<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009481.4	1	GTTATGAAAATACTGAGCAGAGCAGATGAGGATAGGCCATCAACAATTCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	80839	GTTATGAAAATACTGAGCAGAGCAGATGAGGATAGGCCATCAACAATTCA	80888

CT009481.4	51	CATTAAATGAGATTACTTTTTAGTAGGACTAAGCCAAAGCATTTCCACTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	80889	CATTAAATGAGATTACTTTTTAGTAGGACTAAGCCAAAGCATTTCCACTA	80938

CT009481.4	101	AGCACCCAGAGACCAGCCCTAAAGACTCAAGAATAAGAGAAAATGATGTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	80939	AGCACCCAGAGACCAGCCCTAAAGACTCAAGAATAAGAGAAAATGATGTA	80988

CT009481.4	151	ACTGCAGATGGAAGGACCACTGAGGACCACATCACTGCAGACCCAGGGAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	80989	ACTGCAGATGGAAGGACCACTGAGGACCACATCACTGCAGACCCAGGGAC	81038

CT009481.4	201	CACCGAGGACTCTGTCACTGCAGACCCAGGGACCACTGAGGACAATGTGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81039	CACCGAGGACTCTGTCACTGCAGACCCAGGGACCACTGAGGACAATGTGA	81088

CT009481.4	251	CTGTGGACCCAGGGACCACCGAGGGCTCTGTCACTGCAGACCCAGCGACC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81089	CTGTGGACCCAGGGACCACCGAGGGCTCTGTCACTGCAGACCCAGCGACC	81138

CT009481.4	301	ACCAAGGACTATGTGTCTGCAGACCCAGGGACCACCAAGGATTCTGTCAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81139	ACCAAGGACTATGTGTCTGCAGACCCAGGGACCACCAAGGATTCTGTCAC	81188

CT009481.4	351	TGCAGACCCAGGGACCACTCACTGAGAACTTTGTCACTGCAGACCCAGGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81189	TGCAGACCCAGGGACCACTCACTGAGAACTTTGTCACTGCAGACCCAGGG	81238

CT009481.4	401	ACCACCAAGGACTCCATCACTGCAGACCCAAGGACCACAGAGGACTCCGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81239	ACCACCAAGGACTCCATCACTGCAGACCCAAGGACCACAGAGGACTCCGT	81288

CT009481.4	451	CACTGCAGACCCAGGGACCACCAAACACTCCATCACTGTAGACCCAGGGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81289	CACTGCAGACCCAGGGACCACCAAACACTCCATCACTGTAGACCCAGGGA	81338

CT009481.4	501	CCACTGAGGACTCTGTCACTGCAGACCCAGGGACCACCAAACACTCCATC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81339	CCACTGAGGACTCTGTCACTGCAGACCCAGGGACCACCAAACACTCCATC	81388

CT009481.4	551	ACTGCAGACCCAGGGACCACCGAGGACTCCGTCACTGCAGACCCAGGGAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81389	ACTGCAGACCCAGGGACCACCGAGGACTCCGTCACTGCAGACCCAGGGAC	81438

CT009481.4	601	CACAGAAGATGAAACCACTAAACATGGTGACACTCACCTTCTGTGAACTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81439	CACAGAAGATGAAACCACTAAACATGGTGACACTCACCTTCTGTGAACTA	81488

CT009481.4	651	CTTCAGTCACAGCAGTGAAACCCACCAGGCTCCTGACACCCATGGGAATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81489	CTTCAGTCACAGCAGTGAAACCCACCAGGCTCCTGACACCCATGGGAATT	81538

CT009481.4	701	ATCCTCATATCCCTGGCTGCAACCACAGTCACTGTTGTGCTCTTTGTTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81539	ATCCTCATATCCCTGGCTGCAACCACAGTCACTGTTGTGCTCTTTGTTGG	81588

CT009481.4	751	ATTGGGCTTCATTGTGGTGAGTATTTGGTCTGGGAATATTCAGGGCATCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81589	ATTGGGCTTCATTGTGGTGAGTATTTGGTCTGGGAATATTCAGGGCATCA	81638

CT009481.4	801	GGGGAACGAGGCCAACTGAGGATAAGCGGTGGGCATGGAGAGCTGAGGTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81639	GGGGAACGAGGCCAACTGAGGATAAGCGGTGGGCATGGAGAGCTGAGGTA	81688

CT009481.4	851	CAGAGGCCCAAGAAATCGTCAGGCGTGAGGAAGCCTACATAGAGAGAGCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81689	CAGAGGCCCAAGAAATCGTCAGGCGTGAGGAAGCCTACATAGAGAGAGCT	81738

CT009481.4	901	CTGCAAAGACTCCTGGAAAGACAGAGGTGGAGAGAAAGGAAAAGAGCACC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81739	CTGCAAAGACTCCTGGAAAGACAGAGGTGGAGAGAAAGGAAAAGAGCACC	81788

CT009481.4	951	TGGCACAAAAGATGCAGAAAGCATTGGGGACAGAGGAAGCTGTGAGAGAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81789	TGGCACAAAAGATGCAGAAAGCATTGGGGACAGAGGAAGCTGTGAGAGAC	81838

CT009481.4	1001	AGGAAGGAGAGAAAGGGAAGAGAGGCTGAGAGTGAGAAACATAAGAACAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81839	AGGAAGGAGAGAAAGGGAAGAGAGGCTGAGAGTGAGAAACATAAGAACAC	81888

