<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR381651.9	154341	GAATTCAAACAATAGTGTATTTTGTGGGAAAAGTACTGTAAATATAGTCA	154292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	97574	GAATTCAAACAATAGTGTATTTTGTGGGAAAAGTACTGTAAATATAGTCA	97623

C  CR381651.9	154291	CGTTTTCATATTATGTTATAATGTACAGTGCTACCCTTTTGAAATGAGTT	154242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	97624	CGTTTTCATATTATGTTATAATGTACAGTGCTACCCTTTTGAAATGAGTT	97673

C  CR381651.9	154241	GCAAATCAGGGATGTTAAAACACCACCCACAATGCTAAGGTATTCAGGGC	154192
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	97674	GCAAATCAGGGATGTTAAAACACCACCCACAATGCTAAGGTATTCAGGGC	97723

C  CR381651.9	154191	TATATTCTATTTTTAAAGGCAAAGAGTTTAATTTTGTTTTGTTTTTTGTT	154142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	97724	TATATTCTATTTTTAAAGGCAAAGAGTTTAATTTTGTTTTGTTTTTTGTT	97773

C  CR381651.9	154141	ATGCCTGGGAAAGAGTTTTGTTCAAGTGTGTAGATTGTTCACATCTAAAC	154092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	97774	ATGCCTGGGAAAGAGTTTTGTTCAAGTGTGTAGATTGTTCACATCTAAAC	97823

C  CR381651.9	154091	CCAACTTTGACCAAGGCTTAAACGAGGTAAAACTCTTATGAAAGCCTTAA	154042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	97824	CCAACTTTGACCAAGGCTTAAACGAGGTAAAACTCTTATGAAAGCCTTAA	97873

C  CR381651.9	154041	AATTTGTTTAAAACAAGAATGCTCTTGGATTTTTTTTTTTTTTGGATTAG	153992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	97874	AATTTGTTTAAAACAAGAATGCTCTTGGATTTTTTTTTTTTTTGGATTAG	97923

C  CR381651.9	153991	TAAAAATTCTTTTTGAAAGCTCGTTTTTTTTTTTTTTTTTATAGTATTTT	153942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	97924	TAAAAATTCTTTTTGAAAGCTCGTTTTTTTTTTTTTTTTTATAGTATTTT	97973

C  CR381651.9	153941	ATTATTTTTATTGACTACTTCCACAACTGTCTGACATATAGAGTAAGAGT	153892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	97974	ATTATTTTTATTGACTACTTCCACAACTGTCTGACATATAGAGTAAGAGT	98023

C  CR381651.9	153891	TTCAAAATGACTACCGTCATAATATTGATCAAGAGTGACATAAAATGTGT	153842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98024	TTCAAAATGACTACCGTCATAATATTGATCAAGAGTGACATAAAATGTGT	98073

C  CR381651.9	153841	GTGAACTCCAACATAACTATTTAGACAGTGTTTGAGTTGCGAAAAACACA	153792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98074	GTGAACTCCAACATAACTATTTAGACAGTGTTTGAGTTGCGAAAAACACA	98123

C  CR381651.9	153791	AGATTTAAGCATGATAATGTAGTATTCGTTTTGATCTTAATTTAAAAGAT	153742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98124	AGATTTAAGCATGATAATGTAGTATTCGTTTTGATCTTAATTTAAAAGAT	98173

C  CR381651.9	153741	GTGTAATAATAGTGTATTTCCACTCACTGGTTTGGTTTGAATCTAGATTT	153692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98174	GTGTAATAATAGTGTATTTCCACTCACTGGTTTGGTTTGAATCTAGATTT	98223

C  CR381651.9	153691	CTTCATATTCACACTTTCCTCTGTCTTCTCCAGGACTTCTATGTAATGTG	153642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98224	CTTCATATTCACACTTTCCTCTGTCTTCTCCAGGACTTCTATGTAATGTG	98273

C  CR381651.9	153641	GTTTCTTCAGTGGCTTAGTGTCCAGAAAGGGCTTACTTGGAGGCTGAGTT	153592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98274	GTTTCTTCAGTGGCTTAGTGTCCAGAAAGGGCTTACTTGGAGGCTGAGTT	98323

