<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR936880.3	1	AAAAAAAATAAAAATAAAAGTTCTAATATATAATCCAAATGTGCTTAAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	54810	AAAAAAAATAAAAATAAAAGTTCTAATATATAATCCAAATGTGCTTAAAA	54859

CR936880.3	51	CAGAGTCTAGCATATAAAAAGGCTCTAAAAATGATATTATTACTATTAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	54860	CAGAGTCTAGCATATAAAAAGGCTCTAAAAATGATATTATTACTATTAAA	54909

CR936880.3	101	TGTCCAATCATTATCTTGTAGTGCTCCCATAATAAAAATCACCACCACCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	54910	TGTCCAATCATTATCTTGTAGTGCTCCCATAATAAAAATCACCACCACCA	54959

CR936880.3	151	TTTATATAAACCTCTAGAATTTCCAAAGTACATATCACATACATTATTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	54960	TTTATATAAACCTCTAGAATTTCCAAAGTACATATCACATACATTATTTA	55009

CR936880.3	201	ATTTGAGACACACAGACTAGAGGTAGGTGTCATTAACCCCACTTCAGAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55010	ATTTGAGACACACAGACTAGAGGTAGGTGTCATTAACCCCACTTCAGAAT	55059

CR936880.3	251	TTCAGAAACTGGGGCTCAGGAAGTTTAAGAAACTTACCTGAGGCGACCAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55060	TTCAGAAACTGGGGCTCAGGAAGTTTAAGAAACTTACCTGAGGCGACCAT	55109

CR936880.3	301	ACAGTGAGGAGCAACCCCCAGACTCAAAAGGCAGATTCCAGAGCCCCTGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55110	ACAGTGAGGAGCAACCCCCAGACTCAAAAGGCAGATTCCAGAGCCCCTGC	55159

CR936880.3	351	CCGTCCCCTTCGCTGGGTCCTCTCCCGGAGTCTCCCTCCCGCCTCCCTCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55160	CCGTCCCCTTCGCTGGGTCCTCTCCCGGAGTCTCCCTCCCGCCTCCCTCC	55209

CR936880.3	401	TGTTCCCAGGGCCCCCAGCCTCCTACCTGGCAGGAGGAGACCAGCCAGCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55210	TGTTCCCAGGGCCCCCAGCCTCCTACCTGGCAGGAGGAGACCAGCCAGCA	55259

CR936880.3	451	GCAGTGCCATCATCCCGTGCCCACCCACACGCCCCATCCAGGGTGCCCGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55260	GCAGTGCCATCATCCCGTGCCCACCCACACGCCCCATCCAGGGTGCCCGA	55309

CR936880.3	501	GACGAGCCCATCTCGGGCTGCACGGCCTCCTGACTGATGGCAGCTCGAGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55310	GACGAGCCCATCTCGGGCTGCACGGCCTCCTGACTGATGGCAGCTCGAGG	55359

CR936880.3	551	ACACCTGGGTCCTTTATGCCAGAGCTGGACATTCCCTGGGCAGGAGTCAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55360	ACACCTGGGTCCTTTATGCCAGAGCTGGACATTCCCTGGGCAGGAGTCAC	55409

CR936880.3	601	TGTGGGGAGAGGAGGAGAGGTGGAGGGGGTGGGTGCCCCGGGGGAAGTTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55410	TGTGGGGAGAGGAGGAGAGGTGGAGGGGGTGGGTGCCCCGGGGGAAGTTG	55459

CR936880.3	651	GTGTGGCCGGGAGGAGCGTGGTAATCAGCCCGGTGCATCTGCCTACTCAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55460	GTGTGGCCGGGAGGAGCGTGGTAATCAGCCCGGTGCATCTGCCTACTCAG	55509

CR936880.3	701	CAGCAGCAGTGGCTGCAGTGTGGGGTACCCATGGCCACGGGGCTCTAACG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55510	CAGCAGCAGTGGCTGCAGTGTGGGGTACCCATGGCCACGGGGCTCTAACG	55559

CR936880.3	751	ATCCTGCCACCTGACAGGCCTGGCCCCGGCTCCTCATTGCCTAACCCGGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55560	ATCCTGCCACCTGACAGGCCTGGCCCCGGCTCCTCATTGCCTAACCCGGA	55609

CR936880.3	801	ACCAGGCGCTCTGCCCCACGGCCACCCACTCTGGGGCGGCCACTCTTGCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55610	ACCAGGCGCTCTGCCCCACGGCCACCCACTCTGGGGCGGCCACTCTTGCC	55659

CR936880.3	851	ACGGGACCCAGCTGCCTGGCTCCTTAACTCTCCTGCCTACCGTGGCTTGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55660	ACGGGACCCAGCTGCCTGGCTCCTTAACTCTCCTGCCTACCGTGGCTTGG	55709

CR936880.3	901	CCTGTCTCTCCATCTGCCCTCCACTCGCAGTCGTGGGTGTTTCAGCTTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55710	CCTGTCTCTCCATCTGCCCTCCACTCGCAGTCGTGGGTGTTTCAGCTTTT	55759

CR936880.3	951	TCTTCCACACTTGGGTGCCCGCTCCAGCCCCACCCACCCAACCCCAATGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55760	TCTTCCACACTTGGGTGCCCGCTCCAGCCCCACCCACCCAACCCCAATGA	55809

