTCAGTAAACTATGAGGGCATAACATTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118476	GCATAATTACTGTACAAAACCTGTCAGTAAACTATGAGGGCATAACATTA	118525

CR628370.28	351	AATAAATAAACAAAAGAATCGTTTATTAATCGTAATTAATAGAGTTAAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118526	AATAAATAAACAAAAGAATCGTTTATTAATCGTAATTAATAGAGTTAAAA	118575

CR628370.28	401	AGTTCAATTAATCGAGATTTATGTTTTAAGGCCAAACCACCCAGCCCTAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118576	AGTTCAATTAATCGAGATTTATGTTTTAAGGCCAAACCACCCAGCCCTAA	118625

CR628370.28	451	GTGTCGTTAATATTTTTAAAAAAAATTTGTTTTATGATTGAGATTGATGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118626	GTGTCGTTAATATTTTTAAAAAAAATTTGTTTTATGATTGAGATTGATGC	118675

CR628370.28	501	TTTTGTTCACTTCTTGAGCTGCTGAAGTTGCTGTAAGATGTGACTTGATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118676	TTTTGTTCACTTCTTGAGCTGCTGAAGTTGCTGTAAGATGTGACTTGATG	118725

CR628370.28	551	GTGCTCAAACAAAAAAAAAACCACCAGAATTGCAGATCAAATTGGATTCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118726	GTGCTCAAACAAAAAAAAAACCACCAGAATTGCAGATCAAATTGGATTCA	118775

CR628370.28	601	ATGGTGAATGTCATTTTCTTTTATGGTTTGTAACTTTTCCCTACAAACTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118776	ATGGTGAATGTCATTTTCTTTTATGGTTTGTAACTTTTCCCTACAAACTT	118825

CR628370.28	651	TTGACCGTGTGTTTGTGAGTTGTATGTGCAGGAGGTAAAAAGTGGAAAAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118826	TTGACCGTGTGTTTGTGAGTTGTATGTGCAGGAGGTAAAAAGTGGAAAAG	118875

CR628370.28	701	CTTATGCAACAAATAAGGGAAAACACCGTGAGGGTGACTACTACTTCTGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118876	CTTATGCAACAAATAAGGGAAAACACCGTGAGGGTGACTACTACTTCTGT	118925

CR628370.28	751	AAAAAAATATGAGTGTCAGAAGCATAAAATTGTGCAGCATCACCTTGTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118926	AAAAAAATATGAGTGTCAGAAGCATAAAATTGTGCAGCATCACCTTGTGT	118975

CR628370.28	801	ACCGGTGTATTTCTTTTTTTCAATAGGTGCCATATCTATAGTCAGGGAGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	118976	ACCGGTGTATTTCTTTTTTTCAATAGGTGCCATATCTATAGTCAGGGAGT	119025

CR628370.28	851	AATTTCGGTACATTCACTCTGCTCAATACCAGTGAACATTGATTGAGTGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119026	AATTTCGGTACATTCACTCTGCTCAATACCAGTGAACATTGATTGAGTGA	119075

CR628370.28	901	GGATACCAAAAATGACAAAAAAAATTCTGATGACAAGCGCAAGCTAAAAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119076	GGATACCAAAAATGACAAAAAAAATTCTGATGACAAGCGCAAGCTAAAAC	119125

CR628370.28	951	TGTCCAGGTGTGCACAAGAATTAACCTGACACTTTATTTAAAACGTTTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119126	TGTCCAGGTGTGCACAAGAATTAACCTGACACTTTATTTAAAACGTTTTT	119175

CR628370.28	1001	ATAGAACACAGCAGAGTTTCTCAACTCTGTTCCTGAAGGCACACCAACAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119176	ATAGAACACAGCAGAGTTTCTCAACTCTGTTCCTGAAGGCACACCAACAC	119225

CR628370.28	1051	ATATTTTGGATGTCTCCCTTATCTGATGTACTCATTTAAGATTTTGGAGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119226	ATATTTTGGATGTCTCCCTTATCTGATGTACTCATTTAAGATTTTGGAGT	119275

CR628370.28	1101	CTCTTCTAATGTCCTGATGAGTAGATTCAGGAGTGTTTGAATAGAAAGAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119276	CTCTTCTAATGTCCTGATGAGTAGATTCAGGAGTGTTTGAATAGAAAGAG	119325

CR628370.28	1151	GTTGAAAATGAGTACTGTTTGTGTGTCTTCATTACAGGGTTAAGAAACAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119326	GTTGAAAATGAGTACTGTTTGTGTGTCTTCATTACAGGGTTAAGAAACAC	119375

CR628370.28	1201	TGGATTACAGAAACCATTACAACCCCATATAAGTAAATTAGATGAGCAGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119376	TGGATTACAGAAACCATTACAACCCCATATAAGTAAATTAGATGAGCAGT	119425

