<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1999 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  BX571879.8	252198	AAGCTTTAGCATCTTTATTAGAATGAAATAACCTCTATTCCTCATGTCAT	252149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	18645	AAGCTTTAGCATCTTTATTAGAATGAAATAACCTCTATTCCTCATGTCAT	18694

C  BX571879.8	252148	ATTTCACTGGAATAATTTATTTAATGACATTCCTTGGAAGATTGTGTGGT	252099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	18695	ATTTCACTGGAATAATTTATTTAATGACATTCCTTGGAAGATTGTGTGGT	18744

C  BX571879.8	252098	CTTTACCCAACAAATTTTTAATTACAAATAAGGTTAAAGAGGTTTCCTTC	252049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	18745	CTTTACCCAACAAATTTTTAATTACAAATAAGGTTAAAGAGGTTTCCTTC	18794

C  BX571879.8	252048	AAATTGCTAAATTGAGTTTATCCAGTGAATGTTTATATTTAAAAATGCAT	251999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	18795	AAATTGCTAAATTGAGTTTATCCAGTGAATGTTTATATTTAAAAATGCAT	18844

C  BX571879.8	251998	CATGAAAAGGATCCCCTTTGTTCCTTTTGTGGAATAATAGATAAATCTGT	251949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	18845	CATGAAAAGGATCCCCTTTGTTCCTTTTGTGGAATAATAGATAAATCTGT	18894

C  BX571879.8	251948	AGATCATCTTTTTTGGGAATGTGCCCATGTCAAGATTTTTTGGAGAGAAT	251899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	18895	AGATCATCTTTTTTGGGAATGTGCCCATGTCAAGATTTTTTGGAGAGAAT	18944

C  BX571879.8	251898	TCAGTTTATTTATTTGTAAATATTTTAAATCCTTTTTCTTTGTCATACAA	251849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	18945	TCAGTTTATTTATTTGTAAATATTTTAAATCCTTTTTCTTTGTCATACAA	18994

C  BX571879.8	251848	GGATGTTTTATTTGGTTTTTATCATCATGATACAGTTAAAGATAAATATT	251799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	18995	GGATGTTTTATTTGGTTTTTATCATCATGATACAGTTAAAGATAAATATT	19044

C  BX571879.8	251798	TTCTAATAAATCTATTTATTTTACAAGCAAATTTTTTTAAACACAATTGC	251749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19045	TTCTAATAAATCTATTTATTTTACAAGCAAATTTTTTTAAACACAATTGC	19094

C  BX571879.8	251748	TAG-TTTTTTTTTTTTGTCTGTAAATGCCCTTTTTCTTATTTTTTAGCAA	251700
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19095	TAGTTTTTTTTTTTTTGTCTGTAAATGCCCTTTTTCTTATTTTTTAGCAA	19144

C  BX571879.8	251699	AAATTTAAAATATTATTTAAATACAATCTCTACCTTCAGCCATGTTAAAG	251650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19145	AAATTTAAAATATTATTTAAATACAATCTCTACCTTCAGCCATGTTAAAG	19194

C  BX571879.8	251649	CTTTCAAGAGTTCACACTTAGCTGATGATTGGTAATAAGCTAGTTTGGCA	251600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19195	CTTTCAAGAGTTCACACTTAGCTGATGATTGGTAATAAGCTAGTTTGGCA	19244

C  BX571879.8	251599	TGCTTTCCCAGGAGAGAGCCCCGAGCTCAAAAGATCCTTGAGCCCGGAGC	251550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19245	TGCTTTCCCAGGAGAGAGCCCCGAGCTCAAAAGATCCTTGAGCCCGGAGC	19294

C  BX571879.8	251549	TCCCTCCTTTTGCAGGGCGAGAGGGGAGTTTGAGCTTGGGTAGATCTCGA	251500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19295	TCCCTCCTTTTGCAGGGCGAGAGGGGAGTTTGAGCTTGGGTAGATCTCGA	19344

C  BX571879.8	251499	GAACCCCCCCTCCTCCTCCTGCTACATAAGGATTGCTAAGGTGATGTGTT	251450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19345	GAACCCCCCCTCCTCCTCCTGCTACATAAGGATTGCTAAGGTGATGTGTT	19394

