<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU407320.10	2000	AAGCTTGTTTTAAGCATCTCCAATGTTTTAAATAAAGAGTGTTTATTTTG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1	AAGCTTGTTTTAAGCATCTCCAATGTTTTAAATAAAGAGTGTTTATTTTG	50

C  CU407320.10	1950	TTAATATTTTGTAATTGTGTCTTTTTTAGGTCTATAGTATTAAAATAATA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	51	TTAATATTTTGTAATTGTGTCTTTTTTAGGTCTATAGTATTAAAATAATA	100

C  CU407320.10	1900	TTAATAAAATTATATTATAAAATATTTAGGACAAAATTAAAAGGTTTACA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	101	TTAATAAAATTATATTATAAAATATTTAGGACAAAATTAAAAGGTTTACA	150

C  CU407320.10	1850	GTAGCTAACTGTTAACTTAGGTTTTTACAGTAGTTAACCATTTTCAGACA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	151	GTAGCTAACTGTTAACTTAGGTTTTTACAGTAGTTAACCATTTTCAGACA	200

C  CU407320.10	1800	CTACGGTAACATGCTGTAAACGGATTTACAGTTGTATACTGTAAATCTAA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	201	CTACGGTAACATGCTGTAAACGGATTTACAGTTGTATACTGTAAATCTAA	250

C  CU407320.10	1750	AATACAGTAACTTACTGGCAACAGTGTTGCCAGTAAGTTACTGTAAAAAC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	251	AATACAGTAACTTACTGGCAACAGTGTTGCCAGTAAGTTACTGTAAAAAC	300

C  CU407320.10	1700	CCTTTGAAATGTCTAACAGTGTACTGGGTCGTTAGGCCCTCTCACTAGCA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	301	CCTTTGAAATGTCTAACAGTGTACTGGGTCGTTAGGCCCTCTCACTAGCA	350

C  CU407320.10	1650	CCACTTCCGGCAGCAACCTAGCTTTCCTATGTGGTCTCCCATCCAGATAC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	351	CCACTTCCGGCAGCAACCTAGCTTTCCTATGTGGTCTCCCATCCAGATAC	400

C  CU407320.10	1600	TGACCAGGTGCAACCCTGCTTAAAATACGGAATCGTCCCGTATTGCGCGT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	401	TGACCAGGTGCAACCCTGCTTAAAATACGGAATCGTCCCGTATTGCGCGT	450

C  CU407320.10	1550	CCCGTTTTTAATCAATACGGGACGAGTTTTGTCCCATATTTTTATACCGT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	451	CCCGTTTTTAATCAATACGGGACGAGTTTTGTCCCATATTTTTATACCGT	500

C  CU407320.10	1500	TCTTTTTTTTAAGTAGCTTTTCATGCAAATCATCCCACACACATTTTATG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	501	TCTTTTTTTTAAGTAGCTTTTCATGCAAATCATCCCACACACATTTTATG	550

C  CU407320.10	1450	AAGTTGCCTTATTCTCGCAATGACAGAGCTCACAAAAATCAAAGCAGTTA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	551	AAGTTGCCTTATTCTCGCAATGACAGAGCTCACAAAAATCAAAGCAGTTA	600

C  CU407320.10	1400	GATAGTTCTTCGTACCCCAAGTCTCTCCCGAAGCAGACAGGGTAATGACA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	601	GATAGTTCTTCGTACCCCAAGTCTCTCCCGAAGCAGACAGGGTAATGACA	650

C  CU407320.10	1350	GTATAATCATTATCAACAATATTTAGGTTAATGGCTTAATAATGTTAAAA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	651	GTATAATCATTATCAACAATATTTAGGTTAATGGCTTAATAATGTTAAAA	700

C  CU407320.10	1300	AATGTGACCCAGTCTGTGAAAATCTAGCTGGAGTCTTTTGTTGTTGTTGC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	701	AATGTGACCCAGTCTGTGAAAATCTAGCTGGAGTCTTTTGTTGTTGTTGC	750

C  CU407320.10	1250	TGTTGTTGTAATGTACTGTTTACTACATGAAATAAAGAACAGTCTTTAAA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	751	TGTTGTTGTAATGTACTGTTTACTACATGAAATAAAGAACAGTCTTTAAA	800

C  CU407320.10	1200	GAACAGTGAAAATAATAAAATGTATTTAATATTAACTGACTAAAACCATG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	801	GAACAGTGAAAATAATAAAATGTATTTAATATTAACTGACTAAAACCATG	850

C  CU407320.10	1150	TCAACAACTGAAATCACAGTGAAATGAATGGCTACACTCAAACTATATCT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	851	TCAACAACTGAAATCACAGTGAAATGAATGGCTACACTCAAACTATATCT	900

C  CU407320.10	1100	CAGAATTAGATTTGGCCTGGTTTTCACACACTGGGTCACAAATTGTAATT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	901	CAGAATTAGATTTGGCCTGGTTTTCACACACTGGGTCACAAATTGTAATT	950

C  CU407320.10	1050	TGTAATAATTCTGTAATTACAATATAAGTGGATCATATACCAATGCAATA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	951	TGTAATAATTCTGTAATTACAATATAAGTGGATCATATACCAATGCAATA	1000

C  CU407320.10	1000	TTATGATTTGTTTGTTAAGGTTAAGTCATGCACAAAATTTTAAATTTATT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1001	TTATGATTTGTTTGTTAAGGTTAAGTCATGCACAAAATTTTAAATTTATT	1050

C  CU407320.10	950	ACTTGAAACATTTTATTTAATACATTAAAAAACAACATAATGCCTGTGTA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1051	ACTTGAAACATTTTATTTAATACATTAAAAAACAACATAATGCCTGTGTA	1100

