<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR407599.9	30538	AAGCTTTTGATGATCTTGTTCCAGAAACGTTAAATACTAAATAGTCACTA	30587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1	AAGCTTTTGATGATCTTGTTCCAGAAACGTTAAATACTAAATAGTCACTA	50

CR407599.9	30588	TTTTAATAGGTACACCACTTTTAAGGTCGCTGCTTTTATCTCCATCAGGA	30637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	51	TTTTAATAGGTACACCACTTTTAAGGTCGCTGCTTTTATCTCCATCAGGA	100

CR407599.9	30638	ATGAGCTCTTAACCTCATGGAGACTGTCCCTGAAACACTCTACACTGCTT	30687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	101	ATGAGCTCTTAACCTCATGGAGACTGTCCCTGAAACACTCTACACTGCTT	150

CR407599.9	30688	TCGATAAAAGCATCTATTAAATCACTGTTTACTAACTGTGACTCTTTCTC	30737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	151	TCGATAAAAGCATCTATTAAATCACTGTTTACTAACTGTGACTCTTTCTC	200

CR407599.9	30738	TCTCTTTTTCTAGGTGTAAAGAGGGTTTCCAGGGCATTCGCTGTGACCAG	30787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	201	TCTCTTTTTCTAGGTGTAAAGAGGGTTTCCAGGGCATTCGCTGTGACCAG	250

CR407599.9	30788	TTCCTGCCCAAGACTGACTCCATCCTCTCAGACCCAAGTAAGTGGTCTTG	30837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	251	TTCCTGCCCAAGACTGACTCCATCCTCTCAGACCCAAGTAAGTGGTCTTG	300

CR407599.9	30838	CGTTTTGCTTTATTAAATTATTTACAGGTAAATGCATACGTTTACCCTTC	30887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	301	CGTTTTGCTTTATTAAATTATTTACAGGTAAATGCATACGTTTACCCTTC	350

CR407599.9	30888	TCTGTCCAGAGGAAATGCCACATGTGTATGTATTGCACAACACTTTTGAA	30937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	351	TCTGTCCAGAGGAAATGCCACATGTGTATGTATTGCACAACACTTTTGAA	400

CR407599.9	30938	ATAGTTTTGAAATGAGTCAACAAGGGTCGCTGATGTGATAAGAGAGAAAT	30987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	401	ATAGTTTTGAAATGAGTCAACAAGGGTCGCTGATGTGATAAGAGAGAAAT	450

CR407599.9	30988	GGCTCTATAACTTTCAGCTTCTAACCAAATGAATGCTTAACCTCCGTGGA	31037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	451	GGCTCTATAACTTTCAGCTTCTAACCAAATGAATGCTTAACCTCCGTGGA	500

CR407599.9	31038	CCATAATGCATTTATGCAGTTATTTGCCAATAACAACAAGGCTTTGCAGT	31087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	501	CCATAATGCATTTATGCAGTTATTTGCCAATAACAACAAGGCTTTGCAGT	550

CR407599.9	31088	TTGCATTCTTACAGACACTGTTGTCATAGAAACCTTGTCATTACCAAAGT	31137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	551	TTGCATTCTTACAGACACTGTTGTCATAGAAACCTTGTCATTACCAAAGT	600

CR407599.9	31138	GTCATAACATTTTCATATTTTCCTGACAGGAACAGATTTCTAGATTTTCC	31187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	601	GTCATAACATTTTCATATTTTCCTGACAGGAACAGATTTCTAGATTTTCC	650

CR407599.9	31188	CACCCACTCAGCTAATAGCTGTATATCTGCACACTTCTACTGAACCTGAA	31237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	651	CACCCACTCAGCTAATAGCTGTATATCTGCACACTTCTACTGAACCTGAA	700

CR407599.9	31238	CGTTTCTTTTCTGACTAATATATACAGTTTTATTGAATTGGACAGTGACT	31287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	701	CGTTTCTTTTCTGACTAATATATACAGTTTTATTGAATTGGACAGTGACT	750

