<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX119973.7	1	GAATTCACTAGATGCTAATGCTTAGTAAATGCTTTATAGTGTGTAGTTAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	84412	GAATTCACTAGATGCTAATGCTTAGTAAATGCTTTATAGTGTGTAGTTAT	84461

BX119973.7	51	TATAAAGTGTTACCGGAATCTGTACTCAAAATCGGCTGCAAAAATCCTGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	84462	TATAAAGTGTTACCGGAATCTGTACTCAAAATCGGCTGCAAAAATCCTGG	84511

BX119973.7	101	TCAGAGCATGTTTTCAAAACCGAGCACTCTTGTAACAAAATTAAAGACTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	84512	TCAGAGCATGTTTTCAAAACCGAGCACTCTTGTAACAAAATTAAAGACTG	84561

BX119973.7	151	TAAAATCACTATGTCATTCATAACCATCTGATTAGAACAGCCGCATGCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	84562	TAAAATCACTATGTCATTCATAACCATCTGATTAGAACAGCCGCATGCTG	84611

BX119973.7	201	TCAGTAAATGTGTGTTACAGAAAGACTTGAATAAACTCCACCACAAATAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	84612	TCAGTAAATGTGTGTTACAGAAAGACTTGAATAAACTCCACCACAAATAA	84661

BX119973.7	251	ACTTACTTGGTATTTTTGATTAACAAGCTGGATTTCTGCTTCATCTGTGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	84662	ACTTACTTGGTATTTTTGATTAACAAGCTGGATTTCTGCTTCATCTGTGT	84711

BX119973.7	301	CTGAATTTATCACTGACTGCTGTTTATCTGAAGTAATGCATAAGAAGCAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	84712	CTGAATTTATCACTGACTGCTGTTTATCTGAAGTAATGCATAAGAAGCAG	84761

BX119973.7	351	ACACGCACATGGGAATGGTGTACGAAGATAATCAGCTCATTTGCATTTAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	84762	ACACGCACATGGGAATGGTGTACGAAGATAATCAGCTCATTTGCATTTAA	84811

BX119973.7	401	AGGCACTGGCAATAAAAACAGCTATTCTTTTCTCAGAGTTCAATGGGTAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	84812	AGGCACTGGCAATAAAAACAGCTATTCTTTTCTCAGAGTTCAATGGGTAA	84861

BX119973.7	451	ATTCTGCATTGTATAATAAATATGATAAATCTTTTAAGTTGAATATTAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	84862	ATTCTGCATTGTATAATAAATATGATAAATCTTTTAAGTTGAATATTAAA	84911

BX119973.7	501	GATCATTGTTAACTAAAATCTTTGTGATTCTTGGTGATAAATAAAATGCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	84912	GATCATTGTTAACTAAAATCTTTGTGATTCTTGGTGATAAATAAAATGCA	84961

BX119973.7	551	ATTCATTAGCTGCTAGCTTTTAATCAAATCATGTTATTGGAATTTTACAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	84962	ATTCATTAGCTGCTAGCTTTTAATCAAATCATGTTATTGGAATTTTACAA	85011

BX119973.7	601	AAAAAATGCACACTACATTCATAACTATCTAAAGATCTTAACATAATATC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85012	AAAAAATGCACACTACATTCATAACTATCTAAAGATCTTAACATAATATC	85061

BX119973.7	651	TCAAACACTCACTAAAAAATGAGATCACAAGAAAATCTTAATACGTAATA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85062	TCAAACACTCACTAAAAAATGAGATCACAAGAAAATCTTAATACGTAATA	85111

BX119973.7	701	AAAATAAATTGACAATCAAAAATAATTTTTAAATAAAATTAGGGGCTTAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85112	AAAATAAATTGACAATCAAAAATAATTTTTAAATAAAATTAGGGGCTTAA	85161

BX119973.7	751	TGGAGTGGGTTAGTGTTAAGTTATGGTTTAGGGGTATCTAATGGCCCACT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85162	TGGAGTGGGTTAGTGTTAAGTTATGGTTTAGGGGTATCTAATGGCCCACT	85211

BX119973.7	801	TTCACTAACTGGTACATTACAGTGCGGTTCGAATCAGTACGGGTCACCAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85212	TTCACTAACTGGTACATTACAGTGCGGTTCGAATCAGTACGGGTCACCAT	85261

BX119973.7	851	CAGGCTTGCATTTTCACTGCCAAAAGGGTAACGATTACAGTCTCTGATAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85262	CAGGCTTGCATTTTCACTGCCAAAAGGGTAACGATTACAGTCTCTGATAT	85311

BX119973.7	901	GTTGCCAATTGCAGAAAAACTACACACAACATGCATTTAGTCCTTATTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85312	GTTGCCAATTGCAGAAAAACTACACACAACATGCATTTAGTCCTTATTTT	85361

BX119973.7	951	GGGTTCAAAAACAACACGAAACATATAGCGCAGACAGTGCAAAACCTCTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85362	GGGTTCAAAAACAACACGAAACATATAGCGCAGACAGTGCAAAACCTCTC	85411

BX119973.7	1001	ATCTGTATCTTTAATCTTCAGCAGCACATGTACCCTCTTGTTAGAGTAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85412	ATCTGTATCTTTAATCTTCAGCAGCACATGTACCCTCTTGTTAGAGTAAT	85461

BX119973.7	1051	TCTGTAATTCTGAGTTTATAATAGTCCAAAAGGCGATGATATTAGTTAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85462	TCTGTAATTCTGAGTTTATAATAGTCCAAAAGGCGATGATATTAGTTAAA	85511

