<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2558 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  AL591926.8	179809	GAATTCATTTTTAATCATGAATGGCTTTTAAGGAAAGAAGATTTATTAAC	179858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	171101	GAATTCATTTTTAATCATGAATGGCTTTTAAGGAAAGAAGATTTATTAAC	171052

  AL591926.8	179859	TAAAATAAATAGATTAGAGGGAATTCTCATCTATGAGAGAGGAAGGGATG	179908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	171051	TAAAATAAATAGATTAGAGGGAATTCTCATCTATGAGAGAGGAAGGGATG	171002

  AL591926.8	179909	GGGATTCAACCTGGAAAAAATGATGAAGTTTTAGTGAACTTGGTAAGGTA	179958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	171001	GGGATTCAACCTGGAAAAAATGATGAAGTTTTAGTGAACTTGGTAAGGTA	170952

  AL591926.8	179959	GACTCAACAATTAATGATGGATAATGCTAGGACCCAACACTGGTAATGAG	180008
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170951	GACTCAACAATTAATGATGGATAATGCTAGGACCCAACACTGGTAATGAG	170902

  AL591926.8	180009	CTTGTATTATGACTCAATAGCATCACTTTATCACTTTAACACAGATGGAG	180058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170901	CTTGTATTATGACTCAATAGCATCACTTTATCACTTTAACACAGATGGAG	170852

  AL591926.8	180059	GCCTAAATAACCATAAGGTAATGGTTCTTCTTAGATGCAGAAGGACACAT	180108
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170851	GCCTAAATAACCATAAGGTAATGGTTCTTCTTAGATGCAGAAGGACACAT	170802

  AL591926.8	180109	TTATATAATCTTAGGGACCCCATCTCTGAGGTCACTCATAACTTATATTA	180158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170801	TTATATAATCTTAGGGACCCCATCTCTGAGGTCACTCATAACTTATATTA	170752

  AL591926.8	180159	ATTCATTGTTATTGCCATTGCCCCAAGAATAGATAAGGATAAGACATCCT	180208
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170751	ATTCATTGTTATTGCCATTGCCCCAAGAATAGATAAGGATAAGACATCCT	170702

  AL591926.8	180209	GTAGTACAGGTAGCAGAGATATAAACTATTCTTATTCTTGTGTCTTGTCT	180258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170701	GTAGTACAGGTAGCAGAGATATAAACTATTCTTATTCTTGTGTCTTGTCT	170652

  AL591926.8	180259	ATAGGAAGGGAGTGTATCCTGGTGTATGACAGCATATAGTAGAGACCATT	180308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170651	ATAGGAAGGGAGTGTATCCTGGTGTATGACAGCATATAGTAGAGACCATT	170602

  AL591926.8	180309	GTCAATTAGGGCCTGTGAACTAAGACAAGGTGACTGGCTAAGTCCACAAC	180358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170601	GTCAATTAGGGCCTGTGAACTAAGACAAGGTGACTGGCTAAGTCCACAAC	170552

  AL591926.8	180359	CCATTAGAAACCCAGAAATAATCAAATCATGCTGAGTAGTAATAACACTT	180408
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170551	CCATTAGAAACCCAGAAATAATCAAATCATGCTGAGTAGTAATAACACTT	170502

  AL591926.8	180409	ATTTATAATACTATATGGTATAAAGACAAGAACCAATTATGTTGAGTAGC	180458
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170501	ATTTATAATACTATATGGTATAAAGACAAGAACCAATTATGTTGAGTAGC	170452

  AL591926.8	180459	TGTAACAAATAGCTCTATCATTCATAATAACTTTTTCTGTAATAAAACTG	180508
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170451	TGTAACAAATAGCTCTATCATTCATAATAACTTTTTCTGTAATAAAACTG	170402

  AL591926.8	180509	AATTGTAACATGATCATACTGCAATATGACATTACACTAGCATTGTTGGT	180558
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170401	AATTGTAACATGATCATACTGCAATATGACATTACACTAGCATTGTTGGT	170352

  AL591926.8	180559	AAGATTCAACTATCTTATGTAGAGAAGTTATATAATGCTTATATTGATAA	180608
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170351	AAGATTCAACTATCTTATGTAGAGAAGTTATATAATGCTTATATTGATAA	170302

  AL591926.8	180609	TCAAATGTATTAACATATTGAGTTAAAGCCTCTTCAGAATGTAATCTGGG	180658
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170301	TCAAATGTATTAACATATTGAGTTAAAGCCTCTTCAGAATGTAATCTGGG	170252

  AL591926.8	180659	TGAATAATAAATGGCCTGAGAAAACAGAATTTAGCTAACCATTATCTAAT	180708
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170251	TGAATAATAAATGGCCTGAGAAAACAGAATTTAGCTAACCATTATCTAAT	170202