CR407599.9	31288	CTTTGCTTGCATGCAGATGTTGTGCTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	31337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	751	CTTTGCTTGCATGCAGATGTTGTGCTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	800

CR407599.9	31338	TTGTGTTTGTCTAATCACAGGTAGTGGTTGCATGTGTGTGCAGTGAGTAA	31387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	801	TTGTGTTTGTCTAATCACAGGTAGTGGTTGCATGTGTGTGCAGTGAGTAA	850

CR407599.9	31388	GTCCACTTGATGAGTCACAAATGGAGCCTGATTATGAGGGGTTCTGTTTG	31437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	851	GTCCACTTGATGAGTCACAAATGGAGCCTGATTATGAGGGGTTCTGTTTG	900

CR407599.9	31438	TTGACCTTCTTTTACTGAACTATCAGGGCCATTTTTATGAAGGATTATAA	31487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	901	TTGACCTTCTTTTACTGAACTATCAGGGCCATTTTTATGAAGGATTATAA	950

CR407599.9	31488	ATGAGCCGCTCAAGAAATCCCAGTGATCGCCTGGTAAATAGTGTAACATG	31537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	951	ATGAGCCGCTCAAGAAATCCCAGTGATCGCCTGGTAAATAGTGTAACATG	1000

CR407599.9	31538	AATCCCACCACCAGCTTGCAATGCAAAACAAATATCCTTATACTAAACAA	31587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1001	AATCCCACCACCAGCTTGCAATGCAAAACAAATATCCTTATACTAAACAA	1050

CR407599.9	31588	AAATTAAACTTGCATATATCAACAATCATATGCCCACAGTAACTGGATAA	31637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1051	AAATTAAACTTGCATATATCAACAATCATATGCCCACAGTAACTGGATAA	1100

CR407599.9	31638	CATCCATATCTTTAAAATATATTATCATAGCAGATTGATCTGCTTTGTAC	31687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1101	CATCCATATCTTTAAAATATATTATCATAGCAGATTGATCTGCTTTGTAC	1150

CR407599.9	31688	ATGTTTATTAAAGAAATTAAGTGAATTAGTCTATGATTGTTTGTGCCAGA	31737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1151	ATGTTTATTAAAGAAATTAAGTGAATTAGTCTATGATTGTTTGTGCCAGA	1200

CR407599.9	31738	CAGGCTTGTCTGAATATTTCAAACACAGATATGCAGAAAATGTTCAGAAA	31787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1201	CAGGCTTGTCTGAATATTTCAAACACAGATATGCAGAAAATGTTCAGAAA	1250

CR407599.9	31788	ATGAGAAAATATTCATTGTTCTATCTGTGAAAATTGCAGCCCGCCATCAT	31837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1251	ATGAGAAAATATTCATTGTTCTATCTGTGAAAATTGCAGCCCGCCATCAT	1300

CR407599.9	31838	TGGAAATACTTGTTACTCTGGGTACATCTCATTGCACTTTTCAAATGAAA	31887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1301	TGGAAATACTTGTTACTCTGGGTACATCTCATTGCACTTTTCAAATGAAA	1350

CR407599.9	31888	AATCCATTAGAGGGCGCTGTCTACATTTTAGCAAATCTGAAATTCGCTGC	31937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1351	AATCCATTAGAGGGCGCTGTCTACATTTTAGCAAATCTGAAATTCGCTGC	1400

CR407599.9	31938	TAAGGGTAAGTTTTTTTATATGCTTCAGATGCCCTTCCTTCTTGTACATC	31987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1401	TAAGGGTAAGTTTTTTTATATGCTTCAGATGCCCTTCCTTCTTGTACATC	1450

CR407599.9	31988	TCCACAAGAACGTGAGGCTTGTAGTAAAGATCCCCTCACAAACCAATTAC	32037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1451	TCCACAAGAACGTGAGGCTTGTAGTAAAGATCCCCTCACAAACCAATTAC	1500

