<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX469923.7	151639	GAATTCACTCTTAGCTGATGCTCTATCAAAAGCTTGTTTGGTATGCTGTC	151590
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	93536	GAATTCACTCTTAGCTGATGCTCTATCAAAAGCTTGTTTGGTATGCTGTC	93585

C  BX469923.7	151589	CCGGGAGAGAGCCCCAAGCTCAAGGGATCCTCGAGTCTGGGGCTTCCTCC	151540
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	93586	CCGGGAGAGAGCCCCAAGCTCAAGGGATCCTCGAGTCTGGGGCTTCCTCC	93635

C  BX469923.7	151539	CATTCGAAGAGCGAGAGGGGAGCTTGAGCTCGGTGGATCTCAGAACTCCC	151490
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	93636	CATTCGAAGAGCGAGAGGGGAGCTTGAGCTCGGTGGATCTCAGAACTCCC	93685

C  BX469923.7	151489	CGGCTGCGGTAGCTAAGGGAACACGTGAGAAAAAGGGGCTAGACAAGTGC	151440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	93686	CGGCTGCGGTAGCTAAGGGAACACGTGAGAAAAAGGGGCTAGACAAGTGC	93735

C  BX469923.7	151439	TTGATTGTTATGATGTATATCTTTGGATGGTGGGAGGAAACCGGAGAACC	151390
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	93736	TTGATTGTTATGATGTATATCTTTGGATGGTGGGAGGAAACCGGAGAACC	93785

C  BX469923.7	151389	CAAGGAAAACCCACACGGGCACGGGGAGAATATACAGACTCCTCACAGAA	151340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	93786	CAAGGAAAACCCACACGGGCACGGGGAGAATATACAGACTCCTCACAGAA	93835

C  BX469923.7	151339	ATGCCTACCGGCCTGGCGCGACCAGGACCAGCAGTGTTCTTACTGTGGGA	151290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	93836	ATGCCTACCGGCCTGGCGCGACCAGGACCAGCAGTGTTCTTACTGTGGGA	93885

C  BX469923.7	151289	CTCACAGTGCTAACCACTGGGCTGCCGTGCCGCCCGATCAATGGTAAAGG	151240
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	93886	CTCACAGTGCTAACCACTGGGCTGCCGTGCCGCCCGATCAATGGTAAAGG	93935

C  BX469923.7	151239	AGGAGAATTGGGGAGGAAGGGAGGTTTGTTCCAACCGAAGATAAAGTGGA	151190
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	93936	AGGAGAATTGGGGAGGAAGGGAGGTTTGTTCCAACCGAAGATAAAGTGGA	93985

C  BX469923.7	151189	CTAAAAACTGTGGTTATTTATAGTAGCTTGGGGCTTGTATCATTGGAGGA	151140
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	93986	CTAAAAACTGTGGTTATTTATAGTAGCTTGGGGCTTGTATCATTGGAGGA	94035

C  BX469923.7	151139	TAATGATTAGCTAATACAAGACCGGCTGTGATAAATCATAAGCACGTGAT	151090
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94036	TAATGATTAGCTAATACAAGACCGGCTGTGATAAATCATAAGCACGTGAT	94085

C  BX469923.7	151089	CCTCTCGAAATTAGCTTGTAAATAAACCTCACTTGTAAAAGCATTGTTTT	151040
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94086	CCTCTCGAAATTAGCTTGTAAATAAACCTCACTTGTAAAAGCATTGTTTT	94135

C  BX469923.7	151039	GAATTTATTAGTTTTTGTAAATCTATTAGAAGAAACTAGCACTTGTCTAA	150990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94136	GAATTTATTAGTTTTTGTAAATCTATTAGAAGAAACTAGCACTTGTCTAA	94185

C  BX469923.7	150989	AACTACCATAAGAAAATGACCTCAGGATGCAAGTCTGCTTTATAAAGTAT	150940
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94186	AACTACCATAAGAAAATGACCTCAGGATGCAAGTCTGCTTTATAAAGTAT	94235

