<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1994 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  BX469888.5	188432	GAATTCAAGCAAAATGGTTCAATTCAAACAAAAAGTAATTAAAAAAGTTA	188383
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	228523	GAATTCAAGCAAAATGGTTCAATTCAAACAAAAAGTAATTAAAAAAGTTA	228572

C  BX469888.5	188382	ATTAGAAAAGGGAATTTTTTAAGAAGCACAAATCAAAAAAAGCTTATCTG	188333
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	228573	ATTAGAAAAGGGAATTTTTTAAGAAGCACAAATCAAAAAAAGCTTATCTG	228622

C  BX469888.5	188332	AAATCATCTCAAATGCTTTACATTTTCGCCAATCATAACCTCCTAAAATT	188283
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	228623	AAATCATCTCAAATGCTTTACATTTTCGCCAATCATAACCTCCTAAAATT	228672

C  BX469888.5	188282	ACAGTGTACGTACCAGTTACAGTCAGAAGACATCTGAGAAAACCTCAGTT	188233
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	228673	ACAGTGTACGTACCAGTTACAGTCAGAAGACATCTGAGAAAACCTCAGTT	228722

C  BX469888.5	188232	GTAAGCCAGAAGTAAAGCAAAACCAGCATATGCAAAATTCGGGAAAAAAT	188183
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	228723	GTAAGCCAGAAGTAAAGCAAAACCAGCATATGCAAAATTCGGGAAAAAAT	228772

C  BX469888.5	188182	AAATAAATCAAACAACACATTTACTGCCTTTTAGACAAATATGAACTGGT	188133
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	228773	AAATAAATCAAACAACACATTTACTGCCTTTTAGACAAATATGAACTGGT	228822

C  BX469888.5	188132	GACAGTAATTGTGTTCTTTTCAAATCTAGCCATTGATAGATAAGAAAACC	188083
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	228823	GACAGTAATTGTGTTCTTTTCAAATCTAGCCATTGATAGATAAGAAAACC	228872

C  BX469888.5	188082	CACAGGTACCAAATTCAAGCTTCAGTTCACTGTAAATACTCTAAAGCATA	188033
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	228873	CACAGGTACCAAATTCAAGCTTCAGTTCACTGTAAATACTCTAAAGCATA	228922

C  BX469888.5	188032	GTGGCATACAAATCATGGTGTGGAGATGTTAAAACTCTACCGTGGTGTTG	187983
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	228923	GTGGCATACAAATCATGGTGTGGAGATGTTAAAACTCTACCGTGGTGTTG	228972

C  BX469888.5	187982	GTTTTACTGTGACGTTACTTATCGCTTTCCATGGATCTCAGATCAGTTTT	187933
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	228973	GTTTTACTGTGACGTTACTTATCGCTTTCCATGGATCTCAGATCAGTTTT	229022

C  BX469888.5	187932	AATAATTCTAAATACTTTAAGAGTTTATGTTTCTCTATGCCAGGGGTGCC	187883
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229023	AATAATTCTAAATACTTTAAGAGTTTATGTTTCTCTATGCCAGGGGTGCC	229072

C  BX469888.5	187882	CAAATTGGTCCTTGAGGGCCAGTTGTTCTCAGAGTTTAGCTTTAACTTGC	187833
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229073	CAAATTGGTCCTTGAGGGCCAGTTGTTCTCAGAGTTTAGCTTTAACTTGC	229122

C  BX469888.5	187832	TTCAACACACCTGCCAGAAAGTAGTATACCTAAGAGCTTAATTAGCTGGT	187783
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229123	TTCAACACACCTGCCAGAAAGTAGTATACCTAAGAGCTTAATTAGCTGGT	229172

C  BX469888.5	187782	TCAGGTGTATAAAATAGGGGTCGGAGCTAAATGCTGTAGGATACCGGCCC	187733
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229173	TCAGGTGTATAAAATAGGGGTCGGAGCTAAATGCTGTAGGATACCGGCCC	229222

C  BX469888.5	187732	TGCAGAACCCTCCCTGTCTTAGGCTAAAGAGAAAATGCTATAGGACTAGT	187683
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229223	TGCAGAACCCTCCCTGTCTTAGGCTAAAGAGAAAATGCTATAGGACTAGT	229272

