<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT573116.5	1	ACTAGCTCAGGCAACCTAAAAAATGCTGATTTTGTTTGATTCAATTCTGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	143469	ACTAGCTCAGGCAACCTAAAAAATGCTGATTTTGTTTGATTCAATTCTGA	143518

CT573116.5	51	TCAGACGTTTAGAAATTAAACTTATGAGACAGATGTTGTTAAATGTTATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	143519	TCAGACGTTTAGAAATTAAACTTATGAGACAGATGTTGTTAAATGTTATT	143568

CT573116.5	101	GGTGATTCCAAATATGTAATGTAATAATAAGGTTGGCAAACAGTTATGGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	143569	GGTGATTCCAAATATGTAATGTAATAATAAGGTTGGCAAACAGTTATGGA	143618

CT573116.5	151	AAATTTGATGTTTCAGACAGAATGCCCGAGCATACTGCCCAAGAGGTGTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	143619	AAATTTGATGTTTCAGACAGAATGCCCGAGCATACTGCCCAAGAGGTGTT	143668

CT573116.5	201	TCAGAGATGGTGAAATGACTTGCCTTAAAGGGACTTTGAGTAGTTCCAGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	143669	TCAGAGATGGTGAAATGACTTGCCTTAAAGGGACTTTGAGTAGTTCCAGG	143718

CT573116.5	251	CAGGTCTTGTCCTCATTACTTTCATATCACTACACTGAATGATGTCAGTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	143719	CAGGTCTTGTCCTCATTACTTTCATATCACTACACTGAATGATGTCAGTT	143768

CT573116.5	301	ATTTCACAGGCTACAACTGTCAAAAATCATATCAAAACAAAAGACTTGTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	143769	ATTTCACAGGCTACAACTGTCAAAAATCATATCAAAACAAAAGACTTGTG	143818

CT573116.5	351	GTGTGTCTCAGCAAAGTCCCTGCAAGTCATTGCACTCGGTGGCCATCTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	143819	GTGTGTCTCAGCAAAGTCCCTGCAAGTCATTGCACTCGGTGGCCATCTTT	143868

CT573116.5	401	GAAACGCCTCTTGGGTGGTATACTCGGACATTCTTTCTGAATGGGGAAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	143869	GAAACGCCTCTTGGGTGGTATACTCGGACATTCTTTCTGAATGGGGAAAC	143918

CT573116.5	451	ATCAAATTCTCCAAAACCGATTGCCAAGCTTACTTGTATTTAGTTTCATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	143919	ATCAAATTCTCCAAAACCGATTGCCAAGCTTACTTGTATTTAGTTTCATT	143968

CT573116.5	501	TCCAAACATCCAAATCACAAAAAATCTGCAGAAACTCACATCTGGTCTGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	143969	TCCAAACATCCAAATCACAAAAAATCTGCAGAAACTCACATCTGGTCTGA	144018

CT573116.5	551	GCCCTCTCCCAGAGTATTGTCAGTCTATAGTGATCAATGATTGTCTCCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144019	GCCCTCTCCCAGAGTATTGTCAGTCTATAGTGATCAATGATTGTCTCCTG	144068

CT573116.5	601	TACTAAAAGGAGGGCTTTATTAGCCATATAGCCATCGATGATTGGCTCCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144069	TACTAAAAGGAGGGCTTTATTAGCCATATAGCCATCGATGATTGGCTCCT	144118

CT573116.5	651	GTACTAAAAGGCTGGCTTCATTGGCCATATAGTGATCGGTGATTGGCTCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144119	GTACTAAAAGGCTGGCTTCATTGGCCATATAGTGATCGGTGATTGGCTCC	144168

CT573116.5	701	TGTAGGCAGGACTTTATTCACTATATTGAATATTACAATTTTCCCCATTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144169	TGTAGGCAGGACTTTATTCACTATATTGAATATTACAATTTTCCCCATTC	144218

CT573116.5	751	AAAAAGATTTGAGTGAAGTACGTTCTATAGTCTTTGGTCTCAGTCAGCTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144219	AAAAAGATTTGAGTGAAGTACGTTCTATAGTCTTTGGTCTCAGTCAGCTC	144268

CT573116.5	801	CCTTGTTCAGTAGTCAGGGCACTGATTATGTAGTCTGCCATTTTAAGGGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144269	CCTTGTTCAGTAGTCAGGGCACTGATTATGTAGTCTGCCATTTTAAGGGC	144318

CT573116.5	851	TGTCTCAATCACTTTATTTTCAGTCCACTGAAACGTTTGCACTCTTAAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144319	TGTCTCAATCACTTTATTTTCAGTCCACTGAAACGTTTGCACTCTTAAAA	144368

CT573116.5	901	GTCTCACATTGCGGCGTGAAAATCAGGGTTCATAGATGCGCACTATCGGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144369	GTCTCACATTGCGGCGTGAAAATCAGGGTTCATAGATGCGCACTATCGGC	144418

CT573116.5	951	CCAAGTTCAGAAGTGTGAAACATGAATCATACAAACAAATCACCAAATAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144419	CCAAGTTCAGAAGTGTGAAACATGAATCATACAAACAAATCACCAAATAT	144468

CT573116.5	1001	AACATTTTAACGCTTCTAAAAAGAAACCTATTTATTTATATCTAACAAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144469	AACATTTTAACGCTTCTAAAAAGAAACCTATTTATTTATATCTAACAAGA	144518

CT573116.5	1051	ATGAGCAAAGCTGGACAAGTTAAGTACATTCAAGCAAACATTTATAATTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144519	ATGAGCAAAGCTGGACAAGTTAAGTACATTCAAGCAAACATTTATAATTG	144568

