<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX897689.5	216629	AAGCTTCATATGATTACAGCTGGACCACTGAAGTCACAAGTAATGTTTTG	216580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	20544	AAGCTTCATATGATTACAGCTGGACCACTGAAGTCACAAGTAATGTTTTG	20593

C  BX897689.5	216579	GTAATGCTACACTTTAATCAGCTAGTAGCTAGCTCTTTGCAACTATCACA	216530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	20594	GTAATGCTACACTTTAATCAGCTAGTAGCTAGCTCTTTGCAACTATCACA	20643

C  BX897689.5	216529	TTTTTGCTCACTTAAGCTAAGCAGGGCACTGAACCTGTGGTCTGTGTGGG	216480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	20644	TTTTTGCTCACTTAAGCTAAGCAGGGCACTGAACCTGTGGTCTGTGTGGG	20693

C  BX897689.5	216479	TCTTAATGTCCCAGTATAGTGAAGGGGACTCTATTCTGCTCAGTGAGCGC	216430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	20694	TCTTAATGTCCCAGTATAGTGAAGGGGACTCTATTCTGCTCAGTGAGCGC	20743

C  BX897689.5	216429	AGTCTTTCGGATGAGACCTTAAAACTGAGATTCTGACTCTCTGTGGTTGT	216380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	20744	AGTCTTTCGGATGAGACCTTAAAACTGAGATTCTGACTCTCTGTGGTTGT	20793

C  BX897689.5	216379	AAAAGAATCCCAGGATGCCCACTGGTCTCTGTCCATCATGGCTTCCTAAC	216330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	20794	AAAAGAATCCCAGGATGCCCACTGGTCTCTGTCCATCATGGCTTCCTAAC	20843

C  BX897689.5	216329	CATCCCTGTATCATAATTGGCTTCATCACTCTGTCTCCTCTATACCAATT	216280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	20844	CATCCCTGTATCATAATTGGCTTCATCACTCTGTCTCCTCTATACCAATT	20893

C  BX897689.5	216279	AGCTGGTGTGTAGTGTGCAATCTGGCGCAATATGGCTGCCGCTGCATCAT	216230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	20894	AGCTGGTGTGTAGTGTGCAATCTGGCGCAATATGGCTGCCGCTGCATCAT	20943

C  BX897689.5	216229	TCAGGTGGATGCTACACACTCATGGGAGATTCCCCCAACGTGTCAAGCGA	216180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	20944	TCAGGTGGATGCTACACACTCATGGGAGATTCCCCCAACGTGTCAAGCGA	20993

C  BX897689.5	216179	TTTCAGTGTCAAGAAAAGCGCTATATAAATGTAAGGTAGGGGTGCCAAAC	216130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	20994	TTTCAGTGTCAAGAAAAGCGCTATATAAATGTAAGGTAGGGGTGCCAAAC	21043

C  BX897689.5	216129	CCTGTTCCTGGAGATCTACCTTCCTGCAGATTTCAGTTGCAACCGGCATC	216080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21044	CCTGTTCCTGGAGATCTACCTTCCTGCAGATTTCAGTTGCAACCGGCATC	21093

C  BX897689.5	216079	AAACACACCTGCCTGTAATTATCAAGTGCTGTTCAGGTCCTAGTTAATTG	216030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21094	AAACACACCTGCCTGTAATTATCAAGTGCTGTTCAGGTCCTAGTTAATTG	21143

C  BX897689.5	216029	GTTCAGGTGTGTTTGATCAGGGTAGGAGCAGAACTACGGAGGAAGGTATA	215980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21144	GTTCAGGTGTGTTTGATCAGGGTAGGAGCAGAACTACGGAGGAAGGTATA	21193

C  BX897689.5	215979	CCTCCAGGAACAGGGATGAGCACCCCTGATGTAAGGAATTATTATTATTA	215930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21194	CCTCCAGGAACAGGGATGAGCACCCCTGATGTAAGGAATTATTATTATTA	21243

C  BX897689.5	215929	TTATTATTATTTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAATCATCTT	215880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21244	TTATTATTATTTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAATCATCTT	21293

C  BX897689.5	215879	GGCTGTCTGTGGAGAATGAGAGAGCTCTCTGATTTCATCTAAATATCTTT	215830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21294	GGCTGTCTGTGGAGAATGAGAGAGCTCTCTGATTTCATCTAAATATCTTT	21343

C  BX897689.5	215829	ATTTGTTCTCTAAAAATTAAGGTCAAAGGGGATTGAATGGCACAAAGATG	215780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21344	ATTTGTTCTCTAAAAATTAAGGTCAAAGGGGATTGAATGGCACAAAGATG	21393

C  BX897689.5	215779	AGTTTTTAATATCAGAATTTTCATTTTTGTATGAACTAATCCTTTAAAAC	215730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21394	AGTTTTTAATATCAGAATTTTCATTTTTGTATGAACTAATCCTTTAAAAC	21443

C  BX897689.5	215729	TTGGCTTGCCGAAAGACATTTTGAACTCTGTAAGTTAGCTGAGTCAGTCG	215680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21444	TTGGCTTGCCGAAAGACATTTTGAACTCTGTAAGTTAGCTGAGTCAGTCG	21493

C  BX897689.5	215679	CATGAGTCAAACTTTTTGTAATGAAATATAGTGGAATCAGACAAGCTTTT	215630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21494	CATGAGTCAAACTTTTTGTAATGAAATATAGTGGAATCAGACAAGCTTTT	21543

C  BX897689.5	215629	AACTGTGGCAAAACGTCATCTCAATTCTTTGCTGGTCTAGTCATTAAGTT	215580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21544	AACTGTGGCAAAACGTCATCTCAATTCTTTGCTGGTCTAGTCATTAAGTT	21593