C  BX469923.7	150939	GGCTATGGCCACAATCTCAGAAATAAAGGTATAAAAGCTGTCACTGGGCA	150890
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94236	GGCTATGGCCACAATCTCAGAAATAAAGGTATAAAAGCTGTCACTGGGCA	94285

C  BX469923.7	150889	ATTACTTTTAAAACATATACTTTTGAATGTAAAGGGAACACATTGCTACC	150840
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94286	ATTACTTTTAAAACATATACTTTTGAATGTAAAGGGAACACATTGCTACC	94335

C  BX469923.7	150839	TAAAAGATGCATAATAGTACCTTAAAAGTAAATATTAGTACATAAAGGGT	150790
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94336	TAAAAGATGCATAATAGTACCTTAAAAGTAAATATTAGTACATAAAGGGT	94385

C  BX469923.7	150789	CTATATTGTAGCTTAAATGGACAGTAAAAAAAGATTTACTTCTCCGTTAC	150740
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94386	CTATATTGTAGCTTAAATGGACAGTAAAAAAAGATTTACTTCTCCGTTAC	94435

C  BX469923.7	150739	TTGTTCCAAACCAGTTTAAGTTCCTTACTTCTGTTGAACCCAAAGAATGA	150690
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94436	TTGTTCCAAACCAGTTTAAGTTCCTTACTTCTGTTGAACCCAAAGAATGA	94485

C  BX469923.7	150689	TAATTTAGGGGAAGGCAAGTTTATTTATATAGCACATTGCATACACAGTG	150640
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94486	TAATTTAGGGGAAGGCAAGTTTATTTATATAGCACATTGCATACACAGTG	94535

C  BX469923.7	150639	GTAATTCAAAGTGCTTAAAACAGGAAAAAAGAAACAGATTAAAATGGATT	150590
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94536	GTAATTCAAAGTGCTTAAAACAGGAAAAAAGAAACAGATTAAAATGGATT	94585

C  BX469923.7	150589	AAACAGGTTTTAAAGGAATGAAAAAGAAAATAAAGACACAATAGTGTGAC	150540
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94586	AAACAGGTTTTAAAGGAATGAAAAAGAAAATAAAGACACAATAGTGTGAC	94635

C  BX469923.7	150539	CTGTCTGACGTAGCACTGTGTTCATTCAGTAAAGGCACAGCTAAACAGGT	150490
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94636	CTGTCTGACGTAGCACTGTGTTCATTCAGTAAAGGCACAGCTAAACAGGT	94685

C  BX469923.7	150489	GTTTTCAGTCTTGATTTTTAGAGTTGCCTAATGTTGAAGCACATCTGATC	150440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94686	GTTTTCAGTCTTGATTTTTAGAGTTGCCTAATGTTGAAGCACATCTGATC	94735

C  BX469923.7	150439	ATTTCTGCAAGCTGATTCCTTCGAGATGAAGGCGGATTCACGCTGCTTTG	150390
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94736	ATTTCTGCAAGCTGATTCCTTCGAGATGAAGGCGGATTCACGCTGCTTTG	94785

C  BX469923.7	150389	ACTGAACCCTTGGAATTTCTAATTTACTTGATCCTAAAGATCTGAGTGAT	150340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94786	ACTGAACCCTTGGAATTTCTAATTTACTTGATCCTAAAGATCTGAGTGAT	94835

C  BX469923.7	150339	CTGCTGGGTGTGTATTCAGTAAGCATATCTGTAATGTATTGAGGTCCTAG	150290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94836	CTGCTGGGTGTGTATTCAGTAAGCATATCTGTAATGTATTGAGGTCCTAG	94885

C  BX469923.7	150289	GCCGTTAAGTGATTTATAGACAAGTAATAACACTTTAAAATCTATTGTGA	150240
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94886	GCCGTTAAGTGATTTATAGACAAGTAATAACACTTTAAAATCTATTGTGA	94935

C  BX469923.7	150239	TTGTAACTGGGAGCCAGTGTAAAGACCTGACAGGTGTGATGTGCTCGGAT	150190
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94936	TTGTAACTGGGAGCCAGTGTAAAGACCTGACAGGTGTGATGTGCTCGGAT	94985

