<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR788284.8	1	CATAACATTACAGATTCTAAGTTCTGTTTGTTAAAACCAAAAGTTTCTTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	141941	CATAACATTACAGATTCTAAGTTCTGTTTGTTAAAACCAAAAGTTTCTTG	141990

CR788284.8	51	CAGTACTGTTTTTGTTATAAATAGAAGCAAATGACATTTGTCTCCTGCCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	141991	CAGTACTGTTTTTGTTATAAATAGAAGCAAATGACATTTGTCTCCTGCCC	142040

CR788284.8	101	TTTTGGCTAATCTGAAAAATGGTCCGATCCATGACTAAAAAACTACAATG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142041	TTTTGGCTAATCTGAAAAATGGTCCGATCCATGACTAAAAAACTACAATG	142090

CR788284.8	151	TGATCCAAACAGTCAGATTTGTGATCCGTTTCACCACTATCAGATATATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142091	TGATCCAAACAGTCAGATTTGTGATCCGTTTCACCACTATCAGATATATT	142140

CR788284.8	201	CACAAAACAACTCATTTACTCTTATTAAACAGCTTTTAACTTTGCATTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142141	CACAAAACAACTCATTTACTCTTATTAAACAGCTTTTAACTTTGCATTCT	142190

CR788284.8	251	TCAGTGAAAAAATGCAGAAATATAAAAAAAATAAATAAAAAAAAGATACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142191	TCAGTGAAAAAATGCAGAAATATAAAAAAAATAAATAAAAAAAAGATACA	142240

CR788284.8	301	GAAGACGGCTGCTTGACAACATATAAAATAACAGGAAACCAAGGAGGAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142241	GAAGACGGCTGCTTGACAACATATAAAATAACAGGAAACCAAGGAGGAAC	142290

CR788284.8	351	TTGAAATATGAGTCAGCTCTGAGTGCGACTCAACCTGTTGTTCACAGATG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142291	TTGAAATATGAGTCAGCTCTGAGTGCGACTCAACCTGTTGTTCACAGATG	142340

CR788284.8	401	GGCAATTAAACACTTCCACACTTTTCAGCTTCTGACGAAGAGAAGAGGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142341	GGCAATTAAACACTTCCACACTTTTCAGCTTCTGACGAAGAGAAGAGGAA	142390

CR788284.8	451	GAGAACAGACTAGACAGAGATAAGAGACCCCACATCTTCATGGGCAGCAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142391	GAGAACAGACTAGACAGAGATAAGAGACCCCACATCTTCATGGGCAGCAC	142440

CR788284.8	501	TGCTATTCCTAAAACCCGGCTTTAATGGCTGCTTGTCATAATTACCGTAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142441	TGCTATTCCTAAAACCCGGCTTTAATGGCTGCTTGTCATAATTACCGTAA	142490

CR788284.8	551	TTACAATTAAAACAGTTCAGGCCTTTATCAACCTTGTAATTGCAAGCTGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142491	TTACAATTAAAACAGTTCAGGCCTTTATCAACCTTGTAATTGCAAGCTGG	142540

CR788284.8	601	AAACTCACAATTATGAAACCCTAGACAAGTGATGTAATGTAATGAGAGTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142541	AAACTCACAATTATGAAACCCTAGACAAGTGATGTAATGTAATGAGAGTC	142590

CR788284.8	651	AGAACGGCAGCGGCCTCAACACTTATATTAAACAAGGGAAAACACATTTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142591	AGAACGGCAGCGGCCTCAACACTTATATTAAACAAGGGAAAACACATTTC	142640

CR788284.8	701	TTTGTGTCATATGCTAATTTATCATAGCTGAAACTTCCTGTTGAACTTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142641	TTTGTGTCATATGCTAATTTATCATAGCTGAAACTTCCTGTTGAACTTTT	142690

CR788284.8	751	CATTTTTATTTTGGGAAAGACAGCGGAGATGAGCTAATGTAACAATTACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142691	CATTTTTATTTTGGGAAAGACAGCGGAGATGAGCTAATGTAACAATTACA	142740

CR788284.8	801	TATTTAGGTCATCTTGCCATATTAAATAACACTAAAGGTTTACATGCCAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142741	TATTTAGGTCATCTTGCCATATTAAATAACACTAAAGGTTTACATGCCAA	142790

CR788284.8	851	AAAAAATATTTATTTATTTAGACTTTTGCAAAAACTAAAGCATTTTGATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142791	AAAAAATATTTATTTATTTAGACTTTTGCAAAAACTAAAGCATTTTGATA	142840

CR788284.8	901	GTTGATGCACACATTTTTAAGTGAGTTTTAAAGGGCAGCTATGATGTAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142841	GTTGATGCACACATTTTTAAGTGAGTTTTAAAGGGCAGCTATGATGTAAA	142890

CR788284.8	951	TTAACTTTTGTAAGCTGTTTGGACAGAACTGTGTGTAGGTATAGTGTGTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142891	TTAACTTTTGTAAGCTGTTTGGACAGAACTGTGTGTAGGTATAGTGTGTC	142940

CR788284.8	1001	CACAGTCATATTGAAGTGATTTAAACCCAACACGTCCCTTTTTTAAATTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142941	CACAGTCATATTGAAGTGATTTAAACCCAACACGTCCCTTTTTTAAATTT	142990

CR788284.8	1051	CCTGACGTTAAAATAGGACCCAAATCCCAGTGATTTTGAGGCCCACTGCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	142991	CCTGACGTTAAAATAGGACCCAAATCCCAGTGATTTTGAGGCCCACTGCA	143040