C  BX469888.5	187682	ATTTCAACAAGACAATAACCCTAAAGACACAAGTAAGCAAGCTACAACTT	187633
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229273	ATTTCAACAAGACAATAACCCTAAAGACACAAGTAAGCAAGCTACAACTT	229322

C  BX469888.5	187632	AGTATCAGGCAAAAAAGGATTGAGGTAACGGAGTGGCCAGCTTAATCCCC	187583
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229323	AGTATCAGGCAAAAAAGGATTGAGGTAACGGAGTGGCCAGCTTAATCCCC	229372

C  BX469888.5	187582	TGACCTCCACCAAATTGAAAACTGGTAGAGTGACATAATGTAATTGTGAC	187533
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229373	TGACCTCCACCAAATTGAAAACTGGTAGAGTGACATAATGTAATTGTGAC	229422

C  BX469888.5	187532	AAATAATGTTTGCAAAACTCTAAATTTATCGAAACTGTGGGGTGTCATTT	187483
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229423	AAATAATGTTTGCAAAACTCTAAATTTATCGAAACTGTGGGGTGTCATTT	229472

C  BX469888.5	187482	GTGCTTTCTTAGCTGAAATATCTCTTTATAGGTGCAAGAAGTTGACTGAC	187433
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229473	GTGCTTTCTTAGCTGAAATATCTCTTTATAGGTGCAAGAAGTTGACTGAC	229522

C  BX469888.5	187432	AAAATACAATACAAATGCGCAGTAGTTAGAAAAAATAATGGCTATGCAAC	187383
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229523	AAAATACAATACAAATGCGCAGTAGTTAGAAAAAATAATGGCTATGCAAC	229572

C  BX469888.5	187382	TAAATACTTGTTCAGTTATGTGAGCTGAAGTGGAAATAAAATCTATAAAA	187333
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229573	TAAATACTTGTTCAGTTATGTGAGCTGAAGTGGAAATAAAATCTATAAAA	229622

C  BX469888.5	187332	TATTTCAAACAGATTTCATAAAATCTCTTTGAAAAGAATTGAATGTGCAA	187283
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229623	TATTTCAAACAGATTTCATAAAATCTCTTTGAAAAGAATTGAATGTGCAA	229672

C  BX469888.5	187282	TGTTTCCACTGCTTTAAATATGAATATAAAAGCTATTTAAAATATTTGCC	187233
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229673	TGTTTCCACTGCTTTAAATATGAATATAAAAGCTATTTAAAATATTTGCC	229722

C  BX469888.5	187232	TTTTTTAAGGCACTGCCTTTTTAAAACAACTGTATAAAATGTCTACCAAC	187183
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229723	TTTTTTAAGGCACTGCCTTTTTAAAACAACTGTATAAAATGTCTACCAAC	229772

C  BX469888.5	187182	CATGGATCAAACATTTATAGTACAAAAACACATTTTACTTTATGTTTTTA	187133
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229773	CATGGATCAAACATTTATAGTACAAAAACACATTTTACTTTATGTTTTTA	229822

C  BX469888.5	187132	TTATTTA------ATATATATATATATATATATATATATATAACACAGAA	187089
			|||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229823	TTATTTAATATATATATATATATATATATATATATATATATAACACAGAA	229872

C  BX469888.5	187088	AATAACTTTTAAATGTTATTTATTAGTTTTCTCTACATTTTTGATCCAAT	187039
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229873	AATAACTTTTAAATGTTATTTATTAGTTTTCTCTACATTTTTGATCCAAT	229922

C  BX469888.5	187038	GAATGCTTGACAGCATTGAGAAATTCCACAAATGAATTTGAACCTTTAAG	186989
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229923	GAATGCTTGACAGCATTGAGAAATTCCACAAATGAATTTGAACCTTTAAG	229972

C  BX469888.5	186988	ACCTGCATTTAAGAGCACCAGTAAACAACATGTTGGAGCATGTGTGTGAT	186939
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229973	ACCTGCATTTAAGAGCACCAGTAAACAACATGTTGGAGCATGTGTGTGAT	230022