  AL591926.8	180709	TTCAATGCTAAATAGTTCTGGACAGATTTATCAAAAAGTAAAAATAAAAG	180758
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170201	TTCAATGCTAAATAGTTCTGGACAGATTTATCAAAAAGTAAAAATAAAAG	170152

  AL591926.8	180759	CAGATTGAGAGGAGGAATGAGTAATTTCATTTGTACAAAATATTAAAGTG	180808
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170151	CAGATTGAGAGGAGGAATGAGTAATTTCATTTGTACAAAATATTAAAGTG	170102

  AL591926.8	180809	TATGTAATGGCCTTGTAGGATGCATTAGTAATTTTTAAAAATCAATCTTT	180858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170101	TATGTAATGGCCTTGTAGGATGCATTAGTAATTTTTAAAAATCAATCTTT	170052

  AL591926.8	180859	ACCCTACACTGTGACCATAAAATGCTAGGCATATTCATGTTAATATTACT	180908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170051	ACCCTACACTGTGACCATAAAATGCTAGGCATATTCATGTTAATATTACT	170002

  AL591926.8	180909	GTTGTTACTGTCATATAAATGCCATATTCAATGTAGATGCTCAGAAAAAT	180958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	170001	GTTGTTACTGTCATATAAATGCCATATTCAATGTAGATGCTCAGAAAAAT	169952

  AL591926.8	180959	ATGATTGTTTTGCTACAGAAGAGATTAGACCAGGGACAATAAATATGGAT	181008
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169951	ATGATTGTTTTGCTACAGAAGAGATTAGACCAGGGACAATAAATATGGAT	169902

  AL591926.8	181009	TAGGCAAGAATGTGTTAACTCAGCAGGCCAGGGTTTCTTCAACCCTGCAC	181058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169901	TAGGCAAGAATGTGTTAACTCAGCAGGCCAGGGTTTCTTCAACCCTGCAC	169852

  AL591926.8	181059	ATTCAAAGGTAAGGTTTGTTTTTAGGACTAGCTAGCCTCTGAGTTCTGGA	181108
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169851	ATTCAAAGGTAAGGTTTGTTTTTAGGACTAGCTAGCCTCTGAGTTCTGGA	169802

  AL591926.8	181109	AATAGTCCTACCGTGAAGAGTGTTTTTGTATATCTGAGGCCTTGGGTTTA	181158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169801	AATAGTCCTACCGTGAAGAGTGTTTTTGTATATCTGAGGCCTTGGGTTTA	169752

  AL591926.8	181159	TGGTGAATGACTGACTTTATATGCCTGAGGCCCTGAGCCATGCTGTATTT	181208
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169751	TGGTGAATGACTGACTTTATATGCCTGAGGCCCTGAGCCATGCTGTATTT	169702

  AL591926.8	181209	ATTTGAACCATGTAGTATCAATTTAACCAGATACATTTATTCTAAGATAT	181258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169701	ATTTGAACCATGTAGTATCAATTTAACCAGATACATTTATTCTAAGATAT	169652

  AL591926.8	181259	GATTTATGCTGAATGCCTGGTTTTGTTCTAGAGGGATCATGGAAAGGAAG	181308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169651	GATTTATGCTGAATGCCTGGTTTTGTTCTAGAGGGATCATGGAAAGGAAG	169602

  AL591926.8	181309	CTGAATTTGCCAAGTTTTGCCACGTGGGCATTGCATGCCTATGTGATTAA	181358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169601	CTGAATTTGCCAAGTTTTGCCACGTGGGCATTGCATGCCTATGTGATTAA	169552

  AL591926.8	181359	CCACCAATAAAAACCTGGGACATCAAAGAATAAATAAGCTGCTCTAATTG	181408
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169551	CCACCAATAAAAACCTGGGACATCAAAGAATAAATAAGCTGCTCTAATTG	169502

  AL591926.8	181409	CCAAGAATTCACATGTGGTTGTATGCAGCATTACTGGGAAATTGAAGTGT	181458
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169501	CCAAGAATTCACATGTGGTTGTATGCAGCATTACTGGGAAATTGAAGTGT	169452

  AL591926.8	181459	ATCTGCATGTGATTCTGCTGTGATGGACACTTGTAAGTTTGTTCCTGGAG	181508
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169451	ATCTGCATGTGATTCTGCTGTGATGGACACTTGTAAGTTTGTTCCTGGAG	169402

  AL591926.8	181509	TCTCCTGGAATTTGCCCTGAGAATCTTTTTCCTTTGTTGATATGACTCTG	181558
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169401	TCTCCTGGAATTTGCCCTGAGAATCTTTTTCCTTTGTTGATATGACTCTG	169352

