<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009520.5	1	GCTCCAAGCAACCGGACGGTCATCCAGGCCCCGCTTACTTCTGGTTCCGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	76828	GCTCCAAGCAACCGGACGGTCATCCAGGCCCCGCTTACTTCTGGTTCCGC	76877

CT009520.5	51	AGACTAGAATGGATGGGAGTCTGAGTAGGATACCAGAAAGCGAGAAAGAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	76878	AGACTAGAATGGATGGGAGTCTGAGTAGGATACCAGAAAGCGAGAAAGAC	76927

CT009520.5	101	CCAAGAGGAGGGGGAGAATGTAAGGACAAGCAAACAGGAGGGATCTGGCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	76928	CCAAGAGGAGGGGGAGAATGTAAGGACAAGCAAACAGGAGGGATCTGGCT	76977

CT009520.5	151	GGCAGGGAGGACGCAGCGAACTTGACCCCCTCCTGAGCCCGCCCGGGGGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	76978	GGCAGGGAGGACGCAGCGAACTTGACCCCCTCCTGAGCCCGCCCGGGGGC	77027

CT009520.5	201	CTGGCCCCGTTTTGAACCCGGGCCCGGCGGCTGCGTTGGGTCGCCCCAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77028	CTGGCCCCGTTTTGAACCCGGGCCCGGCGGCTGCGTTGGGTCGCCCCAAA	77077

CT009520.5	251	CCCGGTGAGCGTACGAGACTGTTGCTTCGCTGTATGTCTCATGTGCACCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77078	CCCGGTGAGCGTACGAGACTGTTGCTTCGCTGTATGTCTCATGTGCACCC	77127

CT009520.5	301	CCTACTCACCGGTCCCGAGCTCCGGGCCGCGAATCCCGGCCGGCACCCCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77128	CCTACTCACCGGTCCCGAGCTCCGGGCCGCGAATCCCGGCCGGCACCCCT	77177

CT009520.5	351	CCTCTCTCACGGCGGTCTGTTCCGGGTCCCGCTCCTGCACGAGCAACCAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77178	CCTCTCTCACGGCGGTCTGTTCCGGGTCCCGCTCCTGCACGAGCAACCAG	77227

CT009520.5	401	CGCGACAGCTCGTCCCCGCCCCGTAATCTCCCGGCTATTCGGGGCCCTTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77228	CGCGACAGCTCGTCCCCGCCCCGTAATCTCCCGGCTATTCGGGGCCCTTC	77277

CT009520.5	451	GCCGAGATTTCTCCCGGACCAGCCCCGGGATTGGCTCCTGCCGAACTTCG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77278	GCCGAGATTTCTCCCGGACCAGCCCCGGGATTGGCTCCTGCCGAACTTCG	77327

CT009520.5	501	CCATCCAATGGGAACCTTAGTCTCTTTTACGTCACTGATCACCGGGCAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77328	CCATCCAATGGGAACCTTAGTCTCTTTTACGTCACTGATCACCGGGCAAA	77377

CT009520.5	551	TCCCCAGACAGCCGCGGGCGGTGGGGCACCAGGGGCAGCGAAATGGAAAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77378	TCCCCAGACAGCCGCGGGCGGTGGGGCACCAGGGGCAGCGAAATGGAAAC	77427

CT009520.5	601	TGAAATCAGGCGGGACCGAGGCTGCGCCAAGAGCCGCAGCCTGAGTTTGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77428	TGAAATCAGGCGGGACCGAGGCTGCGCCAAGAGCCGCAGCCTGAGTTTGG	77477

CT009520.5	651	CGCGTAATTGGGGTGGCCTGTTACACGGTCTAAGGGAGTAAATGCTAAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77478	CGCGTAATTGGGGTGGCCTGTTACACGGTCTAAGGGAGTAAATGCTAAGG	77527

CT009520.5	701	CTTAGGAGTCACCTACGTAGGACTCTTGAGAGGGCAATAATCCCCTTTCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77528	CTTAGGAGTCACCTACGTAGGACTCTTGAGAGGGCAATAATCCCCTTTCC	77577

CT009520.5	751	ACCTCTCGAGACCCCTCACTGCCCAACTCTGGCCTTATGCTGGATCAGGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77578	ACCTCTCGAGACCCCTCACTGCCCAACTCTGGCCTTATGCTGGATCAGGG	77627

CT009520.5	801	TCCGAGGGCGCTTTGAGGCGAAGGTGGCGCTCGCCAGGTGCTCAACATTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77628	TCCGAGGGCGCTTTGAGGCGAAGGTGGCGCTCGCCAGGTGCTCAACATTA	77677

CT009520.5	851	AATACGAAGTCCCCGCCCCTAACGTGGCCTAAATTTGCTTCCAGGACAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77678	AATACGAAGTCCCCGCCCCTAACGTGGCCTAAATTTGCTTCCAGGACAAA	77727

CT009520.5	901	GCAGGATTTTAGCAAGCAAATACTCTCAGAGACCTATTTACGAAAATTAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77728	GCAGGATTTTAGCAAGCAAATACTCTCAGAGACCTATTTACGAAAATTAT	77777

CT009520.5	951	TACTTCCTAGGTAAAATAACGTTCAACCAGACAGCCATTGTCGCCATTCG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77778	TACTTCCTAGGTAAAATAACGTTCAACCAGACAGCCATTGTCGCCATTCG	77827

