<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009502.2	1	CTTTAAGTAGTGAGAAGCTGTGGCACACGTAAGTTTTCCAAAATTTTAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	102882	CTTTAAGTAGTGAGAAGCTGTGGCACACGTAAGTTTTCCAAAATTTTAAT	102931

CT009502.2	51	TTTCTCTTGAAATTCCAATTTCCACTGTCAATATTATTTTCTTTGATGGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	102932	TTTCTCTTGAAATTCCAATTTCCACTGTCAATATTATTTTCTTTGATGGG	102981

CT009502.2	101	ATAGGCTCATTTTGTTTATTTTTGAGAAAATTTCTACCAAATACCCAAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	102982	ATAGGCTCATTTTGTTTATTTTTGAGAAAATTTCTACCAAATACCCAAGT	103031

CT009502.2	151	CTGAATAATCACAGTGTGCCTTTCAGTCATTCTTTCAAGGAAAATGATGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103032	CTGAATAATCACAGTGTGCCTTTCAGTCATTCTTTCAAGGAAAATGATGA	103081

CT009502.2	201	CCCACTAAAAAAAAAATGTTTAACTTCACTCACAACTCATGCAATTACAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103082	CCCACTAAAAAAAAAATGTTTAACTTCACTCACAACTCATGCAATTACAT	103131

CT009502.2	251	AATGGCTTTTCCACAGGACAACTGCCTTTCCATCAGTATGCACCAGAAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103132	AATGGCTTTTCCACAGGACAACTGCCTTTCCATCAGTATGCACCAGAAAT	103181

CT009502.2	301	GCTGCCTATGTTCTTACACTGACTATTAAACAGATGTGTGCTTGAGGTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103182	GCTGCCTATGTTCTTACACTGACTATTAAACAGATGTGTGCTTGAGGTTT	103231

CT009502.2	351	AAAATTTAGTAAACTAATGATTTTATTGCTTCATCAAGGTCACTGGCTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103232	AAAATTTAGTAAACTAATGATTTTATTGCTTCATCAAGGTCACTGGCTTT	103281

CT009502.2	401	TGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTGTAAGCTTATGGCAGTGAAGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103282	TGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTGTAAGCTTATGGCAGTGAAGA	103331

CT009502.2	451	ACATGACCTACCTGTACAGCTTGGTGTCACCACCTTGATTTGTGCTCAGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103332	ACATGACCTACCTGTACAGCTTGGTGTCACCACCTTGATTTGTGCTCAGG	103381

CT009502.2	501	CACTAACAGTTTCACGTGACCACCATAGATTTCTGTACCAATATGTAAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103382	CACTAACAGTTTCACGTGACCACCATAGATTTCTGTACCAATATGTAAAT	103431

CT009502.2	551	AATACAGTGAAAAAGGCAAATAACATCTTAGTATTAGTACAAAAATAGCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103432	AATACAGTGAAAAAGGCAAATAACATCTTAGTATTAGTACAAAAATAGCT	103481

CT009502.2	601	TGACTTCATAGGCCCCTTGAAGGGTCCCAGGGACCCCCAGGAATCCATGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103482	TGACTTCATAGGCCCCTTGAAGGGTCCCAGGGACCCCCAGGAATCCATGG	103531

CT009502.2	651	ACCACACCTTGAAAACCACCACATGACAGGGATATCAACATAAGGAATGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103532	ACCACACCTTGAAAACCACCACATGACAGGGATATCAACATAAGGAATGA	103581

CT009502.2	701	TGGTGAGCATTAAACATATCTCTACTCACAGAACTAAGACTAACAAGGGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103582	TGGTGAGCATTAAACATATCTCTACTCACAGAACTAAGACTAACAAGGGA	103631

CT009502.2	751	GCAAGTAGTCTATGCAATGGTACAGGATCAACTAATATAGACATAGTTCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103632	GCAAGTAGTCTATGCAATGGTACAGGATCAACTAATATAGACATAGTTCA	103681

CT009502.2	801	ACTAGAAAGCGGGGGAGAACATAGGTAAAAAGGGAGAACACAGGTAATAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103682	ACTAGAAAGCGGGGGAGAACATAGGTAAAAAGGGAGAACACAGGTAATAG	103731

CT009502.2	851	GGAGAATGTAGGTAAAAAGAATTTCAACCGTTTTCAGTAGCCATTTTGGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103732	GGAGAATGTAGGTAAAAAGAATTTCAACCGTTTTCAGTAGCCATTTTGGT	103781

CT009502.2	901	GGTTGTGTATGAGTGTTATTATCCTTAGACTGCTGTCTATGTTAACTCAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103782	GGTTGTGTATGAGTGTTATTATCCTTAGACTGCTGTCTATGTTAACTCAG	103831

CT009502.2	951	GAAAAGCAAATAAGTATGGACATTCTAATTGTGTCTGTCCCTGTGTCCTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103832	GAAAAGCAAATAAGTATGGACATTCTAATTGTGTCTGTCCCTGTGTCCTT	103881