C  BX469923.7	150189	TTTCTGTTTCTGGTCAGAATCCTGGCGGAAACATTCTGAATGAGCTGCAA	150140
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	94986	TTTCTGTTTCTGGTCAGAATCCTGGCGGAAACATTCTGAATGAGCTGCAA	95035

C  BX469923.7	150139	CTGTCTTTTTGAAAGGCCAGTGAGGAGTCCTTTACAGCAATCCACCCTAG	150090
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	95036	CTGTCTTTTTGAAAGGCCAGTGAGGAGTCCTTTACAGCAATCCACCCTAG	95085

C  BX469923.7	150089	TGCTGATAAAAGCATGAACAAGTTTCTCTAATTCCTCACTTTAAACAAAG	150040
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	95086	TGCTGATAAAAGCATGAACAAGTTTCTCTAATTCCTCACTTTAAACAAAG	95135

C  BX469923.7	150039	CATCTAATTCTTGCAATGTGTTTAAGATGATAGTATGCTGATTTGGTTAG	149990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	95136	CATCTAATTCTTGCAATGTGTTTAAGATGATAGTATGCTGATTTGGTTAG	95185

C  BX469923.7	149989	TGCTTTGACATGACTGCTGAAACTCAGATCTGACTCCAGAATAACACCAA	149940
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	95186	TGCTTTGACATGACTGCTGAAACTCAGATCTGACTCCAGAATAACACCAA	95235

C  BX469923.7	149939	GATTCTTGACCTAATTTTTTTGTTGTTTGACCCCTAGAGCCAAGTATCCA	149890
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	95236	GATTCTTGACCTAATTTTTTTGTTGTTTGACCCCTAGAGCCAAGTATCCA	95285

C  BX469923.7	149889	TTCCCCTTGAGAACCTCATCTCTGTCCCCAAATGCAATGACTTCAGCTTT	149840
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	95286	TTCCCCTTGAGAACCTCATCTCTGTCCCCAAATGCAATGACTTCAGCTTT	95335

C  BX469923.7	149839	CTCTTTGTTTAACTGAAAAAAGTTTTGGCACATCAAACTGTTCATCATTG	149790
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	95336	CTCTTTGTTTAACTGAAAAAAGTTTTGGCACATCAAACTGTTCATCATTG	95385

C  BX469923.7	149789	GACTGGCAGAGAATGGCAATGGGGCTGAAGTCTTTAGACAATAATGCTAT	149740
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	95386	GACTGGCAGAGAATGGCAATGGGGCTGAAGTCTTTAGACAATAATGCTAT	95435

C  BX469923.7	149739	TTAAAGAAAGCTGAAAACATGTAACCAATGACTTCCATAGTAGTTTATTT	149690
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	95436	TTAAAGAAAGCTGAAAACATGTAACCAATGACTTCCATAGTAGTTTATTT	95485

C  BX469923.7	149689	GTTCTACTCTGATTAATGGTTAAAGCTTTTTTAATATATTTTTTTATGTT	149640
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR769788.13	95486	GTTCTACTCTGATTAATGGTTAAAGCTTTTTTAATATATTTTTTTATGTT	95535

Overview

Query
BX469923.7 - 151639 bps
Hit
CR769788.13 - 95535 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019662000149640151639-193536955351
288.246110069410695091629964001
387.631151878385084036114280144651
480.21721928448484675114909151001
590.961351872301223198-119746199331
697.6245848083880921127742278251
791.461191647517375336130052302151
885.97751546897969132130605307751
981.13561562963129786130617307751
1091.0354783060530682130698307751
1187.2150906915469243130776308611
1210045868082780912-151595516801
1310042869640696491151596516811
1498.9744978081180907158755588511
1598.9744978081280908-158755588511
1698.9242933219532287158761588531
1797.8346929639996490-158765588561
1889.651532353312533359-179455796861
1981.421344137931179723182985833931
2081.261303695757057938183645840071
2185.16661275851558641-187784879111
2291.6759846954369626-187787878701
231009999146628146726192981930791
Short-link