C  CR381651.9	153591	TTGATATTGTCTTTGTTAGAGCCATTATTGCTTTCAGCAAATGTTACTCG	153542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98324	TTGATATTGTCTTTGTTAGAGCCATTATTGCTTTCAGCAAATGTTACTCG	98373

C  CR381651.9	153541	TCCAAATGCCTTCACAAGCTCTGTGTCTTTCAGCAATGAGGCTGCTGCAT	153492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98374	TCCAAATGCCTTCACAAGCTCTGTGTCTTTCAGCAATGAGGCTGCTGCAT	98423

C  CR381651.9	153491	TCACACCGGCTGTTTCTAGTGTTTCAGCAGCCTGCAGACGGGCTGTCAAA	153442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98424	TCACACCGGCTGTTTCTAGTGTTTCAGCAGCCTGCAGACGGGCTGTCAAA	98473

C  CR381651.9	153441	AACTCCTCCTGGCCAAACAGATCACCATTTTCCTGTACGTTAACCACGTC	153392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98474	AACTCCTCCTGGCCAAACAGATCACCATTTTCCTGTACGTTAACCACGTC	98523

C  CR381651.9	153391	AGTATTGACATTGGCTTCCTTTTTGTCATGGGATGGGATAACTGTGTCCA	153342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98524	AGTATTGACATTGGCTTCCTTTTTGTCATGGGATGGGATAACTGTGTCCA	98573

C  CR381651.9	153341	ATTTTGAGTCTAAATGCTTATCTTTGCTTCGCTTGGCAAGGGCTTGCTGA	153292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98574	ATTTTGAGTCTAAATGCTTATCTTTGCTTCGCTTGGCAAGGGCTTGCTGA	98623

C  CR381651.9	153291	TATTTCGACTGAAACTCTGTCCGGACAGAGATTAAACCTGCTTGCTTTCG	153242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98624	TATTTCGACTGAAACTCTGTCCGGACAGAGATTAAACCTGCTTGCTTTCG	98673

C  CR381651.9	153241	CTCCTCCTCCTCCAGATGCCCGAGTGCAAGATGCACTTTCTCCACAAACT	153192
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98674	CTCCTCCTCCTCCAGATGCCCGAGTGCAAGATGCACTTTCTCCACAAACT	98723

C  CR381651.9	153191	CAGCAATCTTCTTCCCCTTATCTGGGAGGGTTTGAATAAATCTCCTGAAA	153142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98724	CAGCAATCTTCTTCCCCTTATCTGGGAGGGTTTGAATAAATCTCCTGAAA	98773

C  CR381651.9	153141	GAGATTATAAAACACTATTCATGCTTCATTACGATTATGAGGTCTTTTAT	153092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98774	GAGATTATAAAACACTATTCATGCTTCATTACGATTATGAGGTCTTTTAT	98823

C  CR381651.9	153091	ACAATACAAGCGGTTTCAAAAATTATTCAAAAAACAATACAAAAAAACAA	153042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98824	ACAATACAAGCGGTTTCAAAAATTATTCAAAAAACAATACAAAAAAACAA	98873

C  CR381651.9	153041	CTTATGAAATAAATTAATGTCCATCCATTACTTCAACAACTGTAAGCCCA	152992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98874	CTTATGAAATAAATTAATGTCCATCCATTACTTCAACAACTGTAAGCCCA	98923

C  CR381651.9	152991	CTTCTATTTTCACACACAGGTATGTTAAAAGGACAGTTCACCAAAAACGC	152942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98924	CTTCTATTTTCACACACAGGTATGTTAAAAGGACAGTTCACCAAAAACGC	98973

C  CR381651.9	152941	AAATTCTGTAATAATTTACTCAATACATTTACTTAATTCACATGTTTATG	152892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	98974	AAATTCTGTAATAATTTACTCAATACATTTACTTAATTCACATGTTTATG	99023

C  CR381651.9	152891	GGTTTTTTTCTTCTGTTAAACACAAACGGTATTGGCATTTAGTGATATTT	152842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	99024	GGTTTTTTTCTTCTGTTAAACACAAACGGTATTGGCATTTAGTGATATTT	99073