C  BX571879.8	251449	GCTGACAGAATTGAATTTGGTGCTAATTTGGTTTTGTCAATTTACTTAAG	251400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19395	GCTGACAGAATTGAATTTGGTGCTAATTTGGTTTTGTCAATTTACTTAAG	19444

C  BX571879.8	251399	TCTTATGTTTTTGGGAGTGTGGGAGGAAACCGGAGGACCCGGGGAAAACC	251350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19445	TCTTATGTTTTTGGGAGTGTGGGAGGAAACCGGAGGACCCGGGGAAAACC	19494

C  BX571879.8	251349	CACGCAAGCACGGGGAGAACATGAACTCCACACGAAAATGCTGTCCGGTT	251300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19495	CACGCAAGCACGGGGAGAACATGAACTCCACACGAAAATGCTGTCCGGTT	19544

C  BX571879.8	251299	GGGTGGATACCCGAGTCGGAGGCATTTTTTTGCTGTGAGGCCACAGTGCT	251250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19545	GGGTGGATACCCGAGTCGGAGGCATTTTTTTGCTGTGAGGCCACAGTGCT	19594

C  BX571879.8	251249	AGCCACTGGGCCGCCGTGCTGCCCTGTAGAAAAGAGGAGAAGAAGGGATG	251200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19595	AGCCACTGGGCCGCCGTGCTGCCCTGTAGAAAAGAGGAGAAGAAGGGATG	19644

C  BX571879.8	251199	GAAGAGGGGAATCTTCAAGACGAAGATGACTAAAGGGAAGATGTTTGGTT	251150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19645	GAAGAGGGGAATCTTCAAGACGAAGATGACTAAAGGGAAGATGTTTGGTT	19694

C  BX571879.8	251149	ATTTATACTGGGTTAGGAATAGTCTGATTGGTGGTTCGTACATTAGCTTG	251100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19695	ATTTATACTGGGTTAGGAATAGTCTGATTGGTGGTTCGTACATTAGCTTG	19744

C  BX571879.8	251099	ACTCGGGGCCAGCCGTGTCAATCATAAGCACGAGATCCTCTCGAAATTAG	251050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19745	ACTCGGGGCCAGCCGTGTCAATCATAAGCACGAGATCCTCTCGAAATTAG	19794

C  BX571879.8	251049	TTTATGAATAAACTTCACTTAAAATCAATAACACAGCCATATCACCCTGT	251000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19795	TTTATGAATAAACTTCACTTAAAATCAATAACACAGCCATATCACCCTGT	19844

C  BX571879.8	250999	AGCCCAAGACCGGTTACTCACTGAAGCTAAGCAGGGCTGAGCCTGGTTAG	250950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19845	AGCCCAAGACCGGTTACTCACTGAAGCTAAGCAGGGCTGAGCCTGGTTAG	19894

C  BX571879.8	250949	TACCTGGATGGGAGACCACTAGGGAACACTAGGTTGCTGTTGGAAGTGGT	250900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19895	TACCTGGATGGGAGACCACTAGGGAACACTAGGTTGCTGTTGGAAGTGGT	19944

C  BX571879.8	250899	GGTAGTGAGGCCAGCAGGGGGCGCTCAACCCGTGGTCTGTGTGAGTCCTA	250850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19945	GGTAGTGAGGCCAGCAGGGGGCGCTCAACCCGTGGTCTGTGTGAGTCCTA	19994

C  BX571879.8	250849	ATGCCCCAGTAAAAGTGAAGGGGACACTATACTGTCAGTGGGCGCCGTCT	250800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19995	ATGCCCCAGTAAAAGTGAAGGGGACACTATACTGTCAGTGGGCGCCGTCT	20044

C  BX571879.8	250799	TTCGGATGAGACGTTAAACCGAGGTCCTGACTTTCTGCGGTCATTAAAAA	250750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	20045	TTCGGATGAGACGTTAAACCGAGGTCCTGACTTTCTGCGGTCATTAAAAA	20094