BX119973.7	1101	AATGGCAGTTTGTTCATGTTTTAGGTTGCTGAAAGAATCATTTGCTCCTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85512	AATGGCAGTTTGTTCATGTTTTAGGTTGCTGAAAGAATCATTTGCTCCTT	85561

BX119973.7	1151	TGTTTGTCACTTTCACGTTTGTTAGTTTCTGAAAGAGTCGGATGTCAGAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85562	TGTTTGTCACTTTCACGTTTGTTAGTTTCTGAAAGAGTCGGATGTCAGAG	85611

BX119973.7	1201	GCACTTTAATAAACAAGCGCAAGTCATTATCATCAGCTCAAGCAGTTCGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85612	GCACTTTAATAAACAAGCGCAAGTCATTATCATCAGCTCAAGCAGTTCGT	85661

BX119973.7	1251	TATTTCAATTATAAACGTTTACATGAGCAATTGCGAGCCCTCTGGAGAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85662	TATTTCAATTATAAACGTTTACATGAGCAATTGCGAGCCCTCTGGAGAAA	85711

BX119973.7	1301	GTGAAACCGCTCGCACTTTTTCGCACAAGGTTTGTTTAAGCTTTGGTCGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85712	GTGAAACCGCTCGCACTTTTTCGCACAAGGTTTGTTTAAGCTTTGGTCGA	85761

BX119973.7	1351	CCATGGCTCGTTATTATATTTATATATTGTTACGGTGTAATAGCTCAGCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85762	CCATGGCTCGTTATTATATTTATATATTGTTACGGTGTAATAGCTCAGCT	85811

BX119973.7	1401	GCGTATATAAATAGGGTTATTAGAAACCAATAGCGTTCAGTTGTGCATCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85812	GCGTATATAAATAGGGTTATTAGAAACCAATAGCGTTCAGTTGTGCATCT	85861

BX119973.7	1451	TGCCCCACCTTTTGGTACCGTTTGTTGTGCTAGGTACCGTTTGCAAAGGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85862	TGCCCCACCTTTTGGTACCGTTTGTTGTGCTAGGTACCGTTTGCAAAGGG	85911

BX119973.7	1501	TACTCAAAAAGTGGTATGGTACAGTACGCTTTTATACCTTTTGACAGTGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85912	TACTCAAAAAGTGGTATGGTACAGTACGCTTTTATACCTTTTGACAGTGG	85961

BX119973.7	1551	AAACGGTAATAAAAGCGTACCGTATCGTACCGTACCACTCAGTGGAAATA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	85962	AAACGGTAATAAAAGCGTACCGTATCGTACCGTACCACTCAGTGGAAATA	86011

BX119973.7	1601	GGACATAAGAATTCAGCTTACATTTGAGTGTTTGGAACAACTCTATCCTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	86012	GGACATAAGAATTCAGCTTACATTTGAGTGTTTGGAACAACTCTATCCTC	86061

BX119973.7	1651	AAAATACAAAACAAAAGGATGCTGTTACATAAAATTGCTACATGGTTGAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	86062	AAAATACAAAACAAAAGGATGCTGTTACATAAAATTGCTACATGGTTGAA	86111

BX119973.7	1701	ACTACTGTAAGAGTTAAAAAAAGAAATAAAATATTTCCATCACACTACCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	86112	ACTACTGTAAGAGTTAAAAAAAGAAATAAAATATTTCCATCACACTACCA	86161

BX119973.7	1751	TAATATTTTTAGTACTTCGGATCTTCTCAATTGCGCTACAGAAACCATCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	86162	TAATATTTTTAGTACTTCGGATCTTCTCAATTGCGCTACAGAAACCATCC	86211

BX119973.7	1801	ACCAATTTAGATGCTTACTCCACACCAGGATCTGCCTGTCAGTCAGTGCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	86212	ACCAATTTAGATGCTTACTCCACACCAGGATCTGCCTGTCAGTCAGTGCA	86261

BX119973.7	1851	ACGAGAGCTGAATGTCAAAAACCAACGTAGCTAAATCTGTCATACTGAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	86262	ACGAGAGCTGAATGTCAAAAACCAACGTAGCTAAATCTGTCATACTGAAC	86311

BX119973.7	1901	TGACAATTAGTCACTAGGGTGGGACGAACGCTTCGTTACTCTTTCTGAGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	86312	TGACAATTAGTCACTAGGGTGGGACGAACGCTTCGTTACTCTTTCTGAGA	86361

BX119973.7	1951	GAACTCGCTCTTAATCCCATGATTGCGAGGCGAGCGCTGATCTTTTGGAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762461.7	86362	GAACTCGCTCTTAATCCCATGATTGCGAGGCGAGCGCTGATCTTTTGGAT	86411

Overview

Query
BX119973.7 - 182073 bps
Hit
CR762461.7 - 86411 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001941200012000184412864111
287.112153872682127207-114707150941
391.2785126154868154993115572156971
490.66129183170109170291122430226111
583.41911964715447349-124636248401
687.16112225114267114491126142263591
783.34239532134966135497-140031405581
885.06258496106891107386-140066405601
982.36211499142437142935140066405581
1085.052454829156292043-140086405601
1188.45133278130198130475-145042453181
1281.021403714630646676-158157585301
1386.071512738942889700-158250585291
1487.671382282408724314-158299585251
1588.899314458535996-158382585251
1685.299217051515320165415655841
1786.057213355855717166859669871
1884.66741495796058108-175693758421
1996.9984166102574102739-176559767241
2095.48751751032510499176566767421
Short-link