<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT025892.19	1	CTACATTTTCATACATGAACTTCGCTCACATACACATATGCTTCCTCATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	150903	CTACATTTTCATACATGAACTTCGCTCACATACACATATGCTTCCTCATT	150952

CT025892.19	51	CTGACTGATTACACTAGCACCACCTGAGGATTGTCAAAGACTAATTACAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	150953	CTGACTGATTACACTAGCACCACCTGAGGATTGTCAAAGACTAATTACAT	151002

CT025892.19	101	GCACTATTTAAAGCAGCACACACTCACTTCCATTGACAAGTCTTGTTTTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151003	GCACTATTTAAAGCAGCACACACTCACTTCCATTGACAAGTCTTGTTTTC	151052

CT025892.19	151	TGTTATAGTGACATCAACAAGTTCTATATTTATAGATTATCTATAACGTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151053	TGTTATAGTGACATCAACAAGTTCTATATTTATAGATTATCTATAACGTG	151102

CT025892.19	201	TTAAAGTATTTAACAAAATAATGTATAAAAGTGTTAAATTCTATTTTTTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151103	TTAAAGTATTTAACAAAATAATGTATAAAAGTGTTAAATTCTATTTTTTC	151152

CT025892.19	251	AGTGATCTTTTGTTAGAGATCTCCATCAAGATATTTATATATAAACCAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151153	AGTGATCTTTTGTTAGAGATCTCCATCAAGATATTTATATATAAACCAAA	151202

CT025892.19	301	TAAATAAATCTTGCAAATTAAAACTACGCAAACATACCAAGATGCTATAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151203	TAAATAAATCTTGCAAATTAAAACTACGCAAACATACCAAGATGCTATAT	151252

CT025892.19	351	GATTTAAATGTTACAGAATCATATACACTAGAACAAAATGCTAACTTATG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151253	GATTTAAATGTTACAGAATCATATACACTAGAACAAAATGCTAACTTATG	151302

CT025892.19	401	AATGTTACACTAGAACAGCTAATTTTAAATGCTCCGGTTAAAGACTGGTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151303	AATGTTACACTAGAACAGCTAATTTTAAATGCTCCGGTTAAAGACTGGTT	151352

CT025892.19	451	CACTGCTTTATTCAAATAAATGCTTTATCCAGCGACACAAATGATGGCCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151353	CACTGCTTTATTCAAATAAATGCTTTATCCAGCGACACAAATGATGGCCA	151402

CT025892.19	501	AATTAACCACCAACACCCTGCTGATTCATTGGCTGAAACATCTCTGCTGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151403	AATTAACCACCAACACCCTGCTGATTCATTGGCTGAAACATCTCTGCTGG	151452

CT025892.19	551	TCGACCAACTAGACAAGCACCAAACCAGCAAAACCCACCAAAAAAACAAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151453	TCGACCAACTAGACAAGCACCAAACCAGCAAAACCCACCAAAAAAACAAC	151502

CT025892.19	601	AACAAAAAAAAAAATCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACAAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151503	AACAAAAAAAAAAATCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACAAC	151552

CT025892.19	651	TGTTTAAAAAGAAAGTGATTTCAAACGCATTAACTTTTCTCTTTTTTTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151553	TGTTTAAAAAGAAAGTGATTTCAAACGCATTAACTTTTCTCTTTTTTTTT	151602

CT025892.19	701	TCTGCCCGATGACCCCGCTTCCCAGCTGAGACCTCCGGCGATTATCTCCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151603	TCTGCCCGATGACCCCGCTTCCCAGCTGAGACCTCCGGCGATTATCTCCT	151652

CT025892.19	751	TCCATCGGTGAACCCTCCCAACAGCAGCTGGACATGCTGAGGTCACCCAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151653	TCCATCGGTGAACCCTCCCAACAGCAGCTGGACATGCTGAGGTCACCCAG	151702

CT025892.19	801	GCCTGGCGAACACACACCTACTCAGTCATTAACACAGACTGTCAACCAGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151703	GCCTGGCGAACACACACCTACTCAGTCATTAACACAGACTGTCAACCAGC	151752

CT025892.19	851	AGTGTGTGTGTGTTAACATCTGAACCCCTGATTAACCTATTTCCTGCACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151753	AGTGTGTGTGTGTTAACATCTGAACCCCTGATTAACCTATTTCCTGCACA	151802

CT025892.19	901	CCATGTGTGAGGTCACGGCCTTAATGAGATGAATAGAGAAGGCTGTTTTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151803	CCATGTGTGAGGTCACGGCCTTAATGAGATGAATAGAGAAGGCTGTTTTA	151852

CT025892.19	951	TTCTTGAAGCACAAGCTATATATTTACTTATACAAGACACTGAGAAAAGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151853	TTCTTGAAGCACAAGCTATATATTTACTTATACAAGACACTGAGAAAAGT	151902

CT025892.19	1001	TGTTGTACGCTCATTTGTAATTTGAAAGTGTTTTACTTTGCTTTTTTATT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151903	TGTTGTACGCTCATTTGTAATTTGAAAGTGTTTTACTTTGCTTTTTTATT	151952

CT025892.19	1051	TTGATAAATTTCAACTTTAATACTCATAACCATACCAATTGTACTTTGCG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	151953	TTGATAAATTTCAACTTTAATACTCATAACCATACCAATTGTACTTTGCG	152002