C  CU407320.10	900	AAGAAAATAAACTAGTAAATTGCTACTTATTTTAAAATAGAAATAGAAGA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1101	AAGAAAATAAACTAGTAAATTGCTACTTATTTTAAAATAGAAATAGAAGA	1150

C  CU407320.10	850	CACCTGTTTTTTTTTTTTTTAGAAATAGAAATAGAAATAGAAGACACCTG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1151	CACCTGTTTTTTTTTTTTTTAGAAATAGAAATAGAAATAGAAGACACCTG	1200

C  CU407320.10	800	AAATTTACTACACCTGGTTGCCTTAATTTGTTAGGCTGAATCAAATTAAT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1201	AAATTTACTACACCTGGTTGCCTTAATTTGTTAGGCTGAATCAAATTAAT	1250

C  CU407320.10	750	CATGAATTTATTGAACTTACATTAAGTAAAACTGACCTTAAACAGCTTGC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1251	CATGAATTTATTGAACTTACATTAAGTAAAACTGACCTTAAACAGCTTGC	1300

C  CU407320.10	700	ATAACTTATAAAATTAAGATAGAACATGATTAACTTAGTTCAGTAAGTTC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1301	ATAACTTATAAAATTAAGATAGAACATGATTAACTTAGTTCAGTAAGTTC	1350

C  CU407320.10	650	AAATGACTTAAAAACATATGCTGTCAGGACTAATTGATCATATCATTTTT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1351	AAATGACTTAAAAACATATGCTGTCAGGACTAATTGATCATATCATTTTT	1400

C  CU407320.10	600	TACAGTTTAACTAATGTTTGTATCTACACTGTTAGACATTTCAAAGGGTT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1401	TACAGTTTAACTAATGTTTGTATCTACACTGTTAGACATTTCAAAGGGTT	1450

C  CU407320.10	550	TTTACAGTAACTTACTGGCAACACTGTTGCCAGTAAGTTACTGTATTTTA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1451	TTTACAGTAACTTACTGGCAACACTGTTGCCAGTAAGTTACTGTATTTTA	1500

C  CU407320.10	500	GATTTACAGTATACAACTGTAAATCCGTTTACAGCATGTTACCGTAGTGT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1501	GATTTACAGTATACAACTGTAAATCCGTTTACAGCATGTTACCGTAGTGT	1550

C  CU407320.10	450	CTGAAAATGGTTAACTACTGTAAAAACCTAAGTTAACAGTTAGCTACTGT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1551	CTGAAAATGGTTAACTACTGTAAAAACCTAAGTTAACAGTTAGCTACTGT	1600

C  CU407320.10	400	AAACCTTTTAATTTTGTCCTAAATATTTTATAATATAATTTTATTAATAT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1601	AAACCTTTTAATTTTGTCCTAAATATTTTATAATATAATTTTATTAATAT	1650

C  CU407320.10	350	TATTTTAATACTATAGACCTAAAAAAGACACAATTACAAAATATTAACAA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1651	TATTTTAATACTATAGACCTAAAAAAGACACAATTACAAAATATTAACAA	1700

C  CU407320.10	300	AATAAACACTCTTTATTTAAAACATTGGAGATGCTTAAAACAAGCTTAAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1701	AATAAACACTCTTTATTTAAAACATTGGAGATGCTTAAAACAAGCTTAAA	1750

C  CU407320.10	250	AATGTGTAAAAACATTACATTTCAATCATTCAAAATATTTTATTTTAAGA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1751	AATGTGTAAAAACATTACATTTCAATCATTCAAAATATTTTATTTTAAGA	1800

C  CU407320.10	200	AAAAAAAAACATTGAAAATGACAAAGCACATTAACATACATGTACAAAAC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1801	AAAAAAAAACATTGAAAATGACAAAGCACATTAACATACATGTACAAAAC	1850

C  CU407320.10	150	TAATTTAAGTGTCTGACCTGCATATTGTTGAGAAAAAAAACCCAATTGTA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1851	TAATTTAAGTGTCTGACCTGCATATTGTTGAGAAAAAAAACCCAATTGTA	1900

C  CU407320.10	100	CTATGTACTACTGACATTAAACCAGACACAATTACAAAATATTCCATTCT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1901	CTATGTACTACTGACATTAAACCAGACACAATTACAAAATATTCCATTCT	1950

C  CU407320.10	50	TTAAAACATTAATAATGCTTAAAGCATTTAAGGAAAATGTGTTAAAATTA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788302.6	1951	TTAAAACATTAATAATGCTTAAAGCATTTAAGGAAAATGTGTTAAAATTA	2000

Overview

Query
CU407320.10 - 56912 bps
Hit
CR788302.6 - 172778 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001865200012000-1120001
2100295323254576113231
398.133373729167854061142551711
497.064010223772238731677668771
598.91429254743548341678668771
698.06421022376823869-1678668881
798.9142925474354834-1678668771
898.81378554614546981678768701
993.261261833930539487112301124781
1081.381574963930539800120560210531
1184.5731963684049039129362299961
1297.3481112377023880150702508121
1396.8835995461454712-150705508001
1497.22461095474254850150707508141
1510050955474154835-150707508011
1697.27481102377123880-150709508181
1796.9138985461454711150711508071
1884.3846963839038485158641587361
1991.981221623137131532-165242654031
2010041842378223865194799948821
2198.836845461554698194799948811
2210041845474354826194799948821
2310041845474354826-194799948821
2410035373842138457-11159921160281
2585.812204983930339800-11180541185391
2678.3786292383923868311258791261741
2798.653374501465021911522501523231
Short-link