CR788284.8	1101	ACGTGACGTAGGAGTGTAGTTTCCCCACCCATCAAATTAATTGACAGGCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143041	ACGTGACGTAGGAGTGTAGTTTCCCCACCCATCAAATTAATTGACAGGCA	143090

CR788284.8	1151	CCATATTTCTATAATAACATGTATACACATTTACACAGAACATTTTTTTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143091	CCATATTTCTATAATAACATGTATACACATTTACACAGAACATTTTTTTT	143140

CR788284.8	1201	TTTTTGTATTTGGTAAATATTTGTTATAAAAAGTATAATAAAGTTGTTAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143141	TTTTTGTATTTGGTAAATATTTGTTATAAAAAGTATAATAAAGTTGTTAC	143190

CR788284.8	1251	ACAGCTTTGTGATTGTTATATGTTTTATAAGTTTAAAACATTTTTGAAAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143191	ACAGCTTTGTGATTGTTATATGTTTTATAAGTTTAAAACATTTTTGAAAC	143240

CR788284.8	1301	AGAGCATGATTGTTATAAAGACAGTAAAGATGCCATGTAGTTCTTGACCG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143241	AGAGCATGATTGTTATAAAGACAGTAAAGATGCCATGTAGTTCTTGACCG	143290

CR788284.8	1351	CTATAATCACCATGGCCGCTTGGTGTCATAAAACATGCATGCGTGTACTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143291	CTATAATCACCATGGCCGCTTGGTGTCATAAAACATGCATGCGTGTACTG	143340

CR788284.8	1401	CAAACGACATTTGCGTGTGACTCATCGTTTCAGAAAGGCTTGAATAACTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143341	CAAACGACATTTGCGTGTGACTCATCGTTTCAGAAAGGCTTGAATAACTC	143390

CR788284.8	1451	CACCACAAATACATAAATTAAACTTGGCATTTTTGATTAATGCACTGTAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143391	CACCACAAATACATAAATTAAACTTGGCATTTTTGATTAATGCACTGTAT	143440

CR788284.8	1501	TTCAGCTTCACCGTGTCTGTCTCTATTACTGACTGCTGTTTATCTGATAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143441	TTCAGCTTCACCGTGTCTGTCTCTATTACTGACTGCTGTTTATCTGATAA	143490

CR788284.8	1551	AAGGCAGGAGAAGTAGACAAGACTTCTCACATCTTGTAAAAGGGGTAAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143491	AAGGCAGGAGAAGTAGACAAGACTTCTCACATCTTGTAAAAGGGGTAAAA	143540

CR788284.8	1601	TAGGTGCCCTTTAAAGTTTGTGCATGCATCATTTGAATCAGTACATAAAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143541	TAGGTGCCCTTTAAAGTTTGTGCATGCATCATTTGAATCAGTACATAAAG	143590

CR788284.8	1651	GCCTTATTTACAAAGATAAACGCTTAAAAAAAGCGTGCTCTGTGATTGCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143591	GCCTTATTTACAAAGATAAACGCTTAAAAAAAGCGTGCTCTGTGATTGCC	143640

CR788284.8	1701	ACTACTTATCTGTGGCAAACACCCATCTGTGTAGGTCTACAGCATGAAGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143641	ACTACTTATCTGTGGCAAACACCCATCTGTGTAGGTCTACAGCATGAAGG	143690

CR788284.8	1751	CATTTCCACTACATCGTCAATCTGTAATCAGTGCTGCAGGCAACGCTTCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143691	CATTTCCACTACATCGTCAATCTGTAATCAGTGCTGCAGGCAACGCTTCA	143740

CR788284.8	1801	ATTTGGTCGCATATGCGCCCGAAATTTGAGCTATGCGACCTTATAATATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143741	ATTTGGTCGCATATGCGCCCGAAATTTGAGCTATGCGACCTTATAATATA	143790

CR788284.8	1851	TTTAGGAGCATACGTGCGACTGCATATAATGGTTGTAGTGTGTTTTGAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143791	TTTAGGAGCATACGTGCGACTGCATATAATGGTTGTAGTGTGTTTTGAAT	143840

CR788284.8	1901	TTTTCTAAAAGCGTGCTAAATCCCTTTTCCCTGCGACTATATCGGTTCAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143841	TTTTCTAAAAGCGTGCTAAATCCCTTTTCCCTGCGACTATATCGGTTCAT	143890

CR788284.8	1951	TTTAGCTGTCAATCACTCAAGGCTTTCCGCTGTCAGATGACAGAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788242.3	143891	TTTAGCTGTCAATCACTCAAGGCTTTCCGCTGTCAGATGACAGAAAGCTT	143940

Overview

Query
CR788284.8 - 91593 bps
Hit
CR788242.3 - 143940 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194020001200011419411439401
296.5542585836158418-1860786641
388.41961936109361285-119477196661
488.89305444414494119932199851
510031316126361293119955199851
676.66773486390664253-123329236751
784.571813588150581862-123331236801
887.671743121541015721123395236861
910038794430944387-127727278051
1091.0229345493489801-138384388401
1182.7313330390139315-139005393051
1290.9143662207922144-155975560401
1310032351048410518-156601566351
1497.5936831858218664-170876709581
1587.4316432141154435173457737821
1689.391172006109361292173668738651
1789.712293407347473813-11148111151501
1879.7133410972445625552-11209011220141
1983.33681786186662043-11222781224511
2094.71391692831299911435751437441
Short-link