<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR388407.3	1	GGCCAGAAACCAGTAATTAAGGAGTTATCCTTAATTACTAGCCTGCCCTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	2349	GGCCAGAAACCAGTAATTAAGGAGTTATCCTTAATTACTAGCCTGCCCTC	2398

CR388407.3	51	ATCTTGAAAATCTGAATGATTCCAAGCTCGACTTCTCTCCATTTCCAGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	2399	ATCTTGAAAATCTGAATGATTCCAAGCTCGACTTCTCTCCATTTCCAGAA	2448

CR388407.3	101	TGACTAACAAACTGGGCCACCCTATTTTTCCTGGATTACCCAATGGATTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	2449	TGACTAACAAACTGGGCCACCCTATTTTTCCTGGATTACCCAATGGATTA	2498

CR388407.3	151	CTATCTTGTTTCTCTGCTTTAATTCATTCCCCTTTCAATCTATTCTCCAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	2499	CTATCTTGTTTCTCTGCTTTAATTCATTCCCCTTTCAATCTATTCTCCAT	2548

CR388407.3	201	ATGGCGGCCAAAAGCGTTCTTTAAAAAAACCACACGTTGGCTGGGCGCGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	2549	ATGGCGGCCAAAAGCGTTCTTTAAAAAAACCACACGTTGGCTGGGCGCGG	2598

CR388407.3	251	TGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	2599	TGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATC	2648

CR388407.3	301	ACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGATAAACATGGAGAAACCCCG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	2649	ACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGATAAACATGGAGAAACCCCG	2698

CR388407.3	351	TCTAACAATACAAAATCAACAATACAACAATACAAAATTAGCCGGGTATG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	2699	TCTAACAATACAAAATCAACAATACAACAATACAAAATTAGCCGGGTATG	2748

CR388407.3	401	GTGGCGCATGCCTGGAATCCCAGCTACTCTGGAGGCTGAGACAGGAGAAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	2749	GTGGCGCATGCCTGGAATCCCAGCTACTCTGGAGGCTGAGACAGGAGAAT	2798

CR388407.3	451	CGCTTGAACCCGGGAGACAGAGGTTGCTGTGAGCCGAGATCGCACCATTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	2799	CGCTTGAACCCGGGAGACAGAGGTTGCTGTGAGCCGAGATCGCACCATTG	2848

CR388407.3	501	CACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTGTGTCTCGAAAAAACAAAAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	2849	CACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTGTGTCTCGAAAAAACAAAAAA	2898

CR388407.3	551	CAAAACCCAAGAAAACCAAAACCACAAATCAAGTATTTCCATTTGCCAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	2899	CAAAACCCAAGAAAACCAAAACCACAAATCAAGTATTTCCATTTGCCAAT	2948

CR388407.3	601	TTGAAATCTTTTTAGACTTCCTATGCACTTAACTATAAAATTCAGACTCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	2949	TTGAAATCTTTTTAGACTTCCTATGCACTTAACTATAAAATTCAGACTCC	2998

CR388407.3	651	TTACCAAGAACTACCAGATGCACCTTGCCTGGCTCCTTTTCATCCCTCCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	2999	TTACCAAGAACTACCAGATGCACCTTGCCTGGCTCCTTTTCATCCCTCCC	3048

CR388407.3	701	TCCTTCTCCCATTCGTCTCATGCCTTTGTCATTCCAGGGTTGCAGGTGTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3049	TCCTTCTCCCATTCGTCTCATGCCTTTGTCATTCCAGGGTTGCAGGTGTT	3098

CR388407.3	751	AAAGTGTCTTTGCATTGAATTTCATTGGCCTGGCAGATTCTGTCCCCAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3099	AAAGTGTCTTTGCATTGAATTTCATTGGCCTGGCAGATTCTGTCCCCAAA	3148

CR388407.3	801	TTGAACTCCTTGTTTGTAATCGTTTTTCAGATATAATCTATTCAACGAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3149	TTGAACTCCTTGTTTGTAATCGTTTTTCAGATATAATCTATTCAACGAGA	3198

CR388407.3	851	TCTTCCTTGACTACTTAATCTAAATTAAAATCCCTCCTCCCCAGCTAATC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3199	TCTTCCTTGACTACTTAATCTAAATTAAAATCCCTCCTCCCCAGCTAATC	3248

CR388407.3	901	TCTATCACATTTCCATGTGTTTTTCGTAGCACTTATCACTCTAAATTTTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3249	TCTATCACATTTCCATGTGTTTTTCGTAGCACTTATCACTCTAAATTTTG	3298

CR388407.3	951	TTTTTTTTAAATGTATCTCCCCACAATTAAAACCTAAGATCCAAACGAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3299	TTTTTTTTAAATGTATCTCCCCACAATTAAAACCTAAGATCCAAACGAAT	3348

CR388407.3	1001	ATGGATCTGATCCCCCTTTTTTGCCACGTAACTGAATGAATCAATTCAAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3349	ATGGATCTGATCCCCCTTTTTTGCCACGTAACTGAATGAATCAATTCAAC	3398