CT025892.19	1101	TTGGTGGCAAATTGAGTACACTACCTGCAAAAGTCTTGTTGCCTATCCAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152003	TTGGTGGCAAATTGAGTACACTACCTGCAAAAGTCTTGTTGCCTATCCAC	152052

CT025892.19	1151	GTTTTAGGAACAACAAATAATAACGTGACTTCTAGTTGATCATTTGGTAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152053	GTTTTAGGAACAACAAATAATAACGTGACTTCTAGTTGATCATTTGGTAT	152102

CT025892.19	1201	CAGAAGTGGCTCAAATTGAAAGGCAAAATACAATATGACCTTGATTTTTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152103	CAGAAGTGGCTCAAATTGAAAGGCAAAATACAATATGACCTTGATTTTTA	152152

CT025892.19	1251	ATTATTTATTTAGCACTGAAAGGTGTGACTTCGCTTAAACTTAAGCTTGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152153	ATTATTTATTTAGCACTGAAAGGTGTGACTTCGCTTAAACTTAAGCTTGA	152202

CT025892.19	1301	CTTTTAAAGTGTTGTCACTTAACACAAATAACATACAGTATAGAATATAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152203	CTTTTAAAGTGTTGTCACTTAACACAAATAACATACAGTATAGAATATAA	152252

CT025892.19	1351	AGACATGGTGCAGTGGAGAAAGAATTGATGTTATGTATGACTCCCATGAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152253	AGACATGGTGCAGTGGAGAAAGAATTGATGTTATGTATGACTCCCATGAG	152302

CT025892.19	1401	CTTGGAGGACGGGATCCATACATATCTGCAATGACTCAAATAACTTATTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152303	CTTGGAGGACGGGATCCATACATATCTGCAATGACTCAAATAACTTATTC	152352

CT025892.19	1451	ATTCATTCATTCATTTTCTTTTCAGCTTAGTCCCTTTTTTAATCAGAGGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152353	ATTCATTCATTCATTTTCTTTTCAGCTTAGTCCCTTTTTTAATCAGAGGT	152402

CT025892.19	1501	TGCCACAGTGGAACAAACTGCCAACTTATCCAGCATGTGTTACGCAGCAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152403	TGCCACAGTGGAACAAACTGCCAACTTATCCAGCATGTGTTACGCAGCAG	152452

CT025892.19	1551	ATGCCCTTCCATCAACCCAACACTGGGAAATCAAATAACATATTAATAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152453	ATGCCCTTCCATCAACCCAACACTGGGAAATCAAATAACATATTAATAAA	152502

CT025892.19	1601	GTATTCTGGAATGGCAAAGAAAGCGTTCTTGCAGGACTCCCAGAGTTCAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152503	GTATTCTGGAATGGCAAAGAAAGCGTTCTTGCAGGACTCCCAGAGTTCAT	152552

CT025892.19	1651	CAAGATTATTTGGATTCATTTTCAAAGCCTCCTCCTTGATCGTACCCCAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152553	CAAGATTATTTGGATTCATTTTCAAAGCCTCCTCCTTGATCGTACCCCAT	152602

CT025892.19	1701	GCTCAATAATGTTCATGTCTTGTGACAGGGCTGGCCAATTCTGGAGCACC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152603	GCTCAATAATGTTCATGTCTTGTGACAGGGCTGGCCAATTCTGGAGCACC	152652

CT025892.19	1751	TTGACCTTCTTTGCTTTCATTGAATTTGATGTTGATGCTGAAGTATGAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152653	TTGACCTTCTTTGCTTTCATTGAATTTGATGTTGATGCTGAAGTATGAGA	152702

CT025892.19	1801	AGTAGCGCTATCCTGCTGAAGAGTTTGCCCTCTTCTGTGGTTTGTAACGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152703	AGTAGCGCTATCCTGCTGAAGAGTTTGCCCTCTTCTGTGGTTTGTAACGT	152752

CT025892.19	1851	AATGGGCAGCACAAACGTCTTGATACCTTAAGCTGTTGATGTTGCAATTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152753	AATGGGCAGCACAAACGTCTTGATACCTTAAGCTGTTGATGTTGCAATTC	152802

CT025892.19	1901	ACGCTGCAGATCTCTTGCACGCCCCCATACTGAATGTAACCCCAAACTTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152803	ACGCTGCAGATCTCTTGCACGCCCCCATACTGAATGTAACCCCAAACTTG	152852

CT025892.19	1951	TATAAGCATCTCTGCTCCATGGTGTAAATGCACAGAACAATCACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759813.6	152853	TATAAGCATCTCTGCTCCATGGTGTAAATGCACAGAACAATCACAAGCTT	152902

Overview

Query
CT025892.19 - 162769 bps
Hit
CR759813.6 - 152902 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194420001200011509031529021
290.99245350128700129049-111058114011
383.82185376142695143070111058114341
491.222273198535485672111059113771
583.91723522688327234138723390761
692.66216288128762129049-149317496021
791.882052798535485632149318496001
884.37167348128700129047154100544381
985.941663238535085672-154124544431
1086.05160300146399146698-161128614281
1191.62236326128724129049-161129614501
1290.972523528535485705161130614831
1395.44244286101449101734-168417687011
1479.691926554069941353-185785864241
1585.66168311146389146699196234965471
1685.31187352268832723411049291052821
1789.8721232012872412904311168431171581
1888.7818129114639514668511168611171541
1984.311703528535485705-11449251452811
2081.951624142010620519-11498251502341
Short-link