<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009531.8	1	GGATGGAGGTGGAGACCATTATTCTAAGCAAATTAATGTAGGAACAGAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	36409	GGATGGAGGTGGAGACCATTATTCTAAGCAAATTAATGTAGGAACAGAAA	36458

CT009531.8	51	GCCAAATACCACATATTCTCACCTATAAGTGGCAGCTAAACATTGAGTAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	36459	GCCAAATACCACATATTCTCACCTATAAGTGGCAGCTAAACATTGAGTAC	36508

CT009531.8	101	ACATGGACACAAAGAAGGGAACAATAGACACTGGGGCCTCCTTGAGGGTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	36509	ACATGGACACAAAGAAGGGAACAATAGACACTGGGGCCTCCTTGAGGGTG	36558

CT009531.8	151	GAGGGTGGGAGGAGGGGGAGGATTAAAAAACTACCTATTGGGTATTGTGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	36559	GAGGGTGGGAGGAGGGGGAGGATTAAAAAACTACCTATTGGGTATTGTGC	36608

CT009531.8	201	TGATTACCTGAGTAACAAAATTATCTGCACACCAAACACCCGTGATACAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	36609	TGATTACCTGAGTAACAAAATTATCTGCACACCAAACACCCGTGATACAC	36658

CT009531.8	251	AATTTACCCATGTAACAAACCTGAATATGTATCCCTTGAACCTAAAAAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	36659	AATTTACCCATGTAACAAACCTGAATATGTATCCCTTGAACCTAAAAAAT	36708

CT009531.8	301	CAAAAAGAAAAAAGTAAAAAAGAATTCCTGATCAGATTGAGCCAGGACAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	36709	CAAAAAGAAAAAAGTAAAAAAGAATTCCTGATCAGATTGAGCCAGGACAA	36758

CT009531.8	351	TGGCCGGGCGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	36759	TGGCCGGGCGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCG	36808

CT009531.8	401	AGGCAGGTGGTCAGGGTAGGCCTCTTGGAGGAGCCATGTGAGCAGACTTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	36809	AGGCAGGTGGTCAGGGTAGGCCTCTTGGAGGAGCCATGTGAGCAGACTTG	36858

CT009531.8	451	AGAAGGAGAGACACAGCCATGCAGATATTTGAAGGAAGAACCTTCCAGTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	36859	AGAAGGAGAGACACAGCCATGCAGATATTTGAAGGAAGAACCTTCCAGTA	36908

CT009531.8	501	TCCCGCTCTAAGCATACCCAGGACTCTGCTCTGGGGCAGACCCTAAAGCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	36909	TCCCGCTCTAAGCATACCCAGGACTCTGCTCTGGGGCAGACCCTAAAGCT	36958

CT009531.8	551	GCAGTGGAAATGGAGGTGGCCACACTCACAGAGACTGTGGCAGAGAGTGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	36959	GCAGTGGAAATGGAGGTGGCCACACTCACAGAGACTGTGGCAGAGAGTGA	37008

CT009531.8	601	TGGGGATTTGGGTCTCCCCTTCCTGCTGTGGCTGTTAGAAGTGCTGGAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37009	TGGGGATTTGGGTCTCCCCTTCCTGCTGTGGCTGTTAGAAGTGCTGGAGT	37058

CT009531.8	651	TGGGGAGGGAAAGGCACTGGCATGTGGAGGAAGACTAGGAGAGGAGGGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37059	TGGGGAGGGAAAGGCACTGGCATGTGGAGGAAGACTAGGAGAGGAGGGGA	37108

CT009531.8	701	GGCTGAAGTGTGTCCCACTCTCACTCCACCTCTCTGTTCTCTATCTCCTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37109	GGCTGAAGTGTGTCCCACTCTCACTCCACCTCTCTGTTCTCTATCTCCTG	37158

CT009531.8	751	CATCCGGTGCCTCCCCGACTTCCCCAAAGTTGTGGTCCCTGACAAGGAAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37159	CATCCGGTGCCTCCCCGACTTCCCCAAAGTTGTGGTCCCTGACAAGGAAG	37208

CT009531.8	801	ACCCTGAGGGCAACCACACCTTGCCATGTAGAGCACCTGGCTTCTCACTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37209	ACCCTGAGGGCAACCACACCTTGCCATGTAGAGCACCTGGCTTCTCACTT	37258

CT009531.8	851	GCCAACATCACTCTGACCTGGCTGCAGGAAGGGGAGGAGCCAACTCTGGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37259	GCCAACATCACTCTGACCTGGCTGCAGGAAGGGGAGGAGCCAACTCTGGA	37308

CT009531.8	901	CTCAAGACTCAAGGGGACCAGACCCAGGAAGATGAGACATATCAGGGCTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37309	CTCAAGACTCAAGGGGACCAGACCCAGGAAGATGAGACATATCAGGGCTG	37358

CT009531.8	951	GGCAGCTGTGGGGGGCCCTCCCAGAGAAGGCCTGAGATACACCTGCCTGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37359	GGCAGCTGTGGGGGGCCCTCCCAGAGAAGGCCTGAGATACACCTGCCTGC	37408