CT009520.5	1001	ACGGAAGGAAAAACTGAGGTTCCAGGAGCTTAAGGGTCTGGGCCCAGTTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77828	ACGGAAGGAAAAACTGAGGTTCCAGGAGCTTAAGGGTCTGGGCCCAGTTC	77877

CT009520.5	1051	AGGGGGGTTGTTTTCGCTCCTCGACGCTGAATTTAGAAACCAGAGGCTAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77878	AGGGGGGTTGTTTTCGCTCCTCGACGCTGAATTTAGAAACCAGAGGCTAC	77927

CT009520.5	1101	AAAGCGGGCCGAGACTTGGGTTCCCCAGGTCCTTGGTGGGGAGGTTTCCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77928	AAAGCGGGCCGAGACTTGGGTTCCCCAGGTCCTTGGTGGGGAGGTTTCCA	77977

CT009520.5	1151	GGAGGCTCGGGCGCGCCCCCGTCCACGGCCCCGGAAGCTGACGTCGCCGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	77978	GGAGGCTCGGGCGCGCCCCCGTCCACGGCCCCGGAAGCTGACGTCGCCGA	78027

CT009520.5	1201	AGCGTACGCCGCTGCCCAGCCTGCGCTCTCTTCCTGCTCTGCCTGCAGCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78028	AGCGTACGCCGCTGCCCAGCCTGCGCTCTCTTCCTGCTCTGCCTGCAGCC	78077

CT009520.5	1251	GCCGCGTCCGGTCCAGCCGCAGGGCCATGCCCTGTGCTGCGGTTGCCGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78078	GCCGCGTCCGGTCCAGCCGCAGGGCCATGCCCTGTGCTGCGGTTGCCGTG	78127

CT009520.5	1301	TCCCAGGCGCCGCCGCGTCAAGATCCCCGTCTTTCCCGGCCAGCCAGGCG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78128	TCCCAGGCGCCGCCGCGTCAAGATCCCCGTCTTTCCCGGCCAGCCAGGCG	78177

CT009520.5	1351	GCAGCGGCATTCAGCTCGTGCACTGGGCTGGCAGCAGGCTGAGAAGAGGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78178	GCAGCGGCATTCAGCTCGTGCACTGGGCTGGCAGCAGGCTGAGAAGAGGC	78227

CT009520.5	1401	GGCGCAGGTTCTCCGGGTCAGCCAGTGCCCTGCTCCTAAGGGTAGAGATC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78228	GGCGCAGGTTCTCCGGGTCAGCCAGTGCCCTGCTCCTAAGGGTAGAGATC	78277

CT009520.5	1451	TAGCTGGGGACACTGGTCGTCCGCCTAGGCAGTGGTGAGAGGGTGGGCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78278	TAGCTGGGGACACTGGTCGTCCGCCTAGGCAGTGGTGAGAGGGTGGGCTA	78327

CT009520.5	1501	CAGTTGTTTGGGTATTCATGAATGGAGGAGCTCAGGGTCCTAGACCCTAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78328	CAGTTGTTTGGGTATTCATGAATGGAGGAGCTCAGGGTCCTAGACCCTAA	78377

CT009520.5	1551	AACCTGCTGAATCTTCACCCCTCCTCCGCTGGGGGTAGGGAAATTTGCAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78378	AACCTGCTGAATCTTCACCCCTCCTCCGCTGGGGGTAGGGAAATTTGCAC	78427

CT009520.5	1601	TGCATTTAAGCAATGTATAGTGGAGTGGGTGGGACATTCAGAAGAAACCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78428	TGCATTTAAGCAATGTATAGTGGAGTGGGTGGGACATTCAGAAGAAACCA	78477

CT009520.5	1651	CGCCCACATTTAACACCCGCGTCCTTCCCTTCTACCCCAGCCCAGCATTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78478	CGCCCACATTTAACACCCGCGTCCTTCCCTTCTACCCCAGCCCAGCATTT	78527

CT009520.5	1701	TGTCTTTTTCCCCTTTGTCCAGCAGTATAACTCACGCTGCCCCTCCGGGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78528	TGTCTTTTTCCCCTTTGTCCAGCAGTATAACTCACGCTGCCCCTCCGGGC	78577

CT009520.5	1751	TGAGAGGAGTGTAGACCTCACCTGCTGAGCACAACTCTGGCGGGCCTGTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78578	TGAGAGGAGTGTAGACCTCACCTGCTGAGCACAACTCTGGCGGGCCTGTG	78627

CT009520.5	1801	CTCTGGAGGTGGTCTCAGCACCTACCTAGACCCTCTTGATACCTGCTTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78628	CTCTGGAGGTGGTCTCAGCACCTACCTAGACCCTCTTGATACCTGCTTTT	78677

CT009520.5	1851	TTAGTTGGTGGTGTGGGAAGAAAGTGTGTTTAACATGCTCCTTAAATAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78678	TTAGTTGGTGGTGTGGGAAGAAAGTGTGTTTAACATGCTCCTTAAATAAT	78727

CT009520.5	1901	GCTCTGCCGCCGAGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78728	GCTCTGCCGCCGAGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGG	78777

CT009520.5	1951	AGGCCGAGGTGGGCGGATCACGAGGTCAAGAGATCGAGACCATCCTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788282.3	78778	AGGCCGAGGTGGGCGGATCACGAGGTCAAGAGATCGAGACCATCCTGGCC	78827

Overview

Query
CT009520.5 - 30615 bps
Hit
CR788282.3 - 78827 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link