<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR376771.10	178445	AAGCTTTTCATTGTAACTGTGAAATTTATCAGAAATGTTTGAGTGATAAT	178396
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101113	AAGCTTTTCATTGTAACTGTGAAATTTATCAGAAATGTTTGAGTGATAAT	101162

C  CR376771.10	178395	TATTTACACCATTTTTACAATGTAGTAGAATTTTTAAATAACTACTTAAG	178346
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101163	TATTTACACCATTTTTACAATGTAGTAGAATTTTTAAATAACTACTTAAG	101212

C  CR376771.10	178345	TTCTAGTATCTTTCCAGTTTTTTTTTTTTACATGTTCTTCTCACTGTAAG	178296
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101213	TTCTAGTATCTTTCCAGTTTTTTTTTTTTACATGTTCTTCTCACTGTAAG	101262

C  CR376771.10	178295	GATCATAACAATTCATGCCTCAGGTTTGCATTATGTGACATTTCTCCTTT	178246
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101263	GATCATAACAATTCATGCCTCAGGTTTGCATTATGTGACATTTCTCCTTT	101312

C  CR376771.10	178245	CACATGGATGCAAAAACATCAGGTGATGGAACGGCAAAAGCATGTCAGTC	178196
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101313	CACATGGATGCAAAAACATCAGGTGATGGAACGGCAAAAGCATGTCAGTC	101362

C  CR376771.10	178195	AAACAGTGTAGTACAACCACTTAAGATTCTCGGGGAGTATGAGAAGCAGA	178146
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101363	AAACAGTGTAGTACAACCACTTAAGATTCTCGGGGAGTATGAGAAGCAGA	101412

C  CR376771.10	178145	GGCGTATAGTCTCAGGGGCCAAGGGTTTCTCTTCAGACATGGGCAGAAGA	178096
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101413	GGCGTATAGTCTCAGGGGCCAAGGGTTTCTCTTCAGACATGGGCAGAAGA	101462

C  CR376771.10	178095	AAACATGACTAGGATGAGAATGGAACTCAAAAGGTTGCTGCATTCACAAA	178046
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101463	AAACATGACTAGGATGAGAATGGAACTCAAAAGGTTGCTGCATTCACAAA	101512

C  CR376771.10	178045	CTCTCATGGGTTACTCAGCAGAGACATAGAGCTTAGATGCAAGGTACCTC	177996
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101513	CTCTCATGGGTTACTCAGCAGAGACATAGAGCTTAGATGCAAGGTACCTC	101562

C  CR376771.10	177995	GCAGCACACTTACTTTGCTGAAAATACTCCAAAAAATGTTTCAAGTAGTT	177946
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101563	GCAGCACACTTACTTTGCTGAAAATACTCCAAAAAATGTTTCAAGTAGTT	101612

C  CR376771.10	177945	GGTAAGGTTCATTTGGTAAATGCTTTATTTATACTGTATGTACACATAAA	177896
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101613	GGTAAGGTTCATTTGGTAAATGCTTTATTTATACTGTATGTACACATAAA	101662

C  CR376771.10	177895	TTAATCAGCACTTTGGAGTTTTTTGTCTGTCCTCTTTTTTTGCTGAATTT	177846
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101663	TTAATCAGCACTTTGGAGTTTTTTGTCTGTCCTCTTTTTTTGCTGAATTT	101712

C  CR376771.10	177845	TCTGCAAACTCCTGCTTCTTTATAAATTTTCAAATGTACTTTTTTTTACA	177796
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101713	TCTGCAAACTCCTGCTTCTTTATAAATTTTCAAATGTACTTTTTTTTACA	101762

C  CR376771.10	177795	AAAGAGGCTAGAAAAATTGTGAAGCTATACATTATTATTATGATTATTAT	177746
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101763	AAAGAGGCTAGAAAAATTGTGAAGCTATACATTATTATTATGATTATTAT	101812

