<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CT027782.9	101296	AAGCTTTGAAGAAAGCATTTAAAAACATCGTCAAATCAGCTGATTTATGA	101345
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1	AAGCTTTGAAGAAAGCATTTAAAAACATCGTCAAATCAGCTGATTTATGA	50

CT027782.9	101346	GCGGATTAATCACTCATCTGCAAGGTTTGAGTGGAGATACACAGAGTTTT	101395
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	51	GCGGATTAATCACTCATCTGCAAGGTTTGAGTGGAGATACACAGAGTTTT	100

CT027782.9	101396	TAATTTTTGTAATTTTATAACTCTTTGAAATAAAACTAACATATTTATAA	101445
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	101	TAATTTTTGTAATTTTATAACTCTTTGAAATAAAACTAACATATTTATAA	150

CT027782.9	101446	CACCCTGCCGTTTTCTAACTATCAGTGTATTTCTTTCTGACATTGTTATT	101495
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	151	CACCCTGCCGTTTTCTAACTATCAGTGTATTTCTTTCTGACATTGTTATT	200

CT027782.9	101496	TTTTTTATTACAAAACAGTAAAGAACTGAGCAATTCTGCCTTAAATTCTG	101545
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	201	TTTTTTATTACAAAACAGTAAAGAACTGAGCAATTCTGCCTTAAATTCTG	250

CT027782.9	101546	CCATATTGGTCAAAATGACTGCATGCATGTCTGATACTTTTCACTGTGAC	101595
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	251	CCATATTGGTCAAAATGACTGCATGCATGTCTGATACTTTTCACTGTGAC	300

CT027782.9	101596	TTTAAATATGTGTGCATTTTCTTGCCTGGCAACTTCCTGCTAACATAAAC	101645
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	301	TTTAAATATGTGTGCATTTTCTTGCCTGGCAACTTCCTGCTAACATAAAC	350

CT027782.9	101646	AAAACTTTCTGATGGCAAAAACATCAATTTACTTCAGATATCTTTCAAAA	101695
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	351	AAAACTTTCTGATGGCAAAAACATCAATTTACTTCAGATATCTTTCAAAA	400

CT027782.9	101696	CAGCATATTCTGTGCTGTGAAATAGCTCCTGTTTGACAGTGAAAATGAAA	101745
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	401	CAGCATATTCTGTGCTGTGAAATAGCTCCTGTTTGACAGTGAAAATGAAA	450

CT027782.9	101746	GCCAAGACCTTTAAGTGTTTTAGTATATTAACTACATATTTATAGGCTGT	101795
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	451	GCCAAGACCTTTAAGTGTTTTAGTATATTAACTACATATTTATAGGCTGT	500

CT027782.9	101796	ATTACCAAAAAAAGATGATATTTTTAGGGTAATGGTGTCATTAAATATGA	101845
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	501	ATTACCAAAAAAAGATGATATTTTTAGGGTAATGGTGTCATTAAATATGA	550

CT027782.9	101846	TGCCAGACATTCAAAGCTTAATTTTAATATCTCAATAATAGCTTTGAATG	101895
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	551	TGCCAGACATTCAAAGCTTAATTTTAATATCTCAATAATAGCTTTGAATG	600

CT027782.9	101896	TAAATATGTTGTGACAGTATGGCGTTTTATATGAGAACGGTCAGAATGAG	101945
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	601	TAAATATGTTGTGACAGTATGGCGTTTTATATGAGAACGGTCAGAATGAG	650

CT027782.9	101946	CAGTATGGTAATTCTAATAGTTACAGAATTCTAGTTCCACTGTTAATATA	101995
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	651	CAGTATGGTAATTCTAATAGTTACAGAATTCTAGTTCCACTGTTAATATA	700

CT027782.9	101996	GCCTACTCTCATGTCTGTGCTAACGCAGAATGAAGCGAGTGCACCGATGC	102045
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	701	GCCTACTCTCATGTCTGTGCTAACGCAGAATGAAGCGAGTGCACCGATGC	750

CT027782.9	102046	CCATTCTGACCAATCACAGATGTTTCTGCTGAGCTCCTGAACACACAGCC	102095
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	751	CCATTCTGACCAATCACAGATGTTTCTGCTGAGCTCCTGAACACACAGCC	800

CT027782.9	102096	ATTCAGCTCATGCTGATATGCTCTCTCATTGGCTGTAGCTCGTCACTACA	102145
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	801	ATTCAGCTCATGCTGATATGCTCTCTCATTGGCTGTAGCTCGTCACTACA	850

CT027782.9	102146	TCTGACCACACGTGGGGTTGAGTCGGCCGACTGCTCTGGAATATTTAGCA	102195
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	851	TCTGACCACACGTGGGGTTGAGTCGGCCGACTGCTCTGGAATATTTAGCA	900

CT027782.9	102196	TGCTGAATGTTGGATTTCTGTCTGCGAGGTGTCAGCGACGCGTCAGCGAG	102245
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	901	TGCTGAATGTTGGATTTCTGTCTGCGAGGTGTCAGCGACGCGTCAGCGAG	950

CT027782.9	102246	CCTCGTTGATGCGTTGCTCAGTAGTTCACACATAAAGAGCGGCGAGCGCC	102295
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	951	CCTCGTTGATGCGTTGCTCAGTAGTTCACACATAAAGAGCGGCGAGCGCC	1000