C  BX897689.5	215579	AAGCAACTAAAGAAATCGCGTCAAAAGGACATGATGAAATAAATGTTAAA	215530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21594	AAGCAACTAAAGAAATCGCGTCAAAAGGACATGATGAAATAAATGTTAAA	21643

C  BX897689.5	215529	GACACCATACGGGCTGTATTTTAGGATGTGTTCACACTAGGCATTCTGGT	215480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21644	GACACCATACGGGCTGTATTTTAGGATGTGTTCACACTAGGCATTCTGGT	21693

C  BX897689.5	215479	TAAAACTCTGGTGCAGTTGATATGTTAGTAGCATGTGGGTCAATGCAATA	215430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21694	TAAAACTCTGGTGCAGTTGATATGTTAGTAGCATGTGGGTCAATGCAATA	21743

C  BX897689.5	215429	TGGACTAGAGGCATATATTTATATAACAACATGACATGTCATCACAAGAT	215380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21744	TGGACTAGAGGCATATATTTATATAACAACATGACATGTCATCACAAGAT	21793

C  BX897689.5	215379	GAAAAACAGGAGAAAAAAAACAGAAAGTGTGCTCAAGAGTACCTCTTTTT	215330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21794	GAAAAACAGGAGAAAAAAAACAGAAAGTGTGCTCAAGAGTACCTCTTTTT	21843

C  BX897689.5	215329	TCACATTAAAGTCGTTATGAATTATAGTTTCACGTTCCTTCAGCTTAGTT	215280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21844	TCACATTAAAGTCGTTATGAATTATAGTTTCACGTTCCTTCAGCTTAGTT	21893

C  BX897689.5	215279	CCTTATTTATCAGAGGTTGCCACAGCGGAGTGAACTGCCAGTTACTCTGG	215230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21894	CCTTATTTATCAGAGGTTGCCACAGCGGAGTGAACTGCCAGTTACTCTGG	21943

C  BX897689.5	215229	CATATGTTTTATATGTAATAGATGCTTTTCCAGCCTCAAACAATTCATTA	215180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21944	CATATGTTTTATATGTAATAGATGCTTTTCCAGCCTCAAACAATTCATTA	21993

C  BX897689.5	215179	CATGTATCTTAAATGTCTCTGCTTGCAGATCTTTGTGTGTTTGATGAAGG	215130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	21994	CATGTATCTTAAATGTCTCTGCTTGCAGATCTTTGTGTGTTTGATGAAGG	22043

C  BX897689.5	215129	AGTCACTGCCACTGTTTAGTCTCTGTTCTGCCCAGCACACAGCATTGTTT	215080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	22044	AGTCACTGCCACTGTTTAGTCTCTGTTCTGCCCAGCACACAGCATTGTTT	22093

C  BX897689.5	215079	TATATGTTCAGTAAGTTCTGATATATGTCCTAACTTTTGTTTTGTATCTT	215030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	22094	TATATGTTCAGTAAGTTCTGATATATGTCCTAACTTTTGTTTTGTATCTT	22143

C  BX897689.5	215029	CAAGTTCAGCCTTTGAAATAATAGCGTGAACACAAAGAACTAAATGTTCC	214980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	22144	CAAGTTCAGCCTTTGAAATAATAGCGTGAACACAAAGAACTAAATGTTCC	22193

C  BX897689.5	214979	GTTTTCTTTTTTGTCATTGTCAAGTGAACCGAACAACAAGTGTGAACACA	214930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	22194	GTTTTCTTTTTTGTCATTGTCAAGTGAACCGAACAACAAGTGTGAACACA	22243

C  BX897689.5	214929	CCTAGTATCAAATGATTCAAGATTTGTCCATGCAAGCGCAGACTATCTTA	214880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	22244	CCTAGTATCAAATGATTCAAGATTTGTCCATGCAAGCGCAGACTATCTTA	22293

C  BX897689.5	214879	TACAGTATGTATGTGATTCCCTTGGAGGAGGCCTGGAATTGTGCCTTTTG	214830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	22294	TACAGTATGTATGTGATTCCCTTGGAGGAGGCCTGGAATTGTGCCTTTTG	22343

C  BX897689.5	214829	TTTTAATGGCTTCTTTGGAATCAGTCAGGAAACTCACCCGCAGCTCCACA	214780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	22344	TTTTAATGGCTTCTTTGGAATCAGTCAGGAAACTCACCCGCAGCTCCACA	22393

C  BX897689.5	214779	GGCCATGACCTCTGATGTGGAGATGGGCTGAGTCAGCAAAAGCACAGCGA	214730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	22394	GGCCATGACCTCTGATGTGGAGATGGGCTGAGTCAGCAAAAGCACAGCGA	22443

C  BX897689.5	214729	ACGCAGAGAGCCATGCAGAGAACCTATTCAGCAGCAGCATGTCCTTTAGA	214680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	22444	ACGCAGAGAGCCATGCAGAGAACCTATTCAGCAGCAGCATGTCCTTTAGA	22493

C  BX897689.5	214679	AGTGTTATTATCTGTGCCTATAGAGGGATAAAGCATTAAACATTTACATC	214630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR759847.4	22494	AGTGTTATTATCTGTGCCTATAGAGGGATAAAGCATTAAACATTTACATC	22543

Overview

Query
BX897689.5 - 216629 bps
Hit
CR759847.4 - 22543 bps
Total alignments
6
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019672000214630216629-120544225431
283.53322678211406212083-1626469311
385.913015641790511796141682373901
481.76179458210381210838-1692873931
593.81871126307063181-1700571171
687.42921526246762618-1725074001
Short-link