<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR391913.7	1	AAGCTTCTCCTGCTCACCAAGGCTGCATTTATATCATAAATACAGCAAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	117684	AAGCTTCTCCTGCTCACCAAGGCTGCATTTATATCATAAATACAGCAAAA	117733

CR391913.7	51	TTGTGAAACACTGCACTATAAAATAACTGTTCAAAAGTTATCATTTAATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	117734	TTGTGAAACACTGCACTATAAAATAACTGTTCAAAAGTTATCATTTAATT	117783

CR391913.7	101	TAATCATTTGACCAGAGATTTTAATGATGAATTTTCAGCTTCATTACTCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	117784	TAATCATTTGACCAGAGATTTTAATGATGAATTTTCAGCTTCATTACTCT	117833

CR391913.7	151	AGTCTTCAAACTCACATGAGCGTTCAGAAATCACTAATATTGATTATTAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	117834	AGTCTTCAAACTCACATGAGCGTTCAGAAATCACTAATATTGATTATTAT	117883

CR391913.7	201	TGTTGATATCATTATTAATAATATTATTATTAATGGTAATGGTAATAAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	117884	TGTTGATATCATTATTAATAATATTATTATTAATGGTAATGGTAATAAAA	117933

CR391913.7	251	GCAATAATGTCTGGAATAATTAGTTTATTATAAACTACATACAAGAAAGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	117934	GCAATAATGTCTGGAATAATTAGTTTATTATAAACTACATACAAGAAAGC	117983

CR391913.7	301	AGTTATGTAAAAATTGTATAAATATTTAACAATTAAATTATTTTTTATAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	117984	AGTTATGTAAAAATTGTATAAATATTTAACAATTAAATTATTTTTTATAT	118033

CR391913.7	351	TTAATAAATGTAGCCTTGATGAACTGAATAATTTTCCTTTAAAAAAAAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118034	TTAATAAATGTAGCCTTGATGAACTGAATAATTTTCCTTTAAAAAAAAAA	118083

CR391913.7	401	CTGTACAGCTAGATAAAATAATATAAACAGCTTTTAACTTAAAGCTATTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118084	CTGTACAGCTAGATAAAATAATATAAACAGCTTTTAACTTAAAGCTATTA	118133

CR391913.7	451	ACTTAGCTAGTAACTAAAACGCCTTACTGTTTAAGTATTAGTGTTATTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118134	ACTTAGCTAGTAACTAAAACGCCTTACTGTTTAAGTATTAGTGTTATTAT	118183

CR391913.7	501	ATTATTAATGACCTCCAGAATCAAGAGCGTCTGTGCTCCGCGTCTGACAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118184	ATTATTAATGACCTCCAGAATCAAGAGCGTCTGTGCTCCGCGTCTGACAC	118233

CR391913.7	551	CTTCAAACACCACTGTGCGTTCACTGTATGTCAGGATTGCCTTCTGAGGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118234	CTTCAAACACCACTGTGCGTTCACTGTATGTCAGGATTGCCTTCTGAGGC	118283

CR391913.7	601	GCAAATCATTTGTTTGATGATGAAAATATTCACGCAGCTTCTCCTACTGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118284	GCAAATCATTTGTTTGATGATGAAAATATTCACGCAGCTTCTCCTACTGC	118333

CR391913.7	651	AATAAATTCAGTTCTTACTGTAGATATTTGGCGCCAGTTAATCAGGAAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118334	AATAAATTCAGTTCTTACTGTAGATATTTGGCGCCAGTTAATCAGGAAGA	118383

CR391913.7	701	GACGATTTTGTTTGCTTTGACTTATGGGATGGATATTCCAGTTTTGCGCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118384	GACGATTTTGTTTGCTTTGACTTATGGGATGGATATTCCAGTTTTGCGCA	118433

CR391913.7	751	TAAAGTTCATTTGCATTTTGGAAACATAACGTTAGCTACTGACACCCTTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118434	TAAAGTTCATTTGCATTTTGGAAACATAACGTTAGCTACTGACACCCTTG	118483

CR391913.7	801	ACGTGAGCGCGAAAACGAGGGCTAGGGGTAAGGGAAGGGCCAAAATTGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118484	ACGTGAGCGCGAAAACGAGGGCTAGGGGTAAGGGAAGGGCCAAAATTGGG	118533

CR391913.7	851	ATTGGGCCTAAATTAATTAACGTTAACAGAAAATTACCTTTCTTTTTTCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118534	ATTGGGCCTAAATTAATTAACGTTAACAGAAAATTACCTTTCTTTTTTCA	118583

CR391913.7	901	GGTACTGTGCTCAAAAACTTGCATACGCAAACTCTAAAACATTACCAATC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118584	GGTACTGTGCTCAAAAACTTGCATACGCAAACTCTAAAACATTACCAATC	118633

CR391913.7	951	ACCAAATGGCATCTGTTTATTTAATTTAAAAAAAAAGGCGCGCTCAAACC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118634	ACCAAATGGCATCTGTTTATTTAATTTAAAAAAAAAGGCGCGCTCAAACC	118683

CR391913.7	1001	GTCCGTTACTAGGTTAATTATTTTCAATTCCATTTACTACACAGCAATAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118684	GTCCGTTACTAGGTTAATTATTTTCAATTCCATTTACTACACAGCAATAT	118733

CR391913.7	1051	ATAAAAAACAATCATTTAACTGGCATAATTTGACATTTAAACATGTACCG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118734	ATAAAAAACAATCATTTAACTGGCATAATTTGACATTTAAACATGTACCG	118783

