<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR753889.4	1	GGCCAGGTTTGTTCCTCTTTTGTATTTAATGAAACTAACATGCAAAGGGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55075	GGCCAGGTTTGTTCCTCTTTTGTATTTAATGAAACTAACATGCAAAGGGG	55124

CR753889.4	51	ATTCTGTTCTTAGCACATTACATCCTGTTTCTGCTCATTAATATGTGCTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55125	ATTCTGTTCTTAGCACATTACATCCTGTTTCTGCTCATTAATATGTGCTT	55174

CR753889.4	101	TCATCTCACATTGCTTCATGGCTGCATATTCTGTCACCTGTGCTAGAAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55175	TCATCTCACATTGCTTCATGGCTGCATATTCTGTCACCTGTGCTAGAAAA	55224

CR753889.4	151	ATAACAGTTACAAGTAACTTGTACCTGGTAGCCGGAGGACAAGGACAATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55225	ATAACAGTTACAAGTAACTTGTACCTGGTAGCCGGAGGACAAGGACAATG	55274

CR753889.4	201	TATTCTATTCAACTTCTCTTACTTCTCAAAACTGTTTAGTACAATTCTGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55275	TATTCTATTCAACTTCTCTTACTTCTCAAAACTGTTTAGTACAATTCTGA	55324

CR753889.4	251	CAATATAATAGTGGCTTAATAAATGACAGAAGGAGCAACCTTTGTTTCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55325	CAATATAATAGTGGCTTAATAAATGACAGAAGGAGCAACCTTTGTTTCCA	55374

CR753889.4	301	GTTTCATTTGTCCACATATACCCCAACTGAGATTTGTTTCCGTGTCCTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55375	GTTTCATTTGTCCACATATACCCCAACTGAGATTTGTTTCCGTGTCCTGA	55424

CR753889.4	351	CCAAAAAATCACAGATTGCCTCTGTGACCCAGCCTACTGCAGGTTGTTTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55425	CCAAAAAATCACAGATTGCCTCTGTGACCCAGCCTACTGCAGGTTGTTTC	55474

CR753889.4	401	TCCCAGCAGGCTCGAACCCAAGCCAAGGCCTTCAACACGCCCAGGCACTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55475	TCCCAGCAGGCTCGAACCCAAGCCAAGGCCTTCAACACGCCCAGGCACTG	55524

CR753889.4	451	ACTGAGGTTGATACACACAATAAGGATCCTAAACAAGACACAATGTTTCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55525	ACTGAGGTTGATACACACAATAAGGATCCTAAACAAGACACAATGTTTCC	55574

CR753889.4	501	CTCTTCCTGCCTCCCTACCCCTTGAATAGGTGGCTCTGGTATATGAAGTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55575	CTCTTCCTGCCTCCCTACCCCTTGAATAGGTGGCTCTGGTATATGAAGTC	55624

CR753889.4	551	CATCCCATGTAAAGAGGCAAGGCGTACCTTTCTGCCAAAGGGAAGAACAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55625	CATCCCATGTAAAGAGGCAAGGCGTACCTTTCTGCCAAAGGGAAGAACAC	55674

CR753889.4	601	TGTTCTTTGAAACCAAAAGCCACTTCCAGTCTGGTCTGTGGCCTGGACTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55675	TGTTCTTTGAAACCAAAAGCCACTTCCAGTCTGGTCTGTGGCCTGGACTT	55724

CR753889.4	651	ACAAAGAAAGGCATCACTCCCCCATGCCAATTCTTGCATACACACTGGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55725	ACAAAGAAAGGCATCACTCCCCCATGCCAATTCTTGCATACACACTGGAA	55774

CR753889.4	701	AAAAATAATTGCTCTGTTCTTACCTGGAGAGTCTGTGCCTTGAGTCATGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55775	AAAAATAATTGCTCTGTTCTTACCTGGAGAGTCTGTGCCTTGAGTCATGG	55824

CR753889.4	751	AGGAATCCAGTCGGGTCAGATTCACTAGCAGAGCCACCACCCAGGGGACC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55825	AGGAATCCAGTCGGGTCAGATTCACTAGCAGAGCCACCACCCAGGGGACC	55874

CR753889.4	801	CACCCAGAACCCATTCTGGAGAAAGGAAAAAAATGAGACAGTAAAATCGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55875	CACCCAGAACCCATTCTGGAGAAAGGAAAAAAATGAGACAGTAAAATCGT	55924

CR753889.4	851	CAGCCTCTTCAGAATGAGTTCATAAAATTCAGTCAGAAAGTACCCATTAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55925	CAGCCTCTTCAGAATGAGTTCATAAAATTCAGTCAGAAAGTACCCATTAA	55974

CR753889.4	901	GAGTATAAATCGCTGTTTTTCTGGCTTCCCCAGGATTGGAAACTCCTCAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	55975	GAGTATAAATCGCTGTTTTTCTGGCTTCCCCAGGATTGGAAACTCCTCAG	56024

CR753889.4	951	ATTGACAACCAATCAAGATAGAAGAGTTTTGCATCATCAGGTACTGGGTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56025	ATTGACAACCAATCAAGATAGAAGAGTTTTGCATCATCAGGTACTGGGTA	56074