C  CR381651.9	152841	GTTTTTCATACCATGGAGGTGAATAGTTACAAGTTTTCAGCTTTCTTTAA	152792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	99074	GTTTTTCATACCATGGAGGTGAATAGTTACAAGTTTTCAGCTTTCTTTAA	99123

C  CR381651.9	152791	CATATATTTTTCTGTATGAAAAGAACGAAACTCGTAAAGGTTTAGATTCA	152742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	99124	CATATATTTTTCTGTATGAAAAGAACGAAACTCGTAAAGGTTTAGATTCA	99173

C  CR381651.9	152741	CTTGAGGGTAAGAAAATGCTTATCGTTGGATGAATTATCTCTCCAAGTTA	152692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	99174	CTTGAGGGTAAGAAAATGCTTATCGTTGGATGAATTATCTCTCCAAGTTA	99223

C  CR381651.9	152691	ACTGTAAAAGCGTCAGTTGATCTGGAATGATCCAGAAGTTTATCAACATA	152642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	99224	ACTGTAAAAGCGTCAGTTGATCTGGAATGATCCAGAAGTTTATCAACATA	99273

C  CR381651.9	152641	GACATCGAGCCAATAAGCCTAACGTTTGTTGTTTAGTTACGTTAGACGCC	152592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	99274	GACATCGAGCCAATAAGCCTAACGTTTGTTGTTTAGTTACGTTAGACGCC	99323

C  CR381651.9	152591	AATCATGAATAACACATTTAGGATAAATATATACGTGGGTGTAAAATAAA	152542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	99324	AATCATGAATAACACATTTAGGATAAATATATACGTGGGTGTAAAATAAA	99373

C  CR381651.9	152541	GTACCTGAAATCACTTACTTATTAGACAGTATCTTTTCTTGTCGTGAAAG	152492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	99374	GTACCTGAAATCACTTACTTATTAGACAGTATCTTTTCTTGTCGTGAAAG	99423

C  CR381651.9	152491	TATTTCAAGGAGCTCATCTTTACTTTTGTTTCTCAGATCACCCACTTCCC	152442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	99424	TATTTCAAGGAGCTCATCTTTACTTTTGTTTCTCAGATCACCCACTTCCC	99473

C  CR381651.9	152441	CCTGTCGCGCTACCCACGACGGCAACATGATCAAATATGTGAAGAATAAA	152392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	99474	CCTGTCGCGCTACCCACGACGGCAACATGATCAAATATGTGAAGAATAAA	99523

C  CR381651.9	152391	TAGATTAGTAAAAGTTTCACAATGACACGCTATAAAAATTCATAACTGAC	152342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR788293.8	99524	TAGATTAGTAAAAGTTTCACAATGACACGCTATAAAAATTCATAACTGAC	99573

Overview

Query
CR381651.9 - 154341 bps
Hit
CR788293.8 - 99573 bps
Total alignments
35
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019292000152342154341-197574995731
290.18721111908219192-15506611
384.4133761894119016-17187941
481.65461093710537213-119247193551
583.550103101918102020-119247193491
610034369499595030119314193491
789.8338594461544673-129314293721
893.28341194749647614130150302681
983.241593382123621573135563359021
1088.1508275977678-137548376311
1196.253380144257144336143837439161
1298.6332734065540727-143842439141
1397.1838712476824838143850439201
1485.71821473376233908151006511521
1596.473285144250144334159919600031
1697.563482116167116248159924600051
1797.92611444058840731-159925600681
1898.5731702476724836159926599951
1910031642476724830-159926599891
2099.29651404058840727159929600681
211003777116172116248-159986600621
221003878144257144334-159988600651
2398.5731702476724836-159990600591
2410032652476724831159996600601
2593.55401244749147614-162714628371
2683.941182554578746041-164453647011
2794.39341074750647612169798699041
2898.9547955729157385169811699051
2980461333709037222-172480726091
3084.8940866334363428-172560726451
3182.891493459494495288-177251775831
3287.8447743660536678177268773411
3386.491152191330213520-177312775331
3489.0934561322513280-177538775921
3586741571701817174180538806941
Short-link