CR391913.7	1101	AAAATAAACCCATTGGATGAGACGACGACGGGTGGATTTCAAGGGCAGGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118784	AAAATAAACCCATTGGATGAGACGACGACGGGTGGATTTCAAGGGCAGGC	118833

CR391913.7	1151	TGGCATGCATTGCCTCGTGAAGGTGACGGTGTTTGTTACTTTGCGGTCGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118834	TGGCATGCATTGCCTCGTGAAGGTGACGGTGTTTGTTACTTTGCGGTCGA	118883

CR391913.7	1201	GTTGCCTCGGTTGTATAAATCAGCTTCCTTAAGTGAACCCTAAAGAGTCG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118884	GTTGCCTCGGTTGTATAAATCAGCTTCCTTAAGTGAACCCTAAAGAGTCG	118933

CR391913.7	1251	ACTCTGCCTGAAACCGATTTCTTTTGTGAGACACAACAATATGATTCATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118934	ACTCTGCCTGAAACCGATTTCTTTTGTGAGACACAACAATATGATTCATT	118983

CR391913.7	1301	ACTCTAACCGCTCGGCCACACTTATTTTGTACAGTAATTGTACACTAATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	118984	ACTCTAACCGCTCGGCCACACTTATTTTGTACAGTAATTGTACACTAATT	119033

CR391913.7	1351	GCATGCTGATAAATGAGCTTGTGAATATGTGTGATAAAATAATTCTCGAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	119034	GCATGCTGATAAATGAGCTTGTGAATATGTGTGATAAAATAATTCTCGAT	119083

CR391913.7	1401	CAATAATTCCCATTCAATCCGATTCAATGTCATGCGAGTGCTAAACTGAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	119084	CAATAATTCCCATTCAATCCGATTCAATGTCATGCGAGTGCTAAACTGAA	119133

CR391913.7	1451	CCAGTGCAAAAGTGTAATTTTTTGCTATTATTATTATTTGGCAGCGTAAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	119134	CCAGTGCAAAAGTGTAATTTTTTGCTATTATTATTATTTGGCAGCGTAAC	119183

CR391913.7	1501	TATTATATAGCTATATCCGACTTTAACAATAAGAATAAAGTTCGTTTGGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	119184	TATTATATAGCTATATCCGACTTTAACAATAAGAATAAAGTTCGTTTGGT	119233

CR391913.7	1551	GTGTTTTGGGAATTAATATTTTTATTCTCATTTCGCACCAACAAGCTATT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	119234	GTGTTTTGGGAATTAATATTTTTATTCTCATTTCGCACCAACAAGCTATT	119283

CR391913.7	1601	AATGCTATTAATTACAAGCTGTTAATGGGAGTTGAGAAAACCCACATAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	119284	AATGCTATTAATTACAAGCTGTTAATGGGAGTTGAGAAAACCCACATAAT	119333

CR391913.7	1651	ATTATAAATATTGCTTTTAATATGTTATGAAATGAAGTTTCGCTTTGATG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	119334	ATTATAAATATTGCTTTTAATATGTTATGAAATGAAGTTTCGCTTTGATG	119383

CR391913.7	1701	TTAATTGTAATAATGCAGTGTGACTTTTTTTTGTTTGCAAAAGGCGTTTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	119384	TTAATTGTAATAATGCAGTGTGACTTTTTTTTGTTTGCAAAAGGCGTTTG	119433

CR391913.7	1751	GCAGCAGCCGATCCTCCACGCAGTCAGAGACTAGATTTAGAACGGAAGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	119434	GCAGCAGCCGATCCTCCACGCAGTCAGAGACTAGATTTAGAACGGAAGAA	119483

CR391913.7	1801	CATCTCAGAAACACTTCAAGAGGCCTGCCTGCAAGAGATTTGTGTAAAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	119484	CATCTCAGAAACACTTCAAGAGGCCTGCCTGCAAGAGATTTGTGTAAAAT	119533

CR391913.7	1851	GCTATAAAAGTGAGATTGCTTTCAAAAATAAATGAATACATTTCTTTATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	119534	GCTATAAAAGTGAGATTGCTTTCAAAAATAAATGAATACATTTCTTTATT	119583

CR391913.7	1901	AGTGAACTCGTATTTACTAAATTTAATCAACATTTGGATGGCATGTGTCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	119584	AGTGAACTCGTATTTACTAAATTTAATCAACATTTGGATGGCATGTGTCT	119633

CR391913.7	1951	TTCTTCCACAAAATAATAATGTAACGTTACTAGCAGTCTGAAACTGCACA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762445.5	119634	TTCTTCCACAAAATAATAATGTAACGTTACTAGCAGTCTGAAACTGCACA	119683

Overview

Query
CR391913.7 - 190731 bps
Hit
CR762445.5 - 119683 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191820001200011176841196831
281.951834439190492346110024104551
382.681583769260192976110819112051
485.052915997667577273-114671152721
587.58150290120106120395127313276101
684.44153393139292139684127313277171
786.96208373143593143965-153546539131
884.951683409350493843-153547538981
987.58149294121403121696-154377546661
1082.881643823357333954-155535559081
1190.08248368143598143965155544559061
1282.91157351174916175266155549558991
1388.642163409350493843155554559051
1482.61141332119526119857-158550588941
1583.81573409350493843173658740091
1682.72150358143608143965173658740101
1785.981833469350493849-176029763921
1883.79160363143603143965-176034763971
1987.022063602832828687-196518968791
2088.51272446110790111235-11086821091511
2187.82250433110352110784-11092331096511
2288.251582679358093846-11166291169091
2388.13167281143684143964-11166321169091
2485.88140259174999175257-11166471169081
Short-link