C  CR376771.10	177745	TATGTTTTGGCGGTTTATTCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGCAA	177696
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101813	TATGTTTTGGCGGTTTATTCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGCAA	101862

C  CR376771.10	177695	CTAAGCCGAAAAGAAAACGAATGAATAAATTGTGTTTTAATATTTTTTAT	177646
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101863	CTAAGCCGAAAAGAAAACGAATGAATAAATTGTGTTTTAATATTTTTTAT	101912

C  CR376771.10	177645	TGAAATTGCCAAATTTTGACTGAAGAAAGTTTAAGTGCAGCAGATTGTTA	177596
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101913	TGAAATTGCCAAATTTTGACTGAAGAAAGTTTAAGTGCAGCAGATTGTTA	101962

C  CR376771.10	177595	TTTACCTAATAAATGACACTAGATTTTTTTATTTAAAACTTGACCAGAAA	177546
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	101963	TTTACCTAATAAATGACACTAGATTTTTTTATTTAAAACTTGACCAGAAA	102012

C  CR376771.10	177545	CCTATTTTTCAAATGATATATCATGAAATAAATATGTATTTTAAAAATAA	177496
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102013	CCTATTTTTCAAATGATATATCATGAAATAAATATGTATTTTAAAAATAA	102062

C  CR376771.10	177495	ATATTATTTTACATTCCTTTATTATAAATCTTAAGGAAATATTTTTAAAA	177446
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102063	ATATTATTTTACATTCCTTTATTATAAATCTTAAGGAAATATTTTTAAAA	102112

C  CR376771.10	177445	TATCAAAAAGTGTGGCAGCGAAGCAGTGGCGCAGTAGGTAGTACTGTCAC	177396
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102113	TATCAAAAAGTGTGGCAGCGAAGCAGTGGCGCAGTAGGTAGTACTGTCAC	102162

C  CR376771.10	177395	CTCACAGCAAGAAGGTCACTGGGTCACTGGTTCGAGCCTCGGCTCATTAG	177346
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102163	CTCACAGCAAGAAGGTCACTGGGTCACTGGTTCGAGCCTCGGCTCATTAG	102212

C  CR376771.10	177345	GCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCGTTCGCGTGGGTTTCC	177296
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102213	GCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCGTTCGCGTGGGTTTCC	102262

C  CR376771.10	177295	TCCGGGTGGTCCGGTTTCAGTCCAAAGACGTGGTACAGAATTGGGTAGTC	177246
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102263	TCCGGGTGGTCCGGTTTCAGTCCAAAGACGTGGTACAGAATTGGGTAGTC	102312

C  CR376771.10	177245	TAAATTGTCCGTAGTGTATGAGTGTGTGTGAATGTGGGTGTGGATGTTTC	177196
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102313	TAAATTGTCCGTAGTGTATGAGTGTGTGTGAATGTGGGTGTGGATGTTTC	102362

C  CR376771.10	177195	CCAGAGATGGGTTGCGGCTGGCAACCCCGGATTAATAAAGGAACTAAGCC	177146
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102363	CCAGAGATGGGTTGCGGCTGGCAACCCCGGATTAATAAAGGAACTAAGCC	102412

C  CR376771.10	177145	GACAAGAAAATGAATGAATAAAAGAAAAAAGTGTGGCTATGTTGACCAAC	177096
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102413	GACAAGAAAATGAATGAATAAAAGAAAAAAGTGTGGCTATGTTGACCAAC	102462

C  CR376771.10	177095	CGACAAGCTAATACAGATAAAATTTGTGCTTAAAATGTCACCTAAAATGT	177046
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102463	CGACAAGCTAATACAGATAAAATTTGTGCTTAAAATGTCACCTAAAATGT	102512

C  CR376771.10	177045	TGTATTTAAGTATCATAATTAAACAGAAAATGAAGCAAATAACTGCAAAA	176996
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102513	TGTATTTAAGTATCATAATTAAACAGAAAATGAAGCAAATAACTGCAAAA	102562