CR936880.3	1001	GGTCCCATTCACAGCCCCTGATCTGCTCCTTCCTTAGGACCCCATCACTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55810	GGTCCCATTCACAGCCCCTGATCTGCTCCTTCCTTAGGACCCCATCACTC	55859

CR936880.3	1051	CACCTCCACTTTCCTCCTTCAAATATGAGTTCTGCCCCCATCCCCCAGGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55860	CACCTCCACTTTCCTCCTTCAAATATGAGTTCTGCCCCCATCCCCCAGGC	55909

CR936880.3	1101	TCCCCCTCCCACCACTCCCCAAGTACCAGGCCAGCCACATACCTATTACG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55910	TCCCCCTCCCACCACTCCCCAAGTACCAGGCCAGCCACATACCTATTACG	55959

CR936880.3	1151	TGTTCCATCACCTGGGGAACCTTCTCCTTCTCAGAAATGGGGCACCACAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	55960	TGTTCCATCACCTGGGGAACCTTCTCCTTCTCAGAAATGGGGCACCACAT	56009

CR936880.3	1201	TCCCAAAACCAACTCCCTGACCTGTCGCTTCTGGGGGCCTCTGGGGACGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56010	TCCCAAAACCAACTCCCTGACCTGTCGCTTCTGGGGGCCTCTGGGGACGG	56059

CR936880.3	1251	CATGGTGGCGGGGGTGGGGGGGGGTGCTGGGAGCCAGGGCTCAGCCAGGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56060	CATGGTGGCGGGGGTGGGGGGGGGTGCTGGGAGCCAGGGCTCAGCCAGGG	56109

CR936880.3	1301	GAGGGGCCTGGGCTGATGACCTCTGTCAAAGCTGGGCCTTGGTTACTCAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56110	GAGGGGCCTGGGCTGATGACCTCTGTCAAAGCTGGGCCTTGGTTACTCAC	56159

CR936880.3	1351	AGGCCACTCACAGCCCCTCCCCATGGCTGGTAACCCAGACCTCAAGGGTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56160	AGGCCACTCACAGCCCCTCCCCATGGCTGGTAACCCAGACCTCAAGGGTG	56209

CR936880.3	1401	AGCAAGAGGCTAAGAAGGCTAATTGGGAAGGTGGTGGCCCCGTAGCCCAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56210	AGCAAGAGGCTAAGAAGGCTAATTGGGAAGGTGGTGGCCCCGTAGCCCAT	56259

CR936880.3	1451	CTGCTGGCCCTGGGCTGGATGAGCGAGCAGGAAGCAGCAGCCAGCTCTGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56260	CTGCTGGCCCTGGGCTGGATGAGCGAGCAGGAAGCAGCAGCCAGCTCTGG	56309

CR936880.3	1501	GCAGGTCGAGGAGGGCCAGGCAGGCTCCCGGGTCCTCAAAGGATGAAAGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56310	GCAGGTCGAGGAGGGCCAGGCAGGCTCCCGGGTCCTCAAAGGATGAAAGG	56359

CR936880.3	1551	AGGCCAGGAGAACCGGAGCCCTGCCATCTGCTGAGAGGGTGGTGGCTTCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56360	AGGCCAGGAGAACCGGAGCCCTGCCATCTGCTGAGAGGGTGGTGGCTTCT	56409

CR936880.3	1601	CCTCCATTGCGTTGGCCTCCCTCCTGCTCTGGCCCCTGCCCCGCCCCAGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56410	CCTCCATTGCGTTGGCCTCCCTCCTGCTCTGGCCCCTGCCCCGCCCCAGC	56459

CR936880.3	1651	CAATTAATTGCTCACTAGTATTGCGGGAGTATCAGTATCGGAGGGAGGTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56460	CAATTAATTGCTCACTAGTATTGCGGGAGTATCAGTATCGGAGGGAGGTG	56509

CR936880.3	1701	CCTGCAAGTCCAGCAAGCTGCCCTCTCCTCCCCCAGGCCTCAGACACCCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56510	CCTGCAAGTCCAGCAAGCTGCCCTCTCCTCCCCCAGGCCTCAGACACCCC	56559

CR936880.3	1751	TGCTCCCCTCACCCAAACTCACTTCCCAAACCTCATCTCCTCACAAAGGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56560	TGCTCCCCTCACCCAAACTCACTTCCCAAACCTCATCTCCTCACAAAGGC	56609

CR936880.3	1801	AGCTCTGTCCCTGGGCCCCTTGGGCTGGTCTCTCCCATTCCCTCTACCTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56610	AGCTCTGTCCCTGGGCCCCTTGGGCTGGTCTCTCCCATTCCCTCTACCTC	56659

CR936880.3	1851	CTGACCGCCCTTTAAGTTCAGACCAGCAGGAGGATGGAAATGTTTCCTGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56660	CTGACCGCCCTTTAAGTTCAGACCAGCAGGAGGATGGAAATGTTTCCTGT	56709

CR936880.3	1901	CTGTGCTGTCCGATACGGTAGCCACTGGCCACATGGAGCAAGTTTAACCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56710	CTGTGCTGTCCGATACGGTAGCCACTGGCCACATGGAGCAAGTTTAACCA	56759

CR936880.3	1951	CCAAAGATTTGGAGCTTTAATTTTAATTAATTGTAATGATGTGGTTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759805.5	56760	CCAAAGATTTGGAGCTTTAATTTTAATTAATTGTAATGATGTGGTTGGCC	56809

Overview

Query
CR936880.3 - 6810 bps
Hit
CR759805.5 - 56809 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link