<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR759779.6	1	AGAGAAGATTTACAAGGTAAACATTGATTTGTTTAAAGTTTGAGAGAAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115223	AGAGAAGATTTACAAGGTAAACATTGATTTGTTTAAAGTTTGAGAGAAAA	115272

CR759779.6	51	AATTAGATAATATGCTTTATGATTTTTAAATGTTAATTTCAAAATAATTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115273	AATTAGATAATATGCTTTATGATTTTTAAATGTTAATTTCAAAATAATTA	115322

CR759779.6	101	TACATTCACAGGAGTTGATGAAAATAGTACAGAGAGGTCCCTTGTACCCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115323	TACATTCACAGGAGTTGATGAAAATAGTACAGAGAGGTCCCTTGTACCCT	115372

CR759779.6	151	TCACCCAGTTTCCCCCAATGGTTACATCATACATAACTATAGCACAATAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115373	TCACCCAGTTTCCCCCAATGGTTACATCATACATAACTATAGCACAATAT	115422

CR759779.6	201	CGAAACAAGGAAATCGACACTGATACAATGTATTTGCAGTTTTCTACTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115423	CGAAACAAGGAAATCGACACTGATACAATGTATTTGCAGTTTTCTACTTT	115472

CR759779.6	251	ATCACATGTGTAGATTCATGTAACCACCACTGTGATCAAAATACAGAACT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115473	ATCACATGTGTAGATTCATGTAACCACCACTGTGATCAAAATACAGAACT	115522

CR759779.6	301	ATATTCCATCACCACGAAGATCTTCCTCATGCCACTCGCCCTCCTTAAGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115523	ATATTCCATCACCACGAAGATCTTCCTCATGCCACTCGCCCTCCTTAAGA	115572

CR759779.6	351	GTCACACCATTCCCCCACCCCCACCATCCCTACACTGTGCCAACCACTAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115573	GTCACACCATTCCCCCACCCCCACCATCCCTACACTGTGCCAACCACTAA	115622

CR759779.6	401	TTTGATTTTCATCTGTATAATTTTATCATTTAGAAAATGTTATATAAATG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115623	TTTGATTTTCATCTGTATAATTTTATCATTTAGAAAATGTTATATAAATG	115672

CR759779.6	451	GAATTATACTATATGTGACCTTCCGAGACTGGCATTTTGTACTCAGAATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115673	GAATTATACTATATGTGACCTTCCGAGACTGGCATTTTGTACTCAGAATA	115722

CR759779.6	501	ATGCCCTTGGGATCTGTATTAGGTGCTCCAGAGCAGTTGTACTAACAGGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115723	ATGCCCTTGGGATCTGTATTAGGTGCTCCAGAGCAGTTGTACTAACAGGA	115772

CR759779.6	551	TATGTATATATAGAAAGATACTTCTTTTAAAGAATTTGCTCACATGATTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115773	TATGTATATATAGAAAGATACTTCTTTTAAAGAATTTGCTCACATGATTG	115822

CR759779.6	601	TGGAAGCTTACTGAGTCCAAATTCTGATGGAAGAGGCCAGCAGTGGAGGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115823	TGGAAGCTTACTGAGTCCAAATTCTGATGGAAGAGGCCAGCAGTGGAGGA	115872

CR759779.6	651	GACTGGGACAGAGTTGCAGTTTGAGCCCAAAGGTAGTCTGCTGTGGAACC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115873	GACTGGGACAGAGTTGCAGTTTGAGCCCAAAGGTAGTCTGCTGTGGAACC	115922

CR759779.6	701	AGGAAGAACCAGGATTGCAGATGGAGTCTGAGACAATCTGTTGGAGAGTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115923	AGGAAGAACCAGGATTGCAGATGGAGTCTGAGACAATCTGTTGGAGAGTT	115972

CR759779.6	751	CCCTCTTATGCTAATCAGGCATTCAACTGATTAAATGAGGGGAACCCAGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	115973	CCCTCTTATGCTAATCAGGCATTCAACTGATTAAATGAGGGGAACCCAGT	116022

CR759779.6	801	TATGGAGGGCAATGTACTTTACTTAAAATCTACTGACTTAAATATGTAAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116023	TATGGAGGGCAATGTACTTTACTTAAAATCTACTGACTTAAATATGTAAC	116072

CR759779.6	851	TCTCACCCCAAAACTGCCAGATGATGTGAAATTCCATGTCCTCTACTTGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116073	TCTCACCCCAAAACTGCCAGATGATGTGAAATTCCATGTCCTCTACTTGG	116122

CR759779.6	901	CTCCATTGACACTCAGATGGAGTAGATTAAACAACAGACAAAGTCCTCAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116123	CTCCATTGACACTCAGATGGAGTAGATTAAACAACAGACAAAGTCCTCAC	116172

CR759779.6	951	TTAACATCATCAATAGGTTCTTAGAAGCTGTGACTTTAAGCAAAATGACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116173	TTAACATCATCAATAGGTTCTTAGAAGCTGTGACTTTAAGCAAAATGACA	116222