C  BX469888.5	186938	CCATTAGGTCACGCCTCCAACATATCAAGCATTCCACTCGAATCAAATCT	186889
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	230023	CCATTAGGTCACGCCTCCAACATATCAAGCATTCCACTCGAATCAAATCT	230072

C  BX469888.5	186888	GATTTAACTCCATTTAAACCTTGATTAAACCGTTGATATGTTGTTGTTTA	186839
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	230073	GATTTAACTCCATTTAAACCTTGATTAAACCGTTGATATGTTGTTGTTTA	230122

C  BX469888.5	186838	CTGTAGGAGCTTAGCAAACCCTCACATGAGAGGAAATCCTAAATAAAACA	186789
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	230123	CTGTAGGAGCTTAGCAAACCCTCACATGAGAGGAAATCCTAAATAAAACA	230172

C  BX469888.5	186788	AATGTTATAGTATAGGTTAAAATAATGCCTCAGGATTATGAAACAGCTTG	186739
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	230173	AATGTTATAGTATAGGTTAAAATAATGCCTCAGGATTATGAAACAGCTTG	230222

C  BX469888.5	186738	AGGGTGACTAGATAATTACTGCTTTACTCTCATAATCTCCTCTAGCATGT	186689
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	230223	AGGGTGACTAGATAATTACTGCTTTACTCTCATAATCTCCTCTAGCATGT	230272

C  BX469888.5	186688	CTCGGGTGGGTGTAATGAGAAGAACGGTTAGCATGTCTGCCCTACCCATG	186639
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	230273	CTCGGGTGGGTGTAATGAGAAGAACGGTTAGCATGTCTGCCCTACCCATG	230322

C  BX469888.5	186638	AACTAAGATTTGTTCCAGATCATTAGCGTCCGAGGCCAGTCTCTTGCAGG	186589
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	230323	AACTAAGATTTGTTCCAGATCATTAGCGTCCGAGGCCAGTCTCTTGCAGG	230372

C  BX469888.5	186588	ACAGAGTGACATTTACTGCAGCACCTCATCATGGCTGCGTTCTCTCATCA	186539
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	230373	ACAGAGTGACATTTACTGCAGCACCTCATCATGGCTGCGTTCTCTCATCA	230422

C  BX469888.5	186538	TATGTGTAGGTTAGAGACTGTCCATCATATGGATCAAGGACGAGGTAGTA	186489
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	230423	TATGTGTAGGTTAGAGACTGTCCATCATATGGATCAAGGACGAGGTAGTA	230472

C  BX469888.5	186488	TAACAATCCATCCAAAGCTTGATTTTAATGAAAAGACTATAACTAGTTTT	186439
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	230473	TAACAATCCATCCAAAGCTTGATTTTAATGAAAAGACTATAACTAGTTTT	230522

Compact alignment

skip 1300 bps 100% identity alignment

C  BX469888.5	187132	TTATTTA------ATATATATATATATATATATATATATATAACACAGAA	187089
			|||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR812847.5	229823	TTATTTAATATATATATATATATATATATATATATATATATAACACAGAA	229872

skip 650 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX469888.5 - 188432 bps
Hit
CR812847.5 - 230522 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1994 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.719021994186439188432-12285232305221
281.781554794360444082-1176522361
384.49129256126272126527-168389686461
485.0618335620212376-193272936191
586.7242872581308854-194547952691
688.55155266969419720611125731128341
783.8715041015842215883111310551314571
885.262304923904039531-11413061417731
983473100678478852-11820321830431
1087.1621236610291610328111913741917311
1184.8518537315495915533111913741917361
1293.54214277177985178261-11913781916561
1387.9121036020182377-11913931917311
1480.751203532307723429-12046032049711
1584.64175356102924103279-12053492056931
1687.1146255155070155324-12053492055961
1782.281503572020237612053492056811
1885.1913527117798817825812054252056941
1981.761313462031237612198712201991
2085.2171343154967155309-12198742202111
2182.841413232306323385-12198882202191
2287.9415727517798517825912199322202131
Short-link