CT009481.4	1051	AAACATGGTAAGACACAGCGGGAGTCAGGGCAAAGCATGAACCGTTAGGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81889	AAACATGGTAAGACACAGCGGGAGTCAGGGCAAAGCATGAACCGTTAGGT	81938

CT009481.4	1101	ACAGATGGATGTAAAAGAGGAAATTTTCCTAAGAAGACAAGGAACTGGGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81939	ACAGATGGATGTAAAAGAGGAAATTTTCCTAAGAAGACAAGGAACTGGGG	81988

CT009481.4	1151	ACCAGAGGAGTGGATGAATTAGAAACATTCTGGGTGGTCCACTCATATCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	81989	ACCAGAGGAGTGGATGAATTAGAAACATTCTGGGTGGTCCACTCATATCA	82038

CT009481.4	1201	GAAATTACATATTCTTGTGTTAATTACTACCTACTCTGAAGTTCTGAAGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82039	GAAATTACATATTCTTGTGTTAATTACTACCTACTCTGAAGTTCTGAAGA	82088

CT009481.4	1251	AGATTTTTTTAAAACCAAAATTGAGTGGGTTTTTATGAGCCACCACTACC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82089	AGATTTTTTTAAAACCAAAATTGAGTGGGTTTTTATGAGCCACCACTACC	82138

CT009481.4	1301	CTGCACCAAAGAGACAGTTTGTACCAGCTCTCAAAGAGGAGCTCTGGGTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82139	CTGCACCAAAGAGACAGTTTGTACCAGCTCTCAAAGAGGAGCTCTGGGTA	82188

CT009481.4	1351	TTTTTCTGTCTCTGAGGGTCCCTGTTGTTTCTACAAGAGGAGACAAAAGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82189	TTTTTCTGTCTCTGAGGGTCCCTGTTGTTTCTACAAGAGGAGACAAAAGA	82238

CT009481.4	1401	ATTCCATGCCAGCCCTGCATGTTTCATCTCACCAAACTCCCAGCTGGAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82239	ATTCCATGCCAGCCCTGCATGTTTCATCTCACCAAACTCCCAGCTGGAAT	82288

CT009481.4	1451	CATCCCAAAAGCAGCAGCAGGGAAATTCCCACAGGGAGTGGCCCAAACCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82289	CATCCCAAAAGCAGCAGCAGGGAAATTCCCACAGGGAGTGGCCCAAACCC	82338

CT009481.4	1501	TCCAGAGATGGGGCCAATTGGGATTCCAAAGAAAGAAGCCCAGATGTCAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82339	TCCAGAGATGGGGCCAATTGGGATTCCAAAGAAAGAAGCCCAGATGTCAG	82388

CT009481.4	1551	GGTGATCAATTCAAAGCATTTATTAGGGGAACTTACAGAGGACTGCAGCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82389	GGTGATCAATTCAAAGCATTTATTAGGGGAACTTACAGAGGACTGCAGCA	82438

CT009481.4	1601	ATCCTCCCTGCCGACAGGGAGGGAAAAGGGATGTTCTGCCTAAGCATGTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82439	ATCCTCCCTGCCGACAGGGAGGGAAAAGGGATGTTCTGCCTAAGCATGTC	82488

CT009481.4	1651	TGTAGCAAGGGGGTCAGGGTATGGAGTTTATATGAGGGTTTAGGGAATTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82489	TGTAGCAAGGGGGTCAGGGTATGGAGTTTATATGAGGGTTTAGGGAATTT	82538

CT009481.4	1701	GACTCAGGGCTGGAGCCAGTTTCTTTCAACGTTTTGGGCAACAACCTAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82539	GACTCAGGGCTGGAGCCAGTTTCTTTCAACGTTTTGGGCAACAACCTAGA	82588

CT009481.4	1751	TACCTTTATTAGTGCCTGGGAGTGTTCAAGGCCCTGGTTTGAGTTCAAGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82589	TACCTTTATTAGTGCCTGGGAGTGTTCAAGGCCCTGGTTTGAGTTCAAGC	82638

CT009481.4	1801	CTGCTGGGGAAAACCTGCAGCTGGCTGGGTCACAGAACGGTCAAGGCAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82639	CTGCTGGGGAAAACCTGCAGCTGGCTGGGTCACAGAACGGTCAAGGCAAT	82688

CT009481.4	1851	CTGTGATTTTTGGTCAGTCTGATCAGAAAGAAAAGGAGGTGATCTGGGGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82689	CTGTGATTTTTGGTCAGTCTGATCAGAAAGAAAAGGAGGTGATCTGGGGG	82738

CT009481.4	1901	ACCCCACATTGTGGCTTCCTCTCGCTAACATTTGATCTAAAACCCAAGCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82739	ACCCCACATTGTGGCTTCCTCTCGCTAACATTTGATCTAAAACCCAAGCC	82788

CT009481.4	1951	TCCTGCTTCTGGCCTGCTGCTTGAGGGGGAAGGGCTGGTCCTTTTTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759964.5	82789	TCCTGCTTCTGGCCTGCTGCTTGAGGGGGAAGGGCTGGTCCTTTTTGGCC	82838

Overview

Query
CT009481.4 - 13073 bps
Hit
CR759964.5 - 82838 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link