CT027782.9	102296	GAGCACCCGCAGATTTCTTCCCGATCACAGCCCGATCTGTCGGCGAGCTC	102345
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1001	GAGCACCCGCAGATTTCTTCCCGATCACAGCCCGATCTGTCGGCGAGCTC	1050

CT027782.9	102346	GTTAACTTCCAAATCGGGCTCAAATCAGGCTTAAAATCCTCTAGTGTGAA	102395
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1051	GTTAACTTCCAAATCGGGCTCAAATCAGGCTTAAAATCCTCTAGTGTGAA	1100

CT027782.9	102396	CTAGGCATTAGATGTACAATCCCAGACACAATGCACTCAAAGGAGCGAGT	102445
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1101	CTAGGCATTAGATGTACAATCCCAGACACAATGCACTCAAAGGAGCGAGT	1150

CT027782.9	102446	GACTTCACTGTGAGGTGTAGGGTTAGGTGTGCACATTAAAAGCATTCTCC	102495
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1151	GACTTCACTGTGAGGTGTAGGGTTAGGTGTGCACATTAAAAGCATTCTCC	1200

CT027782.9	102496	AATTTGTTAGTCCTATTGAGGTGCCATGAGAAATAAAGCAGTTTTTATTG	102545
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1201	AATTTGTTAGTCCTATTGAGGTGCCATGAGAAATAAAGCAGTTTTTATTG	1250

CT027782.9	102546	TGCTAAGTGAGCACCACTTCCTGTTAACATCAAAGGGAGGAACATTAACA	102595
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1251	TGCTAAGTGAGCACCACTTCCTGTTAACATCAAAGGGAGGAACATTAACA	1300

CT027782.9	102596	CTTTCCAGAACTCTCCCCTTAACTGTTTGTTGCTGGTGGAATGATCTTCA	102645
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1301	CTTTCCAGAACTCTCCCCTTAACTGTTTGTTGCTGGTGGAATGATCTTCA	1350

CT027782.9	102646	CTACTCCATCCATACTAGGCATCCATAGTAGGCTATATGCACAATGGCAC	102695
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1351	CTACTCCATCCATACTAGGCATCCATAGTAGGCTATATGCACAATGGCAC	1400

CT027782.9	102696	ATCCCTTATGACAAGTAAGCATGGTTTTGATATATATATATATATATATA	102745
			|||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||
CR847564.6	1401	ATCCCTTATGACAAGTAAGCATGGTTTTG----------ATATATATATA	1440

CT027782.9	102746	TATATATATATCTATTATATCTATTATATCTATTATATATATATATATAT	102795
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1441	TATATATATATCTATTATATCTATTATATCTATTATATATATATATATAT	1490

CT027782.9	102796	ATATCTCCCTGAATTCTTAGCCCCGTTTATTTTTTTTCCAGTAATTTCTG	102845
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1491	ATATCTCCCTGAATTCTTAGCCCCGTTTATTTTTTTTCCAGTAATTTCTG	1540

CT027782.9	102846	TTAAGTGGAGAGATTTTTTTCAACACATTTCTAAACATAATAGTTTTAAT	102895
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1541	TTAAGTGGAGAGATTTTTTTCAACACATTTCTAAACATAATAGTTTTAAT	1590

CT027782.9	102896	AATTCATTTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAA	102945
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1591	AATTCATTTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAA	1640

CT027782.9	102946	ATAATATTTGACTAGATATTTTTCAAAACACTTCTATATAGCCTAAGTGA	102995
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1641	ATAATATTTGACTAGATATTTTTCAAAACACTTCTATATAGCCTAAGTGA	1690

CT027782.9	102996	CATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGGCAAGTTAGGGTA	103045
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1691	CATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGGCAAGTTAGGGTA	1740

CT027782.9	103046	ATAAGGCAAGTTATTGTTTAATTATGGTTTGTTCTGTAGACAGTCAAAAA	103095
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1741	ATAAGGCAAGTTATTGTTTAATTATGGTTTGTTCTGTAGACAGTCAAAAA	1790

CT027782.9	103096	AATATATAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGACCTTAAAATTAAAAACTG	103145
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1791	AATATATAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGACCTTAAAATTAAAAACTG	1840

CT027782.9	103146	CTTTTTATTCTAGTCGAAATAGAATGAATAAGACTTGTTTTAGCAGTTCA	103195
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1841	CTTTTTATTCTAGTCGAAATAGAATGAATAAGACTTGTTTTAGCAGTTCA	1890

CT027782.9	103196	TTTGGGAAATATTCGAAAAAGAAAAAAATTCAAAGGGAGGCTGTCTGTCT	103245
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1891	TTTGGGAAATATTCGAAAAAGAAAAAAATTCAAAGGGAGGCTGTCTGTCT	1940

CT027782.9	103246	GTCTGTCTGTTTGTCTGTCTGTCCGTCTGTCCGTCCACTGGCTGCCTTAA	103295
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847564.6	1941	GTCTGTCTGTTTGTCTGTCTGTCCGTCTGTCCGTCCACTGGCTGCCTTAA	1990

Compact alignment

skip 1400 bps 100% identity alignment

CT027782.9	102696	ATCCCTTATGACAAGTAAGCATGGTTTTGATATATATATATATATATATA	102745
			|||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||
CR847564.6	1401	ATCCCTTATGACAAGTAAGCATGGTTTTG----------ATATATATATA	1440

skip 550 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT027782.9 - 103295 bps
Hit
CR847564.6 - 122704 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link