CT573116.5	1101	TTTGATGGTTGAAATGTTGGAGGTAACTGAAGCAATCAATTTATATAGCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144569	TTTGATGGTTGAAATGTTGGAGGTAACTGAAGCAATCAATTTATATAGCT	144618

CT573116.5	1151	ATGATATGCTTTTAAAAACTTCCTAACATTAATAAACGAGAAATATTAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144619	ATGATATGCTTTTAAAAACTTCCTAACATTAATAAACGAGAAATATTAAT	144668

CT573116.5	1201	TTTGCTGTTGTTTATAAACTCCAGTTTTGATGTTGTACAATGAGGACGTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144669	TTTGCTGTTGTTTATAAACTCCAGTTTTGATGTTGTACAATGAGGACGTT	144718

CT573116.5	1251	CTCATGTTGCCATCAGTGTCTCGACGTGTAAAGAACCAAGCTATTTCATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144719	CTCATGTTGCCATCAGTGTCTCGACGTGTAAAGAACCAAGCTATTTCATG	144768

CT573116.5	1301	CCTCATTCACACTAGCAGCGACTTTGTGGCTGCCTGTTTTTCTGGGTGTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144769	CCTCATTCACACTAGCAGCGACTTTGTGGCTGCCTGTTTTTCTGGGTGTT	144818

CT573116.5	1351	GACCTGCTGCAAACGCAGGTCTGTGTAGGTCTACAGCACGGAGAATACAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144819	GACCTGCTGCAAACGCAGGTCTGTGTAGGTCTACAGCACGGAGAATACAA	144868

CT573116.5	1401	CCAACCTCCGAGCGAGCACACGTAGTACAGGTGCTTCTATTGTCACTCTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144869	CCAACCTCCGAGCGAGCACACGTAGTACAGGTGCTTCTATTGTCACTCTT	144918

CT573116.5	1451	TATTTGCATAAAATTCAACGAGTTTCAACTTTGTTCCGTCACTCCACACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144919	TATTTGCATAAAATTCAACGAGTTTCAACTTTGTTCCGTCACTCCACACA	144968

CT573116.5	1501	CCCATCGGGTCACCAATGGTCGCTGTCGATTACGTAGACGGAGGTCGCCG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	144969	CCCATCGGGTCACCAATGGTCGCTGTCGATTACGTAGACGGAGGTCGCCG	145018

CT573116.5	1551	GAAGTCGCTCACTCTCTGTTGAAACGAATGGTTGCTTTTCGACCGCGAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	145019	GAAGTCGCTCACTCTCTGTTGAAACGAATGGTTGCTTTTCGACCGCGAGT	145068

CT573116.5	1601	TGCTCGTAGTGTGAAATGAGGCTTTGCTGTTTTTTCCCGTGCCTGAATTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	145069	TGCTCGTAGTGTGAAATGAGGCTTTGCTGTTTTTTCCCGTGCCTGAATTT	145118

CT573116.5	1651	GTGTACACAACCTAGTGATCCATGACCTCTGGAACCACTGGAGCTGATTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	145119	GTGTACACAACCTAGTGATCCATGACCTCTGGAACCACTGGAGCTGATTG	145168

CT573116.5	1701	AGACACACCTGTATCCGAAATTGCATACTACTTGAGTATGTACTACACTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	145169	AGACACACCTGTATCCGAAATTGCATACTACTTGAGTATGTACTACACTT	145218

CT573116.5	1751	AAATCTGAATTTACTTATTAATCGTTAGAAAAATATATTCTATAAAGTAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	145219	AAATCTGAATTTACTTATTAATCGTTAGAAAAATATATTCTATAAAGTAT	145268

CT573116.5	1801	GAATGTGAGTAGTATGAATGTGAGTTATTATGCGAGTAATAATTCAGACG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	145269	GAATGTGAGTAGTATGAATGTGAGTTATTATGCGAGTAATAATTCAGACG	145318

CT573116.5	1851	TACTACATCTGTCACCCATGTCAGGTCTGTTGCTTCAATCCCATTCATAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	145319	TACTACATCTGTCACCCATGTCAGGTCTGTTGCTTCAATCCCATTCATAA	145368

CT573116.5	1901	ATTCTCTTTGGTGTCCATCAAATACGCACTTCAGAATCTCAACGGAAGTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	145369	ATTCTCTTTGGTGTCCATCAAATACGCACTTCAGAATCTCAACGGAAGTA	145418

CT573116.5	1951	GCTTGTCATCCGTGTACTTTTTGGCTACTGTTTTCAAATACTATGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR762425.5	145419	GCTTGTCATCCGTGTACTTTTTGGCTACTGTTTTCAAATACTATGAATTC	145468

Overview

Query
CT573116.5 - 131883 bps
Hit
CR762425.5 - 145468 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196620001200011434691454681
286.271733057398374287-123634239391
384.191282622364623907123636239071
478.481033447401274355139763400921
585.56195374107143107516-148040484131
685.441823447575476097-148049484051
791.642233087459574902-148050483601
887.6723045976978155166907673601
987.541382687797178238166916671801
1095.56752892110200111091196727976051
1183.131112376591866154197639978751
1285.24544104396007970491998741009091
1383.581062647791878181-11022871025481
1489.42125192759147610511055301057181
1588.8311518710733010751611055411057191
1688.271141967803799811066451068401
1781.61136365966129697611113771117241
1887.2219239675947989-11152401156301
1983.951493907785278241-11152521156311
2080.98110364100471100834-11152951156411
Short-link