CT009531.8	1001	AGGTGCTCCTGGGCCTGGAGAAGCCCCTCAGTGTGACTAGGTGAGGTGTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37409	AGGTGCTCCTGGGCCTGGAGAAGCCCCTCAGTGTGACTAGGTGAGGTGTT	37458

CT009531.8	1051	GTCAGAGGACCAGAGGCTGAGGGTGGGGTGTCCCATCCAGATCCTGCCCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37459	GTCAGAGGACCAGAGGCTGAGGGTGGGGTGTCCCATCCAGATCCTGCCCC	37508

CT009531.8	1101	TCTCTCTGCCCCAGCACCCAAGGCCCCTTCCTCCCTCCTCTATGGAGATG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37509	TCTCTCTGCCCCAGCACCCAAGGCCCCTTCCTCCCTCCTCTATGGAGATG	37558

CT009531.8	1151	CTGGGGATGTCCTCATTCTCCCTCTGAGCACTCACATCTCACCCCTCATC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37559	CTGGGGATGTCCTCATTCTCCCTCTGAGCACTCACATCTCACCCCTCATC	37608

CT009531.8	1201	TGTCTCTCTAACCTCCTTCCTTCCTGCTGCAGCTTCTGCCCCAGCCCCAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37609	TGTCTCTCTAACCTCCTTCCTTCCTGCTGCAGCTTCTGCCCCAGCCCCAG	37658

CT009531.8	1251	GCTCTGGCCTCTCTCTCCCCAGTTCCACCCTCCAGGGGGTGATGGTTCAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37659	GCTCTGGCCTCTCTCTCCCCAGTTCCACCCTCCAGGGGGTGATGGTTCAC	37708

CT009531.8	1301	TTCCCTCTGAGGAGCCAGCACTAGGTGAGAGGCTAGGAGAAGGAAAAGCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37709	TTCCCTCTGAGGAGCCAGCACTAGGTGAGAGGCTAGGAGAAGGAAAAGCT	37758

CT009531.8	1351	CATGGGCCATGGGTTGGGAGGGAGAATGGGCACTGAAATGGAAGGGTAGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37759	CATGGGCCATGGGTTGGGAGGGAGAATGGGCACTGAAATGGAAGGGTAGG	37808

CT009531.8	1401	GAGACAGAAGAGGCAGGTATTTCCAAATCACCATTTTTCTGTCATGGTCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37809	GAGACAGAAGAGGCAGGTATTTCCAAATCACCATTTTTCTGTCATGGTCC	37858

CT009531.8	1451	AAGGGTGCCATCCTTCTCCCAGGCCCAGGGATGTGGAAAGAGCAGCAGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37859	AAGGGTGCCATCCTTCTCCCAGGCCCAGGGATGTGGAAAGAGCAGCAGGA	37908

CT009531.8	1501	ATTGGGAAATACTCCACAGGAAAGAACAATGTGCCTCCTCCCTCCACCGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37909	ATTGGGAAATACTCCACAGGAAAGAACAATGTGCCTCCTCCCTCCACCGG	37958

CT009531.8	1551	CTTCTTCCTCTTGCCTATTCTGGTCAATTCTCTAAGTGAATCATGTAACC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	37959	CTTCTTCCTCTTGCCTATTCTGGTCAATTCTCTAAGTGAATCATGTAACC	38008

CT009531.8	1601	AAAATGTGAAATGTTTATTTTAGGAAAGTCTCCAAATATTAGGGAATAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	38009	AAAATGTGAAATGTTTATTTTAGGAAAGTCTCCAAATATTAGGGAATAAA	38058

CT009531.8	1651	ATTACTAGTGCCTAAGCCCTGCATACTGAAAAACAGAAGCTTTAAGAAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	38059	ATTACTAGTGCCTAAGCCCTGCATACTGAAAAACAGAAGCTTTAAGAAAT	38108

CT009531.8	1701	AAAGACCTGCATGGAAAATTGCTCATCAAGTCGGGGAAGTCAAAGTCTGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	38109	AAAGACCTGCATGGAAAATTGCTCATCAAGTCGGGGAAGTCAAAGTCTGA	38158

CT009531.8	1751	GCTGAATCAGCTCTTTTTTTCTTTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	38159	GCTGAATCAGCTCTTTTTTTCTTTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	38208

CT009531.8	1801	TTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	38209	TTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGG	38258

CT009531.8	1851	CATGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCCGACTCAAGCAATTCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	38259	CATGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCCGACTCAAGCAATTCTC	38308

CT009531.8	1901	CTGTCTCAGGCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	38309	CTGTCTCAGGCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCC	38358

CT009531.8	1951	CAGCTAATTTTTGTATTTTTCAGCAGAGACGAGGTTTCGCCATGTTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788288.6	38359	CAGCTAATTTTTGTATTTTTCAGCAGAGACGAGGTTTCGCCATGTTGGCC	38408

Overview

Query
CT009531.8 - 24037 bps
Hit
CR788288.6 - 38408 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link