C  BX571879.8	250749	TCCCATGGCACTTCTCGTGAAAGAGCAGGGGTGTAACCCCGGTGTCCTGG	250700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	20095	TCCCATGGCACTTCTCGTGAAAGAGCAGGGGTGTAACCCCGGTGTCCTGG	20144

C  BX571879.8	250699	CCAAAGTCCCTCTATCGGCCCTTACGATCATGGCCTCCCAATCATCCCCT	250650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	20145	CCAAAGTCCCTCTATCGGCCCTTACGATCATGGCCTCCCAATCATCCCCT	20194

C  BX571879.8	250649	TCCACCCAATTGGCTCGATCACCGTCTCTCCACTCCACCTATAGCTGGTG	250600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	20195	TCCACCCAATTGGCTCGATCACCGTCTCTCCACTCCACCTATAGCTGGTG	20244

C  BX571879.8	250599	TGTGGTGAGCGCACTGGCGCCGTTGTCCTGTGGCTGCCGTCGCATCATCC	250550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	20245	TGTGGTGAGCGCACTGGCGCCGTTGTCCTGTGGCTGCCGTCGCATCATCC	20294

C  BX571879.8	250549	AAGTGGATGCTGCACACTGGTGGTAGTGTGGAGAGACCCCCCTCATGATT	250500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	20295	AAGTGGATGCTGCACACTGGTGGTAGTGTGGAGAGACCCCCCTCATGATT	20344

C  BX571879.8	250499	GTGAAGCGCTTGGGTGTATGGCCATACACAATAAATGCGCTATATAAATA	250450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	20345	GTGAAGCGCTTGGGTGTATGGCCATACACAATAAATGCGCTATATAAATA	20394

C  BX571879.8	250449	CACAATACATTACAACACTTTGTGAAACTTACAGTATTGTCTCTTTTCTA	250400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	20395	CACAATACATTACAACACTTTGTGAAACTTACAGTATTGTCTCTTTTCTA	20444

C  BX571879.8	250399	TAAATCCCAGCGGGCTGTATTATATGTGACCTTTTAAACATCACTGTGAC	250350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	20445	TAAATCCCAGCGGGCTGTATTATATGTGACCTTTTAAACATCACTGTGAC	20494

C  BX571879.8	250349	CTTGCTTTTAGATAGATTTAAAGTGATTTTTGTCTTTCATATTCCCCCTG	250300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	20495	CTTGCTTTTAGATAGATTTAAAGTGATTTTTGTCTTTCATATTCCCCCTG	20544

C  BX571879.8	250299	GCATAATCTTTTGTTTCTCTCTTTGTTTTGTTCCGTTGTCTACTTTTGTT	250250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	20545	GCATAATCTTTTGTTTCTCTCTTTGTTTTGTTCCGTTGTCTACTTTTGTT	20594

C  BX571879.8	250249	GTTATTGGAGTTGTACATTTTCTGTTTTTGTACTCTAGTTAAACGTTCCA	250200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	20595	GTTATTGGAGTTGTACATTTTCTGTTTTTGTACTCTAGTTAAACGTTCCA	20644

Compact alignment

skip 450 bps 100% identity alignment

C  BX571879.8	251748	TAG-TTTTTTTTTTTTGTCTGTAAATGCCCTTTTTCTTATTTTTTAGCAA	251700
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788299.4	19095	TAGTTTTTTTTTTTTTGTCTGTAAATGCCCTTTTTCTTATTTTTTAGCAA	19144

skip 1500 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX571879.8 - 252198 bps
Hit
CR788299.4 - 20644 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1999 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.9519701999250200252198-118645206441
284.23658239087091692-1201628251
310071147242676242822-1622963751
482.23478109628104371805988561
582.4324774211236212009-1828290651
686.023766801008071014861838690651
7843026141165721171851838690101
882.452004781234591239361838688751
985.9526947993899943771858590611
1090.0611316110441106011890590651
1186.1811451239481240921891590651
1284.36225449962810076111850122901
13811524057778878192-111891122901
1482.82276654211083211736-112292129601
1586.78375667100962101628112292129491
1683.752695769389994474112334128991
1787.021833131043910751112649129561
1884.73103206179839180044-113885140871
1991.486498126894126991115528156211
2088.693151142297142447119196193441
2191.054135783883139408119826204061
Short-link