CT009502.2	1001	GAAAACCAGAGTTCTTGGTATAAAAGAAAGGAGATGCAGAAGTAATATAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103882	GAAAACCAGAGTTCTTGGTATAAAAGAAAGGAGATGCAGAAGTAATATAG	103931

CT009502.2	1051	AGAAGACTGATTTTTTTTTAAGATGGAGTATTGCTCTGTCACCAGGCCGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103932	AGAAGACTGATTTTTTTTTAAGATGGAGTATTGCTCTGTCACCAGGCCGC	103981

CT009502.2	1101	AGTGCAGTGGTACAATCTTGGCTCACTGTAACCTCCACCTCCCAGGTTCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	103982	AGTGCAGTGGTACAATCTTGGCTCACTGTAACCTCCACCTCCCAGGTTCA	104031

CT009502.2	1151	AGCGCTTCTCTTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCGTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104032	AGCGCTTCTCTTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCGTG	104081

CT009502.2	1201	CCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104082	CCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACC	104131

CT009502.2	1251	GTGTTGCCCAGGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATTCGCCCGCCTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104132	GTGTTGCCCAGGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATTCGCCCGCCTC	104181

CT009502.2	1301	GGCCTCTCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGGATGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104182	GGCCTCTCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGGATGA	104231

CT009502.2	1351	CTGATTTTTTTAAATGTATACATGTATAAATGTTTTATTGCCATTGAACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104232	CTGATTTTTTTAAATGTATACATGTATAAATGTTTTATTGCCATTGAACA	104281

CT009502.2	1401	GGCTGGACACAATGACCATTCCTATCTATTTAGGCTCCCCCACTGCCCCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104282	GGCTGGACACAATGACCATTCCTATCTATTTAGGCTCCCCCACTGCCCCT	104331

CT009502.2	1451	CTCCCTGCTTTCTTTCCATGTCCTGACCGAAAAATCACAGAATGCCTCTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104332	CTCCCTGCTTTCTTTCCATGTCCTGACCGAAAAATCACAGAATGCCTCTG	104381

CT009502.2	1501	TGACCCAGCCAGCTGCAGGTTTTTCCCAGCAGGCTCGAACCCAAGCCAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104382	TGACCCAGCCAGCTGCAGGTTTTTCCCAGCAGGCTCGAACCCAAGCCAAG	104431

CT009502.2	1551	GCCTTGAACACTCCCAGGCACTGATAAACGTATCTAGGTTGTTTCTCTAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104432	GCCTTGAACACTCCCAGGCACTGATAAACGTATCTAGGTTGTTTCTCTAA	104481

CT009502.2	1601	ACACTGAAACTTTGTCCCAGCCCTGAGCCAGGTTCCTTAAACCTTCATAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104482	ACACTGAAACTTTGTCCCAGCCCTGAGCCAGGTTCCTTAAACCTTCATAT	104531

CT009502.2	1651	AAGCTCCATACCCTGACCCCCTCGCTGCAGACATACCTAGGCAGAACATC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104532	AAGCTCCATACCCTGACCCCCTCGCTGCAGACATACCTAGGCAGAACATC	104581

CT009502.2	1701	CCTTTTCTCTTGCTGTCTGCAAGGACTCCTGAAGCCCTCTGTAGGTAAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104582	CCTTTTCTCTTGCTGTCTGCAAGGACTCCTGAAGCCCTCTGTAGGTAAAT	104631

CT009502.2	1751	TCCCTAAACAAATGTTTTAGACTGATCACCCTGGCATTTAGTGCTTCTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104632	TCCCTAAACAAATGTTTTAGACTGATCACCCTGGCATTTAGTGCTTCTTT	104681

CT009502.2	1801	CTTTGAATCCTAACCCACACCATCTCAGAATGGTTTCAGGAACTTCCTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104682	CTTTGAATCCTAACCCACACCATCTCAGAATGGTTTCAGGAACTTCCTTG	104731

CT009502.2	1851	TGGTAACTCCCTTGACGCCACTTTTGAGGTGACTCCAGCAGCGGGTTCAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104732	TGGTAACTCCCTTGACGCCACTTTTGAGGTGACTCCAGCAGCGGGTTCAG	104781

CT009502.2	1901	TGGGACAAAACACCCTAACGCTGGATTATAGTCTTAAATGTCATTTCCCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104782	TGGGACAAAACACCCTAACGCTGGATTATAGTCTTAAATGTCATTTCCCA	104831

CT009502.2	1951	CTAAACTAAACCAGGGATTTCTGGAAAAATGGCTACCTCCAGGTCTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759848.2	104832	CTAAACTAAACCAGGGATTTCTGGAAAAATGGCTACCTCCAGGTCTGGCC	104881

Overview

Query
CT009502.2 - 35167 bps
Hit
CR759848.2 - 104881 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link