CR753889.4	1001	GGATACTTTCACAAAGTTGTGTCATACAACTCAACCATTGTTTGCCTGCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56075	GGATACTTTCACAAAGTTGTGTCATACAACTCAACCATTGTTTGCCTGCA	56124

CR753889.4	1051	GAATCACTGACAGTAATTTAGGTATACTAAAAATGGGCTGGGAGAAGAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56125	GAATCACTGACAGTAATTTAGGTATACTAAAAATGGGCTGGGAGAAGAAG	56174

CR753889.4	1101	TAAAAATATATGTTTGACATATTATGGGGCCCTAGAAGAACTAGGCAGAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56175	TAAAAATATATGTTTGACATATTATGGGGCCCTAGAAGAACTAGGCAGAC	56224

CR753889.4	1151	TGTTTATTATGTATTCTTCTATTCCCTGGCCTGTTCTGACCAATAGGTCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56225	TGTTTATTATGTATTCTTCTATTCCCTGGCCTGTTCTGACCAATAGGTCT	56274

CR753889.4	1201	CCCTTCTTATTGGGTGTTGACATTGCCGACAGGCAGTGTGTAAATTAAGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56275	CCCTTCTTATTGGGTGTTGACATTGCCGACAGGCAGTGTGTAAATTAAGA	56324

CR753889.4	1251	AGGAATTAAGAGTATGTAAATTAAGCATTCTGAAGCATATGCCTCAAGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56325	AGGAATTAAGAGTATGTAAATTAAGCATTCTGAAGCATATGCCTCAAGAA	56374

CR753889.4	1301	GATTTAGTAAAGGGATTATCAGAGAAGAAATAGAAGACATAGAGAACATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56375	GATTTAGTAAAGGGATTATCAGAGAAGAAATAGAAGACATAGAGAACATT	56424

CR753889.4	1351	TGGAGAGTACGATTTCCTATAAGCCAAAATGACCACAAAAAAAGAAAAGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56425	TGGAGAGTACGATTTCCTATAAGCCAAAATGACCACAAAAAAAGAAAAGA	56474

CR753889.4	1401	AAAGAAAACATGGAAAGAGAATTCTCAAAGAATAAAATTTTGCAAAAAGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56475	AAAGAAAACATGGAAAGAGAATTCTCAAAGAATAAAATTTTGCAAAAAGG	56524

CR753889.4	1451	CTCACCAGGATACAATCTAAGAGAGCATTATTGTGTTTTATGGTTAGTAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56525	CTCACCAGGATACAATCTAAGAGAGCATTATTGTGTTTTATGGTTAGTAG	56574

CR753889.4	1501	GGCACCAATAACCTTCAAGAGGACAGCAGAGTGTTAAAGGTAGAAGCCAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56575	GGCACCAATAACCTTCAAGAGGACAGCAGAGTGTTAAAGGTAGAAGCCAT	56624

CR753889.4	1551	ATTTCAAAAGAATGAATTGGAAACAAGAAAACAAAGGCCGCAGATTAAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56625	ATTTCAAAAGAATGAATTGGAAACAAGAAAACAAAGGCCGCAGATTAAAA	56674

CR753889.4	1601	CAGTCTTTCAAGAATTTTGAAAGTGAAAACAAAGGAAAAAATGGGATACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56675	CAGTCTTTCAAGAATTTTGAAAGTGAAAACAAAGGAAAAAATGGGATACA	56724

CR753889.4	1651	CTTTAGAAAAAAACAACACTAAGAAAAAATACTTTTCTTGGGTTTTTTAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56725	CTTTAGAAAAAAACAACACTAAGAAAAAATACTTTTCTTGGGTTTTTTAA	56774

CR753889.4	1701	ATTGACACGTAATAATTGTACATATTTATGGGGTACAGCATGATGTTCCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56775	ATTGACACGTAATAATTGTACATATTTATGGGGTACAGCATGATGTTCCA	56824

CR753889.4	1751	ACACACCTATACATTGTGTATTGATCAAATCAGGGTAATTAGTATGTGAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56825	ACACACCTATACATTGTGTATTGATCAAATCAGGGTAATTAGTATGTGAC	56874

CR753889.4	1801	ATATATACATGATGGAATACTATTCCGCCATAAAAAAGCATGAAATCCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56875	ATATATACATGATGGAATACTATTCCGCCATAAAAAAGCATGAAATCCTG	56924

CR753889.4	1851	TCATTTTCAACAACATGGGTGAACCTGGAGGGCTCTATGTTAAGTGAAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56925	TCATTTTCAACAACATGGGTGAACCTGGAGGGCTCTATGTTAAGTGAAAT	56974

CR753889.4	1901	AAGCCAAGAACAGAAGGACTATATTACGTGATTTCACTCATATGTGGAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	56975	AAGCCAAGAACAGAAGGACTATATTACGTGATTTCACTCATATGTGGAAT	57024

CR753889.4	1951	CTAAAAAAGTTGACCTCATCGAAGTAAAGAGTACGTTAGTAGTTACCAGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR788227.4	57025	CTAAAAAAGTTGACCTCATCGAAGTAAAGAGTACGTTAGTAGTTACCAGA	57074

Overview

Query
CR753889.4 - 47546 bps
Hit
CR788227.4 - 57074 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link