C  CR376771.10	176995	GGTCCCCTTTTTGAGAAAAAAGAATCAGCCCTTTCACCAAGTATCTTTTC	176946
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102563	GGTCCCCTTTTTGAGAAAAAAGAATCAGCCCTTTCACCAAGTATCTTTTC	102612

C  CR376771.10	176945	TTTTTGTGTCTTTGTATCTTCCTTTTCCTTTTTTGTTATTTTCACGTTTA	176896
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102613	TTTTTGTGTCTTTGTATCTTCCTTTTCCTTTTTTGTTATTTTCACGTTTA	102662

C  CR376771.10	176895	CTCAGAAAATCTAGAGATAATCTCTTAAGTCTAAATTCAAAATGGTGATT	176846
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102663	CTCAGAAAATCTAGAGATAATCTCTTAAGTCTAAATTCAAAATGGTGATT	102712

C  CR376771.10	176845	CAACCAGGCACAGATTACAATGAACATGACAACATAAAGCTCAAATGTCA	176796
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102713	CAACCAGGCACAGATTACAATGAACATGACAACATAAAGCTCAAATGTCA	102762

C  CR376771.10	176795	ATTCATGTCAGCTTACTGGTTCTGGCATATCGCAAAACCAACTATGTAGG	176746
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102763	ATTCATGTCAGCTTACTGGTTCTGGCATATCGCAAAACCAACTATGTAGG	102812

C  CR376771.10	176745	AAAACATGTTTCTTTGAGGTTTGTTTGTTTGTTTGTGAATTAAAAGTTAA	176696
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102813	AAAACATGTTTCTTTGAGGTTTGTTTGTTTGTTTGTGAATTAAAAGTTAA	102862

C  CR376771.10	176695	TTTTCAATCAGTTTATTCATTTATTGATAATAATATGACGATTTATTGAT	176646
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102863	TTTTCAATCAGTTTATTCATTTATTGATAATAATATGACGATTTATTGAT	102912

C  CR376771.10	176645	GATTGATTATTGATCATATATGGTCAGTTCTCAGTATATGTTAAATGCAT	176596
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102913	GATTGATTATTGATCATATATGGTCAGTTCTCAGTATATGTTAAATGCAT	102962

C  CR376771.10	176595	TTACCCAGCACTGGCAAAGATGGCTCATTTGAATCTAAAATATAGATTTT	176546
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	102963	TTACCCAGCACTGGCAAAGATGGCTCATTTGAATCTAAAATATAGATTTT	103012

C  CR376771.10	176545	TCAAGTTGGTTTTTGTTTCCAGGTACCCAAAAAAGATGACTATGTTTATT	176496
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	103013	TCAAGTTGGTTTTTGTTTCCAGGTACCCAAAAAAGATGACTATGTTTATT	103062

C  CR376771.10	176495	TCTACTGTTTCTGTTCCCTCATTTCTGTCCCTATTCTCTCCTGAAAGTTC	176446
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR847499.12	103063	TCTACTGTTTCTGTTCCCTCATTTCTGTCCCTATTCTCTCCTGAAAGTTC	103112

Overview

Query
CR376771.10 - 178445 bps
Hit
CR847499.12 - 103112 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019232000176446178445-11011131031121
287.149471701132969134669-129918316271
384.4462912917476776057129925312031
488.946981090150413151502130366314601
591183025787611778694135292378681
690.4113521967146726148692-135292372731
786.698861555130611132165-136373379341
889.01106016877869980385137934396171
995.2710991307110314111620138312396201
1091.4410861532153335154866-152223537631
1181.95135133397605879396-153037563561
1294.3412491552130614132165153691552471
1382.7715503690146726150415154343580701
1490.1819332915150413153327-154557575191
1589.4111851851132903134753156219580701
1687.6480713797467976057-156703580701
1785.2213472683150645153327173935766551
1888.156631085132897133981-173935750481
1984.918161570146726148295-175307768691
2087.5277812727691878189175692769571
2190.86698986131180132165-175973769571
Short-link