  AL591926.8	181559	CATCCTTTTGTTTTAATAAACTGTAAACATGAGTATAATTGCTTCTCTGA	181608
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169351	CATCCTTTTGTTTTAATAAACTGTAAACATGAGTATAATTGCTTCTCTGA	169302

  AL591926.8	181609	GTTCTGAGAGTTTTTTAAATAATCAAAGCTGAAGAGCAATGGAGACCCCC	181658
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169301	GTTCTGAGAGTTTTTTAAATAATCAAAGCTGAAGAGCAATGGAGACCCCC	169252

  AL591926.8	181659	ACCAAAACATCTTTACACATTTCAATTTTGTATTGAAGTAAATTTTATTT	181708
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169251	ACCAAAACATCTTTACACATTTCAATTTTGTATTGAAGTAAATTTTATTT	169202

  AL591926.8	181709	TCTTTTTTATACCTCCCATATATATTCTATTTTTCTCATTATTATTTATT	181758
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169201	TCTTTTTTATACCTCCCATATATATTCTATTTTTCTCATTATTATTTATT	169152

  AL591926.8	181759	TTATCCCAAATCTTTTATCTGTGATCATTTTCCTTTGTTTGAAATTTGTC	181808
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169151	TTATCCCAAATCTTTTATCTGTGATCATTTTCCTTTGTTTGAAATTTGTC	169102

  AL591926.8	181809	TTTTGAAATTTCTTTGGAAGGTGCTTTTGGATGATAAATTTTCTGTTATT	181858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169101	TTTTGAAATTTCTTTGGAAGGTGCTTTTGGATGATAAATTTTCTGTTATT	169052

  AL591926.8	181859	CTTTGTCTAAAATGTCATTATTTTGACTCATTTATAAAAGGAGTTTTTGT	181908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169051	CTTTGTCTAAAATGTCATTATTTTGACTCATTTATAAAAGGAGTTTTTGT	169002

  AL591926.8	181909	GTTTTATAAACCTCTAATGTATAGAAGTGTGTCTAAACTCATTGAGGATA	181958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	169001	GTTTTATAAACCTCTAATGTATAGAAGTGTGTCTAAACTCATTGAGGATA	168952

  AL591926.8	181959	TTTTCCAAATTTTTTCCTACTTTTTATTGCTGTTGATAAGAAGTCAGTGT	182008
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	168951	TTTTCCAAATTTTTTCCTACTTTTTATTGCTGTTGATAAGAAGTCAGTGT	168902

  AL591926.8	182009	TGGTATTTTGACTTTTAAGTTATGTGTCATTTTGTTGTGGTAGTTCTGAA	182058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	168901	TGGTATTTTGACTTTTAAGTTATGTGTCATTTTGTTGTGGTAGTTCTGAA	168852

  AL591926.8	182059	GATCTTCCCTCTGTTTTATATTCTCCTTCACCTTTCATAAATGTACTTTA	182108
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	168851	GATCTTCCCTCTGTTTTATATTCTCCTTCACCTTTCATAAATGTACTTTA	168802

  AL591926.8	182109	TATTTATTTGGTAATAAATTTTGAACATATACTATGCTATAAAGATAATC	182158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	168801	TATTTATTTGGTAATAAATTTTGAACATATACTATGCTATAAAGATAATC	168752

  AL591926.8	182159	TAGGCCCTTTGGTTACATCTTGTAAATAAAATCAACAAAATCTGTTTTGA	182208
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	168751	TAGGCCCTTTGGTTACATCTTGTAAATAAAATCAACAAAATCTGTTTTGA	168702

  AL591926.8	182209	GATTATATTGTAATATAAGATACCCAAAGTAAATAGGATGTGTACCATAT	182258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	168701	GATTATATTGTAATATAAGATACCCAAAGTAAATAGGATGTGTACCATAT	168652

  AL591926.8	182259	GTTTGAAGGTGGTAAATACGATGAGAAAAATAGATCAGGTCAGGAAGAAT	182308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	168651	GTTTGAAGGTGGTAAATACGATGAGAAAAATAGATCAGGTCAGGAAGAAT	168602

  AL591926.8	182309	GAAGATGATTGAAGGTACAGGTTATGATAAAAACTTAGGTGTGCCGAGGA	182358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR788264.3	168601	GAAGATGATTGAAGGTACAGGTTATGATAAAAACTTAGGTGTGCCGAGGA	168552

  AL591926.8	182359	ATGAATTC	182366
			||||||||
C  CR788264.3	168551	ATGAATTC	168544

Overview

Query
AL591926.8 - 182366 bps
Hit
CR788264.3 - 171101 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2558 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100025581798091823661168544171101-1
Short-link