CR628370.28	1251	ACCACACACATCCACCTTCTCGATTGTAAACAAAGAGCTTTCTCTCATGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119426	ACCACACACATCCACCTTCTCGATTGTAAACAAAGAGCTTTCTCTCATGC	119475

CR628370.28	1301	ATACATCATCAATTGACGAGAAGCTCATGTTCCAAACTGTTGCTTCATAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119476	ATACATCATCAATTGACGAGAAGCTCATGTTCCAAACTGTTGCTTCATAA	119525

CR628370.28	1351	GACCTACACAAGTATTAACTTCATGTTGCCTGTACGTTTGACTTTTAACG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119526	GACCTACACAAGTATTAACTTCATGTTGCCTGTACGTTTGACTTTTAACG	119575

CR628370.28	1401	CTCTAGTAGCTGCTAACTTGTACATTATGAATCTCCAAGGACCACAGTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119576	CTCTAGTAGCTGCTAACTTGTACATTATGAATCTCCAAGGACCACAGTTT	119625

CR628370.28	1451	GAGCTAAAGACATTAATAAATTAAATCCGTAAGCTCCGTCTCTTTTTTAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119626	GAGCTAAAGACATTAATAAATTAAATCCGTAAGCTCCGTCTCTTTTTTAT	119675

CR628370.28	1501	CAGGGGTCACCACTGTAGAATGAACCACCACCTATTCTGGCATATGTTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119676	CAGGGGTCACCACTGTAGAATGAACCACCACCTATTCTGGCATATGTTTT	119725

CR628370.28	1551	ACACAGTGGATGCCCTTCCAGCCACAACCCAGTACTGGGAAACACCCACA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119726	ACACAGTGGATGCCCTTCCAGCCACAACCCAGTACTGGGAAACACCCACA	119775

CR628370.28	1601	CACTCTCAAATTTACACACACTCAAATACACTACGGCCAATTCTTGTTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119776	CACTCTCAAATTTACACACACTCAAATACACTACGGCCAATTCTTGTTTA	119825

CR628370.28	1651	CCCAAATTCATCTGTGCCACATGTCTTTGGACTATGGGGGAAACTGGAGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119826	CCCAAATTCATCTGTGCCACATGTCTTTGGACTATGGGGGAAACTGGAGC	119875

CR628370.28	1701	ACCCAGAGGAAACCAACATGGGGAAAATATGCAAACTCTATACAGAAATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119876	ACCCAGAGGAAACCAACATGGGGAAAATATGCAAACTCTATACAGAAATG	119925

CR628370.28	1751	TAAACTGTCCCGGCCTGGACTCGAACAAGCAACCTTGGTGCTATGAGGGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119926	TAAACTGTCCCGGCCTGGACTCGAACAAGCAACCTTGGTGCTATGAGGGG	119975

CR628370.28	1801	GAAGTGTAACCACTGAGCCACCGTGCCACCCCAAGCTAAAGCCATTTAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	119976	GAAGTGTAACCACTGAGCCACCGTGCCACCCCAAGCTAAAGCCATTTAAA	120025

CR628370.28	1851	CATAAATAAATTGTTGCACATTTTGGATGGCAAATTTTCTTTTTTTGGGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	120026	CATAAATAAATTGTTGCACATTTTGGATGGCAAATTTTCTTTTTTTGGGG	120075

CR628370.28	1901	GAACTAAACCTTTAATTTTTGAGCTTAGAATTTCTTCTACTTTTAAAGGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	120076	GAACTAAACCTTTAATTTTTGAGCTTAGAATTTCTTCTACTTTTAAAGGG	120125

CR628370.28	1951	TTAGTGCACCCAAAAAAGAAAAAAGTTATGTTATTAATTGCTTACCCTCA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847569.14	120126	TTAGTGCACCCAAAAAAGAAAAAAGTTATGTTATTAATTGCTTACCCTCA	120175

Overview

Query
CR628370.28 - 190967 bps
Hit
CR847569.14 - 120175 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193920001200011181761201751
287.56119221172416172636-1649867221
384.491543854827448658-1651969051
483.671804874816848654128492289811
586.35119247172416172662128782290301
696.37159193189758189950137618378101
783.031724954816048654-151467519611
890.841672486819568442-152666529051
989.6132210132993133202152666528671
1093.261501946819568388-170502706941
1189.342173336822068552173771741171
1291.78208288132918133205-173789740801
1387.271552649447394736173814740801
1484.891542967702777322173820741171
1589.72188279159853160131173831741121
1693.66113142147327147468-179994801351
1791.77118167159965160131-180003801721
1890.971151676819568361-180176803411
1985.41122285483004858411022561025431
2082.26136355681956854911101641105071
2191.92142194132918133111-11102761104731
2288.6514422615990616013111102771105051
Short-link