CR388407.3	1051	AAATTTGATTAGCAATAGAAATATAGCAAACAACTAAATAGACAAAACAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3399	AAATTTGATTAGCAATAGAAATATAGCAAACAACTAAATAGACAAAACAG	3448

CR388407.3	1101	TAAAGTCCCTGACTTAATGGAGCTTACTTTTATTTGTGAAAACAAGCTCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3449	TAAAGTCCCTGACTTAATGGAGCTTACTTTTATTTGTGAAAACAAGCTCA	3498

CR388407.3	1151	TCAGCCAAATTATATATAGTGTTTTATTTGTTCATTGCTTTTTTTTTCTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3499	TCAGCCAAATTATATATAGTGTTTTATTTGTTCATTGCTTTTTTTTTCTT	3548

CR388407.3	1201	TCTTTTTTTATATAACATCCCACCAAATAGAAACATTCTCTCTTTAGGAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3549	TCTTTTTTTATATAACATCCCACCAAATAGAAACATTCTCTCTTTAGGAA	3598

CR388407.3	1251	TAGTGTTCCGTGTAGATGTTGATTTCTTACTATGCAATTTTACGGACATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3599	TAGTGTTCCGTGTAGATGTTGATTTCTTACTATGCAATTTTACGGACATT	3648

CR388407.3	1301	GTCTTCCAATATTTCCGTAGACTAATTGGTCAGGACCTGATAGCCCTGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3649	GTCTTCCAATATTTCCGTAGACTAATTGGTCAGGACCTGATAGCCCTGTG	3698

CR388407.3	1351	ATAATGCTGCACTCAGCATTCCTTGATGATGCTATATTAGCTTCCAGTGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3699	ATAATGCTGCACTCAGCATTCCTTGATGATGCTATATTAGCTTCCAGTGG	3748

CR388407.3	1401	CTGTTTGGTGCCTGGAAGGGAGTCTAGCATGTAACAGGGATCAATAATTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3749	CTGTTTGGTGCCTGGAAGGGAGTCTAGCATGTAACAGGGATCAATAATTG	3798

CR388407.3	1451	TTTGTTGACTATAAAGCAGTTAGAACAATATCTGATGTGTATATTAAATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3799	TTTGTTGACTATAAAGCAGTTAGAACAATATCTGATGTGTATATTAAATA	3848

CR388407.3	1501	TCCCATTCAGTCAAGGTTATCTAGGGTGATATATTCAAGAAATATAATGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3849	TCCCATTCAGTCAAGGTTATCTAGGGTGATATATTCAAGAAATATAATGC	3898

CR388407.3	1551	TAACTCATTTATGTGGTGATGGAGATCCGTGTTTAATGATATTGATCATC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3899	TAACTCATTTATGTGGTGATGGAGATCCGTGTTTAATGATATTGATCATC	3948

CR388407.3	1601	AAATAGCCTGGATAAAGAGTATGTTCCCAGAAGAAAGAGATTTCTGAGAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3949	AAATAGCCTGGATAAAGAGTATGTTCCCAGAAGAAAGAGATTTCTGAGAC	3998

CR388407.3	1651	TGCTTTTATGTTATCCTTTACATTTCTATTTTTTGACTCTTTTTTTTTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	3999	TGCTTTTATGTTATCCTTTACATTTCTATTTTTTGACTCTTTTTTTTTTG	4048

CR388407.3	1701	GCTTTTGGCTTTTGGGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGAAGTATAGTGGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	4049	GCTTTTGGCTTTTGGGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGAAGTATAGTGGT	4098

CR388407.3	1751	GTGATCATGGCTCATTTTGGCCTCAAACTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	4099	GTGATCATGGCTCATTTTGGCCTCAAACTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCC	4148

CR388407.3	1801	CATTTCAGTCTTTCCAGTCACTGGGATTAATGGTGTGTGCCACAAAACTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	4149	CATTTCAGTCTTTCCAGTCACTGGGATTAATGGTGTGTGCCACAAAACTT	4198

CR388407.3	1851	GGCTCTGTTTGATTTTTTTTTTTTTGGTGGACCATATATTTTACCAAAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	4199	GGCTCTGTTTGATTTTTTTTTTTTTGGTGGACCATATATTTTACCAAAAT	4248

CR388407.3	1901	ATCTGAAATATTGTAAATGATATTTTTTGAAATATCGGAAAATATTTTTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	4249	ATCTGAAATATTGTAAATGATATTTTTTGAAATATCGGAAAATATTTTTG	4298

CR388407.3	1951	GTATATTTTGGGGAAAAATACAAAACCAAAACAATCTACCTATTTACCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759827.2	4299	GTATATTTTGGGGAAAAATACAAAACCAAAACAATCTACCTATTTACCTT	4348

Overview

Query
CR388407.3 - 42584 bps
Hit
CR759827.2 - 4348 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link