CR759779.6	1001	TATAATAAAACTAATTTGACCATAGGCTAATTCAGCGATCCCCAACATTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116223	TATAATAAAACTAATTTGACCATAGGCTAATTCAGCGATCCCCAACATTT	116272

CR759779.6	1051	TTGGCACCAGGGACTGGTTTTGTGGAAGAAAATTTTGCCATGGATGGGGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116273	TTGGCACCAGGGACTGGTTTTGTGGAAGAAAATTTTGCCATGGATGGGGG	116322

CR759779.6	1101	TTGGGGACTAGCGGTGGCAGGGAGTGGGATGGCACAACCTAGATCCCTCG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116323	TTGGGGACTAGCGGTGGCAGGGAGTGGGATGGCACAACCTAGATCCCTCG	116372

CR759779.6	1151	CATGCGCAGTCCACAATACAGTTCACAAAAGTTTGCACTCCTGTGAGAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116373	CATGCGCAGTCCACAATACAGTTCACAAAAGTTTGCACTCCTGTGAGAAT	116422

CR759779.6	1201	CCAATGCCTCTGCTGATCTGACAGCAGGCCATTAGTGGTCTGTGGCCCAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116423	CCAATGCCTCTGCTGATCTGACAGCAGGCCATTAGTGGTCTGTGGCCCAG	116472

CR759779.6	1251	GGGTTGGGAACCCCTGGGCTAATTGATGCGAACAAGATTTAAGTTCCTGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116473	GGGTTGGGAACCCCTGGGCTAATTGATGCGAACAAGATTTAAGTTCCTGT	116522

CR759779.6	1301	GGCTTATTTCTGGTCACAAACACATCACCAAACTCCTAAATAAAGACTCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116523	GGCTTATTTCTGGTCACAAACACATCACCAAACTCCTAAATAAAGACTCA	116572

CR759779.6	1351	GAACACTTCTAATATTAAACATTAAAATAAATGGGAACTATATATACATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116573	GAACACTTCTAATATTAAACATTAAAATAAATGGGAACTATATATACATT	116622

CR759779.6	1401	TAAGGTAGGTTTATAATAACAAGTAAGATAATTAATTATCCAGTTTTTGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116623	TAAGGTAGGTTTATAATAACAAGTAAGATAATTAATTATCCAGTTTTTGG	116672

CR759779.6	1451	TGAATTAGTGAGTGATGGTGGTCACAGTGGTGGTGGGTTACATTAAGGAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116673	TGAATTAGTGAGTGATGGTGGTCACAGTGGTGGTGGGTTACATTAAGGAA	116722

CR759779.6	1501	CAAATGTTTGTAAAAGGAAAATGGTAAGGAGCACCTCCTGCCACCACACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116723	CAAATGTTTGTAAAAGGAAAATGGTAAGGAGCACCTCCTGCCACCACACA	116772

CR759779.6	1551	GCTCAAACGCAAAGAAGAACAAATACGTTGAACTCACTGAGTACTTTTGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116773	GCTCAAACGCAAAGAAGAACAAATACGTTGAACTCACTGAGTACTTTTGT	116822

CR759779.6	1601	ACCCCATTGTTTACTATTGTACAGTTGTATGAATATCATGTACTTTACAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116823	ACCCCATTGTTTACTATTGTACAGTTGTATGAATATCATGTACTTTACAA	116872

CR759779.6	1651	ATGTTTATTTTAGAAACATTTCTATTCATTCGCTTATTCATTTTCCAACC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116873	ATGTTTATTTTAGAAACATTTCTATTCATTCGCTTATTCATTTTCCAACC	116922

CR759779.6	1701	TGCTTATTCCAGTTCAAGGTCATGGATGACTGGAGCCTATCCCGGCAGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116923	TGCTTATTCCAGTTCAAGGTCATGGATGACTGGAGCCTATCCCGGCAGCT	116972

CR759779.6	1751	CAAGGACAAGAGAGGAACCAACCTTGTATAGGATGCCATCCCATCCATTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	116973	CAAGGACAAGAGAGGAACCAACCTTGTATAGGATGCCATCCCATCCATTG	117022

CR759779.6	1801	TGGGATGCAGACACACACACACATATACACACACACACACACACACACAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	117023	TGGGATGCAGACACACACACACATATACACACACACACACACACACACAC	117072

CR759779.6	1851	ACACAAAGTCACTCTGCTGGGACAATTTAGACTCACCAATTAACCTAACA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	117073	ACACAAAGTCACTCTGCTGGGACAATTTAGACTCACCAATTAACCTAACA	117122

CR759779.6	1901	TGCATGTCTTTGGGATGTGGGATAAAACTCAAATACACAAAGAAAACCCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	117123	TGCATGTCTTTGGGATGTGGGATAAAACTCAAATACACAAAGAAAACCCA	117172

CR759779.6	1951	TGCGGACGTGGGGAGAACACACAAACTCCTCATGGACAGTGGCCCTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759773.4	117173	TGCGGACGTGGGGAGAACACACAAACTCCTCATGGACAGTGGCCCTGGCC	117222

Overview

Query
CR759779.6 - 38590 bps
Hit
CR759773.4 - 117222 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link