CR407599.9	32038	CTACACTCTCCCATAAACCCAACTATTAATGTTTCAAACATAAGAAAAAT	32087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1501	CTACACTCTCCCATAAACCCAACTATTAATGTTTCAAACATAAGAAAAAT	1550

CR407599.9	32088	TTTTTTTTTTTAAATAGTAGACACAATTAAGTTGTTTTGTGGTACAGTGG	32137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1551	TTTTTTTTTTTAAATAGTAGACACAATTAAGTTGTTTTGTGGTACAGTGG	1600

CR407599.9	32138	TCTCTCGTTATAGCGCGGTTTGCCATACATTTTAGAATGGTAAACATAGG	32187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1601	TCTCTCGTTATAGCGCGGTTTGCCATACATTTTAGAATGGTAAACATAGG	1650

CR407599.9	32188	TTTATATCAGTGTACACACAATGCAAGTCAGCAGCTGTCTAGCTATGACT	32237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1651	TTTATATCAGTGTACACACAATGCAAGTCAGCAGCTGTCTAGCTATGACT	1700

CR407599.9	32238	CAGGACACTGTTCATATTTCTGTCACCCCACAGGGCTCCACCTGAATAAT	32287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1701	CAGGACACTGTTCATATTTCTGTCACCCCACAGGGCTCCACCTGAATAAT	1750

CR407599.9	32288	TTCATTTTAATAACGTGAATGTGCACGTCTGATATGCATTATTTCCAACT	32337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1751	TTCATTTTAATAACGTGAATGTGCACGTCTGATATGCATTATTTCCAACT	1800

CR407599.9	32338	CTCATGTGTGTGGCGCAACGGGTGTGTGACCCCCTTAGGGATGGAGACTG	32387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1801	CTCATGTGTGTGGCGCAACGGGTGTGTGACCCCCTTAGGGATGGAGACTG	1850

CR407599.9	32388	CTTTAGCTTTGTAGATCAGTGACTGCAGTAAAAAGAACATAACGCTACCA	32437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1851	CTTTAGCTTTGTAGATCAGTGACTGCAGTAAAAAGAACATAACGCTACCA	1900

CR407599.9	32438	ACATTATCCAACAAAAGCTAAAAAGCTTTATAAATCTTGCTGACAGAGAT	32487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1901	ACATTATCCAACAAAAGCTAAAAAGCTTTATAAATCTTGCTGACAGAGAT	1950

CR407599.9	32488	GCATGTTTGCTCTTGACAACAGGTTTTAATCTTTAGTTTCATTCTATCAT	32537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759869.14	1951	GCATGTTTGCTCTTGACAACAGGTTTTAATCTTTAGTTTCATTCTATCAT	2000

Overview

Query
CR407599.9 - 32537 bps
Hit
CR759869.14 - 284763 bps
Total alignments
29
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001952200030538325371120001
292.19961281297113098-131235313621
384.57901852406224246141925421121
489.21901381296713104-183431835691
584.54901802406424243-11148891150691
694.744857104201047611211151211711
786.21651172423924355-11580331581481
898.27560360312707873712056122116611
998.6814615285868737-12056122057631
1096.23475387478799-12113992114511
1198.6814615227072858-12115102116611
1294.3444538747879912116982117501
1394.34445384758527-12116982117501
1496.348548474852712130202130731
1596.23475387478799-12130212130731
1688.623535566430758738-12131082187211
1796.2347538747879912133172133691
1883.8786182240622424312262742264591
199253751154711621-12377732378471
2089.19711151141911533-12378832379931
2177.5444392189651935612391882395791
229354100192681936712391912392901
2389.0853119184901860812394632395811
2492.6869123189681909012394632395851
2589.0950110184631857212394722395811
2694.811131351297113105-12446982448321
2793.9478981297113068-12595582596561
2892.591031351297013104-12633392634731
2986.985146240622420712674832676271
Short-link